# TARGET T0285 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0285.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.060 0.138 0.045 0.010 0.165 0.018 0.097 0.248 0.138 0.056 0.023 2 Y 0.107 0.139 0.069 0.013 0.165 0.014 0.064 0.116 0.093 0.167 0.054 3 L 0.077 0.377 0.219 0.012 0.211 0.003 0.016 0.042 0.015 0.009 0.018 4 P 0.019 0.354 0.201 0.030 0.084 0.026 0.034 0.122 0.092 0.030 0.009 5 D 0.043 0.097 0.039 0.013 0.085 0.038 0.117 0.245 0.193 0.103 0.027 6 D 0.065 0.056 0.044 0.015 0.076 0.013 0.028 0.067 0.078 0.447 0.111 7 S 0.056 0.387 0.209 0.009 0.205 0.002 0.009 0.067 0.022 0.019 0.015 8 P 0.012 0.074 0.045 0.006 0.030 0.008 0.017 0.529 0.229 0.041 0.008 9 A 0.014 0.033 0.012 0.003 0.025 0.005 0.015 0.716 0.140 0.029 0.009 10 K 0.008 0.018 0.005 0.003 0.020 0.009 0.019 0.780 0.097 0.035 0.005 11 R 0.021 0.021 0.006 0.003 0.035 0.004 0.017 0.794 0.060 0.028 0.011 12 L 0.025 0.016 0.004 0.002 0.032 0.002 0.011 0.795 0.070 0.033 0.010 13 L 0.020 0.015 0.003 0.002 0.029 0.003 0.012 0.808 0.082 0.020 0.007 14 F 0.030 0.018 0.003 0.002 0.041 0.003 0.014 0.748 0.110 0.020 0.010 15 Q 0.014 0.024 0.012 0.005 0.023 0.014 0.096 0.730 0.072 0.006 0.004 16 M 0.056 0.031 0.019 0.008 0.046 0.013 0.071 0.644 0.059 0.036 0.018 17 V 0.039 0.099 0.042 0.044 0.062 0.052 0.055 0.391 0.120 0.080 0.018 18 G 0.025 0.085 0.062 0.094 0.038 0.068 0.047 0.327 0.124 0.106 0.025 19 N 0.044 0.053 0.034 0.018 0.060 0.015 0.038 0.363 0.153 0.176 0.046 20 A 0.037 0.057 0.029 0.013 0.067 0.017 0.058 0.487 0.141 0.077 0.017 21 I 0.072 0.161 0.034 0.013 0.131 0.022 0.047 0.351 0.084 0.053 0.033 22 N 0.104 0.127 0.060 0.016 0.198 0.014 0.027 0.258 0.061 0.083 0.051 23 R 0.027 0.099 0.044 0.019 0.060 0.029 0.048 0.490 0.114 0.054 0.017 24 N 0.074 0.106 0.063 0.015 0.097 0.009 0.022 0.326 0.075 0.156 0.058 25 T 0.043 0.062 0.015 0.008 0.067 0.007 0.017 0.516 0.145 0.095 0.024 26 Q 0.029 0.051 0.013 0.006 0.062 0.010 0.024 0.609 0.133 0.046 0.017 27 Q 0.044 0.044 0.015 0.003 0.065 0.004 0.026 0.682 0.073 0.031 0.012 28 L 0.056 0.048 0.014 0.005 0.069 0.006 0.016 0.642 0.082 0.047 0.016 29 T 0.034 0.048 0.012 0.007 0.065 0.009 0.018 0.636 0.114 0.044 0.012 30 Q 0.022 0.057 0.023 0.006 0.046 0.011 0.035 0.674 0.095 0.024 0.007 31 D 0.080 0.043 0.014 0.003 0.106 0.005 0.031 0.513 0.079 0.090 0.035 32 L 0.047 0.026 0.005 0.003 0.045 0.006 0.017 0.400 0.314 0.113 0.024 33 R 0.026 0.062 0.023 0.008 0.055 0.013 0.055 0.475 0.212 0.060 0.011 34 A 0.057 0.104 0.063 0.012 0.095 0.010 0.058 0.204 0.143 0.223 0.031 35 M 0.077 0.369 0.227 0.019 0.174 0.005 0.011 0.065 0.023 0.011 0.018 36 P 0.019 0.134 0.068 0.034 0.054 0.099 0.154 0.231 0.156 0.041 0.010 37 N 0.174 0.051 0.016 0.007 0.134 0.007 0.022 0.073 0.093 0.283 0.140 38 W 0.147 0.156 0.038 0.005 0.239 0.006 0.011 0.083 0.111 0.136 0.068 39 S 0.144 0.163 0.037 0.011 0.310 0.019 0.051 0.108 0.052 0.070 0.036 40 L 0.365 0.076 0.013 0.003 0.382 0.003 0.005 0.029 0.021 0.038 0.067 41 R 0.170 0.137 0.024 0.019 0.411 0.033 0.047 0.072 0.021 0.029 0.036 42 F 0.374 0.060 0.006 0.002 0.498 0.001 0.003 0.009 0.003 0.009 0.035 43 V 0.334 0.067 0.006 0.005 0.523 0.007 0.006 0.014 0.004 0.005 0.029 44 Y 0.202 0.146 0.016 0.002 0.584 0.002 0.004 0.015 0.003 0.005 0.020 45 I 0.406 0.081 0.010 0.003 0.351 0.004 0.009 0.028 0.007 0.022 0.078 46 V 0.088 0.342 0.061 0.030 0.288 0.033 0.026 0.056 0.024 0.027 0.025 47 D 0.197 0.188 0.157 0.012 0.264 0.005 0.009 0.057 0.024 0.031 0.057 48 R 0.012 0.035 0.024 0.035 0.017 0.056 0.084 0.523 0.175 0.032 0.007 49 N 0.017 0.246 0.168 0.091 0.064 0.046 0.069 0.141 0.053 0.087 0.018 50 N 0.168 0.071 0.027 0.010 0.154 0.006 0.010 0.067 0.043 0.251 0.193 51 Q 0.025 0.099 0.027 0.008 0.066 0.010 0.019 0.446 0.215 0.067 0.017 52 D 0.113 0.037 0.010 0.003 0.138 0.006 0.036 0.409 0.133 0.072 0.042 53 L 0.028 0.060 0.032 0.009 0.048 0.016 0.034 0.490 0.207 0.068 0.010 54 L 0.058 0.115 0.031 0.006 0.165 0.006 0.036 0.432 0.080 0.047 0.024 55 K 0.106 0.077 0.043 0.016 0.122 0.025 0.061 0.185 0.107 0.196 0.061 56 R 0.017 0.492 0.296 0.004 0.157 0.001 0.006 0.019 0.003 0.001 0.002 57 P 0.119 0.316 0.166 0.010 0.216 0.012 0.037 0.037 0.018 0.033 0.036 58 L 0.049 0.375 0.342 0.027 0.125 0.007 0.021 0.023 0.009 0.009 0.013 59 P 0.009 0.323 0.419 0.106 0.047 0.036 0.011 0.030 0.011 0.006 0.004 60 P 0.012 0.046 0.025 0.027 0.026 0.091 0.224 0.308 0.183 0.047 0.010 61 G 0.025 0.059 0.068 0.054 0.041 0.022 0.020 0.125 0.124 0.409 0.053 62 I 0.189 0.172 0.025 0.002 0.427 0.003 0.008 0.063 0.038 0.036 0.036 63 M 0.120 0.258 0.042 0.003 0.452 0.005 0.014 0.052 0.021 0.014 0.020 64 V 0.278 0.149 0.034 0.003 0.411 0.002 0.013 0.052 0.014 0.009 0.035 65 L 0.075 0.197 0.143 0.060 0.145 0.038 0.069 0.105 0.055 0.074 0.039 66 A 0.050 0.343 0.231 0.057 0.131 0.010 0.012 0.084 0.042 0.018 0.023 67 P 0.027 0.138 0.048 0.014 0.076 0.040 0.080 0.356 0.187 0.024 0.010 68 R 0.067 0.084 0.030 0.009 0.110 0.014 0.051 0.268 0.137 0.192 0.038 69 L 0.223 0.078 0.016 0.009 0.190 0.014 0.033 0.152 0.086 0.103 0.095 70 T 0.075 0.161 0.084 0.044 0.152 0.037 0.047 0.141 0.105 0.108 0.045 71 A 0.086 0.148 0.052 0.014 0.203 0.011 0.040 0.240 0.104 0.077 0.026 72 K 0.093 0.091 0.058 0.026 0.132 0.042 0.131 0.135 0.091 0.135 0.065 73 H 0.089 0.344 0.226 0.011 0.265 0.002 0.008 0.024 0.006 0.005 0.019 74 P 0.042 0.263 0.074 0.010 0.112 0.014 0.036 0.238 0.136 0.059 0.018 75 Y 0.063 0.120 0.046 0.015 0.106 0.020 0.037 0.227 0.186 0.141 0.040 76 D 0.045 0.084 0.040 0.017 0.090 0.023 0.036 0.407 0.164 0.067 0.026 77 K 0.059 0.070 0.038 0.006 0.091 0.006 0.026 0.478 0.118 0.081 0.026 78 V 0.049 0.050 0.014 0.006 0.061 0.010 0.024 0.576 0.116 0.073 0.022 79 Q 0.041 0.106 0.032 0.016 0.099 0.025 0.039 0.494 0.076 0.047 0.023 80 D 0.112 0.076 0.046 0.009 0.147 0.007 0.020 0.388 0.069 0.070 0.056 81 R 0.012 0.036 0.023 0.011 0.021 0.017 0.035 0.702 0.112 0.027 0.006 82 N 0.054 0.070 0.022 0.013 0.082 0.008 0.025 0.444 0.108 0.135 0.039 83 R 0.067 0.086 0.016 0.010 0.091 0.015 0.029 0.371 0.162 0.116 0.038 84 K 0.074 0.101 0.044 0.009 0.124 0.015 0.081 0.423 0.075 0.032 0.021 85 L 0.154 0.048 0.032 0.033 0.110 0.072 0.127 0.262 0.062 0.053 0.046 86 Y 0.074 0.168 0.092 0.120 0.115 0.060 0.060 0.101 0.048 0.121 0.041 87 G 0.083 0.098 0.090 0.183 0.088 0.061 0.024 0.070 0.049 0.184 0.071 88 R 0.112 0.241 0.075 0.025 0.295 0.025 0.033 0.074 0.042 0.046 0.032 89 H 0.268 0.107 0.023 0.005 0.385 0.007 0.015 0.029 0.022 0.066 0.073 90 I 0.247 0.186 0.023 0.003 0.459 0.004 0.006 0.012 0.008 0.011 0.040 91 T 0.165 0.237 0.064 0.003 0.466 0.002 0.004 0.011 0.005 0.013 0.029 92 L 0.198 0.131 0.062 0.044 0.156 0.048 0.043 0.089 0.071 0.071 0.086 93 N 0.058 0.095 0.169 0.220 0.076 0.094 0.059 0.073 0.055 0.065 0.036 94 D 0.039 0.183 0.168 0.178 0.085 0.061 0.066 0.061 0.048 0.083 0.028 95 G 0.035 0.074 0.090 0.155 0.041 0.059 0.051 0.066 0.096 0.265 0.067 96 N 0.097 0.136 0.061 0.037 0.186 0.047 0.053 0.058 0.072 0.183 0.069 97 S 0.305 0.101 0.021 0.006 0.380 0.007 0.016 0.020 0.021 0.057 0.067 98 V 0.281 0.138 0.018 0.003 0.510 0.002 0.002 0.003 0.002 0.006 0.033 99 K 0.184 0.117 0.010 0.002 0.668 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 0.009 100 V 0.446 0.033 0.002 0.001 0.484 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.027 101 V 0.153 0.133 0.011 0.005 0.668 0.005 0.003 0.004 0.001 0.002 0.015 102 T 0.322 0.085 0.008 0.001 0.518 0.001 0.002 0.005 0.001 0.009 0.047 103 I 0.283 0.153 0.023 0.012 0.363 0.011 0.013 0.026 0.011 0.025 0.079 104 S 0.128 0.216 0.131 0.060 0.235 0.036 0.028 0.051 0.028 0.045 0.042 105 A 0.056 0.135 0.086 0.083 0.084 0.063 0.099 0.146 0.114 0.099 0.036 106 G 0.040 0.085 0.130 0.209 0.054 0.062 0.029 0.062 0.068 0.207 0.053 107 R 0.095 0.210 0.088 0.031 0.200 0.035 0.059 0.108 0.080 0.064 0.030 108 D 0.132 0.104 0.073 0.044 0.157 0.046 0.072 0.124 0.066 0.111 0.072 109 E 0.052 0.104 0.113 0.077 0.067 0.039 0.088 0.096 0.099 0.209 0.056 110 G 0.023 0.131 0.296 0.263 0.043 0.064 0.029 0.051 0.026 0.052 0.022 111 P 0.039 0.252 0.132 0.028 0.101 0.027 0.042 0.155 0.115 0.083 0.025 112 D 0.130 0.149 0.059 0.010 0.193 0.009 0.023 0.157 0.075 0.113 0.081 113 R 0.032 0.078 0.022 0.006 0.077 0.007 0.012 0.495 0.188 0.066 0.018 114 D 0.046 0.039 0.013 0.004 0.081 0.009 0.024 0.588 0.096 0.076 0.024 115 I 0.044 0.032 0.007 0.001 0.059 0.001 0.006 0.733 0.076 0.026 0.014 116 I 0.019 0.017 0.004 0.001 0.026 0.001 0.005 0.842 0.060 0.018 0.007 117 W 0.011 0.007 0.001 0.001 0.016 0.002 0.005 0.882 0.064 0.008 0.004 118 E 0.005 0.005 0.001 0.001 0.009 0.004 0.022 0.906 0.042 0.003 0.002 119 M 0.007 0.006 0.004 0.002 0.009 0.003 0.021 0.887 0.048 0.011 0.002 120 F 0.010 0.005 0.002 0.002 0.007 0.003 0.010 0.836 0.092 0.028 0.006 121 L 0.011 0.015 0.003 0.002 0.012 0.005 0.016 0.718 0.189 0.023 0.006 122 E 0.002 0.019 0.009 0.007 0.007 0.030 0.135 0.675 0.105 0.010 0.001 123 N 0.039 0.017 0.011 0.003 0.030 0.004 0.037 0.347 0.156 0.313 0.044 124 L 0.117 0.140 0.033 0.006 0.146 0.006 0.017 0.243 0.149 0.090 0.053 125 E 0.027 0.116 0.060 0.033 0.067 0.045 0.072 0.354 0.145 0.063 0.018