# TARGET T0286 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0286.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 83 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.138 0.043 0.014 0.017 0.025 0.031 0.041 0.007 0.001 0.004 0.680 2 A 0.025 0.008 0.003 0.009 0.014 0.018 0.057 0.003 0.001 0.002 0.859 3 S 0.112 0.004 0.006 0.016 0.010 0.024 0.072 0.003 0.001 0.010 0.743 4 K 0.162 0.004 0.009 0.043 0.046 0.031 0.109 0.002 0.001 0.008 0.585 5 T 0.053 0.002 0.006 0.096 0.030 0.034 0.123 0.001 0.001 0.005 0.651 6 I 0.020 0.001 0.006 0.294 0.122 0.211 0.080 0.001 0.001 0.004 0.261 7 K 0.004 0.001 0.001 0.554 0.163 0.195 0.044 0.001 0.001 0.001 0.037 8 I 0.005 0.003 0.001 0.372 0.082 0.169 0.042 0.001 0.001 0.002 0.324 9 M 0.002 0.001 0.001 0.564 0.190 0.201 0.018 0.001 0.001 0.001 0.023 10 P 0.001 0.001 0.001 0.031 0.006 0.014 0.008 0.001 0.001 0.001 0.941 11 V 0.003 0.001 0.001 0.202 0.123 0.302 0.108 0.001 0.001 0.006 0.255 12 G 0.123 0.005 0.001 0.064 0.046 0.106 0.123 0.001 0.001 0.034 0.497 13 D 0.119 0.035 0.001 0.066 0.082 0.084 0.118 0.002 0.001 0.011 0.483 14 S 0.052 0.017 0.003 0.043 0.068 0.116 0.138 0.001 0.001 0.009 0.551 15 C 0.117 0.052 0.003 0.077 0.158 0.200 0.151 0.004 0.001 0.013 0.223 16 T 0.132 0.081 0.008 0.037 0.110 0.159 0.191 0.005 0.001 0.014 0.262 17 E 0.052 0.059 0.013 0.035 0.099 0.116 0.113 0.005 0.001 0.008 0.499 18 G 0.106 0.022 0.007 0.035 0.067 0.106 0.249 0.007 0.001 0.025 0.375 19 M 0.125 0.015 0.047 0.033 0.048 0.063 0.143 0.003 0.001 0.014 0.509 20 G 0.015 0.008 0.005 0.041 0.050 0.062 0.128 0.001 0.001 0.004 0.686 21 G 0.037 0.004 0.003 0.027 0.031 0.068 0.121 0.001 0.001 0.008 0.699 22 G 0.048 0.007 0.001 0.017 0.019 0.026 0.088 0.001 0.001 0.005 0.789 23 E 0.114 0.017 0.003 0.016 0.022 0.037 0.162 0.001 0.001 0.014 0.616 24 M 0.125 0.028 0.003 0.020 0.026 0.047 0.182 0.002 0.001 0.012 0.555 25 G 0.190 0.033 0.003 0.025 0.021 0.025 0.105 0.005 0.001 0.012 0.581 26 S 0.230 0.036 0.048 0.023 0.015 0.032 0.118 0.001 0.001 0.014 0.482 27 Y 0.022 0.020 0.009 0.038 0.043 0.062 0.160 0.001 0.001 0.003 0.642 28 R 0.026 0.026 0.004 0.044 0.020 0.053 0.110 0.001 0.001 0.004 0.712 29 T 0.018 0.082 0.001 0.032 0.017 0.026 0.128 0.001 0.001 0.003 0.693 30 E 0.023 0.154 0.001 0.009 0.005 0.010 0.237 0.001 0.001 0.005 0.556 31 L 0.034 0.621 0.002 0.010 0.008 0.021 0.092 0.002 0.001 0.004 0.205 32 Y 0.017 0.902 0.001 0.003 0.003 0.010 0.014 0.003 0.001 0.002 0.046 33 R 0.010 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.045 34 L 0.023 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.035 35 L 0.021 0.964 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.007 36 T 0.011 0.948 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 0.014 37 Q 0.067 0.867 0.010 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 0.040 38 A 0.136 0.630 0.009 0.001 0.002 0.002 0.010 0.120 0.001 0.001 0.088 39 G 0.460 0.105 0.039 0.006 0.004 0.003 0.021 0.213 0.001 0.012 0.136 40 L 0.040 0.016 0.828 0.007 0.003 0.003 0.016 0.003 0.001 0.002 0.082 41 S 0.011 0.010 0.019 0.077 0.032 0.036 0.074 0.005 0.001 0.001 0.735 42 I 0.032 0.005 0.009 0.169 0.034 0.047 0.036 0.001 0.001 0.003 0.664 43 D 0.020 0.009 0.001 0.216 0.084 0.119 0.198 0.001 0.001 0.005 0.347 44 F 0.043 0.016 0.003 0.239 0.065 0.108 0.106 0.001 0.001 0.008 0.412 45 V 0.033 0.030 0.001 0.349 0.089 0.171 0.098 0.001 0.001 0.007 0.221 46 G 0.061 0.028 0.002 0.118 0.098 0.125 0.170 0.002 0.001 0.013 0.382 47 S 0.041 0.025 0.004 0.064 0.038 0.058 0.076 0.002 0.001 0.005 0.686 48 Q 0.043 0.025 0.003 0.053 0.065 0.099 0.173 0.004 0.001 0.009 0.526 49 R 0.189 0.037 0.011 0.020 0.025 0.061 0.147 0.003 0.001 0.021 0.485 50 S 0.086 0.048 0.007 0.022 0.040 0.061 0.091 0.006 0.001 0.006 0.632 51 G 0.143 0.022 0.005 0.023 0.029 0.032 0.068 0.003 0.001 0.007 0.667 52 P 0.041 0.005 0.007 0.006 0.007 0.010 0.034 0.001 0.001 0.003 0.886 53 S 0.039 0.007 0.005 0.036 0.043 0.072 0.120 0.002 0.001 0.004 0.673 54 S 0.141 0.012 0.004 0.050 0.025 0.058 0.109 0.003 0.001 0.010 0.587 55 L 0.153 0.017 0.004 0.054 0.067 0.086 0.132 0.002 0.001 0.007 0.478 56 P 0.005 0.001 0.001 0.006 0.002 0.004 0.015 0.001 0.001 0.001 0.965 57 D 0.033 0.002 0.001 0.032 0.023 0.039 0.330 0.001 0.001 0.008 0.530 58 K 0.294 0.010 0.003 0.020 0.011 0.017 0.135 0.001 0.001 0.022 0.487 59 D 0.076 0.054 0.001 0.034 0.032 0.032 0.346 0.003 0.001 0.010 0.411 60 H 0.221 0.039 0.004 0.025 0.017 0.021 0.204 0.002 0.001 0.022 0.444 61 E 0.143 0.070 0.004 0.020 0.013 0.022 0.276 0.003 0.001 0.014 0.435 62 G 0.165 0.045 0.007 0.017 0.024 0.030 0.257 0.010 0.001 0.027 0.418 63 H 0.289 0.063 0.035 0.013 0.022 0.034 0.149 0.003 0.001 0.021 0.371 64 S 0.016 0.016 0.005 0.016 0.018 0.020 0.063 0.001 0.001 0.002 0.844 65 G 0.086 0.009 0.004 0.022 0.019 0.032 0.100 0.003 0.001 0.009 0.716 66 W 0.351 0.020 0.024 0.049 0.022 0.046 0.128 0.002 0.001 0.017 0.342 67 T 0.040 0.027 0.008 0.061 0.030 0.054 0.149 0.002 0.001 0.004 0.626 68 I 0.049 0.030 0.004 0.121 0.031 0.068 0.132 0.001 0.001 0.004 0.558 69 P 0.003 0.010 0.001 0.011 0.002 0.003 0.018 0.001 0.001 0.001 0.952 70 Q 0.025 0.035 0.001 0.020 0.014 0.032 0.429 0.002 0.001 0.014 0.428 71 I 0.185 0.239 0.004 0.016 0.010 0.025 0.167 0.003 0.001 0.010 0.341 72 A 0.034 0.796 0.001 0.010 0.012 0.011 0.015 0.004 0.001 0.001 0.117 73 S 0.074 0.709 0.001 0.002 0.005 0.008 0.029 0.010 0.001 0.004 0.159 74 N 0.219 0.606 0.006 0.002 0.005 0.004 0.019 0.029 0.001 0.003 0.107 75 I 0.155 0.682 0.052 0.002 0.003 0.004 0.027 0.014 0.001 0.004 0.056 76 N 0.036 0.500 0.037 0.012 0.014 0.016 0.057 0.030 0.001 0.004 0.295 77 N 0.107 0.259 0.011 0.012 0.011 0.013 0.078 0.031 0.001 0.009 0.469 78 W 0.284 0.250 0.036 0.008 0.008 0.010 0.107 0.017 0.001 0.010 0.269 79 L 0.127 0.276 0.025 0.040 0.027 0.036 0.095 0.018 0.001 0.007 0.350 80 N 0.122 0.195 0.012 0.030 0.030 0.042 0.076 0.013 0.001 0.006 0.475 81 T 0.185 0.127 0.005 0.014 0.015 0.024 0.033 0.014 0.001 0.004 0.580 82 H 0.221 0.110 0.008 0.016 0.024 0.028 0.054 0.024 0.001 0.005 0.509 83 N 0.227 0.031 0.009 0.016 0.031 0.031 0.119 0.013 0.001 0.010 0.514 84 P 0.007 0.001 0.008 0.005 0.003 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.963 85 D 0.030 0.001 0.004 0.158 0.089 0.144 0.198 0.001 0.001 0.008 0.367 86 V 0.211 0.002 0.013 0.309 0.132 0.097 0.050 0.001 0.001 0.011 0.175 87 V 0.001 0.001 0.001 0.703 0.130 0.151 0.007 0.001 0.001 0.001 0.005 88 F 0.001 0.001 0.001 0.689 0.119 0.182 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 89 L 0.001 0.001 0.001 0.860 0.058 0.079 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 W 0.001 0.003 0.001 0.677 0.089 0.163 0.013 0.001 0.001 0.001 0.054 91 I 0.001 0.002 0.001 0.675 0.100 0.176 0.011 0.001 0.001 0.001 0.033 92 G 0.002 0.002 0.001 0.321 0.145 0.277 0.094 0.001 0.001 0.005 0.153 93 G 0.015 0.004 0.006 0.147 0.077 0.165 0.078 0.001 0.001 0.013 0.494 94 N 0.007 0.011 0.002 0.090 0.081 0.155 0.179 0.001 0.001 0.005 0.469 95 D 0.069 0.023 0.002 0.031 0.033 0.045 0.146 0.001 0.001 0.016 0.634 96 L 0.169 0.178 0.008 0.033 0.045 0.076 0.151 0.003 0.001 0.013 0.325 97 L 0.093 0.293 0.004 0.065 0.082 0.173 0.078 0.007 0.001 0.008 0.198 98 L 0.122 0.346 0.007 0.033 0.036 0.075 0.048 0.011 0.001 0.004 0.317 99 N 0.186 0.270 0.007 0.021 0.035 0.051 0.027 0.030 0.001 0.003 0.370 100 G 0.169 0.095 0.029 0.012 0.012 0.017 0.049 0.018 0.001 0.005 0.594 101 N 0.097 0.025 0.033 0.010 0.007 0.013 0.190 0.007 0.001 0.009 0.608 102 L 0.057 0.012 0.037 0.013 0.006 0.009 0.113 0.002 0.001 0.006 0.747 103 N 0.061 0.027 0.003 0.014 0.006 0.009 0.337 0.002 0.001 0.006 0.534 104 A 0.110 0.071 0.005 0.017 0.005 0.008 0.164 0.002 0.001 0.014 0.603 105 T 0.039 0.163 0.002 0.007 0.003 0.005 0.296 0.002 0.001 0.006 0.478 106 G 0.070 0.171 0.002 0.005 0.004 0.006 0.401 0.009 0.001 0.017 0.315 107 L 0.083 0.741 0.007 0.004 0.002 0.004 0.050 0.003 0.001 0.006 0.100 108 S 0.013 0.829 0.001 0.002 0.002 0.003 0.053 0.011 0.001 0.002 0.083 109 N 0.035 0.839 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.014 0.001 0.001 0.099 110 L 0.023 0.946 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.022 111 I 0.005 0.971 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 0.010 112 D 0.008 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 0.028 113 Q 0.018 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.016 114 I 0.021 0.958 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.009 115 F 0.029 0.899 0.008 0.002 0.002 0.002 0.003 0.026 0.001 0.001 0.029 116 T 0.079 0.772 0.007 0.003 0.004 0.005 0.003 0.059 0.001 0.001 0.067 117 V 0.260 0.535 0.022 0.004 0.004 0.004 0.004 0.059 0.001 0.001 0.107 118 K 0.253 0.247 0.046 0.012 0.022 0.021 0.056 0.087 0.001 0.004 0.252 119 P 0.004 0.002 0.010 0.003 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.973 120 N 0.048 0.001 0.006 0.038 0.019 0.023 0.238 0.006 0.001 0.012 0.609 121 V 0.663 0.001 0.049 0.056 0.009 0.008 0.024 0.001 0.001 0.025 0.163 122 T 0.010 0.001 0.012 0.522 0.079 0.072 0.099 0.001 0.001 0.002 0.204 123 L 0.001 0.001 0.001 0.662 0.131 0.154 0.014 0.001 0.001 0.001 0.038 124 F 0.001 0.001 0.001 0.837 0.057 0.096 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 125 V 0.001 0.001 0.001 0.726 0.113 0.123 0.008 0.001 0.001 0.001 0.030 126 A 0.001 0.001 0.001 0.668 0.103 0.182 0.012 0.001 0.001 0.001 0.034 127 D 0.003 0.001 0.001 0.451 0.106 0.177 0.073 0.001 0.001 0.003 0.188 128 Y 0.018 0.001 0.002 0.236 0.056 0.114 0.077 0.001 0.001 0.015 0.479 129 Y 0.018 0.001 0.003 0.116 0.060 0.143 0.204 0.001 0.001 0.007 0.446 130 P 0.004 0.001 0.001 0.012 0.004 0.008 0.011 0.001 0.001 0.001 0.958 131 W 0.027 0.002 0.001 0.038 0.020 0.063 0.125 0.001 0.001 0.002 0.722 132 P 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.982 133 E 0.034 0.013 0.001 0.017 0.007 0.018 0.174 0.001 0.001 0.003 0.733 134 A 0.204 0.033 0.001 0.007 0.004 0.008 0.209 0.001 0.001 0.006 0.527 135 I 0.165 0.383 0.001 0.015 0.005 0.009 0.097 0.002 0.001 0.003 0.320 136 K 0.042 0.493 0.002 0.005 0.003 0.007 0.063 0.001 0.001 0.002 0.382 137 Q 0.063 0.525 0.001 0.002 0.005 0.005 0.071 0.006 0.001 0.002 0.321 138 Y 0.086 0.792 0.002 0.002 0.003 0.004 0.023 0.006 0.001 0.002 0.081 139 N 0.037 0.859 0.003 0.001 0.002 0.002 0.013 0.010 0.001 0.001 0.072 140 A 0.077 0.758 0.006 0.001 0.001 0.002 0.020 0.014 0.001 0.002 0.119 141 V 0.199 0.626 0.013 0.002 0.002 0.003 0.021 0.051 0.001 0.002 0.079 142 I 0.253 0.556 0.036 0.003 0.001 0.002 0.019 0.018 0.001 0.002 0.110 143 P 0.004 0.131 0.009 0.002 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.845 144 G 0.025 0.128 0.001 0.002 0.001 0.001 0.092 0.007 0.001 0.001 0.742 145 I 0.301 0.510 0.005 0.002 0.001 0.001 0.055 0.004 0.001 0.003 0.119 146 V 0.011 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.018 147 Q 0.010 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 148 Q 0.022 0.931 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 149 K 0.019 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.024 150 A 0.014 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.008 151 N 0.019 0.947 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.020 152 A 0.073 0.834 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.027 0.001 0.001 0.058 153 G 0.361 0.391 0.011 0.002 0.002 0.001 0.005 0.128 0.001 0.002 0.096 154 K 0.212 0.105 0.456 0.004 0.003 0.003 0.030 0.019 0.001 0.007 0.160 155 K 0.028 0.046 0.163 0.042 0.024 0.027 0.058 0.010 0.001 0.002 0.599 156 V 0.049 0.023 0.016 0.153 0.050 0.074 0.057 0.003 0.001 0.004 0.570 157 Y 0.046 0.027 0.007 0.189 0.100 0.146 0.076 0.002 0.001 0.004 0.403 158 F 0.027 0.030 0.004 0.220 0.101 0.185 0.050 0.001 0.001 0.003 0.379 159 V 0.014 0.018 0.002 0.233 0.099 0.186 0.038 0.001 0.001 0.002 0.408 160 K 0.018 0.021 0.001 0.159 0.105 0.189 0.068 0.001 0.001 0.004 0.434 161 L 0.037 0.039 0.003 0.135 0.124 0.246 0.068 0.002 0.001 0.006 0.340 162 S 0.029 0.064 0.002 0.099 0.136 0.237 0.082 0.003 0.001 0.004 0.345 163 E 0.068 0.064 0.003 0.040 0.078 0.138 0.090 0.005 0.001 0.009 0.506 164 I 0.205 0.105 0.012 0.032 0.085 0.115 0.090 0.008 0.001 0.010 0.338 165 Q 0.109 0.082 0.014 0.031 0.091 0.113 0.098 0.010 0.001 0.008 0.445 166 F 0.064 0.046 0.017 0.037 0.090 0.132 0.099 0.006 0.001 0.007 0.500 167 D 0.072 0.024 0.007 0.026 0.045 0.070 0.137 0.006 0.001 0.007 0.607 168 R 0.082 0.015 0.013 0.019 0.019 0.030 0.104 0.003 0.001 0.010 0.705 169 N 0.066 0.010 0.005 0.016 0.021 0.029 0.310 0.002 0.001 0.017 0.524 170 T 0.141 0.013 0.008 0.014 0.013 0.017 0.207 0.001 0.001 0.020 0.566 171 D 0.087 0.031 0.004 0.018 0.017 0.022 0.234 0.002 0.001 0.015 0.569 172 I 0.132 0.037 0.005 0.022 0.040 0.051 0.342 0.003 0.001 0.030 0.338 173 S 0.107 0.098 0.004 0.029 0.055 0.088 0.313 0.004 0.001 0.019 0.283 174 W 0.088 0.157 0.007 0.044 0.076 0.103 0.108 0.005 0.001 0.012 0.399 175 D 0.072 0.144 0.005 0.021 0.038 0.065 0.171 0.009 0.001 0.015 0.461 176 G 0.215 0.081 0.009 0.018 0.051 0.054 0.169 0.028 0.001 0.030 0.345 177 L 0.210 0.125 0.077 0.033 0.025 0.051 0.192 0.010 0.001 0.024 0.254 178 H 0.060 0.086 0.015 0.065 0.119 0.154 0.263 0.008 0.001 0.005 0.224 179 L 0.006 0.008 0.002 0.010 0.007 0.008 0.008 0.001 0.001 0.001 0.949 180 S 0.031 0.034 0.002 0.013 0.019 0.033 0.303 0.001 0.001 0.008 0.556 181 E 0.435 0.041 0.003 0.005 0.003 0.006 0.186 0.006 0.001 0.038 0.276 182 I 0.359 0.191 0.009 0.013 0.006 0.006 0.202 0.008 0.001 0.016 0.191 183 G 0.151 0.089 0.013 0.015 0.008 0.010 0.440 0.007 0.001 0.035 0.232 184 Y 0.064 0.340 0.105 0.017 0.005 0.016 0.095 0.001 0.001 0.006 0.350 185 K 0.006 0.359 0.001 0.021 0.016 0.021 0.090 0.003 0.001 0.001 0.480 186 K 0.033 0.467 0.001 0.005 0.007 0.014 0.080 0.005 0.001 0.004 0.383 187 I 0.021 0.876 0.002 0.002 0.003 0.005 0.010 0.002 0.001 0.001 0.078 188 A 0.008 0.958 0.001 0.002 0.002 0.005 0.006 0.002 0.001 0.001 0.016 189 N 0.009 0.937 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.046 190 I 0.021 0.947 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.028 191 W 0.014 0.973 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.006 192 Y 0.015 0.944 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.025 193 K 0.009 0.907 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.078 194 Y 0.016 0.941 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.039 195 T 0.005 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.015 196 I 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 197 D 0.005 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 198 I 0.005 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 199 L 0.007 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 200 R 0.009 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.008 201 A 0.029 0.943 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.018 202 L 0.081 0.840 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 0.047 203 A 0.067 0.806 0.025 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.001 0.001 0.074 204 G 0.070 0.373 0.038 0.005 0.005 0.007 0.022 0.068 0.001 0.001 0.409 205 E 0.313 0.288 0.044 0.008 0.003 0.005 0.022 0.010 0.001 0.002 0.305