# TARGET T0286 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0286.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1461 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.026 0.006 0.003 0.008 0.012 0.015 0.010 0.002 0.001 0.001 0.918 2 A 0.033 0.007 0.001 0.011 0.017 0.027 0.057 0.002 0.001 0.002 0.843 3 S 0.197 0.006 0.002 0.011 0.011 0.017 0.071 0.003 0.001 0.007 0.676 4 K 0.084 0.005 0.002 0.008 0.011 0.008 0.089 0.001 0.001 0.004 0.788 5 T 0.107 0.002 0.004 0.045 0.015 0.020 0.170 0.001 0.001 0.010 0.627 6 I 0.138 0.001 0.015 0.132 0.053 0.074 0.168 0.001 0.001 0.017 0.399 7 K 0.012 0.001 0.002 0.473 0.183 0.150 0.102 0.001 0.001 0.002 0.075 8 I 0.004 0.001 0.003 0.364 0.072 0.162 0.045 0.001 0.001 0.002 0.348 9 M 0.001 0.001 0.001 0.651 0.185 0.146 0.010 0.001 0.001 0.001 0.007 10 P 0.001 0.001 0.001 0.038 0.005 0.011 0.007 0.001 0.001 0.001 0.939 11 V 0.001 0.001 0.001 0.428 0.139 0.307 0.049 0.001 0.001 0.002 0.073 12 G 0.034 0.002 0.001 0.156 0.040 0.119 0.124 0.001 0.001 0.023 0.501 13 D 0.040 0.010 0.001 0.141 0.105 0.138 0.134 0.001 0.001 0.013 0.417 14 S 0.033 0.006 0.002 0.047 0.053 0.093 0.168 0.001 0.001 0.011 0.587 15 C 0.095 0.033 0.002 0.067 0.117 0.140 0.201 0.002 0.001 0.017 0.326 16 T 0.113 0.083 0.006 0.032 0.099 0.145 0.215 0.003 0.001 0.017 0.286 17 E 0.059 0.111 0.006 0.021 0.082 0.096 0.135 0.004 0.001 0.008 0.477 18 G 0.182 0.079 0.007 0.026 0.066 0.102 0.163 0.009 0.001 0.027 0.340 19 M 0.175 0.061 0.041 0.024 0.051 0.075 0.157 0.006 0.001 0.014 0.396 20 G 0.034 0.022 0.011 0.030 0.059 0.066 0.088 0.005 0.001 0.006 0.679 21 G 0.049 0.009 0.011 0.023 0.026 0.059 0.085 0.002 0.001 0.007 0.729 22 G 0.049 0.007 0.003 0.019 0.024 0.034 0.091 0.002 0.001 0.004 0.767 23 E 0.060 0.009 0.004 0.018 0.016 0.026 0.079 0.001 0.001 0.005 0.782 24 M 0.058 0.016 0.002 0.023 0.021 0.045 0.179 0.001 0.001 0.007 0.648 25 G 0.211 0.026 0.003 0.028 0.013 0.021 0.127 0.004 0.001 0.016 0.552 26 S 0.296 0.037 0.015 0.015 0.006 0.011 0.171 0.002 0.001 0.012 0.434 27 Y 0.049 0.027 0.010 0.016 0.009 0.015 0.173 0.001 0.001 0.004 0.694 28 R 0.037 0.046 0.004 0.025 0.009 0.023 0.158 0.001 0.001 0.006 0.690 29 T 0.026 0.115 0.001 0.010 0.006 0.008 0.194 0.001 0.001 0.004 0.636 30 E 0.034 0.307 0.001 0.003 0.003 0.004 0.184 0.002 0.001 0.004 0.459 31 L 0.025 0.795 0.001 0.002 0.002 0.005 0.043 0.002 0.001 0.002 0.122 32 Y 0.014 0.940 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.003 0.001 0.001 0.026 33 R 0.007 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.021 34 L 0.016 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.021 35 L 0.014 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 36 T 0.009 0.956 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.013 37 Q 0.065 0.877 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.034 38 A 0.136 0.702 0.006 0.001 0.002 0.001 0.007 0.097 0.001 0.001 0.048 39 G 0.405 0.177 0.046 0.005 0.004 0.003 0.020 0.206 0.001 0.009 0.125 40 L 0.049 0.030 0.629 0.009 0.004 0.003 0.020 0.010 0.001 0.002 0.244 41 S 0.018 0.006 0.015 0.038 0.009 0.013 0.044 0.007 0.001 0.002 0.846 42 I 0.095 0.003 0.022 0.102 0.015 0.019 0.037 0.001 0.001 0.005 0.700 43 D 0.045 0.005 0.003 0.202 0.055 0.060 0.233 0.001 0.001 0.005 0.391 44 F 0.034 0.006 0.005 0.201 0.032 0.059 0.075 0.001 0.001 0.005 0.584 45 V 0.016 0.010 0.001 0.460 0.071 0.154 0.127 0.001 0.001 0.004 0.156 46 G 0.061 0.014 0.001 0.090 0.043 0.057 0.191 0.001 0.001 0.011 0.531 47 S 0.053 0.026 0.003 0.091 0.028 0.040 0.105 0.001 0.001 0.007 0.646 48 Q 0.036 0.019 0.002 0.041 0.033 0.052 0.309 0.002 0.001 0.012 0.493 49 R 0.208 0.036 0.005 0.026 0.023 0.041 0.219 0.004 0.001 0.032 0.406 50 S 0.173 0.081 0.011 0.020 0.028 0.045 0.141 0.008 0.001 0.011 0.482 51 G 0.164 0.045 0.010 0.021 0.025 0.029 0.072 0.004 0.001 0.007 0.623 52 P 0.027 0.005 0.005 0.004 0.004 0.006 0.025 0.001 0.001 0.002 0.919 53 S 0.066 0.007 0.006 0.022 0.027 0.048 0.124 0.003 0.001 0.006 0.691 54 S 0.222 0.010 0.006 0.039 0.020 0.036 0.104 0.005 0.001 0.010 0.547 55 L 0.147 0.014 0.004 0.045 0.038 0.046 0.155 0.002 0.001 0.006 0.543 56 P 0.005 0.001 0.001 0.006 0.002 0.003 0.016 0.001 0.001 0.001 0.966 57 D 0.032 0.003 0.001 0.029 0.015 0.025 0.419 0.001 0.001 0.011 0.465 58 K 0.436 0.010 0.002 0.014 0.007 0.009 0.189 0.002 0.001 0.040 0.292 59 D 0.161 0.085 0.004 0.037 0.023 0.026 0.251 0.003 0.001 0.017 0.392 60 H 0.115 0.043 0.005 0.038 0.032 0.040 0.248 0.003 0.001 0.018 0.457 61 E 0.193 0.064 0.006 0.043 0.038 0.057 0.176 0.004 0.001 0.015 0.403 62 G 0.122 0.086 0.012 0.041 0.071 0.098 0.129 0.005 0.001 0.011 0.422 63 H 0.060 0.067 0.009 0.035 0.110 0.175 0.132 0.004 0.001 0.009 0.400 64 S 0.048 0.033 0.004 0.038 0.057 0.083 0.072 0.003 0.001 0.005 0.657 65 G 0.155 0.025 0.007 0.037 0.032 0.054 0.113 0.007 0.001 0.013 0.557 66 W 0.216 0.022 0.029 0.055 0.034 0.056 0.148 0.004 0.001 0.017 0.421 67 T 0.046 0.017 0.011 0.062 0.037 0.066 0.211 0.003 0.001 0.006 0.540 68 I 0.063 0.020 0.006 0.083 0.034 0.059 0.157 0.001 0.001 0.005 0.570 69 P 0.002 0.004 0.001 0.005 0.001 0.002 0.017 0.001 0.001 0.001 0.968 70 Q 0.017 0.009 0.001 0.011 0.010 0.022 0.500 0.001 0.001 0.010 0.418 71 I 0.398 0.107 0.004 0.012 0.006 0.015 0.147 0.002 0.001 0.011 0.297 72 A 0.073 0.633 0.001 0.013 0.006 0.010 0.025 0.004 0.001 0.002 0.232 73 S 0.093 0.455 0.002 0.004 0.002 0.005 0.045 0.005 0.001 0.004 0.384 74 N 0.327 0.380 0.005 0.002 0.002 0.002 0.028 0.014 0.001 0.002 0.239 75 I 0.127 0.700 0.026 0.003 0.002 0.003 0.031 0.010 0.001 0.002 0.096 76 N 0.013 0.603 0.006 0.006 0.004 0.006 0.047 0.010 0.001 0.001 0.304 77 N 0.032 0.521 0.001 0.001 0.001 0.002 0.066 0.006 0.001 0.002 0.367 78 W 0.061 0.810 0.002 0.001 0.001 0.001 0.031 0.006 0.001 0.001 0.086 79 L 0.042 0.878 0.001 0.004 0.004 0.006 0.016 0.019 0.001 0.002 0.028 80 N 0.061 0.886 0.003 0.001 0.001 0.003 0.004 0.011 0.001 0.001 0.029 81 T 0.134 0.730 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.001 0.001 0.076 82 H 0.331 0.384 0.006 0.002 0.002 0.001 0.002 0.181 0.001 0.001 0.090 83 N 0.382 0.082 0.042 0.006 0.010 0.007 0.069 0.120 0.001 0.007 0.274 84 P 0.002 0.001 0.075 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.911 85 D 0.023 0.001 0.003 0.164 0.039 0.056 0.269 0.001 0.001 0.005 0.437 86 V 0.446 0.001 0.016 0.189 0.028 0.021 0.038 0.001 0.001 0.017 0.244 87 V 0.001 0.001 0.001 0.842 0.075 0.067 0.009 0.001 0.001 0.001 0.005 88 F 0.001 0.001 0.001 0.864 0.057 0.070 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 89 L 0.001 0.001 0.001 0.927 0.031 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 W 0.001 0.001 0.001 0.796 0.068 0.106 0.006 0.001 0.001 0.001 0.024 91 I 0.001 0.001 0.001 0.734 0.081 0.142 0.009 0.001 0.001 0.001 0.034 92 G 0.001 0.001 0.001 0.379 0.124 0.246 0.083 0.001 0.001 0.004 0.163 93 G 0.006 0.001 0.001 0.150 0.066 0.136 0.079 0.001 0.001 0.010 0.551 94 N 0.006 0.002 0.001 0.071 0.063 0.112 0.193 0.001 0.001 0.007 0.546 95 D 0.076 0.008 0.001 0.022 0.029 0.038 0.160 0.001 0.001 0.018 0.647 96 L 0.168 0.078 0.005 0.026 0.039 0.068 0.160 0.002 0.001 0.015 0.438 97 L 0.103 0.140 0.004 0.051 0.093 0.181 0.117 0.004 0.001 0.011 0.296 98 L 0.124 0.188 0.006 0.028 0.047 0.100 0.069 0.006 0.001 0.005 0.427 99 N 0.144 0.168 0.005 0.024 0.056 0.078 0.030 0.016 0.001 0.003 0.475 100 G 0.169 0.086 0.016 0.015 0.028 0.038 0.077 0.012 0.001 0.006 0.554 101 N 0.093 0.030 0.018 0.013 0.017 0.025 0.169 0.006 0.001 0.007 0.622 102 L 0.049 0.015 0.022 0.021 0.012 0.021 0.107 0.002 0.001 0.005 0.746 103 N 0.073 0.021 0.003 0.012 0.008 0.013 0.303 0.001 0.001 0.006 0.559 104 A 0.149 0.026 0.005 0.007 0.002 0.004 0.081 0.001 0.001 0.010 0.714 105 T 0.096 0.062 0.005 0.009 0.003 0.005 0.224 0.001 0.001 0.007 0.589 106 G 0.164 0.040 0.002 0.006 0.004 0.004 0.395 0.006 0.001 0.013 0.367 107 L 0.126 0.410 0.020 0.010 0.002 0.007 0.077 0.002 0.001 0.006 0.340 108 S 0.005 0.565 0.001 0.006 0.004 0.006 0.081 0.002 0.001 0.001 0.328 109 N 0.022 0.576 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 0.005 0.001 0.002 0.307 110 L 0.016 0.947 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.032 111 I 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 112 D 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 113 Q 0.006 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 114 I 0.008 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 115 F 0.040 0.929 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.014 116 T 0.055 0.839 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.001 0.001 0.038 117 V 0.252 0.614 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.001 0.001 0.074 118 K 0.334 0.311 0.037 0.006 0.007 0.006 0.015 0.106 0.001 0.002 0.176 119 P 0.003 0.002 0.011 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.973 120 N 0.044 0.001 0.003 0.032 0.008 0.011 0.174 0.012 0.001 0.003 0.712 121 V 0.711 0.001 0.040 0.035 0.003 0.003 0.016 0.001 0.001 0.017 0.174 122 T 0.015 0.001 0.014 0.275 0.038 0.023 0.160 0.001 0.001 0.002 0.473 123 L 0.001 0.001 0.003 0.353 0.025 0.031 0.024 0.001 0.001 0.001 0.562 124 F 0.001 0.001 0.001 0.859 0.040 0.075 0.015 0.001 0.001 0.001 0.011 125 V 0.001 0.001 0.001 0.654 0.048 0.051 0.023 0.001 0.001 0.001 0.222 126 A 0.001 0.001 0.001 0.752 0.051 0.091 0.018 0.001 0.001 0.001 0.087 127 D 0.002 0.001 0.001 0.562 0.055 0.096 0.061 0.001 0.001 0.003 0.220 128 Y 0.006 0.001 0.001 0.192 0.021 0.043 0.043 0.001 0.001 0.006 0.688 129 Y 0.009 0.001 0.001 0.098 0.051 0.128 0.162 0.001 0.001 0.006 0.545 130 P 0.006 0.001 0.001 0.012 0.004 0.009 0.011 0.001 0.001 0.001 0.956 131 W 0.020 0.001 0.001 0.030 0.023 0.075 0.104 0.001 0.001 0.002 0.744 132 P 0.015 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.968 133 E 0.046 0.012 0.001 0.014 0.008 0.018 0.085 0.001 0.001 0.002 0.814 134 A 0.172 0.025 0.001 0.006 0.008 0.013 0.122 0.001 0.001 0.004 0.648 135 I 0.146 0.226 0.001 0.019 0.013 0.022 0.117 0.002 0.001 0.003 0.450 136 K 0.054 0.333 0.002 0.010 0.007 0.019 0.098 0.002 0.001 0.003 0.472 137 Q 0.076 0.407 0.002 0.003 0.007 0.009 0.093 0.004 0.001 0.003 0.395 138 Y 0.118 0.650 0.003 0.003 0.006 0.009 0.058 0.006 0.001 0.003 0.145 139 N 0.090 0.712 0.007 0.003 0.003 0.005 0.028 0.012 0.001 0.002 0.137 140 A 0.107 0.608 0.015 0.003 0.001 0.003 0.021 0.011 0.001 0.002 0.227 141 V 0.228 0.451 0.013 0.004 0.002 0.004 0.049 0.036 0.001 0.003 0.211 142 I 0.245 0.465 0.030 0.003 0.001 0.001 0.026 0.011 0.001 0.001 0.216 143 P 0.004 0.233 0.003 0.002 0.001 0.001 0.010 0.002 0.001 0.001 0.745 144 G 0.011 0.191 0.001 0.001 0.001 0.001 0.227 0.003 0.001 0.003 0.563 145 I 0.068 0.731 0.002 0.001 0.001 0.001 0.090 0.002 0.001 0.002 0.105 146 V 0.004 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 147 Q 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 148 Q 0.005 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 149 K 0.004 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.007 150 A 0.011 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 151 N 0.010 0.971 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.007 152 A 0.043 0.916 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.022 153 G 0.309 0.531 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.112 0.001 0.001 0.040 154 K 0.172 0.167 0.323 0.003 0.003 0.002 0.016 0.048 0.001 0.004 0.262 155 K 0.040 0.018 0.187 0.026 0.011 0.012 0.059 0.031 0.001 0.003 0.612 156 V 0.151 0.006 0.111 0.136 0.021 0.031 0.040 0.004 0.001 0.007 0.493 157 Y 0.021 0.003 0.009 0.475 0.113 0.081 0.100 0.001 0.001 0.002 0.194 158 F 0.009 0.002 0.004 0.227 0.047 0.075 0.039 0.001 0.001 0.002 0.595 159 V 0.003 0.001 0.001 0.677 0.087 0.165 0.024 0.001 0.001 0.001 0.042 160 K 0.010 0.003 0.001 0.207 0.056 0.094 0.114 0.001 0.001 0.004 0.511 161 L 0.012 0.004 0.002 0.267 0.072 0.124 0.056 0.001 0.001 0.007 0.454 162 S 0.011 0.004 0.001 0.125 0.077 0.156 0.276 0.001 0.001 0.009 0.340 163 E 0.086 0.010 0.001 0.049 0.043 0.063 0.146 0.001 0.001 0.025 0.577 164 I 0.144 0.049 0.006 0.043 0.093 0.126 0.154 0.003 0.001 0.015 0.368 165 Q 0.123 0.051 0.006 0.039 0.116 0.169 0.153 0.005 0.001 0.014 0.325 166 F 0.083 0.058 0.010 0.053 0.114 0.193 0.071 0.005 0.001 0.006 0.406 167 D 0.050 0.028 0.004 0.028 0.082 0.123 0.082 0.006 0.001 0.004 0.593 168 R 0.051 0.011 0.006 0.015 0.028 0.044 0.073 0.002 0.001 0.006 0.763 169 N 0.057 0.007 0.005 0.019 0.022 0.037 0.185 0.002 0.001 0.014 0.652 170 T 0.188 0.009 0.009 0.019 0.017 0.021 0.233 0.002 0.001 0.020 0.480 171 D 0.187 0.020 0.004 0.028 0.022 0.026 0.184 0.002 0.001 0.014 0.515 172 I 0.134 0.026 0.010 0.052 0.056 0.081 0.186 0.001 0.001 0.015 0.438 173 S 0.044 0.027 0.003 0.052 0.096 0.148 0.303 0.002 0.001 0.009 0.317 174 W 0.050 0.023 0.003 0.041 0.052 0.086 0.079 0.001 0.001 0.007 0.657 175 D 0.062 0.029 0.003 0.031 0.050 0.087 0.228 0.003 0.001 0.015 0.493 176 G 0.169 0.019 0.006 0.025 0.050 0.053 0.235 0.005 0.001 0.033 0.405 177 L 0.128 0.050 0.028 0.054 0.032 0.071 0.236 0.004 0.001 0.018 0.378 178 H 0.066 0.043 0.008 0.100 0.104 0.175 0.222 0.004 0.001 0.007 0.271 179 L 0.011 0.007 0.002 0.011 0.007 0.010 0.014 0.001 0.001 0.001 0.936 180 S 0.044 0.024 0.002 0.017 0.015 0.031 0.261 0.001 0.001 0.006 0.598 181 E 0.142 0.029 0.003 0.005 0.002 0.003 0.161 0.002 0.001 0.011 0.641 182 I 0.098 0.117 0.003 0.007 0.003 0.004 0.382 0.002 0.001 0.009 0.375 183 G 0.079 0.103 0.003 0.004 0.002 0.004 0.569 0.003 0.001 0.015 0.218 184 Y 0.040 0.675 0.007 0.003 0.001 0.002 0.059 0.001 0.001 0.002 0.210 185 K 0.007 0.723 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.242 186 K 0.010 0.854 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.002 0.001 0.001 0.112 187 I 0.005 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 188 A 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 189 N 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 190 I 0.004 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 191 W 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 192 Y 0.005 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 193 K 0.005 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 194 Y 0.015 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.012 195 T 0.012 0.962 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.015 196 I 0.006 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.012 197 D 0.014 0.943 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.037 198 I 0.025 0.932 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.035 199 L 0.062 0.887 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.032 200 R 0.052 0.815 0.025 0.001 0.001 0.002 0.005 0.017 0.001 0.001 0.081 201 A 0.106 0.730 0.005 0.002 0.001 0.002 0.002 0.025 0.001 0.001 0.125 202 L 0.237 0.445 0.007 0.003 0.003 0.002 0.003 0.045 0.001 0.001 0.254 203 A 0.127 0.267 0.026 0.008 0.005 0.007 0.021 0.022 0.001 0.001 0.515 204 G 0.070 0.070 0.020 0.013 0.009 0.014 0.066 0.018 0.001 0.002 0.719 205 E 0.249 0.062 0.021 0.015 0.005 0.011 0.096 0.004 0.001 0.006 0.532