# TARGET T0286 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t3c1-near-backbone-11-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0286.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1642 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.048 0.035 0.020 0.032 0.042 0.067 0.143 0.169 0.168 0.149 0.128 2 A 0.331 0.279 0.056 0.134 0.090 0.052 0.029 0.015 0.008 0.003 0.002 3 S 0.430 0.185 0.098 0.115 0.070 0.040 0.025 0.015 0.012 0.007 0.003 4 K 0.288 0.198 0.046 0.142 0.122 0.083 0.062 0.030 0.016 0.008 0.005 5 T 0.166 0.159 0.050 0.150 0.120 0.104 0.093 0.062 0.054 0.027 0.014 6 I 0.021 0.026 0.028 0.081 0.099 0.139 0.192 0.124 0.117 0.098 0.074 7 K 0.022 0.046 0.076 0.205 0.193 0.168 0.142 0.071 0.042 0.023 0.011 8 I 0.001 0.001 0.003 0.007 0.012 0.024 0.089 0.140 0.204 0.272 0.249 9 M 0.001 0.001 0.004 0.010 0.018 0.028 0.081 0.167 0.213 0.232 0.244 10 P 0.001 0.001 0.004 0.007 0.012 0.019 0.057 0.126 0.229 0.270 0.276 11 V 0.001 0.002 0.005 0.012 0.029 0.049 0.107 0.154 0.213 0.206 0.221 12 G 0.001 0.003 0.005 0.018 0.033 0.054 0.127 0.156 0.241 0.193 0.169 13 D 0.001 0.003 0.003 0.022 0.037 0.058 0.155 0.161 0.195 0.185 0.179 14 S 0.001 0.002 0.004 0.009 0.013 0.020 0.067 0.111 0.210 0.266 0.297 15 C 0.002 0.004 0.005 0.020 0.034 0.049 0.128 0.165 0.196 0.194 0.201 16 T 0.005 0.008 0.013 0.023 0.032 0.044 0.100 0.130 0.204 0.212 0.228 17 E 0.017 0.027 0.018 0.082 0.112 0.131 0.197 0.133 0.119 0.089 0.074 18 G 0.052 0.046 0.029 0.072 0.072 0.079 0.130 0.115 0.158 0.140 0.108 19 M 0.045 0.043 0.015 0.078 0.088 0.106 0.175 0.131 0.125 0.104 0.090 20 G 0.080 0.078 0.029 0.083 0.087 0.095 0.138 0.118 0.122 0.095 0.075 21 G 0.090 0.077 0.032 0.116 0.105 0.100 0.136 0.097 0.095 0.079 0.073 22 G 0.213 0.133 0.055 0.128 0.105 0.086 0.092 0.056 0.057 0.042 0.032 23 E 0.121 0.126 0.038 0.142 0.116 0.100 0.122 0.074 0.070 0.053 0.038 24 M 0.113 0.093 0.031 0.107 0.108 0.111 0.147 0.096 0.086 0.063 0.045 25 G 0.245 0.121 0.059 0.141 0.106 0.085 0.085 0.056 0.050 0.033 0.021 26 S 0.229 0.156 0.080 0.177 0.115 0.086 0.070 0.037 0.026 0.015 0.009 27 Y 0.021 0.050 0.021 0.048 0.061 0.081 0.149 0.146 0.166 0.143 0.115 28 R 0.043 0.062 0.030 0.133 0.137 0.153 0.188 0.101 0.075 0.045 0.032 29 T 0.257 0.098 0.168 0.177 0.107 0.069 0.051 0.029 0.024 0.014 0.006 30 E 0.035 0.057 0.045 0.184 0.188 0.172 0.179 0.080 0.035 0.016 0.007 31 L 0.001 0.002 0.004 0.004 0.004 0.008 0.038 0.084 0.237 0.308 0.309 32 Y 0.006 0.012 0.031 0.073 0.151 0.199 0.252 0.123 0.078 0.051 0.025 33 R 0.047 0.058 0.523 0.196 0.089 0.045 0.023 0.009 0.006 0.003 0.001 34 L 0.005 0.009 0.022 0.064 0.086 0.150 0.331 0.172 0.088 0.050 0.023 35 L 0.002 0.002 0.006 0.004 0.005 0.011 0.058 0.111 0.229 0.296 0.275 36 T 0.030 0.065 0.141 0.236 0.209 0.143 0.114 0.034 0.016 0.009 0.004 37 Q 0.099 0.097 0.445 0.142 0.087 0.057 0.036 0.017 0.011 0.007 0.003 38 A 0.113 0.087 0.044 0.131 0.118 0.135 0.198 0.090 0.049 0.024 0.012 39 G 0.311 0.160 0.055 0.085 0.072 0.069 0.078 0.072 0.052 0.029 0.015 40 L 0.093 0.084 0.042 0.094 0.104 0.114 0.140 0.121 0.092 0.065 0.053 41 S 0.288 0.249 0.114 0.157 0.102 0.049 0.020 0.011 0.007 0.003 0.001 42 I 0.030 0.017 0.012 0.036 0.048 0.072 0.142 0.125 0.177 0.181 0.161 43 D 0.142 0.169 0.061 0.209 0.157 0.099 0.073 0.040 0.026 0.014 0.009 44 F 0.005 0.007 0.006 0.021 0.024 0.041 0.114 0.140 0.199 0.237 0.206 45 V 0.054 0.075 0.048 0.116 0.126 0.122 0.128 0.115 0.087 0.070 0.059 46 G 0.065 0.069 0.045 0.118 0.101 0.101 0.128 0.106 0.120 0.089 0.058 47 S 0.096 0.078 0.036 0.114 0.124 0.114 0.125 0.094 0.089 0.074 0.057 48 Q 0.069 0.054 0.019 0.066 0.067 0.080 0.133 0.115 0.156 0.131 0.109 49 R 0.097 0.118 0.038 0.151 0.130 0.110 0.116 0.083 0.068 0.052 0.038 50 S 0.051 0.048 0.022 0.058 0.069 0.089 0.132 0.127 0.146 0.136 0.122 51 G 0.160 0.133 0.044 0.145 0.122 0.102 0.095 0.066 0.061 0.041 0.031 52 P 0.105 0.073 0.031 0.098 0.096 0.098 0.124 0.097 0.113 0.094 0.072 53 S 0.070 0.055 0.023 0.073 0.077 0.089 0.133 0.107 0.134 0.121 0.118 54 S 0.083 0.093 0.040 0.133 0.107 0.103 0.136 0.087 0.089 0.070 0.058 55 L 0.051 0.055 0.034 0.085 0.079 0.087 0.136 0.105 0.121 0.129 0.118 56 P 0.121 0.116 0.045 0.133 0.116 0.111 0.123 0.078 0.071 0.051 0.037 57 D 0.131 0.105 0.045 0.131 0.108 0.101 0.115 0.076 0.080 0.063 0.045 58 K 0.088 0.076 0.030 0.104 0.107 0.113 0.147 0.096 0.096 0.080 0.062 59 D 0.078 0.077 0.039 0.123 0.109 0.103 0.133 0.093 0.102 0.081 0.062 60 H 0.028 0.027 0.023 0.067 0.075 0.094 0.166 0.123 0.141 0.138 0.117 61 E 0.040 0.049 0.047 0.116 0.110 0.104 0.144 0.105 0.109 0.098 0.079 62 G 0.016 0.020 0.018 0.050 0.056 0.073 0.150 0.139 0.169 0.170 0.140 63 H 0.030 0.035 0.026 0.069 0.078 0.087 0.139 0.131 0.142 0.136 0.125 64 S 0.041 0.051 0.029 0.087 0.093 0.103 0.155 0.120 0.134 0.107 0.080 65 G 0.121 0.086 0.048 0.136 0.132 0.109 0.113 0.081 0.080 0.057 0.037 66 W 0.073 0.042 0.021 0.063 0.068 0.088 0.154 0.123 0.143 0.121 0.102 67 T 0.076 0.160 0.046 0.171 0.139 0.107 0.113 0.075 0.056 0.034 0.024 68 I 0.013 0.016 0.011 0.030 0.038 0.059 0.144 0.140 0.181 0.188 0.179 69 P 0.270 0.135 0.084 0.183 0.134 0.080 0.055 0.026 0.019 0.010 0.005 70 Q 0.145 0.115 0.094 0.212 0.140 0.105 0.092 0.042 0.031 0.016 0.008 71 I 0.012 0.026 0.017 0.038 0.045 0.064 0.154 0.159 0.190 0.168 0.128 72 A 0.018 0.021 0.022 0.068 0.094 0.131 0.233 0.151 0.124 0.083 0.054 73 S 0.153 0.092 0.346 0.200 0.094 0.051 0.033 0.014 0.010 0.006 0.002 74 N 0.026 0.067 0.073 0.189 0.186 0.168 0.167 0.073 0.031 0.014 0.006 75 I 0.001 0.002 0.002 0.003 0.004 0.011 0.058 0.119 0.236 0.289 0.274 76 N 0.068 0.079 0.099 0.239 0.238 0.146 0.083 0.027 0.013 0.006 0.003 77 N 0.115 0.081 0.459 0.166 0.083 0.046 0.026 0.011 0.008 0.004 0.001 78 W 0.014 0.018 0.020 0.063 0.078 0.113 0.278 0.183 0.114 0.074 0.046 79 L 0.009 0.007 0.009 0.010 0.015 0.035 0.118 0.176 0.228 0.209 0.183 80 N 0.076 0.141 0.243 0.269 0.139 0.066 0.037 0.014 0.008 0.004 0.002 81 T 0.179 0.147 0.200 0.156 0.121 0.086 0.056 0.028 0.016 0.009 0.004 82 H 0.118 0.066 0.019 0.066 0.072 0.097 0.166 0.138 0.119 0.080 0.057 83 N 0.293 0.281 0.053 0.153 0.097 0.059 0.031 0.018 0.010 0.004 0.002 84 P 0.022 0.024 0.020 0.049 0.068 0.103 0.153 0.138 0.157 0.145 0.121 85 D 0.051 0.100 0.051 0.192 0.201 0.167 0.117 0.059 0.036 0.017 0.010 86 V 0.001 0.002 0.004 0.025 0.034 0.061 0.163 0.153 0.196 0.191 0.168 87 V 0.001 0.001 0.004 0.011 0.021 0.029 0.090 0.151 0.201 0.239 0.253 88 F 0.001 0.001 0.002 0.005 0.010 0.015 0.060 0.129 0.231 0.263 0.286 89 L 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.008 0.030 0.083 0.222 0.303 0.344 90 W 0.001 0.001 0.005 0.015 0.041 0.071 0.174 0.226 0.210 0.145 0.112 91 I 0.001 0.001 0.002 0.004 0.007 0.014 0.053 0.106 0.237 0.273 0.305 92 G 0.002 0.003 0.006 0.019 0.038 0.071 0.176 0.192 0.200 0.157 0.134 93 G 0.005 0.008 0.014 0.029 0.034 0.049 0.122 0.137 0.195 0.202 0.205 94 N 0.009 0.013 0.011 0.040 0.059 0.097 0.205 0.155 0.157 0.128 0.125 95 D 0.030 0.034 0.025 0.066 0.063 0.073 0.144 0.118 0.154 0.148 0.146 96 L 0.064 0.062 0.032 0.119 0.112 0.117 0.180 0.095 0.091 0.071 0.057 97 L 0.152 0.104 0.055 0.133 0.108 0.092 0.115 0.072 0.073 0.056 0.041 98 L 0.095 0.085 0.028 0.108 0.097 0.108 0.170 0.103 0.086 0.066 0.052 99 N 0.140 0.193 0.055 0.141 0.117 0.091 0.090 0.066 0.053 0.033 0.020 100 G 0.098 0.059 0.033 0.097 0.109 0.121 0.164 0.101 0.098 0.069 0.050 101 N 0.432 0.136 0.101 0.150 0.086 0.043 0.026 0.011 0.008 0.004 0.002 102 L 0.054 0.054 0.041 0.126 0.111 0.126 0.201 0.107 0.085 0.058 0.038 103 N 0.015 0.048 0.035 0.046 0.048 0.065 0.143 0.158 0.176 0.146 0.118 104 A 0.034 0.046 0.055 0.156 0.179 0.175 0.187 0.082 0.046 0.026 0.013 105 T 0.424 0.098 0.285 0.118 0.040 0.018 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 106 G 0.029 0.092 0.037 0.145 0.186 0.195 0.185 0.082 0.034 0.011 0.004 107 L 0.001 0.002 0.002 0.003 0.005 0.015 0.072 0.118 0.245 0.259 0.277 108 S 0.041 0.042 0.144 0.241 0.249 0.153 0.088 0.023 0.011 0.005 0.002 109 N 0.038 0.051 0.447 0.256 0.111 0.059 0.026 0.009 0.002 0.001 0.001 110 L 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.008 0.051 0.121 0.257 0.295 0.260 111 I 0.001 0.001 0.002 0.003 0.011 0.049 0.183 0.241 0.237 0.165 0.108 112 D 0.009 0.020 0.680 0.157 0.079 0.032 0.014 0.005 0.003 0.002 0.001 113 Q 0.001 0.006 0.040 0.108 0.152 0.253 0.325 0.089 0.017 0.006 0.002 114 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.022 0.155 0.343 0.474 115 F 0.004 0.006 0.030 0.067 0.141 0.201 0.359 0.108 0.045 0.028 0.010 116 T 0.011 0.028 0.775 0.100 0.039 0.020 0.012 0.005 0.005 0.003 0.002 117 V 0.011 0.026 0.034 0.069 0.089 0.180 0.382 0.125 0.049 0.023 0.012 118 K 0.227 0.129 0.047 0.075 0.056 0.057 0.103 0.125 0.084 0.063 0.034 119 P 0.299 0.159 0.051 0.112 0.104 0.091 0.076 0.053 0.030 0.015 0.010 120 N 0.450 0.298 0.074 0.094 0.059 0.019 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 121 V 0.006 0.004 0.002 0.009 0.018 0.039 0.109 0.113 0.206 0.228 0.266 122 T 0.049 0.097 0.031 0.224 0.233 0.153 0.110 0.055 0.030 0.012 0.007 123 L 0.001 0.001 0.003 0.008 0.011 0.020 0.076 0.114 0.203 0.274 0.290 124 F 0.001 0.002 0.009 0.017 0.033 0.045 0.113 0.193 0.185 0.200 0.202 125 V 0.001 0.001 0.003 0.006 0.009 0.014 0.051 0.126 0.242 0.284 0.264 126 A 0.001 0.001 0.007 0.007 0.015 0.028 0.068 0.129 0.231 0.252 0.261 127 D 0.013 0.034 0.032 0.117 0.156 0.161 0.181 0.130 0.099 0.049 0.028 128 Y 0.006 0.007 0.007 0.022 0.030 0.051 0.135 0.144 0.209 0.209 0.179 129 Y 0.077 0.045 0.024 0.082 0.084 0.101 0.171 0.129 0.123 0.090 0.076 130 P 0.079 0.108 0.057 0.154 0.106 0.101 0.142 0.081 0.075 0.053 0.044 131 W 0.035 0.069 0.028 0.075 0.082 0.100 0.182 0.131 0.113 0.098 0.087 132 P 0.202 0.129 0.038 0.151 0.132 0.105 0.107 0.057 0.041 0.022 0.014 133 E 0.571 0.146 0.082 0.100 0.049 0.025 0.013 0.006 0.005 0.002 0.001 134 A 0.115 0.132 0.043 0.155 0.147 0.129 0.134 0.070 0.043 0.021 0.011 135 I 0.015 0.018 0.015 0.024 0.032 0.054 0.144 0.152 0.213 0.180 0.154 136 K 0.080 0.094 0.179 0.253 0.178 0.106 0.068 0.022 0.011 0.006 0.002 137 Q 0.081 0.089 0.353 0.205 0.111 0.076 0.048 0.020 0.010 0.005 0.002 138 Y 0.010 0.016 0.028 0.040 0.049 0.089 0.222 0.184 0.168 0.122 0.073 139 N 0.033 0.035 0.056 0.084 0.099 0.140 0.224 0.134 0.104 0.061 0.031 140 A 0.097 0.068 0.397 0.193 0.098 0.062 0.045 0.018 0.013 0.008 0.003 141 V 0.057 0.092 0.175 0.208 0.139 0.128 0.125 0.044 0.019 0.009 0.004 142 I 0.003 0.011 0.010 0.013 0.017 0.041 0.135 0.194 0.230 0.201 0.144 143 P 0.059 0.077 0.071 0.180 0.188 0.179 0.140 0.058 0.029 0.013 0.006 144 G 0.340 0.094 0.322 0.134 0.058 0.028 0.012 0.006 0.004 0.002 0.001 145 I 0.014 0.031 0.027 0.106 0.138 0.177 0.255 0.132 0.071 0.032 0.016 146 V 0.001 0.002 0.004 0.003 0.003 0.008 0.042 0.098 0.262 0.296 0.282 147 Q 0.004 0.015 0.082 0.160 0.259 0.225 0.172 0.045 0.020 0.013 0.004 148 Q 0.032 0.035 0.691 0.135 0.049 0.030 0.016 0.006 0.003 0.002 0.001 149 K 0.003 0.008 0.023 0.059 0.062 0.125 0.348 0.184 0.105 0.058 0.025 150 A 0.001 0.002 0.005 0.003 0.006 0.022 0.123 0.168 0.245 0.257 0.169 151 N 0.029 0.064 0.455 0.258 0.114 0.046 0.024 0.005 0.003 0.002 0.001 152 A 0.062 0.148 0.365 0.187 0.102 0.072 0.043 0.014 0.005 0.002 0.001 153 G 0.068 0.042 0.031 0.050 0.057 0.095 0.206 0.173 0.136 0.087 0.055 154 K 0.264 0.165 0.068 0.139 0.109 0.099 0.086 0.035 0.021 0.010 0.005 155 K 0.170 0.156 0.234 0.223 0.130 0.050 0.019 0.010 0.006 0.002 0.001 156 V 0.003 0.002 0.005 0.008 0.015 0.039 0.128 0.144 0.191 0.207 0.258 157 Y 0.013 0.038 0.035 0.114 0.130 0.146 0.204 0.146 0.092 0.049 0.034 158 F 0.002 0.004 0.025 0.037 0.033 0.037 0.094 0.127 0.186 0.244 0.211 159 V 0.005 0.004 0.012 0.013 0.028 0.052 0.117 0.167 0.208 0.203 0.191 160 K 0.040 0.096 0.054 0.231 0.172 0.131 0.116 0.077 0.051 0.022 0.011 161 L 0.003 0.006 0.006 0.014 0.020 0.033 0.094 0.122 0.196 0.248 0.256 162 S 0.067 0.061 0.025 0.093 0.114 0.124 0.172 0.124 0.108 0.067 0.045 163 E 0.185 0.143 0.122 0.227 0.138 0.081 0.050 0.024 0.019 0.009 0.003 164 I 0.027 0.023 0.025 0.063 0.088 0.129 0.222 0.147 0.119 0.092 0.064 165 Q 0.033 0.039 0.033 0.068 0.058 0.066 0.146 0.141 0.169 0.135 0.111 166 F 0.022 0.030 0.049 0.081 0.091 0.114 0.200 0.132 0.114 0.097 0.070 167 D 0.102 0.132 0.201 0.193 0.127 0.086 0.071 0.036 0.025 0.017 0.011 168 R 0.101 0.102 0.049 0.144 0.128 0.131 0.154 0.082 0.057 0.033 0.018 169 N 0.240 0.128 0.051 0.101 0.089 0.082 0.093 0.072 0.069 0.046 0.027 170 T 0.214 0.131 0.058 0.151 0.124 0.105 0.094 0.050 0.038 0.022 0.013 171 D 0.162 0.129 0.088 0.137 0.124 0.104 0.091 0.063 0.053 0.032 0.018 172 I 0.035 0.035 0.029 0.066 0.070 0.092 0.161 0.134 0.136 0.122 0.119 173 S 0.060 0.084 0.052 0.122 0.109 0.111 0.139 0.106 0.092 0.070 0.055 174 W 0.036 0.050 0.040 0.106 0.102 0.111 0.144 0.111 0.115 0.102 0.083 175 D 0.052 0.054 0.035 0.098 0.101 0.113 0.153 0.105 0.117 0.097 0.075 176 G 0.062 0.059 0.031 0.134 0.133 0.127 0.144 0.100 0.099 0.069 0.040 177 L 0.015 0.012 0.012 0.029 0.038 0.057 0.121 0.133 0.200 0.200 0.183 178 H 0.028 0.040 0.029 0.101 0.092 0.098 0.169 0.136 0.118 0.097 0.090 179 L 0.011 0.020 0.022 0.041 0.045 0.053 0.115 0.126 0.174 0.198 0.194 180 S 0.050 0.072 0.047 0.106 0.119 0.127 0.148 0.107 0.104 0.068 0.049 181 E 0.136 0.095 0.059 0.164 0.144 0.124 0.117 0.061 0.055 0.030 0.016 182 I 0.131 0.078 0.044 0.152 0.122 0.122 0.151 0.084 0.058 0.038 0.021 183 G 0.017 0.045 0.027 0.066 0.073 0.082 0.153 0.146 0.168 0.131 0.092 184 Y 0.004 0.009 0.014 0.029 0.040 0.080 0.173 0.158 0.191 0.165 0.138 185 K 0.035 0.044 0.142 0.206 0.198 0.154 0.121 0.044 0.030 0.018 0.008 186 K 0.025 0.033 0.090 0.233 0.156 0.148 0.186 0.076 0.030 0.017 0.006 187 I 0.001 0.001 0.003 0.004 0.005 0.009 0.045 0.097 0.234 0.321 0.281 188 A 0.001 0.002 0.005 0.008 0.020 0.064 0.176 0.208 0.232 0.173 0.111 189 N 0.015 0.035 0.353 0.228 0.183 0.101 0.050 0.018 0.011 0.005 0.002 190 I 0.005 0.011 0.039 0.099 0.116 0.197 0.314 0.138 0.047 0.024 0.009 191 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.057 0.221 0.334 0.363 192 Y 0.001 0.002 0.008 0.016 0.047 0.138 0.330 0.192 0.134 0.086 0.046 193 K 0.019 0.033 0.568 0.197 0.098 0.045 0.022 0.009 0.005 0.003 0.001 194 Y 0.002 0.008 0.019 0.067 0.095 0.197 0.386 0.146 0.051 0.022 0.009 195 T 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.018 0.056 0.212 0.339 0.366 196 I 0.006 0.009 0.031 0.063 0.155 0.236 0.315 0.099 0.046 0.028 0.012 197 D 0.045 0.060 0.692 0.134 0.044 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 198 I 0.009 0.016 0.026 0.073 0.088 0.166 0.372 0.147 0.063 0.029 0.012 199 L 0.011 0.008 0.012 0.011 0.013 0.027 0.120 0.159 0.228 0.232 0.179 200 R 0.089 0.084 0.278 0.259 0.144 0.075 0.049 0.011 0.006 0.003 0.002 201 A 0.116 0.114 0.438 0.171 0.083 0.042 0.024 0.007 0.003 0.002 0.001 202 L 0.060 0.043 0.037 0.062 0.066 0.100 0.250 0.162 0.106 0.069 0.044 203 A 0.295 0.202 0.068 0.116 0.087 0.076 0.074 0.045 0.022 0.010 0.005 204 G 0.407 0.193 0.187 0.107 0.058 0.026 0.011 0.006 0.004 0.002 0.001 205 E 0.395 0.162 0.088 0.111 0.095 0.066 0.044 0.021 0.011 0.005 0.003