# TARGET T0286 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0286.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1461 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.697 0.177 0.066 0.041 0.016 0.003 0.001 2 A 0.673 0.229 0.076 0.019 0.003 0.001 0.001 3 S 0.801 0.155 0.035 0.007 0.001 0.001 0.001 4 K 0.597 0.279 0.097 0.024 0.003 0.001 0.001 5 T 0.451 0.423 0.108 0.017 0.001 0.001 0.001 6 I 0.004 0.032 0.159 0.464 0.310 0.030 0.001 7 K 0.006 0.035 0.136 0.330 0.371 0.116 0.007 8 I 0.001 0.001 0.004 0.019 0.114 0.611 0.249 9 M 0.001 0.001 0.002 0.009 0.058 0.356 0.573 10 P 0.001 0.001 0.002 0.008 0.028 0.165 0.796 11 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.137 0.841 12 G 0.001 0.001 0.002 0.008 0.032 0.204 0.755 13 D 0.001 0.001 0.006 0.027 0.099 0.310 0.557 14 S 0.001 0.003 0.007 0.018 0.064 0.316 0.591 15 C 0.003 0.008 0.017 0.052 0.122 0.295 0.503 16 T 0.003 0.010 0.020 0.047 0.107 0.322 0.490 17 E 0.019 0.040 0.061 0.125 0.188 0.276 0.291 18 G 0.045 0.076 0.099 0.134 0.174 0.254 0.218 19 M 0.078 0.099 0.123 0.188 0.210 0.203 0.099 20 G 0.217 0.180 0.157 0.156 0.120 0.106 0.064 21 G 0.234 0.208 0.156 0.164 0.129 0.086 0.024 22 G 0.278 0.230 0.182 0.146 0.093 0.051 0.020 23 E 0.320 0.234 0.165 0.134 0.080 0.049 0.017 24 M 0.234 0.216 0.194 0.167 0.112 0.060 0.016 25 G 0.221 0.213 0.203 0.179 0.119 0.051 0.013 26 S 0.110 0.177 0.179 0.175 0.168 0.140 0.052 27 Y 0.014 0.031 0.065 0.158 0.282 0.339 0.113 28 R 0.012 0.053 0.118 0.205 0.262 0.255 0.096 29 T 0.034 0.147 0.222 0.233 0.191 0.129 0.043 30 E 0.008 0.075 0.208 0.285 0.251 0.138 0.036 31 L 0.001 0.001 0.005 0.033 0.196 0.575 0.189 32 Y 0.003 0.031 0.127 0.323 0.315 0.180 0.022 33 R 0.026 0.281 0.337 0.216 0.096 0.040 0.005 34 L 0.002 0.024 0.117 0.339 0.367 0.139 0.012 35 L 0.003 0.010 0.039 0.177 0.428 0.319 0.024 36 T 0.088 0.333 0.325 0.186 0.057 0.010 0.001 37 Q 0.373 0.404 0.155 0.053 0.013 0.002 0.001 38 A 0.179 0.302 0.292 0.162 0.054 0.011 0.001 39 G 0.231 0.316 0.240 0.150 0.053 0.010 0.001 40 L 0.103 0.216 0.264 0.246 0.135 0.033 0.003 41 S 0.170 0.393 0.261 0.126 0.039 0.009 0.001 42 I 0.006 0.021 0.075 0.236 0.386 0.253 0.023 43 D 0.010 0.077 0.230 0.350 0.232 0.090 0.010 44 F 0.003 0.009 0.025 0.079 0.254 0.504 0.126 45 V 0.008 0.045 0.114 0.244 0.311 0.229 0.048 46 G 0.018 0.082 0.167 0.233 0.238 0.200 0.062 47 S 0.025 0.072 0.128 0.222 0.259 0.235 0.059 48 Q 0.099 0.170 0.204 0.218 0.177 0.110 0.022 49 R 0.160 0.213 0.201 0.190 0.133 0.086 0.017 50 S 0.181 0.157 0.153 0.182 0.166 0.132 0.029 51 G 0.287 0.231 0.189 0.143 0.089 0.050 0.011 52 P 0.285 0.207 0.178 0.166 0.105 0.050 0.008 53 S 0.358 0.202 0.162 0.137 0.090 0.042 0.008 54 S 0.432 0.241 0.137 0.094 0.056 0.033 0.007 55 L 0.252 0.198 0.177 0.194 0.126 0.046 0.006 56 P 0.436 0.267 0.146 0.090 0.041 0.016 0.003 57 D 0.477 0.219 0.124 0.092 0.056 0.026 0.006 58 K 0.382 0.261 0.168 0.110 0.055 0.020 0.005 59 D 0.261 0.223 0.190 0.163 0.101 0.051 0.011 60 H 0.142 0.140 0.158 0.203 0.196 0.130 0.031 61 E 0.115 0.167 0.200 0.208 0.159 0.112 0.039 62 G 0.062 0.070 0.101 0.183 0.238 0.240 0.106 63 H 0.038 0.062 0.101 0.170 0.220 0.255 0.154 64 S 0.057 0.090 0.113 0.144 0.174 0.249 0.174 65 G 0.067 0.094 0.117 0.171 0.199 0.219 0.133 66 W 0.056 0.094 0.126 0.171 0.199 0.223 0.132 67 T 0.057 0.123 0.153 0.195 0.185 0.191 0.095 68 I 0.028 0.050 0.082 0.170 0.266 0.288 0.116 69 P 0.147 0.241 0.241 0.190 0.111 0.053 0.016 70 Q 0.112 0.280 0.253 0.182 0.103 0.055 0.015 71 I 0.014 0.024 0.053 0.155 0.334 0.345 0.074 72 A 0.026 0.090 0.194 0.303 0.244 0.126 0.017 73 S 0.114 0.384 0.291 0.142 0.050 0.016 0.002 74 N 0.008 0.054 0.194 0.346 0.291 0.099 0.008 75 I 0.002 0.003 0.009 0.050 0.273 0.583 0.080 76 N 0.019 0.134 0.317 0.358 0.143 0.026 0.001 77 N 0.127 0.531 0.256 0.070 0.013 0.002 0.001 78 W 0.004 0.043 0.162 0.370 0.314 0.103 0.004 79 L 0.005 0.016 0.069 0.276 0.457 0.171 0.006 80 N 0.166 0.474 0.265 0.078 0.015 0.002 0.001 81 T 0.450 0.347 0.134 0.054 0.013 0.002 0.001 82 H 0.042 0.192 0.346 0.303 0.105 0.011 0.001 83 N 0.142 0.484 0.267 0.091 0.015 0.001 0.001 84 P 0.001 0.014 0.086 0.319 0.463 0.112 0.003 85 D 0.005 0.072 0.225 0.356 0.262 0.073 0.006 86 V 0.001 0.001 0.002 0.023 0.170 0.653 0.152 87 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.340 0.638 88 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.093 0.899 89 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.046 0.951 90 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.102 0.890 91 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.127 0.853 92 G 0.001 0.001 0.004 0.016 0.036 0.198 0.745 93 G 0.001 0.004 0.012 0.037 0.081 0.255 0.610 94 N 0.001 0.005 0.011 0.034 0.102 0.379 0.468 95 D 0.005 0.010 0.023 0.086 0.220 0.423 0.234 96 L 0.009 0.020 0.031 0.068 0.176 0.448 0.248 97 L 0.007 0.022 0.059 0.151 0.295 0.383 0.082 98 L 0.012 0.048 0.115 0.205 0.305 0.270 0.046 99 N 0.047 0.155 0.217 0.281 0.206 0.082 0.012 100 G 0.116 0.188 0.228 0.240 0.161 0.061 0.006 101 N 0.340 0.263 0.166 0.120 0.072 0.034 0.006 102 L 0.103 0.168 0.229 0.257 0.172 0.063 0.008 103 N 0.301 0.347 0.194 0.103 0.043 0.012 0.001 104 A 0.215 0.367 0.245 0.121 0.040 0.010 0.001 105 T 0.534 0.301 0.097 0.038 0.021 0.008 0.001 106 G 0.037 0.212 0.335 0.263 0.116 0.034 0.003 107 L 0.004 0.008 0.021 0.157 0.436 0.343 0.030 108 S 0.011 0.146 0.396 0.339 0.091 0.016 0.001 109 N 0.043 0.266 0.393 0.221 0.066 0.010 0.001 110 L 0.001 0.005 0.014 0.049 0.271 0.598 0.062 111 I 0.001 0.002 0.016 0.136 0.428 0.382 0.034 112 D 0.019 0.322 0.422 0.188 0.041 0.007 0.001 113 Q 0.005 0.070 0.266 0.457 0.183 0.019 0.001 114 I 0.001 0.002 0.010 0.091 0.414 0.455 0.027 115 F 0.007 0.124 0.330 0.352 0.163 0.022 0.001 116 T 0.348 0.482 0.126 0.035 0.009 0.001 0.001 117 V 0.058 0.278 0.374 0.231 0.052 0.006 0.001 118 K 0.210 0.343 0.267 0.145 0.032 0.003 0.001 119 P 0.197 0.311 0.246 0.175 0.064 0.007 0.001 120 N 0.233 0.489 0.208 0.058 0.011 0.002 0.001 121 V 0.001 0.004 0.033 0.223 0.508 0.222 0.009 122 T 0.002 0.020 0.096 0.298 0.372 0.189 0.023 123 L 0.001 0.001 0.002 0.010 0.071 0.530 0.386 124 F 0.001 0.001 0.001 0.005 0.046 0.386 0.561 125 V 0.001 0.001 0.001 0.005 0.028 0.196 0.769 126 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.195 0.781 127 D 0.001 0.003 0.012 0.051 0.163 0.453 0.318 128 Y 0.001 0.003 0.015 0.081 0.298 0.459 0.144 129 Y 0.007 0.049 0.118 0.228 0.303 0.255 0.040 130 P 0.051 0.175 0.248 0.268 0.179 0.071 0.008 131 W 0.089 0.187 0.274 0.258 0.147 0.042 0.004 132 P 0.465 0.319 0.140 0.055 0.017 0.004 0.001 133 E 0.714 0.196 0.057 0.022 0.008 0.003 0.001 134 A 0.377 0.290 0.180 0.105 0.038 0.010 0.001 135 I 0.154 0.175 0.220 0.264 0.148 0.037 0.002 136 K 0.432 0.333 0.158 0.059 0.015 0.003 0.001 137 Q 0.437 0.347 0.144 0.051 0.016 0.004 0.001 138 Y 0.094 0.138 0.206 0.284 0.206 0.067 0.004 139 N 0.064 0.134 0.208 0.279 0.214 0.094 0.007 140 A 0.269 0.378 0.220 0.095 0.030 0.007 0.001 141 V 0.079 0.221 0.303 0.247 0.117 0.031 0.002 142 I 0.007 0.014 0.027 0.091 0.313 0.489 0.059 143 P 0.006 0.047 0.174 0.360 0.281 0.123 0.010 144 G 0.060 0.432 0.344 0.124 0.032 0.006 0.001 145 I 0.002 0.026 0.133 0.350 0.380 0.104 0.005 146 V 0.001 0.001 0.004 0.043 0.312 0.581 0.059 147 Q 0.005 0.111 0.349 0.394 0.126 0.015 0.001 148 Q 0.059 0.634 0.257 0.046 0.004 0.001 0.001 149 K 0.001 0.024 0.141 0.483 0.294 0.056 0.001 150 A 0.002 0.013 0.070 0.339 0.476 0.098 0.002 151 N 0.212 0.522 0.207 0.051 0.007 0.001 0.001 152 A 0.498 0.388 0.094 0.018 0.002 0.001 0.001 153 G 0.082 0.267 0.395 0.215 0.038 0.003 0.001 154 K 0.324 0.426 0.190 0.051 0.008 0.001 0.001 155 K 0.114 0.323 0.318 0.187 0.051 0.006 0.001 156 V 0.001 0.006 0.033 0.148 0.412 0.375 0.025 157 Y 0.001 0.012 0.050 0.195 0.376 0.327 0.039 158 F 0.001 0.002 0.007 0.022 0.088 0.473 0.407 159 V 0.001 0.001 0.003 0.017 0.097 0.428 0.454 160 K 0.001 0.008 0.049 0.155 0.254 0.327 0.206 161 L 0.001 0.002 0.005 0.026 0.144 0.485 0.339 162 S 0.005 0.027 0.070 0.166 0.290 0.357 0.086 163 E 0.025 0.129 0.220 0.245 0.208 0.143 0.030 164 I 0.018 0.059 0.128 0.245 0.289 0.216 0.045 165 Q 0.038 0.067 0.107 0.200 0.291 0.260 0.038 166 F 0.099 0.174 0.222 0.244 0.165 0.086 0.011 167 D 0.455 0.300 0.136 0.069 0.028 0.009 0.002 168 R 0.389 0.289 0.173 0.095 0.039 0.013 0.002 169 N 0.337 0.286 0.189 0.119 0.051 0.016 0.002 170 T 0.334 0.329 0.191 0.091 0.037 0.014 0.003 171 D 0.115 0.182 0.213 0.233 0.173 0.073 0.011 172 I 0.031 0.049 0.092 0.196 0.294 0.278 0.060 173 S 0.064 0.100 0.140 0.205 0.223 0.202 0.067 174 W 0.056 0.080 0.127 0.189 0.209 0.231 0.108 175 D 0.045 0.040 0.049 0.097 0.191 0.360 0.219 176 G 0.048 0.045 0.060 0.101 0.180 0.304 0.262 177 L 0.035 0.055 0.066 0.089 0.143 0.315 0.299 178 H 0.025 0.038 0.052 0.104 0.190 0.324 0.267 179 L 0.010 0.022 0.041 0.098 0.197 0.382 0.251 180 S 0.045 0.089 0.117 0.187 0.243 0.215 0.104 181 E 0.142 0.331 0.264 0.153 0.066 0.033 0.011 182 I 0.093 0.216 0.262 0.218 0.138 0.056 0.016 183 G 0.012 0.038 0.076 0.146 0.263 0.366 0.099 184 Y 0.005 0.012 0.023 0.117 0.339 0.421 0.083 185 K 0.012 0.137 0.333 0.330 0.141 0.043 0.004 186 K 0.005 0.022 0.117 0.343 0.366 0.138 0.009 187 I 0.001 0.002 0.003 0.007 0.056 0.598 0.334 188 A 0.001 0.003 0.013 0.090 0.315 0.502 0.077 189 N 0.001 0.047 0.271 0.414 0.216 0.047 0.004 190 I 0.001 0.003 0.025 0.198 0.529 0.235 0.010 191 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.537 0.432 192 Y 0.001 0.007 0.048 0.258 0.426 0.249 0.012 193 K 0.010 0.225 0.412 0.257 0.082 0.011 0.002 194 Y 0.002 0.015 0.080 0.352 0.395 0.144 0.013 195 T 0.001 0.002 0.004 0.027 0.224 0.650 0.092 196 I 0.015 0.106 0.326 0.371 0.159 0.022 0.001 197 D 0.230 0.528 0.183 0.049 0.009 0.001 0.001 198 I 0.041 0.117 0.235 0.367 0.190 0.047 0.003 199 L 0.064 0.084 0.154 0.313 0.289 0.093 0.003 200 R 0.417 0.357 0.153 0.056 0.014 0.002 0.001 201 A 0.540 0.286 0.112 0.047 0.013 0.002 0.001 202 L 0.343 0.273 0.197 0.126 0.048 0.012 0.001 203 A 0.586 0.226 0.110 0.056 0.018 0.004 0.001 204 G 0.801 0.136 0.041 0.016 0.005 0.001 0.001 205 E 0.796 0.137 0.044 0.017 0.005 0.001 0.001