# TARGET T0286 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0286.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1461 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.393 0.006 0.002 0.003 0.008 0.010 0.044 0.006 0.002 0.055 0.471 2 A 0.039 0.002 0.001 0.005 0.003 0.008 0.065 0.001 0.001 0.018 0.858 3 S 0.007 0.001 0.001 0.010 0.004 0.009 0.079 0.001 0.001 0.016 0.871 4 K 0.008 0.001 0.001 0.016 0.093 0.035 0.134 0.003 0.001 0.037 0.674 5 T 0.008 0.001 0.001 0.092 0.025 0.024 0.125 0.002 0.001 0.028 0.696 6 I 0.004 0.002 0.001 0.257 0.041 0.029 0.087 0.001 0.001 0.042 0.536 7 K 0.001 0.001 0.001 0.824 0.029 0.023 0.021 0.001 0.001 0.019 0.082 8 I 0.001 0.001 0.001 0.667 0.028 0.024 0.030 0.001 0.001 0.016 0.233 9 M 0.001 0.001 0.001 0.928 0.024 0.011 0.007 0.001 0.001 0.006 0.024 10 P 0.008 0.001 0.001 0.823 0.011 0.023 0.023 0.001 0.001 0.020 0.089 11 V 0.044 0.003 0.001 0.552 0.021 0.045 0.063 0.003 0.001 0.037 0.230 12 G 0.044 0.007 0.001 0.220 0.009 0.027 0.146 0.003 0.001 0.066 0.476 13 D 0.024 0.018 0.002 0.156 0.035 0.064 0.176 0.005 0.002 0.141 0.377 14 S 0.098 0.023 0.005 0.120 0.040 0.059 0.179 0.006 0.003 0.115 0.353 15 C 0.062 0.013 0.003 0.083 0.072 0.078 0.125 0.007 0.001 0.102 0.452 16 T 0.093 0.015 0.002 0.042 0.028 0.057 0.172 0.004 0.001 0.098 0.490 17 E 0.049 0.006 0.002 0.054 0.022 0.053 0.167 0.008 0.001 0.096 0.542 18 G 0.095 0.016 0.002 0.037 0.014 0.036 0.191 0.005 0.001 0.078 0.525 19 M 0.055 0.009 0.001 0.028 0.025 0.052 0.176 0.004 0.001 0.073 0.576 20 G 0.041 0.017 0.001 0.030 0.022 0.044 0.183 0.003 0.001 0.063 0.595 21 G 0.033 0.012 0.004 0.024 0.022 0.040 0.182 0.006 0.002 0.061 0.613 22 G 0.273 0.031 0.002 0.014 0.012 0.016 0.120 0.010 0.002 0.079 0.440 23 E 0.160 0.037 0.001 0.010 0.007 0.012 0.125 0.008 0.001 0.076 0.563 24 M 0.081 0.062 0.001 0.010 0.003 0.011 0.127 0.003 0.001 0.043 0.658 25 G 0.024 0.030 0.002 0.017 0.011 0.018 0.113 0.002 0.001 0.330 0.452 26 S 0.007 0.289 0.001 0.009 0.021 0.021 0.090 0.004 0.001 0.164 0.394 27 Y 0.016 0.869 0.001 0.001 0.003 0.003 0.011 0.007 0.001 0.015 0.073 28 R 0.008 0.934 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.001 0.014 0.033 29 T 0.009 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.013 0.022 30 E 0.003 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.014 0.012 31 L 0.010 0.959 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.005 0.013 32 Y 0.011 0.254 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.669 0.048 33 R 0.004 0.821 0.012 0.001 0.001 0.001 0.012 0.003 0.003 0.083 0.061 34 L 0.083 0.631 0.045 0.001 0.001 0.001 0.017 0.032 0.011 0.101 0.078 35 L 0.073 0.149 0.232 0.002 0.001 0.001 0.018 0.026 0.251 0.105 0.141 36 T 0.549 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.004 0.001 0.015 0.371 37 Q 0.057 0.006 0.011 0.004 0.001 0.002 0.040 0.002 0.007 0.045 0.826 38 A 0.048 0.003 0.002 0.005 0.001 0.002 0.123 0.001 0.001 0.022 0.793 39 G 0.025 0.003 0.001 0.009 0.002 0.003 0.088 0.001 0.001 0.022 0.847 40 L 0.021 0.003 0.001 0.016 0.015 0.007 0.196 0.005 0.001 0.042 0.696 41 S 0.012 0.006 0.001 0.130 0.013 0.029 0.165 0.005 0.001 0.059 0.581 42 I 0.010 0.003 0.001 0.217 0.039 0.044 0.126 0.002 0.001 0.045 0.514 43 D 0.005 0.002 0.001 0.657 0.047 0.051 0.050 0.001 0.001 0.036 0.149 44 F 0.009 0.004 0.001 0.515 0.033 0.055 0.058 0.001 0.001 0.045 0.279 45 V 0.034 0.006 0.002 0.488 0.029 0.035 0.081 0.004 0.001 0.056 0.263 46 G 0.086 0.008 0.004 0.241 0.014 0.025 0.118 0.005 0.002 0.109 0.388 47 S 0.046 0.006 0.001 0.133 0.015 0.039 0.150 0.004 0.001 0.081 0.524 48 Q 0.084 0.004 0.001 0.072 0.024 0.047 0.140 0.002 0.001 0.072 0.552 49 R 0.022 0.003 0.002 0.049 0.031 0.047 0.180 0.002 0.001 0.077 0.586 50 S 0.027 0.003 0.001 0.031 0.015 0.025 0.175 0.004 0.001 0.047 0.670 51 G 0.215 0.011 0.001 0.023 0.017 0.025 0.144 0.017 0.001 0.124 0.422 52 P 0.103 0.005 0.001 0.017 0.005 0.009 0.161 0.002 0.001 0.079 0.618 53 S 0.011 0.002 0.001 0.031 0.013 0.043 0.220 0.003 0.001 0.050 0.626 54 S 0.047 0.005 0.001 0.037 0.012 0.020 0.166 0.002 0.001 0.059 0.651 55 L 0.144 0.005 0.001 0.032 0.022 0.023 0.186 0.009 0.001 0.130 0.446 56 P 0.046 0.003 0.001 0.020 0.006 0.012 0.193 0.003 0.001 0.062 0.653 57 D 0.068 0.006 0.001 0.022 0.008 0.019 0.185 0.003 0.001 0.049 0.637 58 K 0.050 0.005 0.001 0.025 0.011 0.024 0.208 0.006 0.001 0.086 0.583 59 D 0.045 0.008 0.001 0.032 0.012 0.030 0.202 0.005 0.001 0.098 0.566 60 H 0.084 0.012 0.002 0.063 0.031 0.057 0.163 0.004 0.001 0.150 0.434 61 E 0.022 0.003 0.002 0.040 0.030 0.058 0.203 0.002 0.001 0.069 0.571 62 G 0.037 0.004 0.001 0.045 0.038 0.084 0.171 0.005 0.001 0.077 0.536 63 H 0.129 0.007 0.001 0.042 0.019 0.037 0.153 0.005 0.001 0.143 0.463 64 S 0.041 0.009 0.001 0.038 0.025 0.071 0.178 0.008 0.001 0.083 0.547 65 G 0.059 0.007 0.001 0.016 0.023 0.037 0.131 0.001 0.001 0.036 0.689 66 W 0.004 0.004 0.001 0.029 0.085 0.085 0.195 0.003 0.001 0.019 0.576 67 T 0.052 0.192 0.002 0.016 0.020 0.023 0.094 0.006 0.001 0.016 0.577 68 I 0.316 0.381 0.003 0.005 0.009 0.009 0.032 0.079 0.001 0.019 0.146 69 P 0.133 0.283 0.003 0.009 0.003 0.006 0.066 0.008 0.001 0.073 0.414 70 Q 0.040 0.251 0.021 0.018 0.008 0.015 0.081 0.004 0.004 0.194 0.363 71 I 0.156 0.479 0.004 0.007 0.007 0.008 0.048 0.024 0.001 0.064 0.201 72 A 0.178 0.199 0.006 0.011 0.004 0.006 0.045 0.010 0.002 0.224 0.314 73 S 0.025 0.159 0.005 0.013 0.004 0.008 0.090 0.003 0.001 0.312 0.381 74 N 0.016 0.670 0.002 0.004 0.003 0.005 0.033 0.006 0.001 0.064 0.197 75 I 0.030 0.869 0.007 0.001 0.001 0.001 0.007 0.034 0.001 0.005 0.046 76 N 0.117 0.503 0.002 0.004 0.001 0.002 0.023 0.011 0.001 0.142 0.194 77 N 0.026 0.328 0.020 0.003 0.001 0.002 0.035 0.005 0.010 0.380 0.190 78 W 0.214 0.368 0.047 0.003 0.001 0.002 0.053 0.054 0.015 0.104 0.139 79 L 0.250 0.128 0.061 0.008 0.001 0.003 0.045 0.056 0.053 0.066 0.329 80 N 0.283 0.013 0.001 0.003 0.001 0.002 0.101 0.002 0.001 0.027 0.567 81 T 0.014 0.003 0.002 0.015 0.001 0.005 0.127 0.001 0.001 0.037 0.792 82 H 0.054 0.005 0.007 0.019 0.002 0.004 0.216 0.003 0.002 0.061 0.624 83 N 0.097 0.006 0.002 0.044 0.008 0.011 0.231 0.007 0.002 0.080 0.512 84 P 0.027 0.004 0.001 0.035 0.003 0.004 0.164 0.001 0.001 0.042 0.720 85 D 0.004 0.004 0.001 0.438 0.031 0.033 0.117 0.002 0.001 0.068 0.302 86 V 0.001 0.001 0.001 0.576 0.016 0.024 0.060 0.001 0.001 0.078 0.242 87 V 0.001 0.001 0.001 0.891 0.030 0.022 0.007 0.001 0.001 0.030 0.019 88 F 0.001 0.001 0.001 0.878 0.020 0.030 0.008 0.001 0.001 0.023 0.041 89 L 0.001 0.001 0.001 0.851 0.033 0.037 0.011 0.001 0.001 0.017 0.049 90 W 0.005 0.001 0.001 0.691 0.029 0.069 0.041 0.001 0.001 0.058 0.106 91 I 0.006 0.006 0.001 0.391 0.035 0.080 0.129 0.001 0.001 0.057 0.292 92 G 0.215 0.240 0.004 0.075 0.037 0.042 0.111 0.010 0.005 0.033 0.228 93 G 0.215 0.308 0.005 0.016 0.013 0.018 0.085 0.031 0.002 0.030 0.277 94 N 0.076 0.220 0.002 0.012 0.013 0.024 0.095 0.017 0.002 0.069 0.470 95 D 0.150 0.132 0.023 0.017 0.024 0.044 0.085 0.015 0.007 0.264 0.240 96 L 0.198 0.088 0.018 0.017 0.029 0.046 0.126 0.014 0.007 0.140 0.318 97 L 0.137 0.039 0.009 0.021 0.039 0.079 0.108 0.009 0.006 0.059 0.494 98 L 0.121 0.019 0.002 0.019 0.013 0.021 0.107 0.004 0.001 0.041 0.654 99 N 0.054 0.014 0.001 0.013 0.017 0.042 0.154 0.009 0.001 0.054 0.642 100 G 0.026 0.008 0.001 0.010 0.007 0.019 0.141 0.003 0.001 0.034 0.751 101 N 0.060 0.018 0.002 0.022 0.013 0.021 0.145 0.002 0.001 0.078 0.637 102 L 0.010 0.035 0.002 0.018 0.008 0.011 0.119 0.003 0.001 0.072 0.722 103 N 0.124 0.696 0.001 0.002 0.001 0.002 0.022 0.008 0.001 0.021 0.123 104 A 0.125 0.451 0.002 0.004 0.001 0.001 0.025 0.004 0.001 0.233 0.154 105 T 0.008 0.199 0.002 0.002 0.001 0.002 0.044 0.002 0.001 0.582 0.158 106 G 0.015 0.750 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.004 0.001 0.158 0.058 107 L 0.006 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.016 0.022 108 S 0.011 0.917 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.040 0.025 109 N 0.001 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.029 0.017 110 L 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 111 I 0.011 0.954 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.018 0.009 112 D 0.020 0.504 0.004 0.002 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.382 0.067 113 Q 0.039 0.426 0.027 0.003 0.001 0.001 0.043 0.018 0.008 0.349 0.086 114 I 0.150 0.328 0.061 0.008 0.001 0.002 0.046 0.095 0.024 0.158 0.126 115 F 0.219 0.046 0.006 0.012 0.003 0.006 0.097 0.005 0.006 0.084 0.518 116 T 0.016 0.004 0.002 0.005 0.002 0.006 0.107 0.001 0.002 0.031 0.824 117 V 0.042 0.003 0.006 0.016 0.002 0.004 0.147 0.005 0.004 0.066 0.705 118 K 0.576 0.003 0.004 0.012 0.001 0.002 0.082 0.006 0.004 0.094 0.216 119 P 0.058 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 0.101 0.001 0.001 0.020 0.805 120 N 0.004 0.001 0.001 0.023 0.003 0.005 0.151 0.002 0.001 0.013 0.798 121 V 0.006 0.003 0.001 0.318 0.017 0.012 0.112 0.001 0.001 0.064 0.465 122 T 0.001 0.001 0.001 0.882 0.020 0.019 0.012 0.001 0.001 0.029 0.037 123 L 0.001 0.001 0.001 0.796 0.021 0.017 0.014 0.001 0.001 0.023 0.127 124 F 0.001 0.001 0.001 0.943 0.020 0.011 0.005 0.001 0.001 0.006 0.015 125 V 0.004 0.001 0.001 0.868 0.007 0.020 0.018 0.001 0.001 0.024 0.057 126 A 0.016 0.001 0.001 0.687 0.010 0.032 0.060 0.001 0.001 0.032 0.160 127 D 0.009 0.001 0.001 0.269 0.011 0.072 0.189 0.002 0.001 0.036 0.411 128 Y 0.049 0.004 0.001 0.085 0.026 0.037 0.195 0.001 0.001 0.047 0.555 129 Y 0.017 0.003 0.001 0.029 0.069 0.056 0.212 0.003 0.001 0.056 0.554 130 P 0.010 0.010 0.001 0.005 0.006 0.007 0.117 0.002 0.001 0.017 0.825 131 W 0.286 0.170 0.003 0.003 0.009 0.010 0.076 0.060 0.002 0.041 0.342 132 P 0.284 0.398 0.002 0.001 0.001 0.001 0.030 0.009 0.001 0.035 0.237 133 E 0.074 0.439 0.006 0.003 0.004 0.010 0.056 0.007 0.002 0.030 0.368 134 A 0.078 0.586 0.004 0.004 0.008 0.012 0.034 0.007 0.001 0.024 0.242 135 I 0.183 0.395 0.003 0.005 0.019 0.017 0.040 0.016 0.001 0.101 0.219 136 K 0.067 0.595 0.004 0.007 0.010 0.014 0.046 0.007 0.002 0.049 0.199 137 Q 0.094 0.466 0.015 0.010 0.012 0.025 0.054 0.012 0.004 0.033 0.277 138 Y 0.123 0.488 0.006 0.010 0.012 0.020 0.044 0.020 0.002 0.038 0.239 139 N 0.221 0.114 0.003 0.011 0.010 0.017 0.085 0.006 0.001 0.148 0.382 140 A 0.024 0.126 0.007 0.032 0.008 0.013 0.112 0.003 0.002 0.165 0.508 141 V 0.018 0.577 0.003 0.005 0.004 0.005 0.049 0.008 0.001 0.048 0.282 142 I 0.019 0.899 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 0.001 0.018 0.045 143 P 0.015 0.926 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.019 0.032 144 G 0.010 0.877 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.072 0.028 145 I 0.002 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.006 0.010 146 V 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.006 147 Q 0.012 0.776 0.002 0.002 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.161 0.039 148 Q 0.010 0.507 0.013 0.001 0.001 0.001 0.013 0.004 0.005 0.390 0.055 149 K 0.068 0.240 0.231 0.001 0.001 0.001 0.025 0.041 0.109 0.216 0.068 150 A 0.390 0.059 0.085 0.002 0.001 0.001 0.030 0.023 0.092 0.061 0.255 151 N 0.165 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.057 0.001 0.002 0.024 0.741 152 A 0.024 0.002 0.001 0.003 0.001 0.002 0.074 0.001 0.001 0.018 0.873 153 G 0.053 0.002 0.003 0.009 0.001 0.002 0.122 0.002 0.001 0.034 0.771 154 K 0.007 0.002 0.001 0.029 0.015 0.017 0.148 0.001 0.001 0.035 0.745 155 K 0.003 0.001 0.001 0.087 0.014 0.053 0.107 0.002 0.001 0.067 0.667 156 V 0.004 0.003 0.001 0.240 0.068 0.054 0.086 0.001 0.001 0.061 0.482 157 Y 0.001 0.001 0.001 0.712 0.076 0.076 0.022 0.001 0.001 0.025 0.087 158 F 0.005 0.001 0.001 0.325 0.100 0.120 0.039 0.001 0.001 0.089 0.320 159 V 0.001 0.001 0.001 0.501 0.098 0.091 0.049 0.001 0.001 0.014 0.243 160 K 0.248 0.066 0.005 0.141 0.060 0.095 0.064 0.010 0.005 0.053 0.254 161 L 0.217 0.056 0.009 0.086 0.025 0.035 0.072 0.017 0.005 0.065 0.412 162 S 0.091 0.045 0.002 0.023 0.026 0.059 0.093 0.011 0.002 0.036 0.611 163 E 0.135 0.051 0.006 0.041 0.050 0.091 0.092 0.008 0.002 0.064 0.461 164 I 0.047 0.019 0.002 0.045 0.081 0.115 0.121 0.005 0.001 0.051 0.514 165 Q 0.039 0.007 0.002 0.032 0.056 0.072 0.084 0.002 0.001 0.045 0.659 166 F 0.018 0.004 0.002 0.025 0.039 0.051 0.109 0.001 0.001 0.034 0.717 167 D 0.063 0.008 0.002 0.015 0.022 0.037 0.141 0.006 0.002 0.055 0.650 168 R 0.219 0.024 0.002 0.011 0.006 0.008 0.095 0.012 0.001 0.066 0.557 169 N 0.094 0.016 0.001 0.008 0.005 0.009 0.110 0.007 0.001 0.074 0.676 170 T 0.030 0.008 0.001 0.028 0.028 0.068 0.138 0.005 0.001 0.086 0.606 171 D 0.048 0.008 0.003 0.065 0.040 0.075 0.129 0.002 0.001 0.095 0.535 172 I 0.034 0.005 0.004 0.124 0.091 0.099 0.125 0.003 0.002 0.072 0.441 173 S 0.234 0.011 0.001 0.048 0.032 0.046 0.118 0.006 0.001 0.065 0.438 174 W 0.065 0.006 0.001 0.048 0.016 0.024 0.174 0.009 0.001 0.045 0.613 175 D 0.012 0.004 0.001 0.099 0.018 0.048 0.197 0.004 0.001 0.046 0.572 176 G 0.018 0.007 0.001 0.197 0.054 0.101 0.170 0.002 0.001 0.066 0.384 177 L 0.005 0.004 0.001 0.198 0.094 0.112 0.131 0.001 0.001 0.041 0.415 178 H 0.048 0.045 0.003 0.163 0.061 0.080 0.126 0.002 0.001 0.079 0.392 179 L 0.036 0.103 0.004 0.066 0.011 0.023 0.152 0.006 0.002 0.113 0.484 180 S 0.060 0.688 0.002 0.005 0.002 0.003 0.033 0.005 0.001 0.089 0.113 181 E 0.050 0.861 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.001 0.026 0.045 182 I 0.012 0.853 0.001 0.002 0.002 0.003 0.015 0.002 0.001 0.035 0.075 183 G 0.005 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.008 0.016 184 Y 0.015 0.925 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.038 0.015 185 K 0.004 0.317 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.655 0.014 186 K 0.005 0.779 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.182 0.022 187 I 0.003 0.953 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.020 0.013 188 A 0.003 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.010 189 N 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 190 I 0.016 0.926 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.027 0.019 191 W 0.004 0.055 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.924 0.008 192 Y 0.016 0.571 0.007 0.001 0.001 0.001 0.020 0.004 0.001 0.303 0.078 193 K 0.024 0.764 0.018 0.001 0.001 0.001 0.015 0.018 0.003 0.044 0.113 194 Y 0.020 0.822 0.009 0.002 0.001 0.001 0.015 0.008 0.003 0.022 0.098 195 T 0.029 0.879 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.007 0.001 0.004 0.072 196 I 0.070 0.789 0.005 0.001 0.001 0.001 0.009 0.016 0.004 0.020 0.086 197 D 0.060 0.627 0.046 0.001 0.001 0.001 0.026 0.008 0.042 0.037 0.151 198 I 0.150 0.507 0.018 0.001 0.001 0.001 0.044 0.011 0.009 0.022 0.236 199 L 0.224 0.295 0.008 0.002 0.002 0.003 0.050 0.018 0.004 0.044 0.349 200 R 0.101 0.089 0.009 0.007 0.003 0.011 0.101 0.005 0.004 0.046 0.625 201 A 0.034 0.040 0.011 0.010 0.005 0.020 0.055 0.003 0.004 0.030 0.789 202 L 0.157 0.024 0.004 0.004 0.008 0.013 0.058 0.005 0.002 0.049 0.677 203 A 0.121 0.014 0.001 0.004 0.007 0.008 0.061 0.004 0.001 0.041 0.737 204 G 0.037 0.010 0.001 0.005 0.003 0.006 0.066 0.002 0.001 0.018 0.852 205 E 0.024 0.007 0.001 0.008 0.021 0.024 0.109 0.006 0.001 0.030 0.770