# TARGET T0286 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0286.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1642 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.004 0.001 0.001 0.005 0.006 0.003 0.980 2 A 0.012 0.007 0.008 0.009 0.009 0.014 0.942 3 S 0.029 0.009 0.087 0.030 0.168 0.141 0.536 4 K 0.039 0.003 0.074 0.008 0.239 0.152 0.487 5 T 0.116 0.005 0.015 0.001 0.124 0.027 0.712 6 I 0.351 0.005 0.003 0.001 0.168 0.012 0.461 7 K 0.910 0.001 0.001 0.001 0.012 0.003 0.073 8 I 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 9 M 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 10 P 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 11 V 0.797 0.002 0.002 0.001 0.017 0.006 0.175 12 G 0.221 0.005 0.008 0.003 0.220 0.055 0.489 13 D 0.106 0.016 0.030 0.012 0.281 0.077 0.479 14 S 0.138 0.025 0.114 0.060 0.175 0.169 0.319 15 C 0.112 0.020 0.206 0.120 0.120 0.238 0.184 16 T 0.097 0.033 0.205 0.129 0.143 0.239 0.153 17 E 0.068 0.025 0.125 0.104 0.136 0.383 0.158 18 G 0.047 0.025 0.079 0.042 0.207 0.269 0.331 19 M 0.030 0.033 0.068 0.034 0.267 0.170 0.399 20 G 0.027 0.024 0.059 0.037 0.299 0.243 0.312 21 G 0.020 0.016 0.112 0.065 0.212 0.348 0.227 22 G 0.018 0.018 0.177 0.087 0.182 0.280 0.238 23 E 0.013 0.019 0.173 0.105 0.151 0.309 0.229 24 M 0.012 0.015 0.119 0.153 0.157 0.378 0.166 25 G 0.012 0.010 0.047 0.198 0.259 0.276 0.197 26 S 0.018 0.019 0.044 0.269 0.160 0.152 0.339 27 Y 0.014 0.013 0.032 0.667 0.049 0.060 0.166 28 R 0.006 0.004 0.023 0.866 0.013 0.017 0.070 29 T 0.001 0.001 0.014 0.966 0.004 0.008 0.006 30 E 0.001 0.001 0.010 0.975 0.002 0.008 0.004 31 L 0.001 0.001 0.005 0.984 0.001 0.008 0.002 32 Y 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.004 0.001 33 R 0.001 0.001 0.003 0.991 0.001 0.004 0.001 34 L 0.001 0.001 0.004 0.986 0.001 0.006 0.002 35 L 0.001 0.001 0.008 0.971 0.002 0.014 0.003 36 T 0.002 0.001 0.015 0.927 0.004 0.047 0.004 37 Q 0.003 0.001 0.021 0.822 0.015 0.128 0.011 38 A 0.003 0.002 0.020 0.373 0.038 0.524 0.040 39 G 0.005 0.003 0.019 0.025 0.105 0.632 0.211 40 L 0.052 0.011 0.013 0.007 0.164 0.100 0.653 41 S 0.296 0.020 0.020 0.007 0.109 0.074 0.474 42 I 0.535 0.019 0.009 0.006 0.057 0.009 0.365 43 D 0.724 0.007 0.008 0.006 0.019 0.005 0.230 44 F 0.903 0.024 0.008 0.008 0.011 0.005 0.041 45 V 0.763 0.018 0.010 0.015 0.028 0.040 0.125 46 G 0.338 0.006 0.022 0.008 0.171 0.147 0.307 47 S 0.202 0.012 0.045 0.015 0.144 0.099 0.483 48 Q 0.334 0.050 0.073 0.030 0.120 0.117 0.276 49 R 0.221 0.025 0.079 0.020 0.189 0.149 0.315 50 S 0.136 0.028 0.062 0.024 0.221 0.211 0.318 51 G 0.079 0.020 0.050 0.019 0.266 0.141 0.426 52 P 0.063 0.032 0.134 0.030 0.144 0.178 0.419 53 S 0.066 0.031 0.137 0.029 0.165 0.250 0.323 54 S 0.075 0.060 0.110 0.027 0.252 0.160 0.316 55 L 0.053 0.035 0.031 0.008 0.300 0.058 0.516 56 P 0.039 0.025 0.042 0.010 0.161 0.260 0.463 57 D 0.030 0.025 0.051 0.009 0.264 0.311 0.309 58 K 0.044 0.013 0.074 0.015 0.314 0.329 0.211 59 D 0.077 0.027 0.081 0.018 0.244 0.210 0.343 60 H 0.169 0.080 0.065 0.019 0.191 0.115 0.361 61 E 0.223 0.069 0.047 0.024 0.141 0.162 0.335 62 G 0.197 0.046 0.037 0.024 0.170 0.146 0.380 63 H 0.199 0.066 0.037 0.025 0.200 0.116 0.356 64 S 0.130 0.034 0.046 0.028 0.169 0.297 0.296 65 G 0.074 0.019 0.071 0.029 0.224 0.354 0.229 66 W 0.079 0.044 0.048 0.036 0.257 0.173 0.363 67 T 0.056 0.056 0.039 0.052 0.204 0.102 0.490 68 I 0.018 0.015 0.076 0.421 0.116 0.046 0.307 69 P 0.003 0.002 0.116 0.752 0.021 0.063 0.042 70 Q 0.004 0.005 0.191 0.697 0.011 0.058 0.034 71 I 0.003 0.002 0.123 0.802 0.008 0.033 0.028 72 A 0.003 0.002 0.073 0.860 0.009 0.037 0.016 73 S 0.001 0.001 0.036 0.870 0.005 0.083 0.006 74 N 0.001 0.001 0.030 0.849 0.006 0.086 0.027 75 I 0.001 0.001 0.015 0.928 0.006 0.022 0.027 76 N 0.001 0.001 0.018 0.952 0.003 0.016 0.010 77 N 0.001 0.001 0.022 0.947 0.003 0.021 0.006 78 W 0.001 0.001 0.027 0.940 0.003 0.024 0.005 79 L 0.001 0.002 0.031 0.906 0.011 0.043 0.007 80 N 0.002 0.001 0.046 0.815 0.009 0.115 0.013 81 T 0.002 0.001 0.047 0.645 0.029 0.248 0.028 82 H 0.007 0.007 0.027 0.391 0.180 0.275 0.114 83 N 0.012 0.005 0.004 0.003 0.332 0.018 0.626 84 P 0.025 0.002 0.054 0.009 0.165 0.421 0.324 85 D 0.130 0.002 0.024 0.002 0.471 0.314 0.056 86 V 0.953 0.002 0.003 0.001 0.003 0.002 0.037 87 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 88 F 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 L 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 90 W 0.946 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.046 91 I 0.709 0.006 0.007 0.004 0.043 0.014 0.218 92 G 0.350 0.009 0.016 0.008 0.197 0.045 0.374 93 G 0.188 0.012 0.043 0.014 0.260 0.098 0.385 94 N 0.081 0.028 0.067 0.028 0.324 0.106 0.366 95 D 0.041 0.015 0.109 0.036 0.210 0.100 0.488 96 L 0.017 0.006 0.125 0.040 0.154 0.341 0.316 97 L 0.022 0.012 0.070 0.042 0.126 0.311 0.417 98 L 0.034 0.037 0.025 0.059 0.234 0.081 0.530 99 N 0.017 0.008 0.011 0.075 0.108 0.058 0.724 100 G 0.004 0.003 0.044 0.675 0.042 0.136 0.098 101 N 0.003 0.002 0.036 0.829 0.020 0.066 0.046 102 L 0.006 0.005 0.058 0.806 0.021 0.043 0.061 103 N 0.007 0.004 0.023 0.855 0.018 0.042 0.051 104 A 0.004 0.003 0.016 0.878 0.020 0.047 0.031 105 T 0.002 0.001 0.010 0.829 0.018 0.132 0.008 106 G 0.004 0.005 0.010 0.765 0.032 0.124 0.061 107 L 0.001 0.001 0.004 0.976 0.001 0.008 0.010 108 S 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.002 0.001 109 N 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.002 0.001 110 L 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.002 0.001 111 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 112 D 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 113 Q 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.009 0.001 114 I 0.001 0.001 0.007 0.961 0.001 0.030 0.001 115 F 0.001 0.001 0.018 0.901 0.004 0.074 0.002 116 T 0.002 0.001 0.021 0.757 0.006 0.201 0.013 117 V 0.005 0.009 0.011 0.602 0.134 0.097 0.143 118 K 0.007 0.004 0.003 0.009 0.153 0.008 0.817 119 P 0.003 0.002 0.020 0.008 0.130 0.794 0.044 120 N 0.009 0.001 0.009 0.001 0.074 0.870 0.036 121 V 0.150 0.003 0.001 0.001 0.102 0.004 0.740 122 T 0.664 0.002 0.001 0.001 0.082 0.003 0.248 123 L 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 124 F 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 125 V 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 126 A 0.844 0.002 0.001 0.001 0.007 0.002 0.144 127 D 0.399 0.003 0.003 0.001 0.112 0.019 0.464 128 Y 0.180 0.010 0.023 0.002 0.219 0.050 0.516 129 Y 0.069 0.021 0.050 0.006 0.324 0.049 0.480 130 P 0.054 0.034 0.057 0.014 0.238 0.094 0.510 131 W 0.009 0.006 0.009 0.012 0.097 0.012 0.855 132 P 0.009 0.008 0.134 0.257 0.040 0.060 0.493 133 E 0.003 0.003 0.178 0.605 0.043 0.091 0.077 134 A 0.004 0.004 0.124 0.686 0.023 0.078 0.082 135 I 0.001 0.001 0.023 0.921 0.007 0.022 0.023 136 K 0.001 0.001 0.008 0.966 0.004 0.012 0.009 137 Q 0.001 0.001 0.015 0.961 0.003 0.013 0.007 138 Y 0.001 0.001 0.012 0.962 0.002 0.018 0.004 139 N 0.002 0.001 0.019 0.935 0.006 0.032 0.005 140 A 0.001 0.001 0.015 0.898 0.009 0.072 0.004 141 V 0.001 0.001 0.009 0.876 0.012 0.083 0.018 142 I 0.001 0.001 0.003 0.952 0.008 0.008 0.028 143 P 0.001 0.001 0.003 0.988 0.001 0.006 0.002 144 G 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.004 0.001 145 I 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.004 0.001 146 V 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 147 Q 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 148 Q 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.007 0.001 149 K 0.001 0.001 0.004 0.981 0.001 0.011 0.003 150 A 0.001 0.001 0.021 0.927 0.008 0.034 0.007 151 N 0.001 0.001 0.032 0.774 0.004 0.182 0.006 152 A 0.001 0.001 0.028 0.454 0.012 0.493 0.012 153 G 0.004 0.001 0.034 0.055 0.179 0.351 0.376 154 K 0.006 0.001 0.025 0.009 0.364 0.377 0.218 155 K 0.170 0.007 0.025 0.003 0.232 0.282 0.280 156 V 0.648 0.012 0.002 0.001 0.012 0.001 0.323 157 Y 0.939 0.002 0.001 0.001 0.009 0.001 0.048 158 F 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 159 V 0.961 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.031 160 K 0.784 0.003 0.002 0.001 0.020 0.001 0.189 161 L 0.191 0.006 0.142 0.036 0.065 0.087 0.475 162 S 0.105 0.006 0.185 0.079 0.162 0.128 0.334 163 E 0.044 0.005 0.368 0.108 0.125 0.092 0.258 164 I 0.071 0.021 0.248 0.238 0.072 0.135 0.214 165 Q 0.149 0.021 0.138 0.316 0.060 0.174 0.143 166 F 0.137 0.032 0.099 0.285 0.091 0.174 0.183 167 D 0.109 0.015 0.063 0.132 0.131 0.188 0.362 168 R 0.064 0.014 0.077 0.094 0.217 0.333 0.201 169 N 0.044 0.009 0.117 0.050 0.187 0.321 0.273 170 T 0.053 0.015 0.106 0.037 0.223 0.251 0.314 171 D 0.115 0.029 0.082 0.027 0.135 0.197 0.415 172 I 0.199 0.108 0.044 0.023 0.192 0.068 0.366 173 S 0.201 0.033 0.035 0.019 0.080 0.074 0.558 174 W 0.221 0.053 0.074 0.032 0.150 0.144 0.326 175 D 0.167 0.028 0.062 0.028 0.188 0.244 0.283 176 G 0.125 0.023 0.058 0.018 0.252 0.230 0.294 177 L 0.122 0.053 0.025 0.015 0.303 0.088 0.394 178 H 0.087 0.090 0.016 0.016 0.127 0.095 0.570 179 L 0.018 0.021 0.022 0.043 0.141 0.222 0.535 180 S 0.008 0.013 0.009 0.106 0.165 0.059 0.641 181 E 0.001 0.001 0.008 0.931 0.019 0.032 0.009 182 I 0.001 0.001 0.002 0.980 0.001 0.014 0.002 183 G 0.001 0.001 0.003 0.986 0.001 0.006 0.003 184 Y 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 185 K 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 186 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 187 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 188 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 189 N 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 190 I 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.013 0.001 191 W 0.001 0.001 0.002 0.979 0.001 0.018 0.001 192 Y 0.001 0.001 0.003 0.990 0.001 0.006 0.001 193 K 0.001 0.001 0.003 0.987 0.001 0.010 0.001 194 Y 0.001 0.001 0.003 0.980 0.001 0.015 0.001 195 T 0.001 0.001 0.004 0.977 0.001 0.016 0.002 196 I 0.001 0.001 0.005 0.988 0.001 0.006 0.001 197 D 0.001 0.001 0.004 0.990 0.001 0.005 0.001 198 I 0.001 0.001 0.003 0.986 0.001 0.009 0.001 199 L 0.001 0.001 0.006 0.979 0.001 0.010 0.004 200 R 0.001 0.001 0.011 0.960 0.002 0.019 0.006 201 A 0.001 0.001 0.009 0.942 0.002 0.041 0.005 202 L 0.001 0.001 0.015 0.820 0.013 0.124 0.025 203 A 0.003 0.004 0.018 0.396 0.056 0.448 0.075 204 G 0.007 0.003 0.009 0.091 0.069 0.254 0.566 205 E 0.004 0.002 0.002 0.009 0.015 0.008 0.960