# TARGET T0286 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0286.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1461 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.987 2 A 0.014 0.019 0.016 0.023 0.014 0.031 0.882 3 S 0.026 0.007 0.098 0.030 0.146 0.155 0.538 4 K 0.031 0.002 0.062 0.009 0.251 0.117 0.528 5 T 0.101 0.006 0.016 0.001 0.101 0.035 0.741 6 I 0.289 0.007 0.002 0.001 0.126 0.008 0.568 7 K 0.853 0.002 0.001 0.001 0.018 0.004 0.122 8 I 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 9 M 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 10 P 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 11 V 0.828 0.002 0.002 0.001 0.014 0.005 0.149 12 G 0.242 0.004 0.007 0.002 0.210 0.053 0.481 13 D 0.112 0.014 0.027 0.009 0.287 0.068 0.484 14 S 0.141 0.027 0.106 0.052 0.178 0.157 0.338 15 C 0.130 0.021 0.192 0.110 0.122 0.239 0.187 16 T 0.115 0.036 0.198 0.129 0.136 0.229 0.157 17 E 0.080 0.025 0.135 0.110 0.134 0.356 0.159 18 G 0.054 0.024 0.091 0.047 0.199 0.275 0.310 19 M 0.030 0.031 0.075 0.040 0.263 0.180 0.382 20 G 0.028 0.024 0.055 0.043 0.287 0.237 0.327 21 G 0.023 0.020 0.096 0.079 0.216 0.293 0.273 22 G 0.019 0.016 0.154 0.090 0.182 0.240 0.299 23 E 0.011 0.016 0.154 0.113 0.146 0.367 0.193 24 M 0.009 0.012 0.093 0.150 0.127 0.493 0.116 25 G 0.011 0.008 0.028 0.179 0.310 0.287 0.177 26 S 0.021 0.025 0.021 0.266 0.194 0.099 0.373 27 Y 0.012 0.010 0.017 0.784 0.035 0.038 0.104 28 R 0.004 0.002 0.011 0.937 0.006 0.010 0.030 29 T 0.001 0.001 0.007 0.981 0.003 0.004 0.003 30 E 0.001 0.001 0.006 0.985 0.001 0.005 0.002 31 L 0.001 0.001 0.003 0.989 0.001 0.007 0.001 32 Y 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.003 0.001 33 R 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.004 0.001 34 L 0.001 0.001 0.003 0.988 0.001 0.006 0.002 35 L 0.001 0.001 0.007 0.972 0.002 0.015 0.003 36 T 0.001 0.001 0.017 0.917 0.004 0.053 0.006 37 Q 0.003 0.001 0.024 0.805 0.015 0.139 0.013 38 A 0.002 0.002 0.023 0.400 0.030 0.505 0.038 39 G 0.004 0.003 0.021 0.035 0.111 0.596 0.230 40 L 0.036 0.009 0.009 0.008 0.184 0.085 0.670 41 S 0.187 0.014 0.015 0.007 0.111 0.085 0.583 42 I 0.406 0.017 0.007 0.005 0.050 0.008 0.508 43 D 0.691 0.008 0.007 0.006 0.023 0.005 0.261 44 F 0.906 0.021 0.006 0.007 0.011 0.004 0.046 45 V 0.773 0.017 0.007 0.012 0.028 0.020 0.142 46 G 0.418 0.009 0.017 0.008 0.129 0.061 0.358 47 S 0.188 0.012 0.045 0.012 0.129 0.083 0.530 48 Q 0.242 0.038 0.075 0.021 0.134 0.157 0.332 49 R 0.154 0.025 0.073 0.014 0.228 0.163 0.343 50 S 0.091 0.029 0.051 0.015 0.280 0.164 0.371 51 G 0.058 0.019 0.042 0.011 0.256 0.152 0.461 52 P 0.047 0.032 0.097 0.014 0.165 0.187 0.459 53 S 0.069 0.040 0.087 0.015 0.210 0.222 0.358 54 S 0.078 0.065 0.073 0.014 0.245 0.132 0.393 55 L 0.057 0.033 0.044 0.008 0.271 0.054 0.533 56 P 0.050 0.025 0.074 0.013 0.138 0.285 0.416 57 D 0.036 0.023 0.087 0.014 0.208 0.401 0.232 58 K 0.061 0.015 0.086 0.018 0.284 0.307 0.229 59 D 0.094 0.028 0.067 0.018 0.236 0.166 0.391 60 H 0.210 0.067 0.053 0.019 0.174 0.110 0.368 61 E 0.290 0.064 0.039 0.022 0.129 0.133 0.324 62 G 0.236 0.041 0.031 0.021 0.161 0.122 0.388 63 H 0.224 0.058 0.033 0.022 0.185 0.114 0.365 64 S 0.144 0.035 0.043 0.027 0.168 0.292 0.289 65 G 0.080 0.019 0.066 0.028 0.229 0.347 0.231 66 W 0.083 0.045 0.044 0.031 0.263 0.175 0.359 67 T 0.059 0.056 0.038 0.043 0.211 0.097 0.496 68 I 0.019 0.016 0.091 0.415 0.110 0.048 0.301 69 P 0.003 0.003 0.145 0.718 0.021 0.070 0.041 70 Q 0.004 0.005 0.227 0.654 0.011 0.064 0.035 71 I 0.003 0.002 0.146 0.775 0.009 0.036 0.030 72 A 0.002 0.002 0.082 0.851 0.008 0.038 0.016 73 S 0.001 0.001 0.042 0.866 0.004 0.081 0.006 74 N 0.001 0.001 0.036 0.850 0.006 0.082 0.025 75 I 0.001 0.001 0.019 0.921 0.007 0.025 0.027 76 N 0.001 0.001 0.022 0.944 0.004 0.018 0.011 77 N 0.001 0.001 0.029 0.931 0.004 0.029 0.007 78 W 0.001 0.001 0.033 0.921 0.004 0.033 0.007 79 L 0.002 0.002 0.038 0.878 0.015 0.054 0.010 80 N 0.002 0.001 0.056 0.764 0.014 0.143 0.020 81 T 0.003 0.001 0.054 0.557 0.041 0.305 0.039 82 H 0.008 0.007 0.029 0.322 0.195 0.302 0.137 83 N 0.014 0.006 0.005 0.003 0.310 0.022 0.639 84 P 0.032 0.003 0.057 0.009 0.147 0.320 0.432 85 D 0.121 0.002 0.025 0.002 0.546 0.239 0.066 86 V 0.948 0.002 0.005 0.001 0.004 0.003 0.038 87 V 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 88 F 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 L 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 90 W 0.904 0.001 0.001 0.002 0.013 0.002 0.078 91 I 0.529 0.009 0.009 0.010 0.113 0.025 0.305 92 G 0.173 0.010 0.020 0.020 0.279 0.067 0.430 93 G 0.070 0.007 0.095 0.146 0.203 0.187 0.292 94 N 0.026 0.009 0.160 0.425 0.091 0.139 0.150 95 D 0.017 0.005 0.211 0.509 0.044 0.114 0.101 96 L 0.016 0.004 0.180 0.553 0.027 0.172 0.048 97 L 0.027 0.008 0.119 0.517 0.036 0.206 0.087 98 L 0.025 0.014 0.078 0.383 0.055 0.320 0.125 99 N 0.010 0.004 0.037 0.136 0.068 0.631 0.114 100 G 0.016 0.005 0.034 0.055 0.209 0.298 0.383 101 N 0.021 0.016 0.058 0.049 0.201 0.158 0.497 102 L 0.020 0.034 0.065 0.046 0.233 0.168 0.433 103 N 0.012 0.012 0.030 0.036 0.091 0.066 0.753 104 A 0.007 0.008 0.081 0.251 0.056 0.055 0.543 105 T 0.006 0.009 0.064 0.624 0.077 0.107 0.112 106 G 0.007 0.016 0.053 0.673 0.048 0.078 0.125 107 L 0.001 0.001 0.007 0.982 0.001 0.005 0.006 108 S 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 0.001 109 N 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.002 0.001 110 L 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.002 0.001 111 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 112 D 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 113 Q 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.008 0.001 114 I 0.001 0.001 0.007 0.962 0.001 0.030 0.001 115 F 0.001 0.001 0.017 0.903 0.004 0.073 0.002 116 T 0.002 0.001 0.021 0.763 0.006 0.195 0.012 117 V 0.005 0.008 0.011 0.609 0.134 0.103 0.130 118 K 0.007 0.004 0.003 0.009 0.160 0.008 0.810 119 P 0.003 0.002 0.019 0.008 0.135 0.788 0.045 120 N 0.010 0.001 0.009 0.001 0.073 0.869 0.037 121 V 0.155 0.003 0.001 0.001 0.096 0.004 0.741 122 T 0.678 0.002 0.001 0.001 0.079 0.003 0.237 123 L 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 124 F 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 125 V 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 126 A 0.837 0.002 0.001 0.001 0.007 0.002 0.151 127 D 0.394 0.003 0.003 0.001 0.111 0.018 0.471 128 Y 0.173 0.010 0.021 0.002 0.225 0.045 0.523 129 Y 0.066 0.021 0.048 0.006 0.323 0.046 0.489 130 P 0.052 0.034 0.051 0.013 0.230 0.086 0.534 131 W 0.008 0.005 0.009 0.011 0.082 0.012 0.873 132 P 0.008 0.007 0.154 0.295 0.037 0.064 0.435 133 E 0.003 0.003 0.186 0.612 0.038 0.087 0.070 134 A 0.003 0.004 0.130 0.690 0.022 0.075 0.075 135 I 0.002 0.001 0.024 0.915 0.008 0.025 0.024 136 K 0.001 0.001 0.009 0.959 0.005 0.015 0.011 137 Q 0.001 0.001 0.017 0.953 0.004 0.016 0.009 138 Y 0.001 0.001 0.014 0.955 0.003 0.021 0.006 139 N 0.002 0.001 0.023 0.922 0.008 0.037 0.006 140 A 0.001 0.001 0.018 0.883 0.011 0.081 0.005 141 V 0.001 0.002 0.011 0.860 0.013 0.091 0.021 142 I 0.001 0.001 0.004 0.946 0.008 0.009 0.032 143 P 0.001 0.001 0.004 0.988 0.001 0.006 0.002 144 G 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.004 0.001 145 I 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.004 0.001 146 V 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 147 Q 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 148 Q 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.008 0.001 149 K 0.001 0.001 0.004 0.977 0.001 0.014 0.003 150 A 0.001 0.002 0.023 0.910 0.011 0.043 0.010 151 N 0.002 0.001 0.034 0.746 0.005 0.203 0.009 152 A 0.001 0.001 0.028 0.489 0.017 0.446 0.019 153 G 0.005 0.002 0.037 0.064 0.197 0.250 0.445 154 K 0.005 0.001 0.035 0.013 0.298 0.518 0.130 155 K 0.105 0.005 0.035 0.004 0.189 0.482 0.180 156 V 0.509 0.016 0.002 0.002 0.017 0.002 0.452 157 Y 0.885 0.003 0.002 0.001 0.015 0.001 0.093 158 F 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 159 V 0.954 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.036 160 K 0.781 0.004 0.002 0.001 0.023 0.001 0.189 161 L 0.204 0.006 0.145 0.043 0.060 0.088 0.453 162 S 0.125 0.007 0.204 0.078 0.153 0.117 0.316 163 E 0.057 0.006 0.392 0.091 0.113 0.086 0.255 164 I 0.097 0.023 0.250 0.172 0.073 0.136 0.249 165 Q 0.169 0.027 0.119 0.200 0.078 0.187 0.220 166 F 0.121 0.039 0.060 0.147 0.140 0.180 0.314 167 D 0.066 0.014 0.020 0.033 0.155 0.117 0.595 168 R 0.031 0.011 0.057 0.042 0.181 0.302 0.375 169 N 0.022 0.006 0.175 0.034 0.143 0.340 0.279 170 T 0.036 0.014 0.254 0.038 0.179 0.249 0.230 171 D 0.105 0.033 0.192 0.039 0.134 0.206 0.290 172 I 0.187 0.086 0.081 0.039 0.204 0.088 0.314 173 S 0.201 0.032 0.046 0.031 0.086 0.087 0.516 174 W 0.216 0.055 0.083 0.047 0.144 0.159 0.296 175 D 0.158 0.028 0.067 0.034 0.176 0.273 0.264 176 G 0.122 0.022 0.059 0.019 0.249 0.235 0.293 177 L 0.125 0.052 0.024 0.014 0.317 0.083 0.386 178 H 0.085 0.088 0.015 0.014 0.118 0.089 0.590 179 L 0.017 0.021 0.020 0.038 0.145 0.220 0.539 180 S 0.007 0.012 0.008 0.094 0.170 0.057 0.652 181 E 0.001 0.001 0.008 0.928 0.020 0.034 0.009 182 I 0.001 0.001 0.002 0.979 0.001 0.015 0.002 183 G 0.001 0.001 0.003 0.986 0.001 0.006 0.003 184 Y 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.002 185 K 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 186 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 187 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 188 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 189 N 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 190 I 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.012 0.001 191 W 0.001 0.001 0.002 0.980 0.001 0.017 0.001 192 Y 0.001 0.001 0.003 0.990 0.001 0.006 0.001 193 K 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.008 0.001 194 Y 0.001 0.001 0.002 0.986 0.001 0.011 0.001 195 T 0.001 0.001 0.003 0.984 0.001 0.011 0.001 196 I 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.003 0.001 197 D 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.003 0.001 198 I 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.005 0.001 199 L 0.001 0.001 0.005 0.984 0.001 0.009 0.002 200 R 0.001 0.001 0.009 0.968 0.002 0.018 0.003 201 A 0.001 0.001 0.007 0.946 0.002 0.041 0.003 202 L 0.001 0.001 0.012 0.801 0.022 0.125 0.038 203 A 0.002 0.004 0.020 0.390 0.058 0.421 0.106 204 G 0.006 0.005 0.014 0.096 0.068 0.296 0.515 205 E 0.004 0.002 0.004 0.013 0.026 0.016 0.935