# TARGET T0287 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0287.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.082 0.264 0.013 0.019 0.025 0.085 0.064 0.448 2 S 0.088 0.461 0.007 0.008 0.014 0.053 0.057 0.311 3 N 0.039 0.553 0.008 0.009 0.011 0.058 0.039 0.284 4 N 0.025 0.834 0.005 0.005 0.007 0.017 0.035 0.072 5 M 0.041 0.829 0.006 0.004 0.006 0.014 0.044 0.056 6 R 0.026 0.431 0.030 0.020 0.024 0.033 0.307 0.129 7 K 0.013 0.559 0.024 0.018 0.023 0.035 0.194 0.134 8 L 0.034 0.735 0.025 0.010 0.020 0.025 0.062 0.089 9 F 0.051 0.595 0.033 0.039 0.053 0.035 0.064 0.129 10 S 0.047 0.337 0.045 0.037 0.064 0.056 0.111 0.303 11 M 0.072 0.242 0.054 0.045 0.053 0.080 0.196 0.257 12 I 0.120 0.212 0.046 0.042 0.043 0.089 0.157 0.291 13 A 0.056 0.094 0.028 0.017 0.021 0.094 0.064 0.626 14 D 0.086 0.235 0.012 0.007 0.008 0.071 0.048 0.532 15 S 0.136 0.462 0.009 0.005 0.004 0.049 0.046 0.289 16 K 0.052 0.440 0.007 0.004 0.004 0.060 0.031 0.402 17 D 0.052 0.665 0.004 0.003 0.003 0.029 0.044 0.200 18 K 0.028 0.849 0.002 0.002 0.002 0.014 0.032 0.071 19 K 0.010 0.935 0.001 0.001 0.002 0.004 0.021 0.026 20 E 0.015 0.909 0.002 0.002 0.003 0.007 0.021 0.041 21 K 0.010 0.445 0.017 0.018 0.017 0.030 0.370 0.093 22 L 0.014 0.713 0.007 0.004 0.005 0.019 0.192 0.046 23 I 0.033 0.869 0.005 0.003 0.003 0.008 0.048 0.031 24 E 0.037 0.736 0.008 0.006 0.007 0.022 0.039 0.143 25 S 0.051 0.334 0.017 0.007 0.009 0.046 0.340 0.197 26 L 0.085 0.507 0.014 0.008 0.005 0.067 0.122 0.191 27 Q 0.095 0.525 0.011 0.006 0.008 0.038 0.047 0.271 28 E 0.067 0.335 0.008 0.004 0.007 0.065 0.030 0.486 29 N 0.082 0.132 0.031 0.017 0.023 0.069 0.297 0.351 30 E 0.080 0.077 0.030 0.033 0.026 0.121 0.228 0.405 31 L 0.062 0.048 0.030 0.016 0.027 0.142 0.079 0.596 32 L 0.042 0.046 0.018 0.012 0.018 0.147 0.026 0.691 33 N 0.086 0.192 0.012 0.011 0.017 0.084 0.068 0.530 34 T 0.067 0.402 0.006 0.005 0.007 0.064 0.039 0.410 35 D 0.087 0.614 0.007 0.009 0.010 0.046 0.046 0.181 36 E 0.043 0.708 0.005 0.007 0.008 0.028 0.051 0.150 37 K 0.021 0.774 0.005 0.004 0.009 0.018 0.078 0.090 38 K 0.013 0.721 0.013 0.012 0.014 0.020 0.112 0.094 39 K 0.009 0.743 0.016 0.025 0.020 0.026 0.068 0.094 40 I 0.019 0.872 0.008 0.004 0.006 0.009 0.038 0.043 41 I 0.054 0.810 0.007 0.004 0.006 0.011 0.063 0.044 42 D 0.018 0.313 0.012 0.010 0.009 0.022 0.511 0.107 43 Q 0.012 0.742 0.004 0.002 0.003 0.016 0.146 0.074 44 I 0.036 0.798 0.006 0.003 0.004 0.016 0.075 0.062 45 K 0.033 0.648 0.015 0.011 0.009 0.032 0.093 0.160 46 T 0.028 0.754 0.006 0.002 0.004 0.025 0.054 0.127 47 M 0.028 0.844 0.007 0.002 0.002 0.014 0.053 0.050 48 H 0.030 0.857 0.009 0.003 0.003 0.013 0.031 0.055 49 D 0.024 0.813 0.011 0.003 0.002 0.017 0.029 0.100 50 F 0.029 0.834 0.020 0.003 0.004 0.014 0.038 0.059 51 F 0.148 0.552 0.032 0.006 0.008 0.025 0.132 0.098 52 K 0.076 0.126 0.020 0.010 0.009 0.056 0.358 0.344 53 Q 0.017 0.096 0.027 0.011 0.016 0.081 0.348 0.403 54 M 0.081 0.163 0.029 0.017 0.028 0.125 0.093 0.464 55 H 0.109 0.083 0.030 0.029 0.039 0.132 0.058 0.521 56 T 0.069 0.071 0.012 0.008 0.011 0.088 0.033 0.708 57 N 0.144 0.290 0.010 0.008 0.010 0.079 0.070 0.390 58 K 0.046 0.241 0.017 0.009 0.010 0.109 0.046 0.523 59 G 0.050 0.469 0.018 0.010 0.011 0.074 0.052 0.315 60 A 0.041 0.808 0.007 0.005 0.005 0.019 0.027 0.089 61 L 0.018 0.889 0.004 0.002 0.003 0.008 0.031 0.045 62 D 0.014 0.898 0.004 0.002 0.003 0.006 0.039 0.034 63 K 0.018 0.581 0.017 0.012 0.011 0.020 0.274 0.068 64 V 0.024 0.789 0.011 0.005 0.006 0.017 0.106 0.042 65 L 0.047 0.813 0.007 0.003 0.005 0.010 0.064 0.050 66 R 0.045 0.694 0.009 0.005 0.006 0.021 0.061 0.160 67 N 0.037 0.503 0.017 0.007 0.007 0.039 0.163 0.227 68 Y 0.048 0.694 0.010 0.004 0.004 0.033 0.078 0.129 69 M 0.091 0.582 0.017 0.004 0.005 0.035 0.073 0.193 70 K 0.036 0.489 0.013 0.006 0.005 0.054 0.064 0.332 71 D 0.023 0.747 0.007 0.002 0.004 0.021 0.064 0.131 72 Y 0.018 0.834 0.008 0.004 0.005 0.017 0.048 0.066 73 R 0.029 0.670 0.021 0.014 0.020 0.030 0.088 0.128 74 A 0.032 0.345 0.064 0.046 0.045 0.048 0.241 0.178 75 V 0.056 0.306 0.075 0.042 0.062 0.067 0.213 0.178 76 I 0.105 0.119 0.107 0.052 0.074 0.068 0.172 0.302 77 K 0.140 0.082 0.025 0.040 0.048 0.087 0.057 0.522 78 S 0.049 0.035 0.023 0.015 0.024 0.086 0.055 0.713 79 I 0.024 0.053 0.029 0.027 0.033 0.179 0.031 0.624 80 G 0.053 0.207 0.024 0.017 0.026 0.085 0.069 0.518 81 V 0.081 0.355 0.014 0.011 0.008 0.062 0.054 0.414 82 D 0.068 0.659 0.014 0.010 0.009 0.027 0.085 0.128 83 K 0.037 0.783 0.004 0.003 0.005 0.018 0.041 0.109 84 F 0.036 0.768 0.010 0.004 0.007 0.019 0.082 0.075 85 K 0.016 0.777 0.010 0.012 0.013 0.018 0.072 0.081 86 K 0.012 0.821 0.008 0.008 0.015 0.015 0.037 0.083 87 V 0.020 0.801 0.017 0.011 0.017 0.018 0.065 0.051 88 Y 0.049 0.717 0.022 0.024 0.025 0.019 0.061 0.084 89 R 0.044 0.333 0.042 0.045 0.047 0.040 0.219 0.230 90 L 0.060 0.277 0.038 0.019 0.024 0.084 0.206 0.293 91 L 0.071 0.137 0.033 0.022 0.020 0.056 0.435 0.224 92 E 0.055 0.260 0.007 0.007 0.009 0.057 0.119 0.485 93 S 0.052 0.518 0.005 0.003 0.005 0.046 0.053 0.317 94 E 0.012 0.721 0.005 0.008 0.008 0.039 0.028 0.178 95 T 0.020 0.888 0.002 0.001 0.003 0.010 0.029 0.047 96 M 0.019 0.870 0.005 0.004 0.003 0.009 0.060 0.030 97 E 0.010 0.890 0.010 0.005 0.006 0.008 0.040 0.030 98 L 0.023 0.911 0.008 0.002 0.003 0.006 0.025 0.022 99 L 0.034 0.761 0.034 0.009 0.011 0.014 0.086 0.051 100 H 0.098 0.467 0.059 0.022 0.022 0.031 0.110 0.191 101 A 0.107 0.144 0.046 0.024 0.026 0.066 0.200 0.385 102 I 0.213 0.082 0.041 0.019 0.022 0.098 0.140 0.386 103 A 0.028 0.018 0.021 0.013 0.016 0.112 0.054 0.737 104 E 0.014 0.012 0.005 0.002 0.003 0.067 0.008 0.888 105 N 0.367 0.167 0.010 0.006 0.006 0.066 0.070 0.307 106 P 0.123 0.142 0.014 0.005 0.008 0.124 0.032 0.552 107 N 0.056 0.073 0.055 0.013 0.034 0.092 0.180 0.497 108 F 0.029 0.094 0.076 0.046 0.046 0.111 0.172 0.427 109 L 0.066 0.131 0.109 0.052 0.069 0.110 0.073 0.389 110 F 0.077 0.098 0.074 0.038 0.051 0.079 0.091 0.491 111 S 0.086 0.143 0.034 0.025 0.043 0.086 0.101 0.482 112 K 0.046 0.069 0.029 0.022 0.032 0.125 0.162 0.515 113 F 0.051 0.143 0.023 0.025 0.030 0.110 0.161 0.457 114 D 0.131 0.371 0.013 0.018 0.031 0.061 0.108 0.268 115 R 0.038 0.201 0.045 0.027 0.048 0.088 0.081 0.473 116 S 0.135 0.171 0.045 0.049 0.085 0.089 0.078 0.348 117 I 0.108 0.066 0.063 0.056 0.060 0.083 0.167 0.397 118 L 0.038 0.060 0.077 0.059 0.157 0.128 0.050 0.430 119 G 0.052 0.023 0.078 0.065 0.137 0.072 0.067 0.505 120 I 0.009 0.021 0.108 0.197 0.154 0.105 0.044 0.362 121 F 0.035 0.028 0.108 0.048 0.120 0.084 0.049 0.528 122 L 0.112 0.015 0.072 0.167 0.110 0.070 0.170 0.283 123 P 0.078 0.021 0.062 0.047 0.075 0.093 0.088 0.536 124 F 0.090 0.014 0.043 0.031 0.059 0.100 0.072 0.592 125 F 0.020 0.010 0.039 0.047 0.062 0.126 0.045 0.651 126 S 0.049 0.023 0.023 0.015 0.028 0.074 0.040 0.748 127 K 0.109 0.079 0.029 0.041 0.055 0.127 0.056 0.505 128 P 0.038 0.078 0.064 0.038 0.083 0.092 0.062 0.545 129 I 0.036 0.088 0.086 0.101 0.189 0.087 0.062 0.350 130 M 0.012 0.037 0.119 0.114 0.184 0.063 0.144 0.327 131 F 0.029 0.153 0.081 0.161 0.150 0.052 0.135 0.239 132 K 0.048 0.220 0.071 0.092 0.136 0.054 0.081 0.298 133 M 0.031 0.143 0.081 0.104 0.120 0.069 0.058 0.394 134 S 0.067 0.292 0.046 0.080 0.101 0.047 0.133 0.233 135 I 0.151 0.219 0.038 0.040 0.043 0.057 0.115 0.337 136 R 0.061 0.114 0.024 0.067 0.063 0.083 0.146 0.441 137 E 0.032 0.095 0.017 0.018 0.024 0.090 0.126 0.597 138 M 0.135 0.251 0.012 0.015 0.022 0.081 0.086 0.399 139 D 0.156 0.308 0.015 0.019 0.022 0.058 0.065 0.358 140 S 0.039 0.284 0.016 0.019 0.038 0.067 0.041 0.497 141 Q 0.043 0.183 0.056 0.044 0.100 0.103 0.117 0.355 142 I 0.062 0.127 0.059 0.102 0.097 0.079 0.153 0.321 143 E 0.087 0.041 0.058 0.077 0.099 0.089 0.159 0.389 144 L 0.018 0.014 0.055 0.057 0.074 0.075 0.297 0.411 145 Y 0.078 0.036 0.056 0.063 0.107 0.098 0.108 0.454 146 G 0.180 0.013 0.025 0.034 0.048 0.077 0.095 0.527 147 T 0.010 0.018 0.015 0.030 0.031 0.100 0.038 0.760 148 N 0.039 0.077 0.013 0.009 0.022 0.105 0.036 0.700 149 L 0.177 0.146 0.029 0.039 0.021 0.114 0.088 0.385 150 P 0.099 0.343 0.039 0.029 0.037 0.080 0.061 0.313 151 L 0.090 0.274 0.066 0.012 0.043 0.065 0.111 0.338 152 L 0.053 0.146 0.129 0.100 0.127 0.083 0.134 0.229 153 K 0.057 0.053 0.095 0.090 0.140 0.063 0.134 0.367 154 L 0.025 0.018 0.137 0.070 0.140 0.096 0.150 0.365 155 F 0.010 0.015 0.201 0.153 0.287 0.067 0.070 0.198 156 V 0.025 0.016 0.097 0.094 0.172 0.103 0.033 0.461 157 M 0.014 0.018 0.120 0.144 0.140 0.107 0.050 0.408 158 T 0.099 0.085 0.023 0.034 0.049 0.081 0.073 0.555 159 D 0.289 0.171 0.019 0.015 0.017 0.066 0.148 0.273 160 E 0.039 0.240 0.023 0.027 0.035 0.104 0.046 0.486 161 E 0.050 0.260 0.024 0.018 0.043 0.067 0.057 0.481 162 V 0.081 0.326 0.023 0.037 0.043 0.081 0.070 0.339 163 N 0.040 0.200 0.052 0.058 0.078 0.070 0.215 0.288 164 F 0.049 0.400 0.025 0.039 0.055 0.053 0.119 0.260 165 Y 0.136 0.306 0.043 0.038 0.057 0.062 0.077 0.281 166 A 0.043 0.093 0.040 0.065 0.065 0.086 0.161 0.446 167 N 0.043 0.411 0.013 0.014 0.027 0.051 0.147 0.295 168 L 0.062 0.553 0.012 0.011 0.014 0.049 0.041 0.259 169 K 0.024 0.419 0.034 0.050 0.043 0.069 0.065 0.296 170 T 0.060 0.674 0.008 0.005 0.008 0.026 0.073 0.146 171 I 0.084 0.484 0.019 0.008 0.007 0.024 0.288 0.085 172 E 0.036 0.520 0.022 0.016 0.015 0.042 0.142 0.206 173 Q 0.043 0.519 0.009 0.005 0.007 0.042 0.085 0.290 174 Y 0.029 0.790 0.007 0.004 0.004 0.022 0.047 0.098 175 N 0.030 0.808 0.004 0.003 0.005 0.015 0.055 0.079 176 D 0.013 0.759 0.009 0.006 0.006 0.025 0.061 0.120 177 Y 0.014 0.859 0.009 0.006 0.007 0.015 0.044 0.046 178 V 0.049 0.816 0.015 0.005 0.006 0.012 0.055 0.042 179 R 0.047 0.754 0.011 0.009 0.011 0.018 0.061 0.089 180 D 0.065 0.520 0.028 0.012 0.018 0.031 0.092 0.234 181 L 0.067 0.348 0.031 0.045 0.054 0.073 0.106 0.276 182 L 0.062 0.165 0.042 0.044 0.065 0.087 0.105 0.430 183 M 0.055 0.308 0.016 0.033 0.040 0.073 0.049 0.425 184 K 0.030 0.375 0.019 0.024 0.035 0.072 0.033 0.413 185 F 0.033 0.442 0.019 0.026 0.025 0.065 0.047 0.343 186 D 0.041 0.854 0.005 0.007 0.006 0.011 0.028 0.049 187 L 0.036 0.908 0.003 0.002 0.002 0.005 0.014 0.030 188 E 0.020 0.905 0.006 0.004 0.003 0.007 0.015 0.040 189 K 0.032 0.827 0.012 0.008 0.006 0.011 0.027 0.078 190 Y 0.116 0.572 0.029 0.011 0.013 0.033 0.078 0.148 191 M 0.169 0.155 0.067 0.023 0.019 0.059 0.222 0.286 192 K 0.277 0.099 0.009 0.008 0.008 0.051 0.073 0.476 193 E 0.094 0.035 0.006 0.003 0.004 0.050 0.031 0.777 194 K 0.012 0.015 0.018 0.015 0.025 0.141 0.039 0.735 195 G 0.063 0.026 0.018 0.014 0.027 0.105 0.079 0.668 196 V 0.103 0.025 0.025 0.042 0.026 0.116 0.067 0.596 197 Q 0.047 0.014 0.026 0.018 0.027 0.100 0.048 0.721 198 N 0.102 0.029 0.015 0.018 0.028 0.099 0.098 0.611 199 A 0.043 0.020 0.029 0.025 0.033 0.128 0.050 0.673