# TARGET T0285 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0285.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.093 0.036 0.006 0.041 0.039 0.057 0.050 0.006 0.001 0.003 0.669 2 Y 0.113 0.029 0.008 0.043 0.038 0.065 0.089 0.010 0.001 0.006 0.598 3 L 0.193 0.017 0.015 0.065 0.065 0.089 0.109 0.004 0.001 0.006 0.437 4 P 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.981 5 D 0.015 0.001 0.001 0.021 0.005 0.014 0.127 0.001 0.001 0.003 0.813 6 D 0.255 0.001 0.002 0.022 0.004 0.006 0.115 0.001 0.001 0.016 0.577 7 S 0.168 0.006 0.001 0.018 0.004 0.004 0.365 0.001 0.001 0.006 0.427 8 P 0.006 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.963 9 A 0.024 0.013 0.001 0.016 0.005 0.015 0.424 0.001 0.001 0.011 0.491 10 K 0.183 0.068 0.001 0.014 0.011 0.042 0.396 0.003 0.001 0.031 0.251 11 R 0.124 0.625 0.001 0.014 0.009 0.012 0.012 0.004 0.001 0.001 0.198 12 L 0.040 0.804 0.001 0.008 0.010 0.010 0.009 0.002 0.001 0.001 0.115 13 L 0.034 0.803 0.003 0.007 0.013 0.029 0.011 0.005 0.001 0.001 0.095 14 F 0.017 0.868 0.003 0.016 0.015 0.030 0.006 0.009 0.001 0.001 0.036 15 Q 0.022 0.877 0.003 0.011 0.006 0.011 0.008 0.010 0.001 0.001 0.052 16 M 0.056 0.804 0.010 0.006 0.007 0.011 0.015 0.008 0.001 0.001 0.082 17 V 0.031 0.802 0.013 0.014 0.015 0.026 0.017 0.013 0.001 0.001 0.068 18 G 0.034 0.663 0.012 0.016 0.017 0.036 0.027 0.018 0.001 0.004 0.172 19 N 0.072 0.576 0.017 0.005 0.009 0.015 0.049 0.015 0.001 0.004 0.238 20 A 0.147 0.561 0.014 0.006 0.011 0.011 0.029 0.022 0.001 0.003 0.196 21 I 0.090 0.637 0.021 0.013 0.022 0.028 0.050 0.020 0.001 0.005 0.115 22 N 0.096 0.550 0.018 0.014 0.021 0.033 0.052 0.030 0.001 0.005 0.179 23 R 0.141 0.448 0.028 0.012 0.013 0.019 0.031 0.020 0.001 0.004 0.284 24 N 0.182 0.231 0.018 0.010 0.016 0.019 0.150 0.029 0.001 0.011 0.334 25 T 0.146 0.153 0.062 0.016 0.013 0.018 0.127 0.015 0.001 0.016 0.433 26 Q 0.051 0.225 0.023 0.026 0.019 0.024 0.186 0.009 0.001 0.010 0.427 27 Q 0.116 0.141 0.009 0.018 0.028 0.037 0.294 0.010 0.001 0.025 0.322 28 L 0.160 0.351 0.014 0.025 0.022 0.041 0.108 0.008 0.001 0.007 0.264 29 T 0.076 0.442 0.007 0.041 0.044 0.064 0.072 0.011 0.001 0.006 0.237 30 Q 0.050 0.330 0.005 0.012 0.021 0.029 0.081 0.007 0.001 0.005 0.461 31 D 0.103 0.309 0.004 0.012 0.021 0.023 0.110 0.012 0.001 0.005 0.401 32 L 0.178 0.393 0.013 0.016 0.014 0.020 0.079 0.015 0.001 0.009 0.264 33 R 0.117 0.364 0.009 0.021 0.022 0.046 0.147 0.023 0.001 0.011 0.240 34 A 0.292 0.297 0.025 0.011 0.011 0.022 0.035 0.022 0.001 0.005 0.281 35 M 0.284 0.311 0.015 0.023 0.028 0.044 0.024 0.019 0.001 0.002 0.251 36 P 0.004 0.005 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.981 37 N 0.044 0.014 0.004 0.019 0.020 0.044 0.106 0.004 0.001 0.004 0.741 38 W 0.449 0.027 0.007 0.022 0.016 0.021 0.080 0.004 0.001 0.010 0.364 39 S 0.158 0.127 0.005 0.064 0.037 0.052 0.134 0.003 0.001 0.006 0.414 40 L 0.062 0.057 0.007 0.101 0.079 0.137 0.087 0.002 0.001 0.007 0.461 41 R 0.063 0.057 0.004 0.175 0.135 0.221 0.099 0.002 0.001 0.008 0.235 42 F 0.041 0.046 0.008 0.143 0.195 0.288 0.053 0.003 0.001 0.006 0.216 43 V 0.009 0.022 0.004 0.189 0.286 0.407 0.015 0.001 0.001 0.002 0.064 44 Y 0.005 0.015 0.002 0.161 0.297 0.403 0.019 0.001 0.001 0.001 0.096 45 I 0.007 0.010 0.002 0.121 0.295 0.415 0.017 0.001 0.001 0.001 0.130 46 V 0.006 0.007 0.002 0.113 0.264 0.454 0.031 0.002 0.001 0.002 0.119 47 D 0.013 0.008 0.003 0.086 0.182 0.304 0.096 0.003 0.001 0.005 0.300 48 R 0.019 0.007 0.004 0.062 0.098 0.155 0.129 0.002 0.001 0.010 0.515 49 N 0.033 0.006 0.002 0.015 0.027 0.037 0.504 0.002 0.001 0.021 0.355 50 N 0.190 0.010 0.004 0.011 0.009 0.010 0.280 0.002 0.001 0.038 0.445 51 Q 0.088 0.032 0.006 0.009 0.008 0.008 0.368 0.001 0.001 0.023 0.456 52 D 0.057 0.032 0.003 0.006 0.013 0.009 0.485 0.001 0.001 0.011 0.384 53 L 0.073 0.079 0.003 0.011 0.028 0.054 0.205 0.001 0.001 0.008 0.538 54 L 0.073 0.138 0.002 0.027 0.091 0.245 0.137 0.003 0.001 0.007 0.276 55 K 0.186 0.105 0.003 0.007 0.024 0.058 0.031 0.004 0.001 0.004 0.579 56 R 0.217 0.101 0.008 0.018 0.033 0.086 0.019 0.007 0.001 0.001 0.511 57 P 0.005 0.002 0.001 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 58 L 0.041 0.006 0.003 0.034 0.011 0.053 0.042 0.001 0.001 0.002 0.806 59 P 0.046 0.002 0.001 0.013 0.005 0.015 0.036 0.001 0.001 0.001 0.880 60 P 0.013 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.973 61 G 0.068 0.005 0.001 0.063 0.028 0.037 0.112 0.001 0.001 0.002 0.683 62 I 0.286 0.025 0.002 0.120 0.034 0.046 0.075 0.001 0.001 0.004 0.407 63 M 0.040 0.083 0.001 0.244 0.104 0.154 0.069 0.001 0.001 0.001 0.304 64 V 0.039 0.063 0.001 0.268 0.101 0.212 0.081 0.001 0.001 0.003 0.229 65 L 0.073 0.095 0.006 0.203 0.068 0.142 0.070 0.003 0.001 0.004 0.336 66 A 0.031 0.046 0.013 0.145 0.101 0.190 0.077 0.002 0.001 0.003 0.394 67 P 0.001 0.001 0.001 0.011 0.006 0.010 0.006 0.001 0.001 0.001 0.964 68 R 0.023 0.006 0.001 0.050 0.044 0.094 0.145 0.001 0.001 0.006 0.631 69 L 0.298 0.044 0.003 0.051 0.032 0.039 0.076 0.002 0.001 0.007 0.447 70 T 0.142 0.173 0.002 0.071 0.051 0.069 0.086 0.005 0.001 0.004 0.398 71 A 0.136 0.100 0.005 0.049 0.035 0.070 0.074 0.004 0.001 0.005 0.523 72 K 0.248 0.087 0.008 0.046 0.024 0.051 0.095 0.011 0.001 0.008 0.423 73 H 0.248 0.043 0.048 0.035 0.029 0.049 0.123 0.006 0.001 0.005 0.414 74 P 0.002 0.001 0.003 0.004 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.983 75 Y 0.014 0.004 0.002 0.033 0.016 0.065 0.165 0.001 0.001 0.005 0.695 76 D 0.109 0.011 0.001 0.016 0.009 0.015 0.082 0.001 0.001 0.004 0.752 77 K 0.176 0.102 0.001 0.020 0.011 0.012 0.076 0.002 0.001 0.004 0.597 78 V 0.220 0.136 0.006 0.023 0.021 0.044 0.155 0.002 0.001 0.011 0.383 79 Q 0.119 0.276 0.003 0.050 0.038 0.075 0.151 0.006 0.001 0.007 0.275 80 D 0.143 0.320 0.005 0.012 0.016 0.025 0.062 0.010 0.001 0.004 0.404 81 R 0.110 0.323 0.011 0.007 0.014 0.016 0.051 0.008 0.001 0.004 0.456 82 N 0.138 0.140 0.007 0.009 0.020 0.026 0.231 0.026 0.001 0.019 0.384 83 R 0.228 0.124 0.056 0.014 0.019 0.025 0.124 0.010 0.001 0.017 0.382 84 K 0.100 0.193 0.012 0.026 0.041 0.037 0.149 0.011 0.001 0.007 0.423 85 L 0.138 0.197 0.015 0.028 0.052 0.068 0.105 0.007 0.001 0.011 0.380 86 Y 0.069 0.215 0.006 0.072 0.111 0.175 0.074 0.011 0.001 0.006 0.261 87 G 0.090 0.095 0.012 0.049 0.075 0.125 0.074 0.013 0.001 0.012 0.456 88 R 0.111 0.051 0.021 0.089 0.119 0.163 0.063 0.009 0.001 0.009 0.364 89 H 0.055 0.023 0.015 0.106 0.106 0.149 0.080 0.006 0.001 0.008 0.451 90 I 0.030 0.012 0.012 0.174 0.250 0.259 0.053 0.002 0.001 0.005 0.201 91 T 0.015 0.010 0.002 0.131 0.209 0.298 0.069 0.002 0.001 0.003 0.261 92 L 0.020 0.009 0.002 0.134 0.245 0.337 0.048 0.001 0.001 0.004 0.199 93 N 0.019 0.009 0.001 0.079 0.183 0.264 0.196 0.001 0.001 0.007 0.242 94 D 0.029 0.006 0.002 0.026 0.045 0.056 0.184 0.001 0.001 0.014 0.636 95 G 0.106 0.009 0.004 0.035 0.031 0.043 0.327 0.002 0.001 0.057 0.385 96 N 0.174 0.007 0.005 0.012 0.027 0.019 0.441 0.002 0.001 0.069 0.244 97 S 0.108 0.013 0.014 0.025 0.030 0.039 0.230 0.001 0.001 0.025 0.514 98 V 0.042 0.012 0.016 0.060 0.169 0.291 0.122 0.001 0.001 0.016 0.271 99 K 0.009 0.004 0.002 0.089 0.366 0.402 0.061 0.001 0.001 0.003 0.063 100 V 0.003 0.004 0.002 0.051 0.220 0.475 0.023 0.001 0.001 0.001 0.221 101 V 0.001 0.001 0.001 0.132 0.376 0.473 0.006 0.001 0.001 0.001 0.010 102 T 0.002 0.004 0.001 0.127 0.205 0.396 0.030 0.001 0.001 0.001 0.234 103 I 0.002 0.003 0.001 0.278 0.275 0.378 0.016 0.001 0.001 0.001 0.046 104 S 0.009 0.008 0.001 0.182 0.158 0.330 0.101 0.001 0.001 0.005 0.204 105 A 0.017 0.007 0.002 0.078 0.076 0.139 0.123 0.002 0.001 0.008 0.547 106 G 0.052 0.006 0.003 0.055 0.054 0.077 0.242 0.003 0.001 0.020 0.488 107 R 0.168 0.010 0.017 0.023 0.020 0.031 0.192 0.001 0.001 0.021 0.516 108 D 0.022 0.009 0.003 0.018 0.023 0.027 0.119 0.001 0.001 0.003 0.776 109 E 0.054 0.008 0.002 0.015 0.013 0.023 0.075 0.001 0.001 0.005 0.803 110 G 0.235 0.014 0.003 0.013 0.018 0.035 0.220 0.002 0.001 0.013 0.446 111 P 0.027 0.003 0.004 0.003 0.002 0.003 0.021 0.001 0.001 0.001 0.936 112 D 0.035 0.008 0.001 0.016 0.011 0.025 0.163 0.001 0.001 0.005 0.735 113 R 0.306 0.025 0.004 0.017 0.007 0.013 0.080 0.001 0.001 0.013 0.535 114 D 0.058 0.140 0.002 0.029 0.010 0.015 0.134 0.002 0.001 0.002 0.608 115 I 0.076 0.207 0.004 0.040 0.020 0.031 0.126 0.002 0.001 0.006 0.488 116 I 0.039 0.537 0.002 0.033 0.019 0.061 0.119 0.002 0.001 0.004 0.185 117 W 0.012 0.804 0.001 0.013 0.018 0.033 0.021 0.002 0.001 0.001 0.094 118 E 0.013 0.912 0.001 0.004 0.005 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.052 119 M 0.030 0.871 0.002 0.002 0.005 0.009 0.009 0.006 0.001 0.001 0.065 120 F 0.047 0.874 0.007 0.002 0.004 0.007 0.006 0.007 0.001 0.001 0.046 121 L 0.027 0.888 0.007 0.005 0.007 0.016 0.004 0.013 0.001 0.001 0.033 122 E 0.042 0.764 0.006 0.003 0.005 0.009 0.007 0.023 0.001 0.001 0.140 123 N 0.233 0.442 0.010 0.004 0.006 0.005 0.011 0.066 0.001 0.001 0.222 124 L 0.286 0.350 0.118 0.008 0.005 0.008 0.021 0.019 0.001 0.004 0.181 125 E 0.035 0.151 0.047 0.025 0.024 0.030 0.110 0.012 0.001 0.003 0.563