# TARGET T0285 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0285.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.106 0.196 0.100 0.027 0.230 0.017 0.035 0.096 0.078 0.072 0.043 2 Y 0.117 0.229 0.101 0.018 0.254 0.013 0.022 0.056 0.051 0.087 0.052 3 L 0.083 0.327 0.217 0.027 0.205 0.009 0.014 0.036 0.024 0.029 0.030 4 P 0.049 0.272 0.156 0.038 0.122 0.035 0.047 0.110 0.081 0.062 0.027 5 D 0.060 0.140 0.075 0.029 0.131 0.031 0.073 0.194 0.135 0.096 0.036 6 D 0.053 0.082 0.048 0.031 0.076 0.028 0.034 0.105 0.109 0.365 0.068 7 S 0.046 0.289 0.207 0.043 0.142 0.017 0.023 0.108 0.048 0.053 0.025 8 P 0.035 0.137 0.053 0.009 0.063 0.010 0.023 0.355 0.177 0.110 0.029 9 A 0.040 0.052 0.023 0.006 0.060 0.006 0.015 0.488 0.200 0.088 0.022 10 K 0.012 0.044 0.017 0.005 0.027 0.009 0.029 0.689 0.131 0.030 0.006 11 R 0.031 0.031 0.010 0.004 0.051 0.005 0.020 0.678 0.110 0.043 0.016 12 L 0.045 0.039 0.011 0.006 0.071 0.008 0.018 0.684 0.082 0.026 0.011 13 L 0.029 0.019 0.007 0.003 0.041 0.004 0.012 0.710 0.120 0.043 0.012 14 F 0.029 0.039 0.008 0.004 0.060 0.005 0.015 0.674 0.134 0.022 0.008 15 Q 0.019 0.041 0.015 0.008 0.047 0.008 0.048 0.701 0.091 0.014 0.007 16 M 0.042 0.016 0.010 0.009 0.040 0.023 0.087 0.620 0.085 0.052 0.017 17 V 0.033 0.075 0.050 0.056 0.062 0.037 0.050 0.432 0.111 0.074 0.020 18 G 0.022 0.090 0.077 0.094 0.040 0.065 0.038 0.321 0.122 0.109 0.021 19 N 0.036 0.069 0.065 0.028 0.063 0.015 0.028 0.373 0.144 0.134 0.045 20 A 0.045 0.060 0.030 0.012 0.070 0.016 0.047 0.479 0.146 0.070 0.023 21 I 0.052 0.139 0.034 0.014 0.123 0.018 0.053 0.371 0.106 0.071 0.019 22 N 0.111 0.112 0.052 0.025 0.170 0.018 0.028 0.248 0.080 0.114 0.041 23 R 0.031 0.093 0.045 0.033 0.063 0.048 0.085 0.389 0.119 0.071 0.023 24 N 0.095 0.082 0.041 0.020 0.124 0.014 0.031 0.299 0.089 0.139 0.066 25 T 0.062 0.076 0.026 0.011 0.090 0.014 0.025 0.401 0.166 0.100 0.030 26 Q 0.044 0.084 0.035 0.015 0.079 0.016 0.029 0.515 0.119 0.043 0.021 27 Q 0.061 0.092 0.039 0.012 0.095 0.009 0.026 0.480 0.098 0.061 0.028 28 L 0.056 0.083 0.032 0.010 0.092 0.012 0.028 0.512 0.104 0.053 0.018 29 T 0.045 0.080 0.033 0.016 0.082 0.014 0.027 0.496 0.135 0.056 0.017 30 Q 0.026 0.059 0.027 0.016 0.044 0.020 0.041 0.562 0.148 0.042 0.016 31 D 0.060 0.050 0.022 0.014 0.071 0.012 0.025 0.456 0.153 0.102 0.035 32 L 0.053 0.052 0.018 0.011 0.084 0.012 0.023 0.408 0.229 0.085 0.026 33 R 0.040 0.073 0.035 0.014 0.079 0.014 0.042 0.437 0.191 0.058 0.017 34 A 0.048 0.118 0.053 0.022 0.086 0.021 0.050 0.282 0.132 0.161 0.028 35 M 0.077 0.248 0.138 0.025 0.186 0.012 0.024 0.148 0.063 0.052 0.026 36 P 0.037 0.118 0.066 0.025 0.086 0.042 0.086 0.319 0.159 0.043 0.018 37 N 0.094 0.078 0.036 0.015 0.143 0.017 0.032 0.178 0.151 0.197 0.059 38 W 0.107 0.159 0.066 0.018 0.201 0.013 0.021 0.113 0.089 0.163 0.050 39 S 0.121 0.178 0.053 0.011 0.251 0.012 0.047 0.131 0.071 0.087 0.036 40 L 0.271 0.108 0.017 0.007 0.398 0.005 0.006 0.055 0.030 0.041 0.061 41 R 0.093 0.186 0.042 0.027 0.360 0.049 0.067 0.103 0.020 0.035 0.017 42 F 0.424 0.034 0.004 0.002 0.465 0.002 0.002 0.012 0.003 0.010 0.042 43 V 0.192 0.145 0.016 0.019 0.538 0.023 0.013 0.023 0.004 0.005 0.022 44 Y 0.174 0.154 0.021 0.002 0.602 0.002 0.002 0.008 0.002 0.004 0.029 45 I 0.445 0.058 0.008 0.001 0.372 0.002 0.005 0.021 0.005 0.008 0.074 46 V 0.104 0.223 0.059 0.043 0.281 0.056 0.057 0.081 0.025 0.034 0.037 47 D 0.181 0.198 0.110 0.038 0.259 0.015 0.012 0.054 0.028 0.041 0.064 48 R 0.036 0.083 0.060 0.063 0.067 0.062 0.077 0.265 0.176 0.091 0.021 49 N 0.052 0.181 0.104 0.061 0.087 0.042 0.076 0.145 0.079 0.125 0.048 50 N 0.114 0.128 0.049 0.021 0.175 0.012 0.016 0.141 0.113 0.161 0.070 51 Q 0.054 0.120 0.044 0.018 0.104 0.019 0.035 0.298 0.188 0.083 0.035 52 D 0.059 0.093 0.049 0.016 0.110 0.012 0.031 0.336 0.152 0.113 0.030 53 L 0.075 0.078 0.028 0.014 0.105 0.020 0.050 0.353 0.142 0.102 0.032 54 L 0.086 0.144 0.049 0.017 0.190 0.014 0.035 0.271 0.101 0.064 0.028 55 K 0.107 0.107 0.062 0.027 0.146 0.019 0.042 0.186 0.106 0.144 0.054 56 R 0.048 0.374 0.196 0.022 0.176 0.008 0.015 0.078 0.039 0.029 0.015 57 P 0.078 0.271 0.152 0.018 0.175 0.010 0.030 0.111 0.066 0.060 0.028 58 L 0.071 0.311 0.262 0.020 0.159 0.011 0.025 0.065 0.029 0.028 0.020 59 P 0.046 0.325 0.263 0.045 0.136 0.025 0.030 0.074 0.022 0.019 0.015 60 P 0.042 0.137 0.073 0.051 0.089 0.067 0.132 0.212 0.107 0.065 0.024 61 G 0.050 0.066 0.092 0.097 0.073 0.030 0.019 0.093 0.082 0.317 0.081 62 I 0.175 0.195 0.028 0.006 0.373 0.006 0.016 0.078 0.041 0.045 0.038 63 M 0.200 0.157 0.031 0.007 0.459 0.006 0.010 0.045 0.024 0.024 0.037 64 V 0.211 0.162 0.035 0.007 0.428 0.007 0.014 0.063 0.018 0.016 0.039 65 L 0.152 0.175 0.067 0.025 0.244 0.028 0.029 0.075 0.038 0.095 0.071 66 A 0.071 0.295 0.226 0.055 0.180 0.010 0.011 0.060 0.034 0.029 0.030 67 P 0.038 0.125 0.075 0.031 0.079 0.032 0.058 0.313 0.170 0.058 0.021 68 R 0.074 0.159 0.067 0.013 0.162 0.012 0.038 0.221 0.130 0.088 0.038 69 L 0.142 0.105 0.034 0.014 0.177 0.016 0.035 0.197 0.122 0.097 0.061 70 T 0.062 0.164 0.081 0.039 0.133 0.030 0.060 0.191 0.116 0.091 0.032 71 A 0.070 0.180 0.069 0.023 0.163 0.015 0.038 0.205 0.116 0.090 0.031 72 K 0.069 0.105 0.055 0.030 0.109 0.041 0.095 0.146 0.105 0.189 0.055 73 H 0.081 0.301 0.223 0.038 0.205 0.011 0.013 0.039 0.020 0.034 0.035 74 P 0.078 0.161 0.064 0.020 0.135 0.022 0.045 0.235 0.133 0.071 0.037 75 Y 0.064 0.098 0.046 0.022 0.115 0.021 0.031 0.230 0.166 0.161 0.047 76 D 0.062 0.119 0.050 0.022 0.121 0.023 0.045 0.306 0.138 0.079 0.035 77 K 0.067 0.098 0.043 0.012 0.101 0.012 0.028 0.332 0.135 0.133 0.040 78 V 0.105 0.097 0.030 0.012 0.140 0.012 0.024 0.331 0.121 0.089 0.039 79 Q 0.039 0.172 0.068 0.026 0.099 0.025 0.040 0.346 0.105 0.059 0.020 80 D 0.086 0.084 0.050 0.026 0.124 0.019 0.037 0.321 0.105 0.104 0.042 81 R 0.044 0.100 0.060 0.030 0.075 0.029 0.054 0.370 0.130 0.083 0.024 82 N 0.089 0.091 0.040 0.022 0.115 0.015 0.021 0.221 0.106 0.206 0.074 83 R 0.078 0.145 0.039 0.016 0.153 0.011 0.021 0.274 0.148 0.080 0.035 84 K 0.063 0.128 0.059 0.015 0.127 0.017 0.055 0.375 0.107 0.038 0.017 85 L 0.114 0.048 0.026 0.030 0.110 0.044 0.095 0.305 0.092 0.097 0.039 86 Y 0.048 0.144 0.082 0.123 0.101 0.068 0.087 0.171 0.063 0.089 0.025 87 G 0.067 0.081 0.078 0.140 0.085 0.047 0.023 0.109 0.082 0.213 0.076 88 R 0.078 0.168 0.086 0.043 0.179 0.037 0.057 0.166 0.088 0.066 0.032 89 H 0.236 0.112 0.035 0.011 0.325 0.008 0.017 0.060 0.044 0.070 0.081 90 I 0.199 0.197 0.032 0.008 0.431 0.009 0.013 0.033 0.018 0.024 0.036 91 T 0.198 0.194 0.035 0.004 0.475 0.004 0.005 0.015 0.006 0.021 0.041 92 L 0.161 0.214 0.073 0.031 0.229 0.031 0.033 0.083 0.041 0.047 0.056 93 N 0.077 0.116 0.161 0.114 0.092 0.061 0.047 0.133 0.076 0.074 0.049 94 D 0.032 0.125 0.133 0.198 0.064 0.070 0.065 0.125 0.080 0.079 0.027 95 G 0.020 0.112 0.092 0.154 0.043 0.077 0.061 0.094 0.082 0.225 0.040 96 N 0.044 0.173 0.107 0.052 0.114 0.036 0.048 0.079 0.074 0.222 0.051 97 S 0.214 0.164 0.043 0.010 0.331 0.008 0.020 0.030 0.032 0.075 0.073 98 V 0.258 0.178 0.021 0.003 0.480 0.002 0.003 0.005 0.004 0.009 0.037 99 K 0.155 0.182 0.030 0.007 0.578 0.007 0.009 0.008 0.003 0.006 0.016 100 V 0.510 0.029 0.002 0.001 0.420 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.032 101 V 0.133 0.212 0.024 0.012 0.572 0.016 0.008 0.006 0.002 0.003 0.013 102 T 0.313 0.113 0.017 0.001 0.503 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.044 103 I 0.237 0.187 0.045 0.017 0.347 0.013 0.013 0.032 0.015 0.022 0.072 104 S 0.182 0.166 0.109 0.051 0.258 0.027 0.028 0.055 0.021 0.038 0.066 105 A 0.040 0.157 0.100 0.112 0.089 0.089 0.093 0.146 0.088 0.065 0.020 106 G 0.048 0.104 0.156 0.156 0.070 0.040 0.031 0.074 0.072 0.176 0.072 107 R 0.096 0.195 0.083 0.027 0.152 0.029 0.042 0.117 0.117 0.093 0.050 108 D 0.112 0.114 0.067 0.029 0.181 0.031 0.064 0.138 0.088 0.113 0.064 109 E 0.062 0.159 0.081 0.072 0.112 0.053 0.073 0.113 0.080 0.153 0.042 110 G 0.033 0.106 0.219 0.228 0.066 0.074 0.031 0.072 0.046 0.089 0.036 111 P 0.058 0.175 0.098 0.023 0.092 0.023 0.039 0.218 0.140 0.094 0.040 112 D 0.123 0.106 0.050 0.009 0.174 0.007 0.014 0.167 0.124 0.164 0.062 113 R 0.029 0.111 0.038 0.019 0.063 0.024 0.042 0.416 0.182 0.061 0.014 114 D 0.046 0.056 0.022 0.006 0.072 0.007 0.024 0.534 0.129 0.082 0.022 115 I 0.037 0.048 0.010 0.003 0.053 0.004 0.012 0.670 0.107 0.041 0.014 116 I 0.027 0.026 0.007 0.002 0.034 0.003 0.008 0.796 0.075 0.014 0.008 117 W 0.008 0.011 0.004 0.004 0.012 0.004 0.006 0.835 0.101 0.012 0.003 118 E 0.006 0.006 0.003 0.003 0.012 0.003 0.008 0.854 0.097 0.006 0.003 119 M 0.007 0.006 0.004 0.003 0.010 0.005 0.015 0.850 0.082 0.014 0.003 120 F 0.009 0.012 0.004 0.002 0.016 0.002 0.010 0.745 0.147 0.046 0.006 121 L 0.012 0.021 0.005 0.005 0.019 0.006 0.020 0.640 0.210 0.055 0.007 122 E 0.006 0.060 0.027 0.015 0.025 0.033 0.127 0.522 0.154 0.027 0.004 123 N 0.091 0.032 0.016 0.009 0.067 0.009 0.039 0.217 0.124 0.301 0.096 124 L 0.103 0.161 0.046 0.010 0.195 0.011 0.025 0.165 0.121 0.104 0.058 125 E 0.048 0.084 0.041 0.033 0.091 0.042 0.066 0.306 0.151 0.104 0.034