# TARGET T0286 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0286.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1642 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.014 0.006 0.011 0.010 0.164 0.795 2 A 0.018 0.009 0.038 0.018 0.273 0.644 3 S 0.013 0.010 0.073 0.014 0.382 0.508 4 K 0.024 0.006 0.045 0.003 0.428 0.493 5 T 0.164 0.010 0.021 0.002 0.287 0.516 6 I 0.568 0.008 0.005 0.001 0.106 0.312 7 K 0.920 0.004 0.001 0.001 0.018 0.056 8 I 0.984 0.002 0.001 0.001 0.003 0.010 9 M 0.978 0.001 0.001 0.001 0.005 0.015 10 P 0.922 0.002 0.001 0.002 0.031 0.042 11 V 0.668 0.008 0.002 0.006 0.115 0.200 12 G 0.198 0.011 0.009 0.019 0.331 0.433 13 D 0.152 0.026 0.025 0.061 0.423 0.312 14 S 0.118 0.046 0.086 0.118 0.371 0.261 15 C 0.098 0.030 0.264 0.159 0.341 0.108 16 T 0.084 0.018 0.235 0.146 0.406 0.111 17 E 0.079 0.011 0.215 0.111 0.451 0.133 18 G 0.083 0.024 0.078 0.066 0.491 0.258 19 M 0.074 0.046 0.057 0.073 0.464 0.286 20 G 0.070 0.036 0.044 0.038 0.489 0.322 21 G 0.051 0.034 0.076 0.063 0.515 0.261 22 G 0.039 0.038 0.100 0.054 0.539 0.229 23 E 0.027 0.032 0.115 0.090 0.587 0.149 24 M 0.019 0.017 0.067 0.117 0.611 0.169 25 G 0.013 0.009 0.034 0.148 0.517 0.278 26 S 0.017 0.020 0.016 0.363 0.246 0.338 27 Y 0.012 0.011 0.008 0.796 0.063 0.110 28 R 0.009 0.005 0.006 0.875 0.038 0.067 29 T 0.005 0.001 0.007 0.945 0.023 0.019 30 E 0.004 0.001 0.010 0.966 0.012 0.008 31 L 0.002 0.001 0.004 0.986 0.004 0.004 32 Y 0.001 0.001 0.003 0.990 0.003 0.004 33 R 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.002 34 L 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.002 35 L 0.001 0.001 0.004 0.985 0.006 0.005 36 T 0.001 0.001 0.009 0.965 0.016 0.010 37 Q 0.001 0.001 0.011 0.924 0.032 0.032 38 A 0.001 0.001 0.012 0.764 0.077 0.144 39 G 0.003 0.002 0.006 0.025 0.302 0.663 40 L 0.014 0.005 0.011 0.016 0.389 0.565 41 S 0.086 0.008 0.012 0.009 0.432 0.453 42 I 0.453 0.012 0.009 0.014 0.190 0.322 43 D 0.779 0.006 0.004 0.012 0.051 0.148 44 F 0.893 0.007 0.003 0.008 0.038 0.051 45 V 0.793 0.017 0.004 0.016 0.067 0.103 46 G 0.505 0.014 0.010 0.022 0.176 0.273 47 S 0.359 0.015 0.014 0.010 0.242 0.359 48 Q 0.329 0.030 0.039 0.010 0.254 0.339 49 R 0.229 0.046 0.050 0.014 0.421 0.241 50 S 0.110 0.019 0.032 0.014 0.550 0.275 51 G 0.100 0.013 0.026 0.008 0.548 0.306 52 P 0.149 0.046 0.052 0.017 0.458 0.278 53 S 0.178 0.071 0.061 0.019 0.418 0.254 54 S 0.121 0.062 0.047 0.017 0.487 0.266 55 L 0.085 0.035 0.032 0.013 0.619 0.216 56 P 0.075 0.024 0.039 0.018 0.633 0.211 57 D 0.060 0.021 0.049 0.018 0.682 0.170 58 K 0.081 0.026 0.066 0.026 0.641 0.160 59 D 0.112 0.050 0.101 0.038 0.448 0.252 60 H 0.167 0.047 0.085 0.036 0.425 0.239 61 E 0.225 0.027 0.079 0.036 0.389 0.244 62 G 0.306 0.038 0.053 0.039 0.320 0.245 63 H 0.271 0.076 0.039 0.056 0.349 0.209 64 S 0.225 0.048 0.032 0.064 0.402 0.229 65 G 0.094 0.015 0.032 0.087 0.520 0.253 66 W 0.094 0.029 0.039 0.128 0.414 0.295 67 T 0.082 0.048 0.025 0.241 0.188 0.417 68 I 0.018 0.007 0.045 0.801 0.058 0.071 69 P 0.004 0.001 0.046 0.905 0.029 0.016 70 Q 0.003 0.001 0.050 0.912 0.026 0.009 71 I 0.003 0.001 0.026 0.943 0.019 0.009 72 A 0.003 0.001 0.024 0.930 0.026 0.014 73 S 0.002 0.001 0.037 0.887 0.047 0.026 74 N 0.003 0.001 0.035 0.832 0.067 0.062 75 I 0.002 0.002 0.024 0.931 0.021 0.019 76 N 0.003 0.001 0.036 0.901 0.032 0.027 77 N 0.002 0.001 0.025 0.935 0.022 0.016 78 W 0.001 0.001 0.022 0.951 0.015 0.009 79 L 0.001 0.001 0.020 0.945 0.020 0.013 80 N 0.001 0.001 0.040 0.869 0.058 0.031 81 T 0.003 0.002 0.044 0.671 0.145 0.135 82 H 0.005 0.008 0.044 0.481 0.231 0.231 83 N 0.006 0.007 0.007 0.008 0.517 0.454 84 P 0.007 0.001 0.007 0.002 0.630 0.354 85 D 0.106 0.003 0.005 0.001 0.557 0.329 86 V 0.951 0.003 0.001 0.001 0.022 0.023 87 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 88 F 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 90 W 0.967 0.001 0.001 0.001 0.004 0.028 91 I 0.752 0.003 0.001 0.001 0.034 0.210 92 G 0.345 0.013 0.004 0.002 0.248 0.388 93 G 0.114 0.018 0.018 0.007 0.455 0.388 94 N 0.040 0.015 0.030 0.008 0.558 0.349 95 D 0.020 0.014 0.074 0.015 0.724 0.154 96 L 0.013 0.007 0.136 0.049 0.661 0.134 97 L 0.017 0.015 0.146 0.077 0.591 0.155 98 L 0.030 0.056 0.044 0.133 0.454 0.282 99 N 0.020 0.021 0.011 0.169 0.200 0.578 100 G 0.002 0.001 0.033 0.892 0.037 0.035 101 N 0.002 0.001 0.046 0.919 0.024 0.008 102 L 0.004 0.002 0.059 0.897 0.030 0.008 103 N 0.007 0.003 0.024 0.910 0.029 0.027 104 A 0.005 0.001 0.023 0.930 0.027 0.015 105 T 0.003 0.001 0.015 0.936 0.026 0.020 106 G 0.002 0.001 0.013 0.910 0.022 0.051 107 L 0.001 0.001 0.004 0.990 0.002 0.003 108 S 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.002 109 N 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.002 110 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 111 I 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 112 D 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 113 Q 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 114 I 0.001 0.001 0.003 0.991 0.003 0.003 115 F 0.001 0.001 0.016 0.966 0.012 0.005 116 T 0.002 0.001 0.012 0.948 0.023 0.014 117 V 0.003 0.003 0.014 0.737 0.075 0.168 118 K 0.002 0.008 0.010 0.028 0.873 0.080 119 P 0.001 0.001 0.026 0.005 0.938 0.030 120 N 0.002 0.001 0.008 0.001 0.961 0.029 121 V 0.144 0.008 0.004 0.001 0.759 0.085 122 T 0.759 0.007 0.001 0.001 0.036 0.197 123 L 0.992 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 124 F 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 125 V 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 126 A 0.893 0.002 0.001 0.001 0.018 0.086 127 D 0.482 0.004 0.003 0.001 0.146 0.364 128 Y 0.260 0.010 0.014 0.002 0.275 0.439 129 Y 0.121 0.025 0.042 0.003 0.280 0.529 130 P 0.068 0.029 0.018 0.008 0.304 0.573 131 W 0.007 0.006 0.006 0.037 0.183 0.761 132 P 0.001 0.001 0.022 0.854 0.061 0.061 133 E 0.001 0.001 0.016 0.970 0.012 0.002 134 A 0.001 0.001 0.015 0.968 0.013 0.003 135 I 0.001 0.001 0.015 0.965 0.013 0.005 136 K 0.002 0.001 0.018 0.955 0.016 0.008 137 Q 0.001 0.001 0.015 0.949 0.021 0.014 138 Y 0.002 0.001 0.017 0.929 0.025 0.026 139 N 0.003 0.002 0.024 0.882 0.048 0.041 140 A 0.002 0.001 0.025 0.879 0.042 0.051 141 V 0.002 0.001 0.015 0.899 0.023 0.059 142 I 0.002 0.001 0.006 0.943 0.015 0.032 143 P 0.001 0.001 0.003 0.977 0.006 0.013 144 G 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 145 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 146 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 147 Q 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 148 Q 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 149 K 0.001 0.001 0.002 0.996 0.002 0.001 150 A 0.001 0.001 0.004 0.990 0.004 0.001 151 N 0.001 0.001 0.007 0.981 0.008 0.003 152 A 0.001 0.001 0.010 0.877 0.031 0.080 153 G 0.004 0.017 0.018 0.117 0.575 0.270 154 K 0.005 0.002 0.011 0.010 0.708 0.264 155 K 0.015 0.002 0.006 0.002 0.725 0.249 156 V 0.362 0.015 0.004 0.001 0.445 0.174 157 Y 0.815 0.004 0.001 0.001 0.034 0.146 158 F 0.985 0.003 0.001 0.001 0.003 0.009 159 V 0.972 0.003 0.001 0.001 0.003 0.020 160 K 0.867 0.003 0.001 0.002 0.024 0.103 161 L 0.288 0.004 0.087 0.124 0.231 0.266 162 S 0.085 0.002 0.276 0.119 0.357 0.161 163 E 0.044 0.003 0.420 0.171 0.307 0.056 164 I 0.072 0.017 0.229 0.288 0.249 0.145 165 Q 0.133 0.035 0.145 0.299 0.238 0.151 166 F 0.115 0.026 0.096 0.282 0.256 0.225 167 D 0.082 0.017 0.066 0.132 0.397 0.305 168 R 0.045 0.016 0.085 0.131 0.413 0.310 169 N 0.031 0.015 0.036 0.055 0.476 0.388 170 T 0.033 0.012 0.039 0.052 0.498 0.366 171 D 0.060 0.019 0.033 0.029 0.389 0.470 172 I 0.169 0.095 0.034 0.038 0.319 0.345 173 S 0.199 0.100 0.030 0.027 0.403 0.240 174 W 0.148 0.040 0.040 0.029 0.546 0.197 175 D 0.082 0.012 0.038 0.019 0.664 0.185 176 G 0.154 0.025 0.048 0.015 0.601 0.156 177 L 0.321 0.086 0.042 0.019 0.338 0.193 178 H 0.264 0.095 0.053 0.023 0.326 0.239 179 L 0.093 0.050 0.019 0.025 0.327 0.485 180 S 0.017 0.010 0.004 0.035 0.185 0.750 181 E 0.001 0.001 0.016 0.931 0.032 0.019 182 I 0.001 0.001 0.009 0.982 0.007 0.002 183 G 0.001 0.001 0.010 0.981 0.006 0.002 184 Y 0.001 0.001 0.003 0.992 0.002 0.003 185 K 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 186 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 187 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 188 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 189 N 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 190 I 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 191 W 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 192 Y 0.001 0.001 0.005 0.991 0.002 0.002 193 K 0.001 0.001 0.007 0.988 0.004 0.001 194 Y 0.001 0.001 0.005 0.986 0.004 0.004 195 T 0.001 0.001 0.005 0.975 0.005 0.013 196 I 0.001 0.001 0.010 0.973 0.007 0.009 197 D 0.001 0.001 0.008 0.974 0.008 0.009 198 I 0.001 0.001 0.010 0.957 0.011 0.020 199 L 0.002 0.002 0.017 0.932 0.021 0.026 200 R 0.002 0.001 0.020 0.934 0.023 0.020 201 A 0.002 0.001 0.029 0.910 0.031 0.027 202 L 0.003 0.002 0.021 0.855 0.046 0.073 203 A 0.002 0.003 0.011 0.725 0.060 0.199 204 G 0.003 0.002 0.003 0.082 0.086 0.823 205 E 0.005 0.002 0.003 0.018 0.080 0.893