# TARGET T0286 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0286.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 83 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.189 0.004 0.003 0.011 0.020 0.026 0.085 0.003 0.002 0.063 0.596 2 A 0.026 0.002 0.001 0.020 0.022 0.027 0.127 0.002 0.001 0.025 0.748 3 S 0.004 0.001 0.001 0.015 0.009 0.018 0.111 0.001 0.001 0.013 0.827 4 K 0.007 0.002 0.001 0.109 0.195 0.084 0.114 0.003 0.001 0.055 0.431 5 T 0.003 0.002 0.001 0.333 0.049 0.090 0.081 0.001 0.001 0.044 0.397 6 I 0.002 0.001 0.001 0.321 0.084 0.075 0.043 0.001 0.001 0.037 0.436 7 K 0.001 0.001 0.001 0.847 0.056 0.033 0.010 0.001 0.001 0.013 0.040 8 I 0.002 0.001 0.001 0.556 0.062 0.054 0.029 0.001 0.001 0.026 0.269 9 M 0.002 0.001 0.001 0.778 0.065 0.043 0.020 0.001 0.001 0.016 0.074 10 P 0.074 0.006 0.003 0.418 0.022 0.055 0.079 0.003 0.003 0.062 0.275 11 V 0.102 0.016 0.003 0.236 0.033 0.061 0.081 0.007 0.002 0.073 0.383 12 G 0.063 0.012 0.002 0.086 0.012 0.027 0.139 0.003 0.002 0.084 0.571 13 D 0.025 0.018 0.003 0.118 0.063 0.086 0.160 0.006 0.001 0.138 0.382 14 S 0.061 0.018 0.003 0.104 0.052 0.081 0.156 0.006 0.001 0.110 0.409 15 C 0.036 0.009 0.003 0.122 0.095 0.099 0.109 0.005 0.001 0.096 0.425 16 T 0.061 0.012 0.001 0.079 0.041 0.093 0.167 0.003 0.001 0.112 0.429 17 E 0.033 0.005 0.002 0.089 0.031 0.076 0.174 0.006 0.001 0.092 0.492 18 G 0.096 0.014 0.002 0.068 0.020 0.052 0.173 0.004 0.001 0.083 0.486 19 M 0.040 0.009 0.001 0.033 0.030 0.073 0.168 0.003 0.001 0.068 0.574 20 G 0.029 0.025 0.002 0.030 0.028 0.065 0.173 0.002 0.002 0.056 0.588 21 G 0.070 0.017 0.014 0.016 0.026 0.044 0.145 0.008 0.009 0.079 0.573 22 G 0.369 0.020 0.003 0.005 0.010 0.013 0.082 0.013 0.002 0.070 0.412 23 E 0.200 0.013 0.001 0.004 0.005 0.011 0.091 0.006 0.001 0.066 0.603 24 M 0.042 0.027 0.001 0.009 0.003 0.011 0.104 0.002 0.001 0.036 0.765 25 G 0.016 0.011 0.001 0.011 0.029 0.037 0.119 0.002 0.001 0.171 0.604 26 S 0.003 0.094 0.001 0.010 0.058 0.036 0.097 0.002 0.001 0.054 0.646 27 Y 0.020 0.679 0.001 0.003 0.020 0.016 0.029 0.012 0.001 0.023 0.197 28 R 0.009 0.899 0.001 0.003 0.004 0.003 0.007 0.003 0.001 0.014 0.057 29 T 0.008 0.946 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.010 0.025 30 E 0.004 0.961 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.013 0.012 31 L 0.010 0.949 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.001 0.007 0.018 32 Y 0.010 0.303 0.001 0.004 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 0.617 0.049 33 R 0.005 0.849 0.009 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 0.002 0.063 0.056 34 L 0.030 0.801 0.019 0.001 0.001 0.001 0.011 0.013 0.006 0.060 0.059 35 L 0.018 0.042 0.391 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.430 0.052 0.053 36 T 0.774 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.005 0.001 0.011 0.177 37 Q 0.081 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.031 0.003 0.004 0.039 0.832 38 A 0.031 0.003 0.002 0.005 0.001 0.001 0.104 0.001 0.001 0.014 0.839 39 G 0.003 0.001 0.001 0.009 0.002 0.004 0.091 0.001 0.001 0.013 0.877 40 L 0.014 0.003 0.001 0.017 0.031 0.009 0.151 0.003 0.001 0.052 0.719 41 S 0.011 0.005 0.001 0.293 0.023 0.034 0.121 0.002 0.001 0.069 0.441 42 I 0.004 0.002 0.001 0.135 0.034 0.048 0.104 0.003 0.001 0.033 0.637 43 D 0.005 0.002 0.001 0.760 0.040 0.040 0.031 0.001 0.001 0.034 0.086 44 F 0.011 0.002 0.002 0.578 0.030 0.052 0.042 0.001 0.001 0.057 0.224 45 V 0.015 0.001 0.001 0.589 0.037 0.056 0.051 0.002 0.001 0.037 0.209 46 G 0.050 0.003 0.002 0.320 0.025 0.058 0.102 0.002 0.001 0.055 0.382 47 S 0.027 0.002 0.001 0.135 0.042 0.074 0.129 0.003 0.001 0.062 0.525 48 Q 0.046 0.001 0.001 0.062 0.036 0.061 0.136 0.002 0.001 0.050 0.604 49 R 0.018 0.001 0.001 0.035 0.037 0.050 0.147 0.002 0.001 0.045 0.663 50 S 0.023 0.002 0.001 0.026 0.018 0.028 0.157 0.004 0.001 0.036 0.704 51 G 0.119 0.004 0.001 0.024 0.023 0.034 0.142 0.017 0.001 0.100 0.535 52 P 0.074 0.003 0.001 0.018 0.007 0.011 0.135 0.002 0.001 0.049 0.701 53 S 0.012 0.002 0.001 0.031 0.022 0.051 0.196 0.003 0.001 0.038 0.646 54 S 0.032 0.007 0.001 0.025 0.012 0.018 0.146 0.001 0.001 0.029 0.729 55 L 0.128 0.014 0.001 0.022 0.029 0.027 0.188 0.012 0.001 0.076 0.503 56 P 0.042 0.022 0.001 0.017 0.007 0.013 0.172 0.006 0.001 0.049 0.670 57 D 0.160 0.065 0.003 0.024 0.009 0.022 0.148 0.006 0.001 0.067 0.495 58 K 0.110 0.038 0.004 0.031 0.020 0.038 0.145 0.006 0.001 0.120 0.488 59 D 0.045 0.028 0.002 0.033 0.015 0.047 0.147 0.004 0.001 0.084 0.594 60 H 0.159 0.031 0.004 0.039 0.036 0.055 0.117 0.003 0.002 0.123 0.429 61 E 0.041 0.006 0.004 0.021 0.025 0.043 0.167 0.003 0.002 0.069 0.619 62 G 0.110 0.009 0.001 0.011 0.015 0.030 0.133 0.008 0.001 0.050 0.633 63 H 0.182 0.009 0.001 0.015 0.009 0.015 0.136 0.008 0.001 0.097 0.529 64 S 0.025 0.011 0.001 0.015 0.012 0.033 0.152 0.007 0.001 0.051 0.693 65 G 0.041 0.007 0.001 0.017 0.020 0.031 0.123 0.002 0.001 0.034 0.725 66 W 0.004 0.008 0.001 0.038 0.092 0.060 0.141 0.002 0.001 0.021 0.633 67 T 0.017 0.356 0.001 0.015 0.017 0.017 0.063 0.005 0.001 0.010 0.498 68 I 0.122 0.675 0.002 0.004 0.005 0.004 0.016 0.076 0.001 0.011 0.086 69 P 0.082 0.457 0.005 0.012 0.002 0.002 0.033 0.007 0.002 0.192 0.207 70 Q 0.023 0.326 0.021 0.007 0.004 0.005 0.042 0.004 0.006 0.395 0.169 71 I 0.154 0.580 0.010 0.004 0.003 0.004 0.024 0.058 0.002 0.041 0.122 72 A 0.160 0.351 0.011 0.011 0.003 0.004 0.030 0.021 0.006 0.101 0.301 73 S 0.055 0.183 0.011 0.012 0.004 0.008 0.099 0.003 0.006 0.137 0.482 74 N 0.067 0.375 0.009 0.008 0.003 0.008 0.073 0.013 0.003 0.060 0.380 75 I 0.200 0.429 0.019 0.005 0.002 0.003 0.046 0.046 0.006 0.024 0.220 76 N 0.164 0.119 0.002 0.011 0.003 0.006 0.086 0.008 0.001 0.065 0.536 77 N 0.033 0.197 0.007 0.016 0.002 0.009 0.094 0.004 0.003 0.134 0.501 78 W 0.173 0.168 0.035 0.019 0.008 0.014 0.129 0.023 0.008 0.124 0.298 79 L 0.208 0.133 0.013 0.027 0.008 0.017 0.070 0.036 0.008 0.069 0.410 80 N 0.341 0.017 0.001 0.011 0.007 0.013 0.083 0.004 0.001 0.053 0.468 81 T 0.023 0.004 0.003 0.040 0.007 0.022 0.127 0.001 0.001 0.041 0.731 82 H 0.026 0.005 0.004 0.042 0.010 0.019 0.175 0.002 0.002 0.046 0.670 83 N 0.170 0.010 0.002 0.047 0.025 0.031 0.201 0.010 0.002 0.115 0.386 84 P 0.047 0.006 0.002 0.042 0.004 0.006 0.163 0.002 0.001 0.055 0.672 85 D 0.005 0.006 0.001 0.263 0.049 0.055 0.134 0.002 0.001 0.057 0.428 86 V 0.002 0.002 0.001 0.444 0.026 0.043 0.078 0.001 0.001 0.098 0.305 87 V 0.001 0.001 0.001 0.811 0.057 0.043 0.011 0.001 0.001 0.049 0.029 88 F 0.001 0.001 0.001 0.805 0.037 0.054 0.010 0.001 0.001 0.032 0.060 89 L 0.002 0.001 0.001 0.777 0.055 0.059 0.013 0.001 0.001 0.026 0.067 90 W 0.005 0.001 0.001 0.646 0.034 0.073 0.039 0.001 0.001 0.085 0.116 91 I 0.006 0.010 0.001 0.366 0.044 0.085 0.119 0.001 0.001 0.070 0.298 92 G 0.139 0.406 0.003 0.057 0.039 0.038 0.082 0.011 0.004 0.021 0.200 93 G 0.173 0.483 0.004 0.009 0.011 0.015 0.046 0.040 0.001 0.013 0.203 94 N 0.055 0.297 0.002 0.009 0.010 0.017 0.071 0.018 0.002 0.090 0.429 95 D 0.108 0.113 0.067 0.010 0.011 0.019 0.058 0.015 0.024 0.413 0.161 96 L 0.390 0.050 0.019 0.009 0.011 0.017 0.080 0.020 0.008 0.168 0.226 97 L 0.127 0.017 0.007 0.016 0.017 0.035 0.102 0.006 0.006 0.051 0.616 98 L 0.051 0.011 0.001 0.013 0.004 0.007 0.088 0.001 0.001 0.015 0.809 99 N 0.036 0.011 0.001 0.008 0.010 0.019 0.141 0.010 0.001 0.053 0.713 100 G 0.032 0.016 0.001 0.005 0.003 0.008 0.153 0.008 0.001 0.048 0.727 101 N 0.102 0.044 0.003 0.029 0.005 0.010 0.120 0.003 0.001 0.197 0.486 102 L 0.022 0.239 0.003 0.022 0.007 0.012 0.086 0.003 0.001 0.137 0.467 103 N 0.064 0.732 0.001 0.003 0.002 0.004 0.021 0.009 0.001 0.018 0.145 104 A 0.057 0.359 0.003 0.010 0.002 0.003 0.025 0.006 0.001 0.403 0.132 105 T 0.009 0.297 0.002 0.002 0.002 0.002 0.036 0.003 0.001 0.528 0.119 106 G 0.018 0.883 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 0.001 0.037 0.042 107 L 0.011 0.931 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.014 0.032 108 S 0.015 0.869 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.046 0.055 109 N 0.002 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.015 0.020 110 L 0.006 0.968 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.003 0.008 111 I 0.035 0.855 0.002 0.002 0.001 0.001 0.006 0.004 0.001 0.065 0.030 112 D 0.026 0.314 0.009 0.004 0.001 0.001 0.032 0.002 0.003 0.499 0.111 113 Q 0.068 0.381 0.034 0.008 0.001 0.002 0.061 0.036 0.008 0.295 0.104 114 I 0.206 0.218 0.047 0.021 0.003 0.007 0.067 0.053 0.028 0.127 0.224 115 F 0.152 0.019 0.004 0.011 0.005 0.010 0.111 0.003 0.003 0.052 0.629 116 T 0.016 0.003 0.001 0.008 0.003 0.010 0.111 0.001 0.001 0.029 0.817 117 V 0.052 0.003 0.005 0.017 0.003 0.007 0.158 0.005 0.003 0.064 0.684 118 K 0.361 0.004 0.004 0.020 0.002 0.005 0.132 0.005 0.004 0.095 0.368 119 P 0.033 0.003 0.001 0.014 0.001 0.002 0.120 0.001 0.001 0.028 0.796 120 N 0.007 0.002 0.001 0.055 0.013 0.019 0.158 0.002 0.001 0.033 0.710 121 V 0.003 0.004 0.001 0.328 0.042 0.048 0.096 0.001 0.001 0.097 0.380 122 T 0.001 0.001 0.001 0.711 0.062 0.081 0.017 0.001 0.001 0.061 0.066 123 L 0.001 0.001 0.001 0.742 0.062 0.051 0.012 0.001 0.001 0.030 0.100 124 F 0.001 0.001 0.001 0.829 0.063 0.048 0.009 0.001 0.001 0.018 0.032 125 V 0.015 0.001 0.001 0.671 0.031 0.073 0.034 0.001 0.001 0.064 0.108 126 A 0.039 0.001 0.001 0.431 0.029 0.072 0.099 0.002 0.001 0.058 0.267 127 D 0.010 0.002 0.001 0.165 0.032 0.148 0.179 0.002 0.001 0.039 0.422 128 Y 0.031 0.004 0.001 0.074 0.045 0.060 0.168 0.001 0.001 0.038 0.579 129 Y 0.009 0.005 0.001 0.039 0.111 0.095 0.196 0.002 0.001 0.044 0.497 130 P 0.023 0.045 0.002 0.008 0.008 0.010 0.110 0.003 0.002 0.027 0.762 131 W 0.254 0.503 0.002 0.002 0.003 0.003 0.028 0.041 0.001 0.026 0.137 132 P 0.198 0.530 0.002 0.001 0.001 0.001 0.023 0.006 0.001 0.043 0.195 133 E 0.028 0.680 0.007 0.003 0.002 0.005 0.034 0.003 0.001 0.035 0.202 134 A 0.033 0.795 0.002 0.001 0.004 0.005 0.016 0.008 0.001 0.016 0.118 135 I 0.101 0.676 0.001 0.002 0.005 0.004 0.014 0.012 0.001 0.094 0.091 136 K 0.022 0.768 0.004 0.003 0.002 0.004 0.023 0.003 0.002 0.066 0.104 137 Q 0.052 0.695 0.023 0.003 0.003 0.006 0.024 0.011 0.006 0.059 0.118 138 Y 0.119 0.640 0.010 0.004 0.003 0.005 0.021 0.037 0.003 0.041 0.118 139 N 0.259 0.178 0.003 0.006 0.005 0.010 0.054 0.005 0.002 0.118 0.359 140 A 0.027 0.232 0.013 0.020 0.003 0.007 0.101 0.002 0.004 0.061 0.529 141 V 0.049 0.487 0.012 0.006 0.003 0.005 0.067 0.013 0.004 0.025 0.329 142 I 0.186 0.641 0.003 0.002 0.002 0.002 0.020 0.030 0.001 0.021 0.091 143 P 0.130 0.514 0.002 0.005 0.002 0.003 0.046 0.007 0.001 0.034 0.258 144 G 0.026 0.606 0.006 0.010 0.002 0.005 0.045 0.003 0.001 0.048 0.249 145 I 0.018 0.810 0.005 0.005 0.003 0.003 0.023 0.010 0.001 0.016 0.104 146 V 0.025 0.900 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.011 0.001 0.005 0.048 147 Q 0.040 0.713 0.003 0.004 0.003 0.004 0.013 0.007 0.001 0.082 0.130 148 Q 0.012 0.751 0.015 0.003 0.002 0.004 0.017 0.003 0.007 0.101 0.086 149 K 0.073 0.267 0.278 0.001 0.002 0.004 0.024 0.021 0.161 0.074 0.096 150 A 0.570 0.047 0.031 0.001 0.002 0.003 0.021 0.028 0.029 0.033 0.236 151 N 0.253 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.034 0.002 0.001 0.019 0.680 152 A 0.011 0.003 0.001 0.006 0.001 0.003 0.056 0.001 0.001 0.012 0.906 153 G 0.009 0.004 0.003 0.010 0.004 0.008 0.096 0.001 0.001 0.020 0.844 154 K 0.014 0.002 0.001 0.015 0.048 0.029 0.101 0.003 0.001 0.040 0.746 155 K 0.017 0.003 0.001 0.061 0.039 0.047 0.097 0.003 0.001 0.046 0.685 156 V 0.010 0.004 0.001 0.140 0.056 0.066 0.103 0.002 0.001 0.038 0.579 157 Y 0.006 0.005 0.001 0.251 0.071 0.082 0.097 0.003 0.001 0.028 0.456 158 F 0.014 0.003 0.001 0.188 0.111 0.091 0.071 0.003 0.001 0.048 0.470 159 V 0.005 0.006 0.001 0.234 0.096 0.094 0.075 0.002 0.001 0.019 0.469 160 K 0.081 0.047 0.007 0.134 0.084 0.123 0.076 0.008 0.004 0.040 0.396 161 L 0.195 0.064 0.006 0.065 0.064 0.061 0.065 0.017 0.003 0.055 0.404 162 S 0.106 0.040 0.002 0.042 0.057 0.086 0.089 0.009 0.001 0.041 0.526 163 E 0.057 0.029 0.005 0.066 0.030 0.066 0.098 0.004 0.002 0.041 0.603 164 I 0.041 0.019 0.003 0.059 0.060 0.074 0.120 0.005 0.001 0.042 0.577 165 Q 0.089 0.019 0.002 0.037 0.038 0.045 0.113 0.005 0.001 0.055 0.597 166 F 0.047 0.010 0.001 0.032 0.025 0.030 0.123 0.002 0.001 0.052 0.677 167 D 0.028 0.026 0.002 0.029 0.023 0.040 0.161 0.004 0.001 0.050 0.637 168 R 0.109 0.067 0.003 0.021 0.013 0.020 0.129 0.011 0.002 0.062 0.562 169 N 0.207 0.059 0.003 0.017 0.014 0.018 0.106 0.014 0.001 0.145 0.415 170 T 0.092 0.045 0.002 0.023 0.015 0.034 0.125 0.007 0.001 0.115 0.540 171 D 0.120 0.034 0.007 0.043 0.018 0.043 0.133 0.004 0.003 0.088 0.508 172 I 0.085 0.015 0.008 0.061 0.036 0.052 0.147 0.006 0.003 0.075 0.511 173 S 0.194 0.013 0.001 0.025 0.020 0.027 0.116 0.008 0.001 0.052 0.542 174 W 0.064 0.010 0.001 0.037 0.012 0.019 0.155 0.008 0.001 0.040 0.654 175 D 0.017 0.006 0.001 0.073 0.019 0.045 0.192 0.005 0.001 0.048 0.594 176 G 0.020 0.006 0.001 0.126 0.042 0.078 0.171 0.002 0.001 0.066 0.488 177 L 0.004 0.003 0.001 0.141 0.065 0.090 0.145 0.001 0.001 0.035 0.516 178 H 0.074 0.051 0.003 0.128 0.052 0.067 0.128 0.002 0.002 0.080 0.413 179 L 0.048 0.111 0.005 0.052 0.009 0.018 0.148 0.007 0.003 0.098 0.500 180 S 0.078 0.693 0.001 0.004 0.001 0.002 0.031 0.005 0.001 0.049 0.135 181 E 0.072 0.836 0.001 0.002 0.001 0.002 0.012 0.003 0.001 0.017 0.054 182 I 0.010 0.851 0.001 0.002 0.004 0.004 0.016 0.002 0.001 0.018 0.092 183 G 0.003 0.972 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.014 184 Y 0.021 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.018 0.017 185 K 0.006 0.392 0.003 0.002 0.002 0.003 0.007 0.001 0.001 0.560 0.024 186 K 0.009 0.815 0.004 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.001 0.132 0.026 187 I 0.009 0.911 0.011 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.002 0.033 0.022 188 A 0.007 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.010 0.023 189 N 0.003 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.024 190 I 0.014 0.927 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.023 0.025 191 W 0.005 0.110 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.865 0.012 192 Y 0.007 0.741 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.202 0.037 193 K 0.008 0.894 0.005 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.001 0.044 0.037 194 Y 0.004 0.956 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.009 0.021 195 T 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 196 I 0.010 0.946 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.014 0.018 197 D 0.013 0.881 0.007 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.005 0.055 0.029 198 I 0.065 0.693 0.046 0.001 0.001 0.001 0.020 0.015 0.020 0.054 0.084 199 L 0.172 0.530 0.016 0.002 0.001 0.001 0.030 0.025 0.008 0.082 0.134 200 R 0.071 0.150 0.033 0.005 0.001 0.004 0.098 0.007 0.030 0.109 0.494 201 A 0.104 0.059 0.020 0.006 0.002 0.006 0.063 0.006 0.008 0.049 0.679 202 L 0.226 0.026 0.004 0.004 0.002 0.007 0.060 0.009 0.003 0.073 0.586 203 A 0.096 0.008 0.002 0.005 0.002 0.005 0.062 0.002 0.001 0.027 0.790 204 G 0.024 0.008 0.001 0.008 0.002 0.005 0.052 0.001 0.001 0.012 0.887 205 E 0.018 0.003 0.001 0.005 0.020 0.019 0.105 0.007 0.001 0.025 0.797