# TARGET T0286 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t3c1-near-backbone-11-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0286.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 83 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.107 0.071 0.084 0.087 0.075 0.087 0.148 0.111 0.096 0.077 0.057 2 A 0.178 0.229 0.093 0.171 0.122 0.087 0.068 0.030 0.014 0.006 0.003 3 S 0.258 0.177 0.191 0.155 0.097 0.056 0.032 0.016 0.011 0.005 0.002 4 K 0.173 0.109 0.083 0.150 0.137 0.123 0.115 0.054 0.030 0.018 0.009 5 T 0.189 0.183 0.101 0.189 0.143 0.091 0.049 0.030 0.017 0.006 0.002 6 I 0.002 0.002 0.005 0.008 0.015 0.041 0.114 0.147 0.209 0.232 0.226 7 K 0.021 0.055 0.083 0.201 0.196 0.164 0.134 0.072 0.039 0.021 0.014 8 I 0.001 0.001 0.007 0.012 0.016 0.027 0.083 0.123 0.201 0.282 0.248 9 M 0.002 0.004 0.008 0.018 0.031 0.050 0.114 0.176 0.191 0.198 0.208 10 P 0.002 0.005 0.006 0.021 0.029 0.042 0.099 0.149 0.225 0.220 0.202 11 V 0.002 0.005 0.007 0.023 0.042 0.062 0.118 0.135 0.193 0.203 0.210 12 G 0.007 0.011 0.008 0.041 0.061 0.083 0.155 0.148 0.203 0.155 0.128 13 D 0.002 0.004 0.004 0.029 0.045 0.065 0.168 0.160 0.184 0.176 0.162 14 S 0.002 0.003 0.004 0.011 0.015 0.019 0.061 0.107 0.202 0.268 0.309 15 C 0.001 0.002 0.004 0.011 0.020 0.029 0.089 0.145 0.213 0.232 0.252 16 T 0.007 0.012 0.022 0.034 0.047 0.057 0.114 0.140 0.192 0.185 0.191 17 E 0.017 0.029 0.021 0.085 0.116 0.135 0.201 0.131 0.117 0.083 0.066 18 G 0.085 0.063 0.035 0.086 0.084 0.087 0.130 0.108 0.137 0.109 0.076 19 M 0.080 0.062 0.020 0.098 0.098 0.108 0.169 0.115 0.103 0.081 0.065 20 G 0.137 0.117 0.036 0.099 0.100 0.100 0.126 0.099 0.086 0.059 0.041 21 G 0.123 0.098 0.036 0.116 0.101 0.093 0.124 0.092 0.085 0.068 0.065 22 G 0.308 0.184 0.058 0.132 0.097 0.069 0.060 0.033 0.029 0.018 0.013 23 E 0.195 0.173 0.048 0.157 0.119 0.088 0.084 0.047 0.042 0.028 0.018 24 M 0.148 0.113 0.034 0.113 0.113 0.117 0.139 0.083 0.070 0.043 0.028 25 G 0.264 0.120 0.065 0.160 0.117 0.085 0.076 0.046 0.036 0.020 0.010 26 S 0.196 0.103 0.095 0.150 0.102 0.095 0.100 0.062 0.048 0.030 0.020 27 Y 0.017 0.078 0.041 0.075 0.082 0.102 0.158 0.143 0.138 0.095 0.071 28 R 0.014 0.032 0.027 0.086 0.100 0.144 0.243 0.136 0.103 0.068 0.047 29 T 0.300 0.099 0.213 0.193 0.098 0.048 0.026 0.012 0.007 0.004 0.001 30 E 0.089 0.096 0.096 0.253 0.185 0.141 0.092 0.032 0.011 0.003 0.001 31 L 0.001 0.002 0.004 0.003 0.004 0.009 0.043 0.100 0.261 0.310 0.262 32 Y 0.002 0.006 0.017 0.047 0.131 0.242 0.325 0.118 0.062 0.037 0.015 33 R 0.023 0.026 0.784 0.115 0.033 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 34 L 0.002 0.005 0.027 0.086 0.104 0.193 0.403 0.128 0.033 0.014 0.004 35 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.017 0.053 0.196 0.340 0.389 36 T 0.009 0.039 0.125 0.221 0.244 0.172 0.141 0.030 0.010 0.006 0.002 37 Q 0.042 0.065 0.724 0.094 0.041 0.019 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 38 A 0.123 0.070 0.053 0.122 0.114 0.152 0.234 0.080 0.033 0.013 0.006 39 G 0.575 0.198 0.052 0.060 0.040 0.027 0.018 0.016 0.009 0.003 0.001 40 L 0.035 0.026 0.016 0.030 0.052 0.088 0.158 0.195 0.163 0.127 0.109 41 S 0.232 0.339 0.124 0.169 0.088 0.031 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 42 I 0.011 0.008 0.008 0.020 0.031 0.056 0.120 0.122 0.198 0.224 0.202 43 D 0.154 0.172 0.066 0.229 0.168 0.093 0.057 0.028 0.017 0.009 0.006 44 F 0.003 0.005 0.004 0.021 0.024 0.043 0.126 0.149 0.211 0.232 0.181 45 V 0.025 0.035 0.025 0.058 0.072 0.084 0.121 0.163 0.150 0.141 0.126 46 G 0.040 0.056 0.034 0.106 0.092 0.095 0.132 0.131 0.137 0.100 0.077 47 S 0.070 0.066 0.035 0.092 0.103 0.099 0.126 0.103 0.113 0.103 0.089 48 Q 0.181 0.138 0.038 0.142 0.115 0.087 0.098 0.061 0.065 0.044 0.031 49 R 0.155 0.122 0.030 0.139 0.120 0.102 0.120 0.076 0.064 0.045 0.027 50 S 0.185 0.121 0.041 0.109 0.102 0.094 0.101 0.083 0.073 0.053 0.038 51 G 0.157 0.126 0.041 0.133 0.118 0.107 0.113 0.076 0.063 0.039 0.027 52 P 0.194 0.125 0.061 0.128 0.108 0.087 0.089 0.067 0.062 0.046 0.032 53 S 0.087 0.072 0.029 0.091 0.096 0.105 0.148 0.108 0.104 0.085 0.075 54 S 0.210 0.196 0.063 0.158 0.113 0.080 0.067 0.044 0.035 0.020 0.012 55 L 0.085 0.063 0.026 0.085 0.088 0.099 0.142 0.115 0.112 0.101 0.084 56 P 0.257 0.194 0.055 0.140 0.110 0.081 0.063 0.039 0.032 0.018 0.011 57 D 0.149 0.121 0.048 0.154 0.118 0.097 0.107 0.069 0.065 0.045 0.028 58 K 0.113 0.074 0.036 0.090 0.100 0.107 0.140 0.102 0.097 0.079 0.062 59 D 0.128 0.135 0.068 0.189 0.130 0.098 0.097 0.056 0.049 0.030 0.019 60 H 0.059 0.059 0.048 0.107 0.105 0.111 0.159 0.111 0.099 0.085 0.057 61 E 0.069 0.061 0.045 0.103 0.102 0.104 0.141 0.106 0.106 0.090 0.073 62 G 0.131 0.124 0.068 0.163 0.129 0.108 0.106 0.067 0.053 0.033 0.018 63 H 0.054 0.055 0.031 0.080 0.091 0.102 0.138 0.130 0.123 0.110 0.084 64 S 0.090 0.075 0.029 0.086 0.095 0.109 0.147 0.116 0.115 0.078 0.059 65 G 0.216 0.140 0.073 0.173 0.122 0.081 0.066 0.045 0.041 0.027 0.016 66 W 0.062 0.047 0.025 0.063 0.077 0.101 0.158 0.125 0.133 0.113 0.097 67 T 0.093 0.169 0.045 0.158 0.118 0.098 0.108 0.077 0.063 0.040 0.030 68 I 0.040 0.041 0.022 0.075 0.083 0.105 0.175 0.128 0.129 0.114 0.089 69 P 0.327 0.152 0.101 0.160 0.103 0.062 0.041 0.022 0.018 0.010 0.005 70 Q 0.108 0.100 0.054 0.182 0.143 0.125 0.133 0.065 0.048 0.027 0.014 71 I 0.014 0.019 0.015 0.029 0.035 0.052 0.131 0.138 0.186 0.201 0.181 72 A 0.049 0.059 0.052 0.144 0.136 0.134 0.172 0.098 0.075 0.050 0.032 73 S 0.137 0.102 0.233 0.181 0.121 0.084 0.061 0.032 0.026 0.016 0.008 74 N 0.046 0.058 0.052 0.127 0.125 0.135 0.190 0.107 0.076 0.052 0.033 75 I 0.021 0.025 0.014 0.037 0.043 0.063 0.152 0.169 0.188 0.164 0.123 76 N 0.073 0.064 0.060 0.130 0.131 0.127 0.144 0.097 0.082 0.055 0.038 77 N 0.187 0.135 0.196 0.191 0.125 0.073 0.045 0.020 0.015 0.008 0.004 78 W 0.040 0.033 0.023 0.080 0.092 0.108 0.204 0.143 0.124 0.094 0.059 79 L 0.046 0.035 0.026 0.045 0.049 0.063 0.136 0.143 0.169 0.148 0.139 80 N 0.091 0.154 0.094 0.211 0.146 0.104 0.094 0.049 0.030 0.017 0.010 81 T 0.179 0.149 0.124 0.150 0.127 0.094 0.070 0.045 0.032 0.020 0.011 82 H 0.201 0.110 0.037 0.118 0.106 0.106 0.123 0.077 0.060 0.037 0.023 83 N 0.241 0.240 0.055 0.176 0.129 0.076 0.039 0.023 0.014 0.006 0.002 84 P 0.006 0.007 0.005 0.017 0.029 0.061 0.131 0.147 0.199 0.202 0.195 85 D 0.021 0.058 0.033 0.163 0.193 0.183 0.158 0.090 0.055 0.028 0.019 86 V 0.001 0.002 0.005 0.026 0.034 0.055 0.149 0.146 0.193 0.203 0.187 87 V 0.001 0.001 0.002 0.007 0.016 0.022 0.079 0.144 0.207 0.252 0.268 88 F 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.013 0.056 0.128 0.242 0.264 0.284 89 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.007 0.027 0.079 0.230 0.305 0.345 90 W 0.001 0.001 0.004 0.012 0.038 0.072 0.192 0.250 0.201 0.131 0.099 91 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.036 0.089 0.228 0.285 0.347 92 G 0.001 0.001 0.004 0.012 0.030 0.061 0.174 0.214 0.206 0.160 0.139 93 G 0.001 0.002 0.005 0.011 0.016 0.029 0.091 0.127 0.217 0.237 0.265 94 N 0.002 0.003 0.006 0.021 0.045 0.088 0.215 0.175 0.182 0.136 0.127 95 D 0.004 0.007 0.012 0.037 0.045 0.055 0.147 0.144 0.190 0.183 0.176 96 L 0.003 0.004 0.008 0.019 0.025 0.037 0.122 0.125 0.201 0.222 0.234 97 L 0.011 0.012 0.023 0.041 0.051 0.063 0.149 0.142 0.178 0.172 0.160 98 L 0.022 0.038 0.038 0.096 0.097 0.112 0.201 0.129 0.111 0.086 0.069 99 N 0.086 0.108 0.062 0.128 0.126 0.117 0.135 0.091 0.071 0.046 0.028 100 G 0.157 0.085 0.036 0.103 0.102 0.107 0.142 0.091 0.085 0.056 0.036 101 N 0.438 0.162 0.066 0.124 0.085 0.052 0.034 0.017 0.013 0.006 0.003 102 L 0.075 0.069 0.032 0.094 0.099 0.121 0.186 0.113 0.094 0.066 0.050 103 N 0.064 0.125 0.059 0.118 0.102 0.100 0.138 0.106 0.087 0.058 0.045 104 A 0.062 0.051 0.053 0.125 0.125 0.133 0.172 0.100 0.082 0.057 0.038 105 T 0.312 0.131 0.179 0.171 0.090 0.052 0.032 0.015 0.010 0.005 0.002 106 G 0.030 0.065 0.037 0.132 0.133 0.144 0.202 0.112 0.078 0.044 0.023 107 L 0.007 0.010 0.011 0.020 0.025 0.046 0.140 0.153 0.212 0.203 0.172 108 S 0.114 0.082 0.183 0.224 0.166 0.105 0.069 0.027 0.017 0.009 0.004 109 N 0.083 0.098 0.264 0.221 0.135 0.096 0.061 0.024 0.011 0.005 0.002 110 L 0.005 0.012 0.017 0.023 0.030 0.052 0.155 0.180 0.210 0.180 0.135 111 I 0.009 0.013 0.015 0.033 0.056 0.112 0.234 0.197 0.157 0.105 0.069 112 D 0.089 0.094 0.443 0.199 0.101 0.043 0.017 0.007 0.004 0.002 0.001 113 Q 0.015 0.021 0.059 0.116 0.136 0.184 0.263 0.108 0.054 0.030 0.014 114 I 0.005 0.004 0.014 0.013 0.013 0.021 0.087 0.111 0.237 0.263 0.232 115 F 0.014 0.019 0.067 0.110 0.120 0.146 0.263 0.114 0.073 0.050 0.025 116 T 0.033 0.061 0.453 0.160 0.094 0.068 0.059 0.028 0.020 0.015 0.008 117 V 0.037 0.062 0.060 0.107 0.107 0.150 0.241 0.118 0.065 0.036 0.018 118 K 0.289 0.168 0.075 0.115 0.086 0.070 0.073 0.056 0.037 0.022 0.011 119 P 0.306 0.161 0.058 0.125 0.104 0.086 0.072 0.043 0.026 0.013 0.007 120 N 0.315 0.263 0.085 0.147 0.106 0.050 0.018 0.009 0.005 0.002 0.001 121 V 0.005 0.005 0.004 0.013 0.025 0.054 0.138 0.135 0.206 0.207 0.207 122 T 0.024 0.056 0.041 0.199 0.218 0.176 0.143 0.073 0.040 0.018 0.010 123 L 0.001 0.001 0.005 0.013 0.017 0.030 0.103 0.136 0.203 0.252 0.242 124 F 0.001 0.001 0.007 0.012 0.023 0.032 0.097 0.180 0.200 0.225 0.223 125 V 0.001 0.001 0.002 0.004 0.006 0.010 0.043 0.110 0.237 0.294 0.293 126 A 0.001 0.002 0.012 0.011 0.025 0.040 0.092 0.145 0.229 0.231 0.212 127 D 0.007 0.023 0.033 0.103 0.155 0.176 0.202 0.133 0.097 0.047 0.025 128 Y 0.003 0.003 0.005 0.012 0.017 0.034 0.110 0.137 0.223 0.241 0.214 129 Y 0.047 0.031 0.021 0.071 0.080 0.104 0.189 0.153 0.130 0.096 0.078 130 P 0.049 0.079 0.054 0.113 0.090 0.097 0.148 0.108 0.109 0.082 0.071 131 W 0.028 0.061 0.025 0.074 0.087 0.112 0.192 0.136 0.115 0.088 0.082 132 P 0.197 0.109 0.038 0.139 0.120 0.099 0.118 0.066 0.056 0.035 0.023 133 E 0.524 0.152 0.080 0.128 0.059 0.028 0.015 0.006 0.004 0.002 0.001 134 A 0.079 0.126 0.043 0.130 0.127 0.127 0.155 0.093 0.068 0.035 0.017 135 I 0.011 0.016 0.014 0.029 0.039 0.070 0.180 0.164 0.188 0.157 0.132 136 K 0.115 0.103 0.245 0.243 0.145 0.077 0.044 0.014 0.007 0.004 0.001 137 Q 0.065 0.085 0.310 0.230 0.134 0.090 0.053 0.020 0.009 0.004 0.001 138 Y 0.005 0.007 0.018 0.018 0.023 0.051 0.176 0.177 0.219 0.183 0.124 139 N 0.028 0.033 0.069 0.108 0.136 0.167 0.225 0.106 0.069 0.041 0.019 140 A 0.068 0.064 0.517 0.174 0.074 0.045 0.030 0.013 0.008 0.005 0.002 141 V 0.028 0.070 0.118 0.156 0.141 0.157 0.185 0.083 0.035 0.018 0.008 142 I 0.006 0.008 0.007 0.011 0.017 0.044 0.144 0.192 0.230 0.196 0.144 143 P 0.155 0.125 0.160 0.243 0.163 0.086 0.042 0.014 0.008 0.003 0.001 144 G 0.218 0.100 0.258 0.175 0.101 0.067 0.043 0.020 0.011 0.005 0.002 145 I 0.010 0.021 0.019 0.044 0.052 0.079 0.191 0.177 0.178 0.127 0.102 146 V 0.005 0.011 0.013 0.020 0.027 0.060 0.173 0.197 0.215 0.160 0.120 147 Q 0.039 0.062 0.262 0.261 0.187 0.096 0.055 0.019 0.011 0.006 0.003 148 Q 0.115 0.078 0.294 0.185 0.113 0.094 0.070 0.027 0.015 0.007 0.002 149 K 0.020 0.026 0.034 0.074 0.062 0.087 0.216 0.156 0.159 0.106 0.059 150 A 0.016 0.020 0.035 0.036 0.053 0.105 0.256 0.167 0.141 0.109 0.062 151 N 0.062 0.120 0.390 0.251 0.104 0.043 0.020 0.006 0.003 0.001 0.001 152 A 0.152 0.130 0.263 0.151 0.100 0.089 0.068 0.029 0.012 0.005 0.002 153 G 0.169 0.102 0.065 0.092 0.086 0.102 0.145 0.104 0.074 0.040 0.021 154 K 0.219 0.161 0.113 0.140 0.115 0.103 0.077 0.034 0.023 0.010 0.005 155 K 0.121 0.108 0.221 0.197 0.130 0.088 0.065 0.030 0.021 0.012 0.005 156 V 0.057 0.053 0.092 0.126 0.116 0.135 0.180 0.101 0.067 0.044 0.027 157 Y 0.014 0.023 0.032 0.055 0.060 0.092 0.179 0.167 0.158 0.128 0.093 158 F 0.020 0.040 0.061 0.104 0.098 0.111 0.155 0.133 0.117 0.093 0.066 159 V 0.025 0.026 0.046 0.071 0.082 0.107 0.158 0.123 0.141 0.124 0.097 160 K 0.083 0.103 0.073 0.200 0.151 0.120 0.118 0.064 0.047 0.028 0.015 161 L 0.015 0.021 0.015 0.047 0.052 0.067 0.146 0.149 0.178 0.175 0.136 162 S 0.033 0.031 0.020 0.050 0.063 0.084 0.151 0.148 0.167 0.140 0.112 163 E 0.119 0.122 0.113 0.219 0.158 0.102 0.073 0.037 0.030 0.017 0.009 164 I 0.040 0.035 0.042 0.082 0.092 0.114 0.185 0.120 0.119 0.101 0.070 165 Q 0.060 0.064 0.038 0.102 0.091 0.093 0.159 0.122 0.116 0.088 0.066 166 F 0.042 0.044 0.033 0.074 0.079 0.102 0.180 0.138 0.129 0.103 0.074 167 D 0.170 0.164 0.127 0.173 0.120 0.082 0.065 0.039 0.029 0.019 0.013 168 R 0.139 0.120 0.048 0.137 0.123 0.116 0.132 0.073 0.056 0.035 0.021 169 N 0.252 0.155 0.054 0.121 0.099 0.078 0.079 0.056 0.052 0.034 0.021 170 T 0.168 0.111 0.045 0.137 0.123 0.115 0.120 0.068 0.056 0.035 0.022 171 D 0.169 0.130 0.094 0.152 0.125 0.099 0.084 0.053 0.047 0.029 0.017 172 I 0.038 0.037 0.036 0.086 0.087 0.108 0.179 0.124 0.119 0.102 0.084 173 S 0.050 0.065 0.053 0.104 0.096 0.103 0.145 0.119 0.109 0.089 0.068 174 W 0.027 0.040 0.033 0.081 0.087 0.107 0.158 0.135 0.130 0.113 0.092 175 D 0.068 0.071 0.049 0.114 0.108 0.110 0.134 0.097 0.102 0.082 0.064 176 G 0.096 0.072 0.041 0.134 0.130 0.120 0.131 0.085 0.089 0.063 0.039 177 L 0.046 0.036 0.024 0.066 0.075 0.090 0.149 0.122 0.155 0.132 0.106 178 H 0.037 0.044 0.027 0.094 0.084 0.094 0.168 0.131 0.123 0.104 0.093 179 L 0.023 0.034 0.028 0.058 0.061 0.071 0.134 0.132 0.153 0.158 0.148 180 S 0.076 0.100 0.064 0.129 0.122 0.118 0.126 0.088 0.084 0.055 0.039 181 E 0.148 0.097 0.057 0.152 0.138 0.120 0.118 0.063 0.056 0.033 0.019 182 I 0.169 0.091 0.045 0.138 0.114 0.109 0.132 0.078 0.061 0.040 0.023 183 G 0.040 0.083 0.041 0.104 0.099 0.100 0.147 0.121 0.123 0.085 0.056 184 Y 0.009 0.016 0.020 0.041 0.052 0.090 0.183 0.151 0.172 0.147 0.121 185 K 0.068 0.064 0.155 0.212 0.178 0.127 0.103 0.039 0.029 0.017 0.009 186 K 0.052 0.058 0.118 0.251 0.152 0.130 0.142 0.055 0.024 0.013 0.005 187 I 0.001 0.004 0.008 0.011 0.014 0.022 0.083 0.132 0.226 0.274 0.225 188 A 0.003 0.006 0.011 0.021 0.040 0.098 0.213 0.204 0.191 0.132 0.082 189 N 0.048 0.066 0.372 0.236 0.149 0.073 0.031 0.012 0.008 0.004 0.001 190 I 0.013 0.020 0.045 0.116 0.127 0.191 0.287 0.120 0.046 0.025 0.011 191 W 0.001 0.002 0.004 0.004 0.005 0.009 0.040 0.100 0.251 0.304 0.281 192 Y 0.001 0.002 0.006 0.015 0.039 0.120 0.287 0.200 0.161 0.104 0.064 193 K 0.038 0.048 0.525 0.229 0.096 0.037 0.016 0.006 0.003 0.002 0.001 194 Y 0.001 0.004 0.007 0.037 0.070 0.160 0.374 0.200 0.085 0.044 0.019 195 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.047 0.214 0.325 0.397 196 I 0.003 0.005 0.024 0.056 0.155 0.248 0.319 0.104 0.048 0.028 0.010 197 D 0.018 0.041 0.590 0.206 0.085 0.036 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 198 I 0.001 0.001 0.004 0.007 0.011 0.033 0.196 0.186 0.236 0.189 0.137 199 L 0.002 0.002 0.009 0.007 0.012 0.029 0.130 0.167 0.235 0.249 0.159 200 R 0.012 0.028 0.445 0.221 0.141 0.080 0.051 0.010 0.006 0.004 0.001 201 A 0.033 0.057 0.401 0.193 0.114 0.101 0.074 0.019 0.006 0.002 0.001 202 L 0.013 0.012 0.018 0.023 0.022 0.044 0.198 0.206 0.200 0.160 0.105 203 A 0.135 0.104 0.067 0.089 0.094 0.123 0.173 0.108 0.057 0.031 0.019 204 G 0.253 0.185 0.325 0.140 0.061 0.021 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 205 E 0.292 0.139 0.109 0.132 0.112 0.089 0.074 0.027 0.015 0.007 0.003