# TARGET T0285 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0285.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.329 0.142 0.079 0.103 0.072 0.061 0.074 0.047 0.047 0.029 0.018 2 Y 0.094 0.111 0.056 0.143 0.133 0.125 0.145 0.079 0.062 0.035 0.017 3 L 0.043 0.048 0.022 0.063 0.076 0.093 0.156 0.150 0.159 0.118 0.072 4 P 0.238 0.195 0.067 0.143 0.113 0.082 0.073 0.037 0.029 0.015 0.008 5 D 0.447 0.162 0.066 0.115 0.075 0.050 0.039 0.020 0.014 0.008 0.005 6 D 0.294 0.149 0.048 0.134 0.102 0.085 0.079 0.042 0.033 0.021 0.012 7 S 0.230 0.232 0.060 0.115 0.080 0.068 0.074 0.051 0.046 0.028 0.017 8 P 0.375 0.171 0.068 0.123 0.079 0.063 0.059 0.028 0.020 0.010 0.005 9 A 0.192 0.074 0.036 0.074 0.083 0.098 0.145 0.098 0.100 0.062 0.037 10 K 0.063 0.074 0.075 0.215 0.174 0.149 0.127 0.054 0.039 0.020 0.010 11 R 0.034 0.073 0.150 0.253 0.192 0.134 0.092 0.035 0.022 0.011 0.005 12 L 0.037 0.041 0.154 0.095 0.083 0.103 0.165 0.111 0.107 0.067 0.038 13 L 0.010 0.025 0.074 0.092 0.075 0.089 0.193 0.142 0.150 0.102 0.048 14 F 0.008 0.014 0.061 0.052 0.063 0.106 0.203 0.141 0.156 0.123 0.073 15 Q 0.032 0.054 0.274 0.198 0.151 0.100 0.091 0.040 0.028 0.018 0.012 16 M 0.014 0.029 0.089 0.069 0.065 0.095 0.195 0.136 0.143 0.106 0.058 17 V 0.015 0.057 0.110 0.111 0.052 0.052 0.117 0.097 0.146 0.137 0.105 18 G 0.096 0.094 0.116 0.113 0.113 0.125 0.140 0.073 0.063 0.043 0.025 19 N 0.212 0.148 0.223 0.159 0.086 0.057 0.056 0.026 0.018 0.010 0.006 20 A 0.134 0.079 0.078 0.094 0.084 0.094 0.153 0.094 0.087 0.061 0.040 21 I 0.073 0.064 0.070 0.084 0.064 0.084 0.133 0.091 0.122 0.114 0.100 22 N 0.142 0.190 0.175 0.162 0.112 0.082 0.068 0.029 0.021 0.011 0.006 23 R 0.248 0.122 0.176 0.130 0.088 0.076 0.075 0.036 0.027 0.015 0.008 24 N 0.258 0.229 0.107 0.119 0.074 0.061 0.067 0.032 0.026 0.017 0.011 25 T 0.079 0.093 0.075 0.131 0.132 0.135 0.149 0.078 0.065 0.040 0.023 26 Q 0.409 0.149 0.163 0.126 0.066 0.037 0.029 0.010 0.007 0.003 0.001 27 Q 0.102 0.137 0.274 0.232 0.123 0.067 0.040 0.013 0.007 0.003 0.001 28 L 0.013 0.013 0.021 0.026 0.035 0.072 0.185 0.161 0.189 0.163 0.123 29 T 0.022 0.057 0.112 0.193 0.192 0.167 0.145 0.056 0.035 0.016 0.006 30 Q 0.094 0.103 0.583 0.130 0.050 0.022 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 31 D 0.065 0.090 0.171 0.195 0.146 0.124 0.120 0.042 0.026 0.013 0.006 32 L 0.013 0.013 0.021 0.026 0.030 0.058 0.166 0.166 0.212 0.176 0.120 33 R 0.076 0.120 0.268 0.233 0.154 0.083 0.044 0.012 0.006 0.003 0.001 34 A 0.070 0.115 0.318 0.153 0.108 0.087 0.075 0.030 0.024 0.013 0.007 35 M 0.035 0.045 0.033 0.071 0.079 0.114 0.202 0.141 0.134 0.092 0.055 36 P 0.337 0.147 0.056 0.106 0.079 0.076 0.082 0.042 0.035 0.023 0.015 37 N 0.342 0.184 0.120 0.134 0.088 0.057 0.041 0.016 0.010 0.006 0.003 38 W 0.065 0.047 0.031 0.074 0.080 0.114 0.193 0.137 0.135 0.086 0.039 39 S 0.088 0.128 0.089 0.179 0.123 0.106 0.115 0.062 0.056 0.034 0.022 40 L 0.022 0.020 0.026 0.040 0.047 0.070 0.145 0.148 0.189 0.168 0.125 41 R 0.025 0.048 0.089 0.168 0.155 0.150 0.171 0.086 0.062 0.031 0.014 42 F 0.006 0.014 0.025 0.041 0.033 0.046 0.142 0.160 0.222 0.189 0.122 43 V 0.006 0.013 0.034 0.056 0.057 0.075 0.149 0.139 0.180 0.168 0.123 44 Y 0.009 0.024 0.074 0.073 0.071 0.088 0.188 0.155 0.157 0.105 0.055 45 I 0.007 0.017 0.044 0.062 0.061 0.073 0.165 0.158 0.189 0.137 0.088 46 V 0.007 0.016 0.026 0.050 0.064 0.091 0.184 0.155 0.185 0.141 0.080 47 D 0.041 0.078 0.066 0.186 0.162 0.145 0.159 0.078 0.052 0.023 0.009 48 R 0.115 0.088 0.083 0.117 0.119 0.133 0.159 0.085 0.057 0.030 0.013 49 N 0.297 0.273 0.097 0.140 0.072 0.047 0.037 0.015 0.011 0.007 0.005 50 N 0.207 0.190 0.066 0.139 0.109 0.083 0.083 0.048 0.040 0.024 0.012 51 Q 0.335 0.134 0.078 0.131 0.101 0.082 0.070 0.029 0.024 0.012 0.005 52 D 0.140 0.176 0.170 0.249 0.121 0.065 0.045 0.017 0.010 0.005 0.003 53 L 0.027 0.026 0.035 0.065 0.070 0.103 0.188 0.148 0.153 0.109 0.076 54 L 0.044 0.045 0.065 0.091 0.097 0.127 0.181 0.121 0.109 0.073 0.047 55 K 0.115 0.183 0.341 0.175 0.092 0.047 0.027 0.009 0.006 0.003 0.001 56 R 0.070 0.097 0.095 0.181 0.149 0.144 0.141 0.058 0.038 0.020 0.008 57 P 0.403 0.178 0.058 0.112 0.074 0.053 0.047 0.025 0.023 0.015 0.011 58 L 0.069 0.044 0.018 0.055 0.071 0.097 0.180 0.135 0.142 0.107 0.081 59 P 0.257 0.193 0.077 0.131 0.102 0.078 0.067 0.036 0.030 0.018 0.011 60 P 0.284 0.142 0.059 0.124 0.098 0.089 0.089 0.047 0.034 0.021 0.012 61 G 0.241 0.118 0.048 0.117 0.103 0.099 0.102 0.060 0.053 0.036 0.022 62 I 0.036 0.052 0.039 0.088 0.072 0.087 0.149 0.128 0.149 0.118 0.083 63 M 0.034 0.043 0.044 0.095 0.096 0.108 0.161 0.125 0.128 0.099 0.069 64 V 0.033 0.046 0.065 0.085 0.083 0.091 0.149 0.127 0.136 0.107 0.079 65 L 0.032 0.043 0.046 0.092 0.074 0.080 0.146 0.120 0.147 0.127 0.093 66 A 0.045 0.060 0.042 0.089 0.086 0.098 0.150 0.121 0.133 0.105 0.073 67 P 0.219 0.128 0.106 0.133 0.096 0.083 0.096 0.052 0.045 0.027 0.016 68 R 0.153 0.134 0.107 0.176 0.130 0.102 0.096 0.045 0.033 0.017 0.008 69 L 0.040 0.027 0.022 0.042 0.040 0.056 0.116 0.123 0.189 0.184 0.160 70 T 0.123 0.200 0.110 0.173 0.121 0.091 0.080 0.039 0.033 0.018 0.012 71 A 0.157 0.084 0.083 0.091 0.075 0.087 0.129 0.092 0.093 0.066 0.044 72 K 0.346 0.195 0.098 0.155 0.088 0.050 0.037 0.014 0.009 0.005 0.003 73 H 0.086 0.088 0.037 0.093 0.094 0.101 0.155 0.117 0.112 0.075 0.042 74 P 0.316 0.246 0.065 0.129 0.083 0.059 0.046 0.021 0.018 0.011 0.007 75 Y 0.100 0.056 0.030 0.077 0.094 0.113 0.168 0.120 0.118 0.076 0.047 76 D 0.352 0.221 0.090 0.146 0.076 0.043 0.036 0.016 0.012 0.006 0.003 77 K 0.192 0.211 0.111 0.228 0.123 0.066 0.041 0.015 0.008 0.003 0.001 78 V 0.087 0.051 0.037 0.053 0.057 0.083 0.153 0.132 0.153 0.117 0.078 79 Q 0.070 0.103 0.110 0.217 0.180 0.135 0.101 0.039 0.027 0.012 0.006 80 D 0.097 0.147 0.250 0.192 0.109 0.077 0.066 0.027 0.020 0.010 0.005 81 R 0.149 0.105 0.136 0.170 0.129 0.107 0.103 0.044 0.030 0.018 0.011 82 N 0.261 0.187 0.113 0.127 0.073 0.063 0.076 0.038 0.031 0.019 0.011 83 R 0.077 0.074 0.109 0.164 0.151 0.153 0.134 0.058 0.045 0.025 0.011 84 K 0.136 0.165 0.240 0.223 0.118 0.059 0.036 0.011 0.007 0.003 0.002 85 L 0.018 0.029 0.054 0.073 0.085 0.117 0.186 0.135 0.139 0.101 0.063 86 Y 0.037 0.057 0.055 0.134 0.126 0.129 0.179 0.105 0.086 0.055 0.036 87 G 0.227 0.132 0.089 0.130 0.101 0.086 0.086 0.049 0.045 0.032 0.023 88 R 0.057 0.097 0.110 0.185 0.159 0.130 0.126 0.059 0.041 0.024 0.013 89 H 0.100 0.095 0.057 0.153 0.128 0.117 0.129 0.077 0.067 0.046 0.032 90 I 0.012 0.012 0.009 0.025 0.032 0.049 0.124 0.138 0.206 0.194 0.198 91 T 0.067 0.195 0.137 0.256 0.144 0.081 0.060 0.025 0.018 0.010 0.007 92 L 0.017 0.020 0.013 0.042 0.048 0.062 0.131 0.136 0.183 0.178 0.169 93 N 0.255 0.222 0.087 0.177 0.108 0.065 0.044 0.017 0.012 0.007 0.006 94 D 0.221 0.181 0.078 0.201 0.118 0.077 0.062 0.026 0.018 0.011 0.007 95 G 0.441 0.160 0.047 0.114 0.073 0.051 0.043 0.022 0.020 0.015 0.014 96 N 0.165 0.191 0.068 0.171 0.126 0.103 0.086 0.038 0.028 0.015 0.010 97 S 0.163 0.163 0.067 0.185 0.131 0.090 0.083 0.043 0.035 0.023 0.017 98 V 0.040 0.027 0.017 0.054 0.069 0.096 0.156 0.132 0.160 0.137 0.111 99 K 0.067 0.141 0.120 0.287 0.180 0.096 0.060 0.022 0.014 0.008 0.005 100 V 0.017 0.022 0.023 0.064 0.064 0.077 0.137 0.139 0.168 0.158 0.131 101 V 0.018 0.029 0.036 0.077 0.085 0.099 0.175 0.142 0.147 0.111 0.081 102 T 0.039 0.095 0.093 0.211 0.161 0.119 0.119 0.064 0.052 0.030 0.017 103 I 0.010 0.012 0.015 0.033 0.039 0.054 0.127 0.131 0.191 0.200 0.187 104 S 0.107 0.178 0.116 0.217 0.139 0.088 0.076 0.033 0.024 0.013 0.009 105 A 0.114 0.086 0.048 0.112 0.093 0.097 0.148 0.098 0.092 0.068 0.043 106 G 0.339 0.208 0.074 0.134 0.084 0.056 0.044 0.021 0.017 0.012 0.010 107 R 0.114 0.133 0.077 0.177 0.139 0.111 0.106 0.054 0.043 0.028 0.019 108 D 0.275 0.184 0.075 0.130 0.094 0.072 0.067 0.036 0.032 0.021 0.016 109 E 0.348 0.195 0.076 0.152 0.089 0.056 0.041 0.017 0.013 0.008 0.005 110 G 0.321 0.121 0.034 0.089 0.074 0.071 0.087 0.060 0.061 0.047 0.035 111 P 0.264 0.166 0.066 0.138 0.102 0.075 0.071 0.040 0.035 0.023 0.018 112 D 0.178 0.242 0.084 0.160 0.115 0.079 0.066 0.031 0.024 0.014 0.008 113 R 0.066 0.078 0.043 0.154 0.165 0.164 0.150 0.078 0.057 0.032 0.014 114 D 0.144 0.129 0.099 0.194 0.160 0.116 0.089 0.034 0.021 0.010 0.005 115 I 0.033 0.036 0.066 0.102 0.096 0.116 0.200 0.138 0.114 0.066 0.034 116 I 0.010 0.017 0.032 0.055 0.061 0.085 0.181 0.154 0.184 0.136 0.085 117 W 0.005 0.009 0.034 0.049 0.059 0.097 0.223 0.165 0.172 0.124 0.063 118 E 0.022 0.041 0.316 0.252 0.166 0.095 0.063 0.021 0.013 0.007 0.003 119 M 0.015 0.029 0.185 0.104 0.098 0.128 0.194 0.103 0.080 0.044 0.021 120 F 0.005 0.012 0.069 0.056 0.040 0.053 0.149 0.136 0.200 0.173 0.108 121 L 0.004 0.020 0.117 0.074 0.082 0.116 0.227 0.137 0.114 0.075 0.035 122 E 0.057 0.082 0.535 0.180 0.082 0.035 0.018 0.005 0.003 0.002 0.001 123 N 0.092 0.098 0.142 0.129 0.117 0.134 0.164 0.061 0.037 0.018 0.008 124 L 0.075 0.067 0.075 0.076 0.056 0.068 0.128 0.107 0.141 0.122 0.085 125 E 0.385 0.211 0.143 0.100 0.062 0.044 0.032 0.011 0.007 0.004 0.002