# TARGET T0286 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0286.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1642 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.363 0.248 0.182 0.141 0.056 0.010 0.001 2 A 0.664 0.233 0.075 0.023 0.005 0.001 0.001 3 S 0.801 0.151 0.036 0.010 0.002 0.001 0.001 4 K 0.585 0.276 0.103 0.031 0.005 0.001 0.001 5 T 0.281 0.406 0.217 0.080 0.015 0.001 0.001 6 I 0.012 0.077 0.221 0.392 0.252 0.044 0.002 7 K 0.006 0.027 0.111 0.302 0.394 0.148 0.012 8 I 0.001 0.002 0.005 0.019 0.106 0.568 0.299 9 M 0.001 0.002 0.003 0.014 0.074 0.356 0.550 10 P 0.001 0.001 0.003 0.009 0.030 0.173 0.784 11 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.025 0.162 0.808 12 G 0.001 0.001 0.002 0.010 0.037 0.213 0.736 13 D 0.001 0.002 0.007 0.031 0.107 0.308 0.544 14 S 0.001 0.004 0.008 0.020 0.069 0.326 0.572 15 C 0.003 0.007 0.018 0.054 0.131 0.305 0.481 16 T 0.004 0.010 0.019 0.045 0.105 0.329 0.489 17 E 0.018 0.040 0.065 0.137 0.198 0.273 0.269 18 G 0.041 0.076 0.102 0.141 0.186 0.260 0.194 19 M 0.078 0.111 0.139 0.204 0.211 0.181 0.075 20 G 0.225 0.194 0.166 0.160 0.117 0.091 0.046 21 G 0.250 0.227 0.167 0.160 0.112 0.067 0.016 22 G 0.297 0.233 0.176 0.141 0.088 0.048 0.017 23 E 0.299 0.237 0.176 0.143 0.084 0.047 0.014 24 M 0.228 0.222 0.199 0.171 0.111 0.056 0.013 25 G 0.230 0.216 0.209 0.181 0.112 0.043 0.009 26 S 0.143 0.223 0.199 0.167 0.139 0.097 0.032 27 Y 0.016 0.033 0.070 0.172 0.299 0.321 0.090 28 R 0.014 0.059 0.133 0.223 0.267 0.231 0.073 29 T 0.038 0.149 0.222 0.231 0.189 0.128 0.043 30 E 0.009 0.078 0.206 0.280 0.245 0.144 0.037 31 L 0.001 0.002 0.006 0.037 0.206 0.567 0.181 32 Y 0.004 0.033 0.129 0.310 0.307 0.190 0.027 33 R 0.028 0.267 0.317 0.217 0.110 0.054 0.007 34 L 0.003 0.027 0.120 0.330 0.361 0.145 0.014 35 L 0.004 0.012 0.047 0.190 0.419 0.302 0.025 36 T 0.108 0.341 0.306 0.176 0.056 0.012 0.001 37 Q 0.397 0.374 0.150 0.059 0.017 0.003 0.001 38 A 0.245 0.303 0.254 0.137 0.048 0.011 0.001 39 G 0.287 0.294 0.210 0.141 0.055 0.013 0.001 40 L 0.151 0.240 0.250 0.209 0.113 0.034 0.004 41 S 0.192 0.359 0.248 0.134 0.050 0.014 0.002 42 I 0.010 0.031 0.091 0.245 0.358 0.235 0.030 43 D 0.018 0.095 0.226 0.319 0.222 0.103 0.017 44 F 0.008 0.019 0.039 0.099 0.249 0.444 0.142 45 V 0.015 0.057 0.118 0.233 0.291 0.225 0.062 46 G 0.026 0.089 0.160 0.202 0.212 0.205 0.106 47 S 0.026 0.069 0.105 0.181 0.238 0.285 0.097 48 Q 0.056 0.109 0.158 0.199 0.215 0.193 0.071 49 R 0.067 0.123 0.162 0.216 0.197 0.179 0.057 50 S 0.089 0.095 0.120 0.172 0.199 0.231 0.095 51 G 0.155 0.179 0.185 0.187 0.146 0.107 0.041 52 P 0.189 0.148 0.163 0.184 0.163 0.112 0.040 53 S 0.249 0.180 0.150 0.156 0.128 0.100 0.037 54 S 0.315 0.211 0.146 0.129 0.098 0.077 0.024 55 L 0.251 0.256 0.185 0.164 0.100 0.037 0.008 56 P 0.377 0.256 0.169 0.112 0.055 0.023 0.007 57 D 0.343 0.224 0.149 0.124 0.087 0.055 0.018 58 K 0.220 0.229 0.213 0.168 0.103 0.051 0.017 59 D 0.158 0.180 0.190 0.199 0.155 0.092 0.027 60 H 0.101 0.079 0.090 0.152 0.219 0.247 0.111 61 E 0.078 0.120 0.169 0.206 0.185 0.164 0.078 62 G 0.051 0.057 0.081 0.140 0.196 0.275 0.201 63 H 0.033 0.052 0.083 0.149 0.218 0.262 0.204 64 S 0.038 0.068 0.097 0.127 0.168 0.268 0.233 65 G 0.062 0.087 0.106 0.163 0.200 0.227 0.156 66 W 0.055 0.089 0.122 0.167 0.195 0.228 0.144 67 T 0.054 0.114 0.143 0.189 0.184 0.202 0.114 68 I 0.026 0.043 0.068 0.147 0.246 0.311 0.160 69 P 0.130 0.228 0.243 0.203 0.121 0.057 0.018 70 Q 0.119 0.276 0.246 0.178 0.105 0.059 0.017 71 I 0.015 0.026 0.054 0.150 0.321 0.352 0.083 72 A 0.021 0.072 0.162 0.286 0.271 0.164 0.025 73 S 0.086 0.341 0.308 0.173 0.067 0.022 0.003 74 N 0.007 0.054 0.196 0.347 0.286 0.102 0.009 75 I 0.001 0.003 0.008 0.045 0.259 0.590 0.093 76 N 0.017 0.119 0.302 0.366 0.161 0.033 0.002 77 N 0.124 0.511 0.266 0.079 0.016 0.003 0.001 78 W 0.005 0.044 0.162 0.368 0.314 0.103 0.004 79 L 0.005 0.019 0.078 0.284 0.436 0.171 0.007 80 N 0.170 0.460 0.264 0.085 0.018 0.002 0.001 81 T 0.439 0.340 0.142 0.061 0.016 0.002 0.001 82 H 0.064 0.205 0.328 0.286 0.104 0.012 0.001 83 N 0.208 0.489 0.220 0.070 0.012 0.001 0.001 84 P 0.003 0.030 0.141 0.375 0.378 0.072 0.002 85 D 0.009 0.099 0.250 0.349 0.229 0.060 0.005 86 V 0.001 0.001 0.003 0.026 0.200 0.649 0.121 87 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.027 0.403 0.568 88 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.095 0.898 89 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.045 0.953 90 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.105 0.887 91 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.135 0.851 92 G 0.001 0.001 0.004 0.016 0.063 0.302 0.615 93 G 0.001 0.004 0.012 0.045 0.139 0.394 0.404 94 N 0.003 0.010 0.022 0.065 0.183 0.432 0.284 95 D 0.023 0.061 0.112 0.214 0.270 0.251 0.069 96 L 0.048 0.129 0.196 0.241 0.209 0.134 0.043 97 L 0.120 0.199 0.208 0.204 0.153 0.093 0.023 98 L 0.145 0.169 0.181 0.200 0.177 0.102 0.027 99 N 0.204 0.249 0.204 0.169 0.104 0.056 0.015 100 G 0.125 0.174 0.212 0.225 0.158 0.087 0.019 101 N 0.467 0.268 0.126 0.073 0.039 0.020 0.006 102 L 0.150 0.274 0.249 0.179 0.098 0.042 0.009 103 N 0.054 0.092 0.138 0.249 0.286 0.163 0.019 104 A 0.044 0.174 0.252 0.290 0.173 0.061 0.005 105 T 0.126 0.427 0.298 0.108 0.033 0.007 0.001 106 G 0.005 0.049 0.205 0.375 0.280 0.081 0.005 107 L 0.001 0.001 0.002 0.021 0.187 0.665 0.123 108 S 0.002 0.046 0.246 0.444 0.212 0.047 0.002 109 N 0.011 0.137 0.374 0.333 0.123 0.020 0.001 110 L 0.001 0.003 0.008 0.031 0.193 0.661 0.104 111 I 0.001 0.001 0.006 0.068 0.344 0.505 0.076 112 D 0.012 0.249 0.429 0.233 0.064 0.012 0.001 113 Q 0.003 0.055 0.234 0.459 0.219 0.027 0.001 114 I 0.001 0.002 0.008 0.077 0.371 0.503 0.039 115 F 0.004 0.091 0.296 0.380 0.200 0.029 0.001 116 T 0.305 0.497 0.145 0.041 0.011 0.002 0.001 117 V 0.049 0.262 0.376 0.247 0.059 0.008 0.001 118 K 0.184 0.334 0.279 0.161 0.038 0.004 0.001 119 P 0.182 0.303 0.249 0.186 0.071 0.008 0.001 120 N 0.221 0.487 0.214 0.063 0.012 0.002 0.001 121 V 0.001 0.004 0.032 0.214 0.504 0.235 0.011 122 T 0.002 0.018 0.089 0.288 0.378 0.199 0.026 123 L 0.001 0.001 0.002 0.009 0.066 0.519 0.403 124 F 0.001 0.001 0.001 0.005 0.042 0.370 0.582 125 V 0.001 0.001 0.001 0.005 0.027 0.191 0.776 126 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.192 0.782 127 D 0.001 0.003 0.012 0.051 0.163 0.451 0.320 128 Y 0.001 0.003 0.016 0.083 0.299 0.455 0.143 129 Y 0.008 0.050 0.118 0.226 0.303 0.255 0.041 130 P 0.054 0.183 0.252 0.264 0.171 0.067 0.008 131 W 0.084 0.181 0.270 0.263 0.153 0.045 0.004 132 P 0.450 0.326 0.146 0.057 0.017 0.004 0.001 133 E 0.716 0.197 0.055 0.021 0.007 0.002 0.001 134 A 0.373 0.289 0.182 0.106 0.039 0.010 0.001 135 I 0.150 0.169 0.214 0.268 0.156 0.041 0.002 136 K 0.414 0.335 0.166 0.064 0.017 0.003 0.001 137 Q 0.416 0.356 0.152 0.054 0.017 0.004 0.001 138 Y 0.085 0.129 0.201 0.289 0.219 0.073 0.005 139 N 0.061 0.132 0.210 0.281 0.215 0.095 0.007 140 A 0.276 0.383 0.216 0.090 0.028 0.007 0.001 141 V 0.079 0.223 0.308 0.247 0.113 0.029 0.002 142 I 0.008 0.013 0.027 0.094 0.325 0.481 0.053 143 P 0.007 0.054 0.193 0.370 0.264 0.104 0.008 144 G 0.070 0.454 0.329 0.113 0.028 0.005 0.001 145 I 0.002 0.028 0.140 0.362 0.369 0.095 0.004 146 V 0.001 0.001 0.005 0.047 0.326 0.569 0.052 147 Q 0.007 0.122 0.356 0.383 0.118 0.013 0.001 148 Q 0.071 0.642 0.242 0.042 0.004 0.001 0.001 149 K 0.002 0.029 0.158 0.485 0.275 0.050 0.001 150 A 0.002 0.013 0.068 0.332 0.480 0.103 0.002 151 N 0.204 0.516 0.217 0.055 0.008 0.001 0.001 152 A 0.497 0.393 0.091 0.017 0.002 0.001 0.001 153 G 0.070 0.248 0.396 0.237 0.045 0.003 0.001 154 K 0.263 0.429 0.227 0.068 0.012 0.001 0.001 155 K 0.109 0.318 0.322 0.193 0.052 0.006 0.001 156 V 0.001 0.005 0.027 0.128 0.397 0.413 0.029 157 Y 0.001 0.010 0.044 0.182 0.377 0.344 0.042 158 F 0.001 0.002 0.005 0.017 0.075 0.460 0.441 159 V 0.001 0.001 0.002 0.012 0.080 0.392 0.513 160 K 0.001 0.008 0.045 0.142 0.239 0.330 0.236 161 L 0.001 0.001 0.004 0.021 0.126 0.465 0.383 162 S 0.006 0.028 0.074 0.175 0.284 0.347 0.085 163 E 0.029 0.145 0.239 0.257 0.188 0.119 0.024 164 I 0.027 0.068 0.140 0.258 0.280 0.186 0.042 165 Q 0.057 0.079 0.107 0.175 0.259 0.271 0.053 166 F 0.121 0.178 0.210 0.236 0.161 0.082 0.012 167 D 0.424 0.291 0.141 0.084 0.040 0.017 0.004 168 R 0.324 0.284 0.195 0.121 0.055 0.018 0.003 169 N 0.275 0.281 0.217 0.148 0.062 0.017 0.002 170 T 0.299 0.288 0.203 0.124 0.060 0.022 0.005 171 D 0.170 0.234 0.223 0.192 0.122 0.048 0.009 172 I 0.020 0.031 0.066 0.170 0.300 0.332 0.082 173 S 0.033 0.071 0.121 0.202 0.245 0.237 0.090 174 W 0.023 0.041 0.079 0.148 0.211 0.311 0.187 175 D 0.020 0.025 0.033 0.075 0.168 0.377 0.301 176 G 0.027 0.035 0.051 0.094 0.173 0.316 0.304 177 L 0.016 0.034 0.052 0.084 0.143 0.327 0.343 178 H 0.017 0.032 0.048 0.099 0.188 0.342 0.274 179 L 0.009 0.021 0.039 0.093 0.192 0.390 0.257 180 S 0.039 0.079 0.108 0.179 0.245 0.233 0.117 181 E 0.122 0.310 0.270 0.168 0.077 0.040 0.013 182 I 0.084 0.203 0.255 0.226 0.148 0.065 0.019 183 G 0.009 0.031 0.063 0.127 0.253 0.400 0.117 184 Y 0.004 0.011 0.021 0.108 0.326 0.437 0.093 185 K 0.010 0.121 0.320 0.342 0.154 0.048 0.004 186 K 0.004 0.020 0.108 0.335 0.378 0.147 0.009 187 I 0.001 0.002 0.002 0.006 0.053 0.588 0.348 188 A 0.001 0.003 0.011 0.082 0.306 0.517 0.080 189 N 0.001 0.043 0.262 0.416 0.224 0.049 0.004 190 I 0.001 0.003 0.024 0.194 0.527 0.243 0.010 191 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.538 0.432 192 Y 0.001 0.007 0.047 0.252 0.424 0.256 0.013 193 K 0.011 0.229 0.405 0.257 0.084 0.012 0.002 194 Y 0.002 0.016 0.084 0.361 0.386 0.138 0.013 195 T 0.002 0.002 0.004 0.032 0.244 0.637 0.080 196 I 0.018 0.114 0.331 0.365 0.153 0.020 0.001 197 D 0.273 0.514 0.162 0.042 0.008 0.001 0.001 198 I 0.052 0.141 0.261 0.347 0.161 0.036 0.002 199 L 0.073 0.095 0.169 0.318 0.264 0.078 0.003 200 R 0.468 0.337 0.132 0.049 0.013 0.002 0.001 201 A 0.609 0.252 0.089 0.037 0.011 0.002 0.001 202 L 0.407 0.270 0.177 0.102 0.036 0.007 0.001 203 A 0.707 0.195 0.066 0.025 0.006 0.001 0.001 204 G 0.830 0.117 0.035 0.014 0.004 0.001 0.001 205 E 0.820 0.125 0.038 0.013 0.004 0.001 0.001