# TARGET T0286 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0286.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 83 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.108 0.135 0.096 0.049 0.137 0.028 0.031 0.076 0.074 0.198 0.068 2 A 0.034 0.186 0.111 0.106 0.099 0.069 0.129 0.132 0.073 0.044 0.017 3 S 0.104 0.085 0.065 0.043 0.110 0.028 0.032 0.060 0.095 0.297 0.081 4 K 0.025 0.470 0.249 0.019 0.176 0.007 0.010 0.014 0.012 0.013 0.005 5 T 0.382 0.078 0.018 0.003 0.424 0.003 0.006 0.008 0.004 0.009 0.066 6 I 0.141 0.245 0.023 0.010 0.531 0.006 0.003 0.003 0.002 0.008 0.027 7 K 0.167 0.110 0.008 0.001 0.697 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.012 8 I 0.391 0.038 0.003 0.001 0.528 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.035 9 M 0.106 0.303 0.044 0.004 0.521 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.012 10 P 0.383 0.113 0.023 0.001 0.419 0.001 0.001 0.006 0.002 0.002 0.050 11 V 0.051 0.028 0.019 0.124 0.054 0.174 0.182 0.117 0.069 0.121 0.060 12 G 0.021 0.142 0.163 0.392 0.058 0.045 0.021 0.035 0.029 0.075 0.020 13 D 0.065 0.111 0.083 0.063 0.105 0.036 0.049 0.177 0.130 0.131 0.051 14 S 0.100 0.210 0.071 0.011 0.245 0.006 0.019 0.125 0.094 0.075 0.043 15 C 0.179 0.075 0.017 0.009 0.174 0.016 0.036 0.189 0.148 0.095 0.062 16 T 0.141 0.134 0.080 0.029 0.203 0.038 0.070 0.136 0.059 0.064 0.047 17 E 0.065 0.117 0.076 0.120 0.091 0.091 0.097 0.125 0.083 0.083 0.052 18 G 0.052 0.083 0.120 0.140 0.081 0.045 0.033 0.073 0.060 0.239 0.074 19 M 0.068 0.168 0.089 0.058 0.132 0.057 0.106 0.129 0.063 0.092 0.040 20 G 0.062 0.167 0.088 0.063 0.154 0.027 0.026 0.058 0.041 0.227 0.089 21 G 0.084 0.249 0.215 0.050 0.177 0.016 0.019 0.071 0.044 0.043 0.033 22 G 0.028 0.058 0.111 0.046 0.036 0.028 0.053 0.330 0.209 0.078 0.024 23 E 0.017 0.118 0.123 0.080 0.041 0.066 0.125 0.219 0.097 0.098 0.015 24 M 0.024 0.120 0.096 0.087 0.052 0.068 0.070 0.141 0.059 0.236 0.044 25 G 0.041 0.129 0.082 0.076 0.066 0.063 0.042 0.091 0.050 0.261 0.098 26 S 0.045 0.142 0.170 0.124 0.087 0.066 0.033 0.103 0.052 0.104 0.074 27 Y 0.132 0.184 0.109 0.018 0.168 0.008 0.010 0.159 0.057 0.083 0.072 28 R 0.078 0.176 0.058 0.008 0.125 0.005 0.010 0.355 0.113 0.040 0.031 29 T 0.011 0.077 0.024 0.013 0.035 0.015 0.017 0.645 0.134 0.023 0.007 30 E 0.010 0.036 0.010 0.003 0.020 0.003 0.016 0.809 0.070 0.018 0.005 31 L 0.006 0.007 0.004 0.001 0.004 0.003 0.006 0.781 0.098 0.083 0.007 32 Y 0.004 0.010 0.003 0.001 0.008 0.001 0.003 0.847 0.104 0.015 0.004 33 R 0.002 0.010 0.003 0.002 0.005 0.002 0.008 0.889 0.075 0.005 0.001 34 L 0.001 0.003 0.002 0.001 0.005 0.002 0.014 0.862 0.093 0.016 0.001 35 L 0.007 0.002 0.001 0.001 0.006 0.002 0.012 0.786 0.120 0.057 0.007 36 T 0.004 0.011 0.004 0.002 0.006 0.005 0.040 0.693 0.208 0.023 0.004 37 Q 0.007 0.033 0.014 0.011 0.017 0.011 0.070 0.635 0.131 0.066 0.005 38 A 0.006 0.446 0.340 0.025 0.058 0.011 0.026 0.047 0.022 0.018 0.003 39 G 0.069 0.013 0.011 0.024 0.017 0.009 0.010 0.020 0.027 0.555 0.245 40 L 0.043 0.467 0.127 0.027 0.187 0.018 0.019 0.037 0.028 0.030 0.017 41 S 0.214 0.111 0.029 0.018 0.329 0.011 0.014 0.028 0.033 0.092 0.123 42 I 0.229 0.170 0.026 0.010 0.430 0.012 0.011 0.026 0.033 0.018 0.036 43 D 0.193 0.109 0.034 0.011 0.362 0.012 0.025 0.060 0.046 0.064 0.084 44 F 0.312 0.082 0.027 0.011 0.312 0.005 0.010 0.033 0.024 0.082 0.101 45 V 0.084 0.153 0.056 0.062 0.238 0.064 0.111 0.094 0.048 0.062 0.027 46 G 0.141 0.179 0.151 0.072 0.235 0.012 0.006 0.019 0.019 0.079 0.086 47 S 0.065 0.136 0.050 0.048 0.133 0.033 0.076 0.162 0.137 0.118 0.043 48 Q 0.066 0.124 0.096 0.059 0.103 0.047 0.079 0.077 0.080 0.204 0.064 49 R 0.123 0.126 0.092 0.070 0.156 0.043 0.061 0.090 0.070 0.093 0.076 50 S 0.034 0.169 0.145 0.126 0.091 0.082 0.083 0.077 0.054 0.107 0.032 51 G 0.042 0.089 0.139 0.161 0.071 0.057 0.030 0.077 0.088 0.183 0.063 52 P 0.098 0.150 0.075 0.023 0.180 0.023 0.040 0.151 0.102 0.108 0.051 53 S 0.105 0.133 0.089 0.030 0.142 0.016 0.024 0.144 0.108 0.135 0.074 54 S 0.074 0.155 0.109 0.040 0.138 0.029 0.036 0.182 0.096 0.106 0.035 55 L 0.058 0.130 0.075 0.056 0.106 0.043 0.054 0.273 0.102 0.073 0.031 56 P 0.040 0.069 0.059 0.045 0.054 0.022 0.028 0.278 0.131 0.206 0.069 57 D 0.069 0.096 0.036 0.015 0.115 0.018 0.034 0.348 0.148 0.091 0.029 58 K 0.083 0.086 0.029 0.015 0.121 0.012 0.031 0.327 0.164 0.095 0.037 59 D 0.068 0.100 0.048 0.031 0.103 0.027 0.079 0.302 0.122 0.083 0.038 60 H 0.074 0.085 0.057 0.049 0.085 0.037 0.058 0.250 0.117 0.143 0.046 61 E 0.038 0.187 0.129 0.078 0.092 0.049 0.080 0.168 0.080 0.075 0.024 62 G 0.062 0.086 0.069 0.086 0.072 0.063 0.066 0.131 0.076 0.210 0.078 63 H 0.081 0.129 0.097 0.064 0.130 0.037 0.033 0.113 0.075 0.184 0.056 64 S 0.045 0.167 0.099 0.056 0.091 0.042 0.059 0.228 0.098 0.085 0.030 65 G 0.045 0.061 0.076 0.049 0.057 0.028 0.023 0.243 0.115 0.243 0.060 66 W 0.073 0.114 0.032 0.006 0.133 0.007 0.017 0.437 0.109 0.042 0.028 67 T 0.037 0.096 0.037 0.005 0.065 0.004 0.011 0.589 0.099 0.040 0.014 68 I 0.012 0.014 0.005 0.002 0.023 0.002 0.006 0.796 0.119 0.018 0.004 69 P 0.006 0.012 0.004 0.002 0.010 0.004 0.009 0.869 0.074 0.007 0.003 70 Q 0.009 0.012 0.005 0.002 0.014 0.003 0.011 0.846 0.065 0.025 0.008 71 I 0.010 0.009 0.005 0.003 0.010 0.003 0.007 0.804 0.116 0.027 0.006 72 A 0.005 0.023 0.008 0.006 0.011 0.007 0.019 0.726 0.170 0.023 0.003 73 S 0.010 0.055 0.022 0.015 0.027 0.015 0.061 0.600 0.118 0.066 0.010 74 N 0.028 0.041 0.033 0.018 0.038 0.020 0.063 0.422 0.112 0.189 0.037 75 I 0.062 0.073 0.029 0.017 0.086 0.021 0.055 0.415 0.121 0.081 0.040 76 N 0.035 0.108 0.039 0.025 0.098 0.035 0.058 0.351 0.147 0.086 0.018 77 N 0.046 0.082 0.055 0.030 0.090 0.031 0.052 0.272 0.129 0.180 0.032 78 W 0.098 0.086 0.041 0.014 0.129 0.012 0.035 0.220 0.128 0.184 0.053 79 L 0.068 0.146 0.064 0.025 0.135 0.017 0.046 0.245 0.158 0.066 0.031 80 N 0.060 0.196 0.065 0.017 0.143 0.016 0.052 0.229 0.135 0.063 0.024 81 T 0.085 0.158 0.049 0.010 0.205 0.013 0.032 0.145 0.180 0.100 0.023 82 H 0.086 0.196 0.113 0.034 0.210 0.027 0.041 0.115 0.112 0.040 0.025 83 N 0.151 0.159 0.099 0.014 0.268 0.011 0.020 0.029 0.049 0.124 0.074 84 P 0.242 0.198 0.014 0.004 0.402 0.003 0.005 0.017 0.026 0.023 0.066 85 D 0.007 0.002 0.001 0.021 0.007 0.113 0.515 0.155 0.063 0.105 0.011 86 V 0.100 0.157 0.010 0.002 0.709 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 0.006 87 V 0.192 0.012 0.001 0.001 0.790 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 88 F 0.233 0.021 0.001 0.001 0.711 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 89 L 0.283 0.044 0.005 0.003 0.395 0.004 0.007 0.006 0.003 0.020 0.231 90 W 0.372 0.049 0.019 0.017 0.243 0.029 0.028 0.033 0.023 0.059 0.127 91 I 0.051 0.139 0.072 0.076 0.090 0.038 0.044 0.097 0.106 0.216 0.072 92 G 0.051 0.121 0.125 0.193 0.114 0.064 0.039 0.070 0.054 0.122 0.047 93 G 0.053 0.093 0.069 0.056 0.112 0.047 0.071 0.300 0.135 0.047 0.017 94 N 0.050 0.067 0.061 0.039 0.077 0.043 0.054 0.271 0.155 0.125 0.058 95 D 0.128 0.045 0.022 0.012 0.157 0.010 0.027 0.291 0.181 0.084 0.043 96 L 0.020 0.024 0.011 0.006 0.032 0.008 0.030 0.472 0.285 0.096 0.016 97 L 0.029 0.058 0.023 0.018 0.051 0.028 0.179 0.383 0.110 0.105 0.015 98 L 0.025 0.188 0.088 0.052 0.068 0.071 0.168 0.161 0.073 0.090 0.016 99 N 0.117 0.060 0.041 0.030 0.087 0.017 0.030 0.090 0.057 0.282 0.188 100 G 0.072 0.140 0.085 0.043 0.098 0.050 0.044 0.147 0.108 0.149 0.064 101 N 0.050 0.178 0.094 0.041 0.125 0.030 0.040 0.255 0.085 0.066 0.036 102 L 0.027 0.069 0.039 0.011 0.041 0.008 0.022 0.454 0.177 0.124 0.029 103 N 0.017 0.053 0.030 0.008 0.029 0.005 0.010 0.648 0.138 0.054 0.008 104 A 0.003 0.011 0.004 0.003 0.007 0.005 0.011 0.837 0.104 0.012 0.002 105 T 0.004 0.008 0.004 0.002 0.006 0.003 0.015 0.881 0.061 0.011 0.004 106 G 0.002 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.003 0.896 0.069 0.017 0.002 107 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.914 0.074 0.005 0.001 108 S 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.935 0.049 0.003 0.001 109 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.954 0.034 0.004 0.001 110 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.947 0.046 0.003 0.001 111 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.940 0.053 0.002 0.001 112 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.938 0.051 0.003 0.001 113 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.934 0.049 0.004 0.001 114 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.828 0.142 0.015 0.001 115 F 0.002 0.004 0.001 0.001 0.004 0.003 0.019 0.658 0.271 0.035 0.003 116 T 0.001 0.006 0.001 0.001 0.003 0.003 0.137 0.672 0.138 0.037 0.001 117 V 0.012 0.058 0.018 0.004 0.036 0.029 0.266 0.245 0.177 0.146 0.010 118 K 0.377 0.071 0.025 0.004 0.291 0.002 0.001 0.016 0.017 0.061 0.135 119 P 0.006 0.044 0.018 0.024 0.027 0.081 0.218 0.296 0.266 0.019 0.002 120 N 0.050 0.007 0.005 0.004 0.018 0.003 0.008 0.032 0.100 0.634 0.138 121 V 0.062 0.505 0.037 0.001 0.377 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 122 T 0.252 0.032 0.002 0.001 0.682 0.002 0.005 0.006 0.002 0.002 0.014 123 L 0.231 0.047 0.001 0.001 0.711 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 124 F 0.214 0.033 0.002 0.001 0.732 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 125 V 0.461 0.032 0.008 0.002 0.341 0.002 0.001 0.003 0.001 0.009 0.140 126 A 0.122 0.216 0.105 0.093 0.172 0.029 0.038 0.031 0.030 0.069 0.095 127 D 0.072 0.314 0.192 0.026 0.233 0.008 0.013 0.022 0.022 0.054 0.044 128 Y 0.106 0.282 0.203 0.030 0.233 0.014 0.017 0.031 0.026 0.027 0.032 129 Y 0.041 0.332 0.275 0.044 0.142 0.023 0.040 0.051 0.025 0.016 0.012 130 P 0.063 0.276 0.177 0.040 0.118 0.033 0.052 0.092 0.056 0.059 0.034 131 W 0.054 0.238 0.153 0.040 0.147 0.020 0.023 0.110 0.087 0.096 0.032 132 P 0.030 0.084 0.047 0.025 0.065 0.043 0.081 0.307 0.178 0.111 0.029 133 E 0.032 0.075 0.043 0.017 0.060 0.022 0.060 0.341 0.144 0.168 0.038 134 A 0.046 0.079 0.032 0.011 0.066 0.011 0.028 0.402 0.126 0.158 0.040 135 I 0.023 0.083 0.043 0.008 0.042 0.007 0.011 0.541 0.157 0.071 0.015 136 K 0.007 0.023 0.012 0.004 0.014 0.004 0.010 0.797 0.107 0.016 0.006 137 Q 0.006 0.011 0.003 0.001 0.012 0.001 0.008 0.882 0.063 0.009 0.003 138 Y 0.002 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.004 0.900 0.072 0.011 0.001 139 N 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.920 0.059 0.006 0.001 140 A 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.002 0.007 0.918 0.057 0.004 0.001 141 V 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.002 0.011 0.890 0.068 0.019 0.001 142 I 0.002 0.008 0.003 0.001 0.005 0.001 0.004 0.835 0.122 0.017 0.002 143 P 0.002 0.007 0.002 0.002 0.003 0.004 0.016 0.811 0.133 0.018 0.002 144 G 0.003 0.007 0.003 0.002 0.007 0.003 0.025 0.847 0.077 0.022 0.003 145 I 0.004 0.011 0.006 0.002 0.005 0.003 0.012 0.844 0.083 0.029 0.002 146 V 0.004 0.011 0.002 0.001 0.009 0.001 0.003 0.857 0.098 0.011 0.002 147 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.913 0.074 0.002 0.001 148 Q 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.008 0.924 0.054 0.007 0.001 149 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.871 0.094 0.023 0.001 150 A 0.003 0.011 0.002 0.001 0.006 0.002 0.011 0.800 0.147 0.014 0.002 151 N 0.002 0.013 0.006 0.004 0.006 0.006 0.048 0.738 0.136 0.039 0.002 152 A 0.011 0.125 0.083 0.022 0.037 0.029 0.140 0.350 0.095 0.098 0.010 153 G 0.072 0.211 0.064 0.019 0.110 0.011 0.023 0.088 0.067 0.225 0.111 154 K 0.097 0.084 0.035 0.023 0.101 0.026 0.034 0.094 0.101 0.287 0.117 155 K 0.102 0.278 0.072 0.010 0.359 0.007 0.011 0.057 0.036 0.042 0.027 156 V 0.157 0.104 0.030 0.014 0.248 0.020 0.064 0.157 0.086 0.061 0.060 157 Y 0.142 0.199 0.091 0.032 0.264 0.012 0.017 0.072 0.049 0.078 0.044 158 F 0.096 0.328 0.087 0.010 0.373 0.005 0.009 0.046 0.017 0.013 0.016 159 V 0.299 0.082 0.017 0.005 0.355 0.010 0.021 0.101 0.040 0.019 0.052 160 K 0.152 0.130 0.046 0.028 0.283 0.026 0.045 0.149 0.059 0.041 0.041 161 L 0.180 0.128 0.037 0.015 0.246 0.016 0.025 0.152 0.073 0.066 0.062 162 S 0.098 0.136 0.053 0.034 0.173 0.027 0.037 0.186 0.132 0.081 0.043 163 E 0.055 0.084 0.050 0.055 0.082 0.054 0.112 0.200 0.162 0.109 0.037 164 I 0.099 0.135 0.078 0.035 0.171 0.020 0.045 0.144 0.103 0.112 0.058 165 Q 0.117 0.106 0.045 0.036 0.150 0.032 0.052 0.131 0.112 0.149 0.069 166 F 0.052 0.166 0.118 0.093 0.128 0.067 0.079 0.103 0.070 0.093 0.031 167 D 0.092 0.157 0.120 0.053 0.156 0.021 0.023 0.095 0.070 0.141 0.072 168 R 0.104 0.187 0.087 0.020 0.169 0.016 0.029 0.134 0.100 0.106 0.049 169 N 0.082 0.197 0.095 0.022 0.185 0.013 0.024 0.174 0.106 0.066 0.036 170 T 0.055 0.081 0.038 0.021 0.095 0.019 0.043 0.334 0.192 0.091 0.030 171 D 0.059 0.086 0.037 0.021 0.101 0.024 0.055 0.320 0.152 0.117 0.029 172 I 0.082 0.109 0.041 0.020 0.116 0.014 0.033 0.234 0.128 0.164 0.058 173 S 0.064 0.160 0.087 0.024 0.145 0.020 0.041 0.247 0.120 0.066 0.026 174 W 0.105 0.080 0.042 0.032 0.113 0.033 0.070 0.241 0.116 0.115 0.052 175 D 0.035 0.196 0.119 0.088 0.110 0.086 0.099 0.113 0.062 0.071 0.021 176 G 0.060 0.088 0.091 0.071 0.084 0.025 0.025 0.085 0.107 0.276 0.088 177 L 0.131 0.257 0.075 0.012 0.253 0.017 0.041 0.054 0.041 0.065 0.053 178 H 0.080 0.384 0.171 0.011 0.273 0.003 0.003 0.012 0.008 0.022 0.035 179 L 0.065 0.130 0.066 0.032 0.151 0.028 0.039 0.219 0.190 0.055 0.026 180 S 0.023 0.113 0.144 0.067 0.048 0.045 0.064 0.296 0.112 0.077 0.011 181 E 0.010 0.014 0.009 0.007 0.014 0.024 0.076 0.466 0.167 0.194 0.018 182 I 0.011 0.164 0.068 0.008 0.037 0.007 0.023 0.528 0.108 0.037 0.009 183 G 0.004 0.018 0.019 0.014 0.007 0.003 0.005 0.754 0.104 0.061 0.011 184 Y 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.915 0.069 0.003 0.001 185 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.944 0.046 0.001 0.001 186 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.939 0.044 0.004 0.001 187 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.886 0.096 0.012 0.001 188 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.894 0.090 0.006 0.001 189 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.044 0.872 0.071 0.004 0.001 190 I 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.035 0.879 0.067 0.010 0.001 191 W 0.002 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.005 0.675 0.209 0.095 0.004 192 Y 0.001 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.003 0.898 0.082 0.004 0.001 193 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.947 0.042 0.001 0.001 194 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.952 0.033 0.003 0.001 195 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.934 0.060 0.005 0.001 196 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.949 0.046 0.001 0.001 197 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.944 0.036 0.005 0.001 198 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.891 0.071 0.014 0.001 199 L 0.003 0.006 0.001 0.001 0.005 0.001 0.007 0.773 0.168 0.033 0.003 200 R 0.001 0.013 0.003 0.002 0.004 0.007 0.034 0.787 0.134 0.014 0.001 201 A 0.008 0.016 0.010 0.006 0.015 0.010 0.086 0.641 0.097 0.100 0.013 202 L 0.035 0.035 0.020 0.008 0.041 0.017 0.070 0.456 0.142 0.140 0.035 203 A 0.030 0.076 0.024 0.012 0.053 0.016 0.051 0.446 0.192 0.077 0.022 204 G 0.017 0.075 0.046 0.026 0.043 0.025 0.057 0.392 0.172 0.130 0.016 205 E 0.034 0.098 0.069 0.026 0.075 0.031 0.101 0.309 0.110 0.122 0.025