# TARGET T0285 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0285.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.388 0.158 0.218 0.122 0.048 0.020 0.021 0.008 0.011 0.004 0.001 2 Y 0.263 0.180 0.239 0.190 0.024 0.053 0.017 0.003 0.027 0.002 0.001 3 L 0.055 0.230 0.470 0.005 0.017 0.034 0.020 0.001 0.168 0.002 0.001 4 P 0.289 0.006 0.611 0.028 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 5 D 0.357 0.069 0.167 0.259 0.032 0.049 0.030 0.013 0.017 0.005 0.001 6 D 0.183 0.073 0.109 0.444 0.032 0.054 0.056 0.019 0.027 0.003 0.001 7 S 0.086 0.210 0.472 0.010 0.059 0.023 0.014 0.001 0.118 0.007 0.001 8 P 0.683 0.003 0.234 0.035 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 9 A 0.789 0.019 0.071 0.075 0.006 0.013 0.009 0.010 0.004 0.003 0.001 10 K 0.783 0.041 0.067 0.073 0.008 0.012 0.007 0.003 0.005 0.001 0.001 11 R 0.828 0.048 0.060 0.030 0.007 0.010 0.009 0.002 0.005 0.001 0.001 12 L 0.871 0.040 0.050 0.022 0.003 0.008 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 13 L 0.897 0.040 0.024 0.023 0.003 0.007 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 14 F 0.916 0.031 0.020 0.015 0.006 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 15 Q 0.887 0.037 0.021 0.034 0.005 0.009 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 16 M 0.851 0.031 0.029 0.063 0.004 0.011 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 17 V 0.596 0.084 0.068 0.208 0.007 0.014 0.005 0.001 0.018 0.001 0.001 18 G 0.499 0.014 0.047 0.034 0.056 0.004 0.055 0.121 0.003 0.168 0.001 19 N 0.498 0.058 0.090 0.228 0.033 0.033 0.035 0.008 0.013 0.003 0.001 20 A 0.611 0.072 0.119 0.129 0.015 0.025 0.011 0.005 0.010 0.002 0.001 21 I 0.518 0.174 0.115 0.136 0.014 0.021 0.005 0.001 0.013 0.001 0.001 22 N 0.268 0.111 0.222 0.138 0.029 0.114 0.052 0.007 0.052 0.006 0.001 23 R 0.631 0.069 0.098 0.118 0.015 0.018 0.030 0.005 0.013 0.003 0.001 24 N 0.343 0.040 0.114 0.251 0.014 0.087 0.094 0.012 0.041 0.003 0.001 25 T 0.634 0.053 0.072 0.185 0.014 0.015 0.013 0.004 0.009 0.001 0.001 26 Q 0.728 0.054 0.089 0.073 0.009 0.015 0.019 0.004 0.007 0.002 0.001 27 Q 0.693 0.061 0.122 0.063 0.007 0.024 0.010 0.002 0.016 0.001 0.001 28 L 0.719 0.050 0.114 0.067 0.006 0.026 0.006 0.002 0.008 0.001 0.001 29 T 0.658 0.103 0.104 0.074 0.020 0.019 0.005 0.002 0.011 0.002 0.001 30 Q 0.731 0.073 0.076 0.060 0.022 0.010 0.015 0.004 0.005 0.003 0.001 31 D 0.634 0.043 0.112 0.099 0.008 0.059 0.015 0.002 0.026 0.001 0.001 32 L 0.768 0.045 0.044 0.114 0.005 0.012 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 33 R 0.761 0.044 0.094 0.071 0.006 0.011 0.006 0.001 0.005 0.001 0.001 34 A 0.417 0.035 0.094 0.392 0.016 0.012 0.011 0.010 0.009 0.002 0.001 35 M 0.058 0.132 0.479 0.003 0.011 0.019 0.027 0.001 0.267 0.002 0.001 36 P 0.454 0.002 0.455 0.020 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 37 N 0.192 0.067 0.095 0.384 0.025 0.066 0.090 0.048 0.028 0.004 0.001 38 W 0.114 0.324 0.315 0.093 0.068 0.025 0.027 0.008 0.022 0.003 0.001 39 S 0.121 0.353 0.316 0.049 0.063 0.051 0.018 0.005 0.020 0.004 0.001 40 L 0.057 0.606 0.182 0.029 0.073 0.023 0.004 0.001 0.024 0.001 0.001 41 R 0.075 0.605 0.200 0.021 0.041 0.030 0.004 0.001 0.022 0.001 0.001 42 F 0.029 0.529 0.328 0.005 0.040 0.048 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 43 V 0.110 0.700 0.071 0.054 0.031 0.013 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 44 Y 0.019 0.723 0.151 0.002 0.062 0.018 0.003 0.001 0.021 0.001 0.001 45 I 0.036 0.535 0.287 0.010 0.008 0.069 0.002 0.001 0.052 0.001 0.001 46 V 0.089 0.615 0.150 0.029 0.035 0.047 0.002 0.001 0.032 0.001 0.001 47 D 0.067 0.263 0.377 0.047 0.052 0.123 0.019 0.002 0.045 0.005 0.001 48 R 0.490 0.127 0.108 0.164 0.034 0.029 0.016 0.003 0.025 0.004 0.001 49 N 0.173 0.077 0.212 0.263 0.042 0.074 0.095 0.012 0.040 0.011 0.001 50 N 0.267 0.024 0.064 0.251 0.012 0.102 0.174 0.030 0.072 0.003 0.001 51 Q 0.673 0.047 0.099 0.123 0.009 0.014 0.021 0.005 0.006 0.003 0.001 52 D 0.570 0.030 0.119 0.108 0.010 0.052 0.080 0.006 0.023 0.001 0.001 53 L 0.826 0.020 0.026 0.117 0.002 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 54 L 0.650 0.064 0.135 0.117 0.011 0.010 0.006 0.002 0.004 0.002 0.001 55 K 0.394 0.061 0.117 0.347 0.010 0.024 0.021 0.004 0.021 0.001 0.001 56 R 0.030 0.340 0.521 0.002 0.023 0.011 0.011 0.001 0.060 0.001 0.001 57 P 0.071 0.005 0.815 0.010 0.001 0.066 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 58 L 0.016 0.229 0.639 0.001 0.014 0.016 0.003 0.001 0.081 0.001 0.001 59 P 0.024 0.003 0.912 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.004 0.001 0.046 60 P 0.171 0.001 0.754 0.021 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 61 G 0.065 0.021 0.048 0.032 0.097 0.005 0.101 0.574 0.004 0.052 0.001 62 I 0.130 0.449 0.281 0.056 0.037 0.028 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 63 M 0.052 0.583 0.257 0.011 0.024 0.044 0.003 0.001 0.025 0.001 0.001 64 V 0.070 0.571 0.203 0.017 0.020 0.072 0.001 0.001 0.044 0.001 0.001 65 L 0.117 0.384 0.311 0.046 0.023 0.069 0.004 0.001 0.044 0.001 0.001 66 A 0.061 0.218 0.441 0.003 0.061 0.035 0.027 0.002 0.144 0.007 0.001 67 P 0.437 0.007 0.479 0.012 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 68 R 0.461 0.136 0.164 0.123 0.024 0.038 0.019 0.009 0.022 0.002 0.001 69 L 0.344 0.176 0.305 0.081 0.022 0.046 0.007 0.002 0.014 0.002 0.001 70 T 0.443 0.186 0.102 0.174 0.032 0.027 0.013 0.004 0.018 0.002 0.001 71 A 0.333 0.237 0.180 0.087 0.099 0.017 0.022 0.008 0.010 0.007 0.001 72 K 0.342 0.188 0.207 0.146 0.019 0.051 0.011 0.002 0.031 0.001 0.001 73 H 0.026 0.214 0.323 0.002 0.026 0.031 0.020 0.001 0.356 0.001 0.001 74 P 0.438 0.003 0.386 0.035 0.001 0.046 0.001 0.001 0.001 0.001 0.090 75 Y 0.452 0.093 0.157 0.173 0.031 0.036 0.017 0.014 0.016 0.011 0.001 76 D 0.415 0.098 0.127 0.151 0.036 0.059 0.075 0.008 0.028 0.004 0.001 77 K 0.518 0.145 0.103 0.154 0.023 0.024 0.013 0.004 0.015 0.001 0.001 78 V 0.464 0.192 0.156 0.101 0.018 0.040 0.004 0.002 0.021 0.001 0.001 79 Q 0.507 0.195 0.133 0.079 0.025 0.028 0.010 0.002 0.017 0.004 0.001 80 D 0.391 0.090 0.169 0.124 0.038 0.083 0.048 0.007 0.046 0.004 0.002 81 R 0.703 0.045 0.074 0.132 0.009 0.011 0.012 0.003 0.007 0.002 0.001 82 N 0.375 0.037 0.082 0.273 0.014 0.060 0.106 0.015 0.033 0.003 0.001 83 R 0.452 0.157 0.162 0.113 0.023 0.032 0.033 0.005 0.021 0.002 0.001 84 K 0.434 0.155 0.282 0.049 0.013 0.032 0.014 0.002 0.018 0.002 0.001 85 L 0.433 0.168 0.190 0.127 0.011 0.039 0.004 0.001 0.024 0.001 0.001 86 Y 0.198 0.198 0.175 0.208 0.053 0.030 0.080 0.007 0.046 0.005 0.001 87 G 0.084 0.018 0.072 0.032 0.132 0.005 0.066 0.252 0.003 0.336 0.001 88 R 0.184 0.291 0.304 0.104 0.060 0.028 0.009 0.003 0.012 0.003 0.001 89 H 0.101 0.309 0.348 0.064 0.030 0.069 0.032 0.003 0.041 0.002 0.002 90 I 0.046 0.631 0.203 0.021 0.045 0.029 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 91 T 0.032 0.597 0.248 0.016 0.034 0.042 0.002 0.001 0.028 0.001 0.001 92 L 0.142 0.430 0.250 0.055 0.042 0.045 0.004 0.001 0.028 0.002 0.001 93 N 0.168 0.333 0.161 0.082 0.071 0.054 0.040 0.007 0.074 0.010 0.001 94 D 0.193 0.051 0.113 0.351 0.018 0.034 0.178 0.006 0.050 0.006 0.001 95 G 0.048 0.005 0.033 0.039 0.028 0.002 0.047 0.685 0.001 0.111 0.001 96 N 0.068 0.169 0.395 0.191 0.043 0.039 0.059 0.007 0.024 0.003 0.001 97 S 0.034 0.390 0.353 0.038 0.105 0.029 0.022 0.007 0.014 0.006 0.001 98 V 0.007 0.802 0.102 0.009 0.060 0.006 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 99 K 0.006 0.488 0.440 0.002 0.013 0.037 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 100 V 0.004 0.647 0.289 0.001 0.011 0.031 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 101 V 0.018 0.804 0.082 0.010 0.034 0.021 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 102 T 0.005 0.665 0.260 0.001 0.030 0.025 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 103 I 0.040 0.700 0.128 0.015 0.050 0.029 0.002 0.001 0.035 0.001 0.001 104 S 0.068 0.459 0.270 0.024 0.093 0.039 0.007 0.002 0.030 0.007 0.001 105 A 0.189 0.243 0.246 0.158 0.091 0.016 0.021 0.004 0.026 0.005 0.001 106 G 0.087 0.026 0.108 0.061 0.091 0.010 0.096 0.326 0.008 0.185 0.001 107 R 0.169 0.217 0.392 0.116 0.037 0.033 0.009 0.003 0.016 0.006 0.001 108 D 0.195 0.113 0.266 0.145 0.048 0.099 0.083 0.009 0.032 0.006 0.003 109 E 0.262 0.119 0.168 0.375 0.031 0.018 0.009 0.005 0.011 0.001 0.001 110 G 0.061 0.029 0.214 0.005 0.124 0.002 0.014 0.028 0.020 0.502 0.001 111 P 0.422 0.004 0.373 0.062 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.122 112 D 0.285 0.061 0.160 0.290 0.017 0.086 0.046 0.017 0.030 0.008 0.001 113 R 0.627 0.106 0.122 0.087 0.020 0.010 0.010 0.007 0.007 0.004 0.001 114 D 0.762 0.034 0.070 0.063 0.006 0.032 0.020 0.005 0.007 0.001 0.001 115 I 0.900 0.039 0.022 0.023 0.003 0.007 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 116 I 0.905 0.040 0.020 0.021 0.002 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 117 W 0.947 0.020 0.016 0.006 0.003 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 118 E 0.968 0.009 0.007 0.010 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 119 M 0.956 0.009 0.005 0.024 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 120 F 0.931 0.014 0.015 0.027 0.003 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 121 L 0.905 0.018 0.014 0.051 0.002 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 122 E 0.889 0.009 0.033 0.057 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 123 N 0.362 0.007 0.020 0.504 0.004 0.031 0.038 0.007 0.026 0.001 0.001 124 L 0.467 0.059 0.215 0.156 0.004 0.048 0.018 0.004 0.028 0.001 0.001 125 E 0.648 0.043 0.138 0.096 0.015 0.016 0.021 0.007 0.005 0.012 0.001