# TARGET T0286 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0286.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 83 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.083 0.078 0.026 0.034 0.089 0.091 0.009 0.590 2 A 0.093 0.069 0.021 0.025 0.054 0.134 0.018 0.587 3 S 0.204 0.060 0.019 0.018 0.026 0.096 0.045 0.532 4 K 0.552 0.036 0.052 0.039 0.025 0.048 0.035 0.212 5 T 0.068 0.008 0.109 0.029 0.037 0.105 0.017 0.627 6 I 0.022 0.004 0.496 0.115 0.120 0.042 0.007 0.194 7 K 0.006 0.001 0.749 0.090 0.095 0.018 0.002 0.039 8 I 0.003 0.002 0.599 0.032 0.075 0.023 0.002 0.265 9 M 0.001 0.001 0.949 0.020 0.016 0.003 0.001 0.012 10 P 0.001 0.001 0.072 0.006 0.008 0.015 0.001 0.898 11 V 0.001 0.001 0.693 0.018 0.077 0.051 0.001 0.158 12 G 0.007 0.006 0.299 0.043 0.049 0.101 0.003 0.492 13 D 0.070 0.007 0.158 0.040 0.085 0.169 0.019 0.451 14 S 0.109 0.010 0.215 0.044 0.066 0.201 0.011 0.344 15 C 0.145 0.036 0.133 0.092 0.134 0.129 0.018 0.313 16 T 0.075 0.032 0.122 0.084 0.131 0.224 0.020 0.312 17 E 0.121 0.046 0.062 0.077 0.155 0.128 0.018 0.393 18 G 0.084 0.062 0.053 0.069 0.124 0.126 0.019 0.463 19 M 0.136 0.028 0.057 0.081 0.108 0.134 0.033 0.423 20 G 0.066 0.030 0.055 0.075 0.086 0.105 0.017 0.565 21 G 0.059 0.011 0.032 0.047 0.100 0.063 0.010 0.678 22 G 0.038 0.013 0.037 0.044 0.086 0.105 0.009 0.668 23 E 0.062 0.012 0.020 0.019 0.040 0.147 0.011 0.689 24 M 0.083 0.024 0.037 0.026 0.033 0.148 0.016 0.632 25 G 0.260 0.030 0.029 0.029 0.026 0.100 0.034 0.493 26 S 0.206 0.013 0.079 0.024 0.033 0.165 0.012 0.468 27 Y 0.051 0.024 0.040 0.039 0.067 0.142 0.004 0.633 28 R 0.031 0.041 0.049 0.037 0.130 0.144 0.004 0.565 29 T 0.009 0.056 0.012 0.012 0.030 0.097 0.002 0.781 30 E 0.026 0.223 0.008 0.009 0.019 0.178 0.004 0.533 31 L 0.046 0.725 0.005 0.005 0.011 0.061 0.004 0.142 32 Y 0.012 0.926 0.003 0.002 0.005 0.012 0.002 0.038 33 R 0.011 0.949 0.001 0.001 0.002 0.006 0.002 0.028 34 L 0.018 0.958 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.015 35 L 0.026 0.949 0.002 0.001 0.002 0.001 0.006 0.012 36 T 0.032 0.917 0.007 0.003 0.005 0.003 0.012 0.020 37 Q 0.051 0.862 0.011 0.004 0.004 0.005 0.019 0.044 38 A 0.129 0.644 0.025 0.008 0.005 0.013 0.078 0.098 39 G 0.592 0.078 0.019 0.006 0.003 0.009 0.162 0.131 40 L 0.192 0.026 0.615 0.018 0.013 0.034 0.024 0.077 41 S 0.017 0.013 0.159 0.046 0.054 0.082 0.009 0.620 42 I 0.023 0.007 0.161 0.036 0.082 0.046 0.004 0.642 43 D 0.015 0.009 0.380 0.124 0.119 0.109 0.006 0.238 44 F 0.025 0.006 0.220 0.051 0.074 0.095 0.006 0.523 45 V 0.022 0.012 0.384 0.139 0.172 0.052 0.005 0.214 46 G 0.017 0.010 0.138 0.107 0.150 0.116 0.007 0.455 47 S 0.045 0.006 0.123 0.054 0.101 0.081 0.008 0.582 48 Q 0.032 0.007 0.081 0.061 0.092 0.143 0.009 0.574 49 R 0.093 0.007 0.056 0.042 0.076 0.240 0.013 0.473 50 S 0.028 0.014 0.057 0.031 0.043 0.108 0.011 0.708 51 G 0.094 0.014 0.046 0.047 0.069 0.113 0.017 0.600 52 P 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.014 0.001 0.976 53 S 0.031 0.006 0.026 0.037 0.071 0.170 0.008 0.653 54 S 0.208 0.013 0.028 0.026 0.055 0.184 0.013 0.473 55 L 0.108 0.014 0.032 0.042 0.081 0.144 0.005 0.575 56 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.985 57 D 0.029 0.021 0.014 0.029 0.086 0.152 0.004 0.666 58 K 0.190 0.044 0.014 0.021 0.044 0.131 0.012 0.546 59 D 0.136 0.083 0.012 0.024 0.049 0.268 0.019 0.408 60 H 0.329 0.114 0.021 0.022 0.032 0.081 0.021 0.380 61 E 0.183 0.150 0.035 0.027 0.039 0.191 0.021 0.354 62 G 0.172 0.081 0.030 0.030 0.044 0.081 0.048 0.513 63 H 0.242 0.081 0.089 0.038 0.068 0.099 0.020 0.364 64 S 0.023 0.028 0.024 0.024 0.036 0.078 0.006 0.780 65 G 0.069 0.027 0.022 0.024 0.051 0.071 0.012 0.724 66 W 0.190 0.029 0.045 0.028 0.041 0.140 0.015 0.512 67 T 0.093 0.042 0.039 0.031 0.041 0.239 0.017 0.499 68 I 0.079 0.050 0.034 0.040 0.065 0.056 0.004 0.672 69 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 70 Q 0.011 0.044 0.013 0.026 0.071 0.248 0.003 0.584 71 I 0.123 0.474 0.015 0.012 0.028 0.057 0.007 0.284 72 A 0.044 0.767 0.008 0.008 0.021 0.018 0.004 0.129 73 S 0.108 0.696 0.007 0.006 0.008 0.026 0.013 0.137 74 N 0.325 0.485 0.009 0.004 0.004 0.014 0.038 0.121 75 I 0.239 0.575 0.028 0.006 0.009 0.022 0.036 0.086 76 N 0.078 0.558 0.051 0.015 0.022 0.058 0.036 0.182 77 N 0.138 0.409 0.045 0.017 0.020 0.050 0.040 0.281 78 W 0.238 0.205 0.068 0.013 0.021 0.104 0.029 0.322 79 L 0.138 0.242 0.087 0.031 0.036 0.114 0.021 0.332 80 N 0.073 0.184 0.078 0.045 0.052 0.105 0.025 0.438 81 T 0.097 0.079 0.040 0.024 0.048 0.093 0.024 0.594 82 H 0.109 0.069 0.040 0.030 0.051 0.109 0.035 0.558 83 N 0.109 0.023 0.033 0.039 0.043 0.142 0.018 0.593 84 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 85 D 0.045 0.001 0.193 0.203 0.214 0.194 0.011 0.138 86 V 0.056 0.001 0.602 0.061 0.073 0.045 0.004 0.157 87 V 0.001 0.001 0.932 0.034 0.030 0.001 0.001 0.003 88 F 0.001 0.001 0.929 0.032 0.031 0.002 0.001 0.006 89 L 0.001 0.001 0.980 0.006 0.012 0.001 0.001 0.002 90 W 0.001 0.001 0.976 0.006 0.009 0.002 0.001 0.007 91 I 0.001 0.001 0.844 0.028 0.036 0.016 0.001 0.075 92 G 0.004 0.001 0.468 0.022 0.077 0.131 0.004 0.293 93 G 0.008 0.003 0.294 0.017 0.044 0.129 0.004 0.500 94 N 0.019 0.018 0.113 0.039 0.056 0.189 0.011 0.556 95 D 0.154 0.033 0.040 0.027 0.053 0.205 0.020 0.469 96 L 0.104 0.377 0.107 0.059 0.085 0.084 0.014 0.170 97 L 0.095 0.520 0.064 0.058 0.075 0.065 0.024 0.099 98 L 0.247 0.406 0.062 0.042 0.041 0.040 0.051 0.111 99 N 0.272 0.204 0.077 0.031 0.035 0.030 0.065 0.286 100 G 0.192 0.058 0.113 0.017 0.025 0.059 0.052 0.484 101 N 0.085 0.029 0.056 0.014 0.022 0.155 0.019 0.621 102 L 0.012 0.007 0.014 0.004 0.007 0.037 0.002 0.918 103 N 0.039 0.032 0.028 0.010 0.023 0.332 0.005 0.529 104 A 0.083 0.058 0.035 0.006 0.019 0.168 0.006 0.624 105 T 0.047 0.151 0.013 0.006 0.013 0.251 0.004 0.515 106 G 0.089 0.295 0.006 0.004 0.008 0.193 0.007 0.398 107 L 0.091 0.679 0.007 0.002 0.007 0.043 0.006 0.164 108 S 0.029 0.820 0.003 0.002 0.004 0.026 0.005 0.111 109 N 0.039 0.840 0.003 0.002 0.002 0.013 0.006 0.096 110 L 0.034 0.887 0.002 0.001 0.002 0.007 0.006 0.061 111 I 0.008 0.942 0.004 0.001 0.003 0.005 0.003 0.034 112 D 0.004 0.963 0.002 0.001 0.002 0.003 0.002 0.022 113 Q 0.015 0.952 0.004 0.001 0.001 0.003 0.005 0.020 114 I 0.021 0.946 0.003 0.002 0.002 0.003 0.005 0.019 115 F 0.033 0.891 0.011 0.005 0.005 0.006 0.014 0.036 116 T 0.107 0.721 0.013 0.009 0.008 0.009 0.037 0.097 117 V 0.140 0.435 0.052 0.012 0.018 0.013 0.100 0.231 118 K 0.136 0.176 0.035 0.033 0.035 0.070 0.037 0.478 119 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 120 N 0.039 0.003 0.050 0.075 0.090 0.244 0.018 0.480 121 V 0.416 0.001 0.162 0.025 0.025 0.063 0.011 0.296 122 T 0.006 0.001 0.740 0.106 0.063 0.021 0.001 0.062 123 L 0.002 0.001 0.756 0.084 0.102 0.010 0.001 0.045 124 F 0.001 0.001 0.946 0.018 0.029 0.001 0.001 0.005 125 V 0.001 0.001 0.924 0.025 0.034 0.003 0.001 0.012 126 A 0.001 0.001 0.887 0.027 0.047 0.010 0.001 0.028 127 D 0.005 0.002 0.541 0.047 0.098 0.057 0.004 0.245 128 Y 0.033 0.002 0.303 0.015 0.059 0.110 0.016 0.463 129 Y 0.051 0.002 0.097 0.017 0.031 0.193 0.010 0.599 130 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.992 131 W 0.028 0.004 0.012 0.009 0.024 0.148 0.003 0.772 132 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 133 E 0.009 0.012 0.005 0.005 0.012 0.246 0.002 0.708 134 A 0.230 0.068 0.005 0.002 0.004 0.307 0.006 0.378 135 I 0.151 0.610 0.005 0.003 0.007 0.018 0.003 0.203 136 K 0.026 0.732 0.007 0.003 0.005 0.040 0.003 0.183 137 Q 0.050 0.788 0.003 0.002 0.002 0.023 0.007 0.124 138 Y 0.073 0.877 0.002 0.001 0.002 0.005 0.007 0.034 139 N 0.034 0.909 0.005 0.002 0.003 0.006 0.008 0.034 140 A 0.031 0.883 0.010 0.003 0.002 0.005 0.011 0.055 141 V 0.099 0.720 0.015 0.003 0.004 0.020 0.031 0.108 142 I 0.070 0.761 0.027 0.005 0.009 0.015 0.010 0.104 143 P 0.001 0.061 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.927 144 G 0.029 0.344 0.008 0.004 0.004 0.079 0.010 0.521 145 I 0.134 0.604 0.009 0.002 0.002 0.031 0.015 0.203 146 V 0.029 0.843 0.012 0.004 0.007 0.011 0.004 0.092 147 Q 0.009 0.808 0.011 0.004 0.008 0.016 0.003 0.141 148 Q 0.018 0.826 0.005 0.003 0.004 0.020 0.005 0.119 149 K 0.022 0.938 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.028 150 A 0.014 0.958 0.002 0.002 0.003 0.002 0.004 0.015 151 N 0.070 0.830 0.004 0.004 0.004 0.006 0.027 0.056 152 A 0.267 0.511 0.018 0.006 0.004 0.008 0.079 0.105 153 G 0.285 0.337 0.028 0.011 0.008 0.019 0.128 0.185 154 K 0.262 0.081 0.195 0.035 0.026 0.066 0.087 0.248 155 K 0.025 0.024 0.149 0.029 0.027 0.059 0.011 0.675 156 V 0.031 0.012 0.178 0.052 0.078 0.088 0.007 0.553 157 Y 0.023 0.012 0.326 0.110 0.095 0.067 0.005 0.363 158 F 0.013 0.007 0.216 0.087 0.131 0.048 0.003 0.496 159 V 0.009 0.007 0.260 0.136 0.165 0.041 0.002 0.381 160 K 0.009 0.014 0.118 0.143 0.200 0.080 0.003 0.432 161 L 0.027 0.026 0.160 0.103 0.277 0.085 0.005 0.317 162 S 0.040 0.050 0.109 0.121 0.217 0.130 0.010 0.323 163 E 0.079 0.056 0.056 0.063 0.106 0.115 0.019 0.505 164 I 0.162 0.097 0.075 0.051 0.085 0.135 0.025 0.370 165 Q 0.179 0.127 0.059 0.065 0.101 0.132 0.026 0.312 166 F 0.122 0.123 0.068 0.067 0.096 0.080 0.026 0.420 167 D 0.067 0.081 0.054 0.047 0.072 0.078 0.019 0.582 168 R 0.111 0.052 0.054 0.032 0.056 0.099 0.020 0.576 169 N 0.068 0.046 0.030 0.022 0.043 0.384 0.017 0.390 170 T 0.089 0.042 0.028 0.017 0.030 0.118 0.014 0.662 171 D 0.060 0.080 0.035 0.024 0.034 0.269 0.011 0.489 172 I 0.206 0.068 0.037 0.026 0.048 0.296 0.023 0.296 173 S 0.208 0.175 0.077 0.066 0.104 0.126 0.016 0.228 174 W 0.067 0.094 0.073 0.064 0.114 0.110 0.019 0.459 175 D 0.088 0.071 0.078 0.072 0.103 0.144 0.025 0.419 176 G 0.140 0.061 0.088 0.068 0.090 0.096 0.032 0.426 177 L 0.150 0.026 0.079 0.030 0.067 0.279 0.016 0.352 178 H 0.079 0.026 0.113 0.070 0.071 0.220 0.015 0.406 179 L 0.030 0.031 0.055 0.033 0.049 0.088 0.003 0.712 180 S 0.012 0.049 0.047 0.032 0.097 0.163 0.005 0.594 181 E 0.045 0.041 0.014 0.007 0.029 0.143 0.006 0.714 182 I 0.042 0.087 0.005 0.005 0.007 0.453 0.007 0.395 183 G 0.148 0.196 0.004 0.004 0.006 0.301 0.016 0.326 184 Y 0.044 0.799 0.008 0.004 0.007 0.024 0.003 0.112 185 K 0.003 0.893 0.003 0.003 0.006 0.012 0.001 0.078 186 K 0.008 0.906 0.002 0.003 0.005 0.009 0.002 0.065 187 I 0.005 0.979 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.010 188 A 0.004 0.977 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.011 189 N 0.006 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 190 I 0.031 0.928 0.002 0.001 0.001 0.003 0.008 0.026 191 W 0.026 0.931 0.003 0.001 0.001 0.004 0.007 0.028 192 Y 0.023 0.890 0.008 0.001 0.002 0.008 0.008 0.060 193 K 0.009 0.898 0.003 0.001 0.001 0.005 0.003 0.080 194 Y 0.025 0.813 0.006 0.001 0.001 0.015 0.009 0.131 195 T 0.029 0.867 0.004 0.001 0.001 0.013 0.006 0.079 196 I 0.003 0.935 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.050 197 D 0.001 0.955 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.037 198 I 0.005 0.965 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.024 199 L 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 200 R 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 201 A 0.008 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 202 L 0.065 0.904 0.002 0.001 0.001 0.001 0.016 0.012 203 A 0.064 0.846 0.018 0.004 0.003 0.004 0.022 0.039 204 G 0.133 0.479 0.035 0.008 0.008 0.021 0.066 0.250 205 E 0.211 0.302 0.090 0.011 0.010 0.046 0.047 0.285