# TARGET T0285 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0285.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.628 0.223 0.089 0.041 0.015 0.004 0.001 2 Y 0.362 0.232 0.200 0.134 0.055 0.015 0.001 3 L 0.426 0.229 0.154 0.118 0.055 0.016 0.001 4 P 0.587 0.225 0.106 0.055 0.020 0.006 0.001 5 D 0.698 0.199 0.065 0.027 0.008 0.003 0.001 6 D 0.583 0.251 0.104 0.044 0.014 0.004 0.001 7 S 0.490 0.240 0.132 0.083 0.039 0.014 0.002 8 P 0.453 0.250 0.145 0.095 0.043 0.013 0.001 9 A 0.284 0.201 0.180 0.177 0.107 0.045 0.005 10 K 0.351 0.275 0.188 0.119 0.049 0.016 0.002 11 R 0.312 0.260 0.194 0.130 0.070 0.030 0.005 12 L 0.209 0.142 0.144 0.175 0.172 0.137 0.022 13 L 0.174 0.149 0.163 0.182 0.158 0.143 0.032 14 F 0.191 0.139 0.126 0.161 0.171 0.169 0.043 15 Q 0.310 0.195 0.162 0.157 0.102 0.060 0.013 16 M 0.254 0.129 0.129 0.152 0.156 0.146 0.033 17 V 0.340 0.172 0.132 0.124 0.106 0.101 0.025 18 G 0.404 0.217 0.143 0.118 0.074 0.038 0.007 19 N 0.493 0.233 0.132 0.083 0.039 0.017 0.004 20 A 0.383 0.208 0.152 0.132 0.081 0.040 0.005 21 I 0.322 0.169 0.155 0.160 0.118 0.068 0.010 22 N 0.468 0.276 0.140 0.077 0.029 0.009 0.001 23 R 0.467 0.265 0.144 0.083 0.032 0.009 0.001 24 N 0.469 0.253 0.137 0.089 0.039 0.012 0.001 25 T 0.310 0.263 0.190 0.141 0.068 0.024 0.003 26 Q 0.438 0.261 0.152 0.095 0.039 0.012 0.002 27 Q 0.351 0.344 0.181 0.088 0.028 0.007 0.001 28 L 0.096 0.106 0.172 0.279 0.235 0.104 0.009 29 T 0.228 0.269 0.224 0.167 0.079 0.029 0.003 30 Q 0.351 0.313 0.188 0.101 0.035 0.010 0.001 31 D 0.276 0.254 0.196 0.157 0.082 0.032 0.003 32 L 0.161 0.133 0.165 0.243 0.200 0.092 0.007 33 R 0.333 0.324 0.193 0.097 0.036 0.015 0.002 34 A 0.385 0.245 0.152 0.124 0.067 0.026 0.003 35 M 0.207 0.179 0.180 0.193 0.148 0.084 0.010 36 P 0.421 0.229 0.152 0.110 0.059 0.025 0.004 37 N 0.472 0.273 0.140 0.068 0.030 0.014 0.002 38 W 0.185 0.147 0.158 0.205 0.190 0.103 0.012 39 S 0.195 0.197 0.198 0.176 0.131 0.082 0.021 40 L 0.061 0.068 0.087 0.155 0.242 0.299 0.088 41 R 0.086 0.092 0.167 0.253 0.198 0.151 0.053 42 F 0.066 0.059 0.062 0.103 0.192 0.359 0.158 43 V 0.058 0.060 0.099 0.188 0.219 0.273 0.103 44 Y 0.051 0.066 0.093 0.154 0.229 0.318 0.090 45 I 0.053 0.045 0.068 0.160 0.274 0.327 0.072 46 V 0.054 0.085 0.131 0.224 0.281 0.200 0.025 47 D 0.194 0.272 0.245 0.180 0.082 0.025 0.003 48 R 0.260 0.297 0.220 0.147 0.060 0.015 0.002 49 N 0.554 0.236 0.112 0.064 0.025 0.008 0.001 50 N 0.484 0.253 0.135 0.083 0.034 0.010 0.001 51 Q 0.394 0.284 0.182 0.099 0.033 0.008 0.001 52 D 0.461 0.296 0.139 0.071 0.026 0.007 0.001 53 L 0.141 0.159 0.188 0.239 0.180 0.085 0.007 54 L 0.112 0.135 0.180 0.258 0.206 0.098 0.010 55 K 0.374 0.311 0.168 0.097 0.036 0.012 0.002 56 R 0.319 0.260 0.193 0.140 0.061 0.023 0.003 57 P 0.334 0.236 0.179 0.137 0.075 0.034 0.005 58 L 0.236 0.166 0.165 0.189 0.147 0.086 0.012 59 P 0.432 0.251 0.140 0.094 0.050 0.027 0.005 60 P 0.422 0.222 0.135 0.103 0.066 0.042 0.010 61 G 0.358 0.195 0.147 0.127 0.095 0.065 0.013 62 I 0.246 0.128 0.128 0.150 0.155 0.150 0.044 63 M 0.273 0.162 0.141 0.133 0.119 0.126 0.045 64 V 0.209 0.138 0.130 0.142 0.138 0.159 0.084 65 L 0.223 0.128 0.105 0.138 0.160 0.180 0.066 66 A 0.199 0.164 0.161 0.180 0.155 0.111 0.029 67 P 0.285 0.217 0.168 0.151 0.099 0.062 0.018 68 R 0.274 0.256 0.199 0.150 0.079 0.036 0.006 69 L 0.156 0.119 0.138 0.223 0.223 0.125 0.017 70 T 0.391 0.296 0.161 0.094 0.041 0.015 0.002 71 A 0.379 0.235 0.161 0.130 0.067 0.023 0.003 72 K 0.571 0.276 0.101 0.040 0.010 0.002 0.001 73 H 0.328 0.229 0.202 0.154 0.067 0.018 0.002 74 P 0.451 0.284 0.148 0.079 0.030 0.008 0.001 75 Y 0.176 0.215 0.233 0.225 0.118 0.031 0.002 76 D 0.527 0.262 0.119 0.062 0.023 0.006 0.001 77 K 0.289 0.346 0.217 0.107 0.033 0.008 0.001 78 V 0.114 0.122 0.197 0.288 0.205 0.071 0.004 79 Q 0.334 0.357 0.198 0.083 0.022 0.005 0.001 80 D 0.493 0.271 0.131 0.071 0.026 0.007 0.001 81 R 0.377 0.252 0.167 0.129 0.057 0.016 0.001 82 N 0.411 0.226 0.153 0.125 0.063 0.020 0.002 83 R 0.391 0.314 0.184 0.084 0.022 0.005 0.001 84 K 0.424 0.318 0.158 0.072 0.022 0.005 0.001 85 L 0.130 0.130 0.182 0.243 0.209 0.097 0.009 86 Y 0.190 0.234 0.224 0.184 0.109 0.053 0.007 87 G 0.286 0.234 0.178 0.156 0.094 0.044 0.008 88 R 0.191 0.268 0.239 0.185 0.083 0.031 0.004 89 H 0.118 0.184 0.221 0.226 0.162 0.079 0.010 90 I 0.058 0.071 0.112 0.214 0.285 0.226 0.033 91 T 0.110 0.239 0.255 0.217 0.121 0.052 0.006 92 L 0.089 0.123 0.173 0.278 0.234 0.095 0.008 93 N 0.310 0.333 0.204 0.110 0.035 0.008 0.001 94 D 0.480 0.290 0.139 0.066 0.019 0.004 0.001 95 G 0.535 0.252 0.116 0.066 0.024 0.006 0.001 96 N 0.441 0.287 0.154 0.083 0.028 0.006 0.001 97 S 0.253 0.319 0.225 0.134 0.054 0.015 0.001 98 V 0.034 0.067 0.127 0.259 0.316 0.180 0.018 99 K 0.065 0.190 0.268 0.254 0.148 0.066 0.009 100 V 0.025 0.063 0.122 0.213 0.278 0.252 0.047 101 V 0.023 0.057 0.100 0.193 0.278 0.290 0.059 102 T 0.031 0.103 0.195 0.267 0.233 0.144 0.027 103 I 0.019 0.034 0.069 0.181 0.316 0.314 0.067 104 S 0.095 0.216 0.232 0.228 0.149 0.071 0.009 105 A 0.154 0.213 0.232 0.213 0.124 0.055 0.008 106 G 0.329 0.272 0.180 0.132 0.063 0.021 0.002 107 R 0.306 0.288 0.214 0.132 0.047 0.013 0.001 108 D 0.617 0.227 0.090 0.043 0.017 0.005 0.001 109 E 0.628 0.245 0.081 0.033 0.010 0.002 0.001 110 G 0.422 0.250 0.167 0.108 0.041 0.011 0.001 111 P 0.475 0.245 0.142 0.090 0.037 0.009 0.001 112 D 0.511 0.271 0.123 0.063 0.024 0.007 0.001 113 R 0.216 0.232 0.234 0.194 0.092 0.029 0.003 114 D 0.265 0.273 0.214 0.146 0.074 0.026 0.003 115 I 0.245 0.176 0.167 0.187 0.140 0.077 0.007 116 I 0.244 0.165 0.157 0.170 0.141 0.108 0.015 117 W 0.219 0.106 0.096 0.139 0.190 0.215 0.035 118 E 0.351 0.217 0.174 0.138 0.078 0.038 0.005 119 M 0.337 0.176 0.156 0.149 0.108 0.064 0.010 120 F 0.366 0.160 0.121 0.120 0.115 0.104 0.015 121 L 0.376 0.160 0.162 0.163 0.096 0.041 0.002 122 E 0.613 0.248 0.094 0.034 0.009 0.002 0.001 123 N 0.565 0.245 0.113 0.058 0.016 0.003 0.001 124 L 0.548 0.181 0.119 0.100 0.041 0.010 0.001 125 E 0.841 0.123 0.026 0.008 0.002 0.001 0.001