# TARGET T0285 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0285.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.196 0.115 0.119 0.131 0.127 0.105 0.075 0.050 0.036 0.023 0.014 0.006 0.002 0.001 2 Y 0.113 0.090 0.094 0.141 0.151 0.134 0.107 0.079 0.046 0.024 0.013 0.005 0.002 0.001 3 L 0.113 0.096 0.110 0.155 0.155 0.141 0.100 0.061 0.036 0.018 0.011 0.004 0.001 0.001 4 P 0.350 0.183 0.153 0.119 0.081 0.053 0.029 0.015 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 5 D 0.446 0.177 0.132 0.097 0.072 0.039 0.018 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 6 D 0.390 0.194 0.134 0.126 0.084 0.035 0.018 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 7 S 0.525 0.213 0.128 0.067 0.033 0.017 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 P 0.494 0.190 0.143 0.071 0.050 0.028 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 A 0.204 0.107 0.122 0.142 0.171 0.118 0.069 0.037 0.016 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 10 K 0.245 0.182 0.132 0.141 0.134 0.075 0.043 0.026 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 11 R 0.214 0.156 0.139 0.139 0.129 0.082 0.057 0.042 0.023 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 12 L 0.064 0.041 0.060 0.106 0.130 0.166 0.140 0.149 0.068 0.041 0.020 0.010 0.004 0.001 13 L 0.042 0.033 0.048 0.093 0.145 0.163 0.145 0.113 0.109 0.057 0.026 0.018 0.006 0.003 14 F 0.079 0.060 0.068 0.118 0.124 0.139 0.121 0.096 0.076 0.056 0.037 0.017 0.007 0.002 15 Q 0.257 0.197 0.159 0.116 0.082 0.068 0.049 0.025 0.022 0.009 0.011 0.003 0.001 0.001 16 M 0.078 0.060 0.087 0.119 0.155 0.165 0.125 0.086 0.059 0.032 0.022 0.008 0.003 0.002 17 V 0.053 0.048 0.069 0.107 0.157 0.165 0.154 0.111 0.072 0.034 0.018 0.008 0.003 0.001 18 G 0.165 0.143 0.139 0.146 0.138 0.100 0.067 0.046 0.028 0.014 0.008 0.003 0.001 0.001 19 N 0.267 0.174 0.148 0.139 0.110 0.064 0.041 0.024 0.015 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 20 A 0.169 0.117 0.127 0.150 0.145 0.115 0.082 0.043 0.029 0.012 0.008 0.002 0.001 0.001 21 I 0.093 0.070 0.096 0.136 0.169 0.175 0.126 0.065 0.037 0.018 0.010 0.003 0.001 0.001 22 N 0.366 0.191 0.150 0.115 0.083 0.044 0.026 0.014 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 23 R 0.403 0.154 0.137 0.110 0.092 0.047 0.026 0.014 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 24 N 0.323 0.160 0.140 0.141 0.112 0.060 0.031 0.015 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 25 T 0.321 0.154 0.149 0.135 0.109 0.062 0.032 0.018 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 26 Q 0.556 0.171 0.097 0.081 0.048 0.024 0.012 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 27 Q 0.474 0.210 0.138 0.079 0.052 0.023 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 L 0.101 0.061 0.089 0.143 0.198 0.171 0.111 0.072 0.030 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 29 T 0.243 0.156 0.163 0.149 0.131 0.073 0.042 0.022 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 30 Q 0.562 0.155 0.092 0.075 0.049 0.030 0.016 0.010 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 31 D 0.269 0.188 0.138 0.147 0.121 0.061 0.035 0.017 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 32 L 0.083 0.056 0.082 0.130 0.161 0.174 0.127 0.098 0.045 0.026 0.012 0.004 0.002 0.001 33 R 0.297 0.189 0.165 0.129 0.094 0.058 0.034 0.018 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 34 A 0.267 0.110 0.111 0.128 0.126 0.104 0.063 0.037 0.025 0.016 0.008 0.003 0.001 0.001 35 M 0.122 0.095 0.109 0.159 0.186 0.131 0.085 0.055 0.033 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 36 P 0.234 0.142 0.135 0.150 0.121 0.088 0.057 0.036 0.017 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 37 N 0.277 0.168 0.157 0.127 0.112 0.067 0.041 0.022 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 38 W 0.095 0.063 0.087 0.144 0.160 0.161 0.107 0.078 0.045 0.034 0.016 0.006 0.003 0.001 39 S 0.108 0.099 0.106 0.147 0.167 0.127 0.098 0.063 0.044 0.023 0.011 0.005 0.002 0.001 40 L 0.044 0.032 0.044 0.079 0.110 0.152 0.142 0.132 0.097 0.085 0.047 0.022 0.011 0.004 41 R 0.069 0.061 0.075 0.112 0.130 0.128 0.129 0.095 0.080 0.047 0.038 0.021 0.008 0.006 42 F 0.018 0.013 0.022 0.038 0.059 0.090 0.112 0.140 0.143 0.133 0.121 0.067 0.029 0.015 43 V 0.022 0.016 0.022 0.038 0.059 0.085 0.116 0.162 0.158 0.116 0.089 0.068 0.035 0.014 44 Y 0.025 0.024 0.032 0.060 0.077 0.098 0.113 0.159 0.124 0.116 0.090 0.045 0.025 0.012 45 I 0.029 0.025 0.034 0.065 0.098 0.125 0.141 0.141 0.128 0.094 0.065 0.036 0.013 0.008 46 V 0.033 0.035 0.055 0.104 0.143 0.175 0.151 0.101 0.087 0.056 0.035 0.015 0.006 0.003 47 D 0.148 0.144 0.151 0.170 0.151 0.097 0.061 0.033 0.026 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 48 R 0.238 0.161 0.151 0.161 0.128 0.072 0.039 0.023 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 49 N 0.400 0.235 0.147 0.100 0.057 0.030 0.015 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 50 N 0.384 0.203 0.154 0.105 0.080 0.039 0.017 0.008 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 51 Q 0.468 0.208 0.139 0.091 0.054 0.021 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 D 0.567 0.223 0.110 0.052 0.026 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 L 0.172 0.099 0.110 0.128 0.173 0.122 0.084 0.067 0.029 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 54 L 0.088 0.077 0.092 0.158 0.179 0.156 0.117 0.077 0.026 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 55 K 0.529 0.227 0.116 0.058 0.033 0.017 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 R 0.266 0.158 0.167 0.149 0.118 0.068 0.037 0.016 0.011 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 57 P 0.272 0.140 0.144 0.125 0.119 0.089 0.053 0.029 0.018 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 58 L 0.181 0.118 0.132 0.153 0.153 0.114 0.063 0.042 0.021 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 59 P 0.356 0.161 0.127 0.109 0.094 0.062 0.037 0.025 0.015 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 60 P 0.210 0.124 0.122 0.134 0.139 0.098 0.062 0.044 0.028 0.020 0.011 0.005 0.002 0.001 61 G 0.142 0.099 0.097 0.128 0.143 0.122 0.098 0.067 0.046 0.027 0.018 0.009 0.003 0.002 62 I 0.063 0.041 0.052 0.086 0.118 0.149 0.137 0.103 0.090 0.066 0.050 0.027 0.012 0.006 63 M 0.079 0.046 0.055 0.088 0.102 0.125 0.134 0.100 0.093 0.065 0.057 0.033 0.014 0.008 64 V 0.066 0.038 0.047 0.068 0.091 0.114 0.117 0.116 0.108 0.084 0.077 0.045 0.022 0.009 65 L 0.060 0.034 0.042 0.073 0.091 0.117 0.125 0.112 0.106 0.089 0.076 0.046 0.020 0.009 66 A 0.077 0.063 0.078 0.104 0.119 0.129 0.122 0.097 0.085 0.055 0.036 0.022 0.008 0.004 67 P 0.143 0.081 0.080 0.113 0.128 0.118 0.099 0.079 0.062 0.046 0.029 0.014 0.005 0.003 68 R 0.123 0.120 0.130 0.150 0.147 0.104 0.089 0.057 0.040 0.021 0.011 0.005 0.002 0.001 69 L 0.112 0.064 0.083 0.119 0.145 0.157 0.119 0.082 0.053 0.038 0.018 0.007 0.003 0.001 70 T 0.202 0.147 0.171 0.149 0.128 0.078 0.055 0.032 0.021 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 71 A 0.206 0.089 0.088 0.127 0.136 0.133 0.085 0.056 0.035 0.028 0.011 0.004 0.002 0.001 72 K 0.351 0.216 0.143 0.118 0.086 0.036 0.023 0.013 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 73 H 0.270 0.140 0.151 0.138 0.109 0.079 0.050 0.033 0.015 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 74 P 0.249 0.129 0.130 0.139 0.143 0.094 0.053 0.030 0.020 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 75 Y 0.151 0.099 0.126 0.171 0.166 0.115 0.071 0.048 0.026 0.018 0.006 0.002 0.001 0.001 76 D 0.573 0.186 0.086 0.068 0.043 0.021 0.010 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 K 0.280 0.187 0.187 0.149 0.099 0.048 0.027 0.012 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 78 V 0.143 0.064 0.081 0.139 0.187 0.166 0.099 0.060 0.037 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 79 Q 0.349 0.206 0.183 0.134 0.071 0.031 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 D 0.729 0.142 0.067 0.030 0.017 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 R 0.293 0.179 0.156 0.157 0.119 0.053 0.023 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 82 N 0.400 0.187 0.138 0.108 0.081 0.043 0.022 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 83 R 0.406 0.184 0.122 0.123 0.088 0.041 0.018 0.009 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 84 K 0.439 0.209 0.142 0.095 0.056 0.029 0.016 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 85 L 0.087 0.055 0.086 0.124 0.201 0.179 0.109 0.079 0.042 0.023 0.010 0.004 0.002 0.001 86 Y 0.091 0.075 0.093 0.158 0.175 0.145 0.109 0.075 0.035 0.022 0.013 0.006 0.002 0.001 87 G 0.233 0.127 0.114 0.116 0.112 0.091 0.069 0.050 0.039 0.024 0.015 0.007 0.002 0.001 88 R 0.132 0.095 0.097 0.134 0.136 0.110 0.084 0.078 0.055 0.039 0.026 0.010 0.004 0.001 89 H 0.090 0.086 0.105 0.129 0.144 0.129 0.102 0.083 0.061 0.034 0.021 0.009 0.003 0.002 90 I 0.058 0.039 0.054 0.095 0.134 0.170 0.130 0.109 0.082 0.071 0.033 0.016 0.007 0.003 91 T 0.125 0.117 0.130 0.167 0.156 0.105 0.078 0.051 0.037 0.016 0.010 0.005 0.002 0.001 92 L 0.090 0.059 0.075 0.123 0.139 0.168 0.122 0.082 0.062 0.044 0.022 0.009 0.003 0.001 93 N 0.219 0.167 0.160 0.146 0.127 0.078 0.045 0.027 0.018 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 94 D 0.355 0.179 0.148 0.122 0.088 0.046 0.027 0.016 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 95 G 0.311 0.187 0.150 0.124 0.097 0.057 0.033 0.017 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 96 N 0.238 0.152 0.140 0.137 0.116 0.086 0.055 0.036 0.019 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 97 S 0.145 0.127 0.134 0.138 0.154 0.111 0.080 0.046 0.030 0.017 0.011 0.004 0.001 0.001 98 V 0.040 0.031 0.045 0.078 0.118 0.154 0.150 0.133 0.091 0.077 0.047 0.022 0.010 0.004 99 K 0.056 0.059 0.070 0.111 0.122 0.112 0.120 0.116 0.087 0.059 0.046 0.024 0.009 0.007 100 V 0.014 0.012 0.018 0.030 0.051 0.077 0.098 0.158 0.152 0.139 0.115 0.083 0.037 0.016 101 V 0.017 0.011 0.016 0.029 0.040 0.069 0.099 0.145 0.142 0.146 0.122 0.094 0.051 0.018 102 T 0.025 0.030 0.044 0.071 0.097 0.101 0.121 0.129 0.124 0.096 0.078 0.048 0.019 0.016 103 I 0.022 0.014 0.022 0.038 0.060 0.107 0.111 0.125 0.130 0.151 0.115 0.064 0.029 0.012 104 S 0.077 0.092 0.101 0.149 0.155 0.117 0.106 0.074 0.063 0.030 0.021 0.009 0.003 0.003 105 A 0.054 0.060 0.077 0.137 0.148 0.160 0.127 0.085 0.068 0.045 0.025 0.008 0.003 0.002 106 G 0.162 0.148 0.139 0.149 0.140 0.103 0.066 0.045 0.030 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 107 R 0.239 0.185 0.163 0.152 0.111 0.066 0.038 0.022 0.012 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 108 D 0.453 0.203 0.140 0.089 0.062 0.027 0.013 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 E 0.380 0.179 0.153 0.121 0.085 0.043 0.020 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 110 G 0.449 0.181 0.119 0.104 0.077 0.034 0.017 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 111 P 0.433 0.194 0.140 0.103 0.063 0.034 0.016 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 112 D 0.435 0.188 0.126 0.092 0.077 0.040 0.020 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 113 R 0.139 0.107 0.117 0.167 0.177 0.130 0.075 0.045 0.021 0.013 0.007 0.002 0.001 0.001 114 D 0.248 0.159 0.142 0.130 0.125 0.081 0.051 0.031 0.018 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 115 I 0.072 0.042 0.059 0.105 0.152 0.168 0.123 0.119 0.069 0.049 0.023 0.011 0.006 0.002 116 I 0.051 0.037 0.048 0.103 0.149 0.161 0.147 0.107 0.093 0.048 0.027 0.019 0.006 0.002 117 W 0.060 0.052 0.065 0.118 0.131 0.159 0.131 0.098 0.075 0.052 0.036 0.014 0.005 0.002 118 E 0.226 0.173 0.158 0.123 0.108 0.074 0.054 0.032 0.025 0.010 0.010 0.004 0.001 0.001 119 M 0.105 0.083 0.110 0.144 0.155 0.139 0.093 0.077 0.045 0.027 0.015 0.004 0.002 0.001 120 F 0.056 0.053 0.073 0.142 0.199 0.169 0.123 0.080 0.063 0.025 0.009 0.004 0.001 0.001 121 L 0.107 0.086 0.099 0.166 0.167 0.133 0.091 0.064 0.049 0.024 0.009 0.003 0.001 0.001 122 E 0.482 0.234 0.123 0.079 0.038 0.021 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 N 0.363 0.203 0.156 0.111 0.082 0.043 0.020 0.008 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 124 L 0.153 0.093 0.122 0.168 0.182 0.128 0.079 0.038 0.021 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 125 E 0.525 0.203 0.137 0.061 0.036 0.019 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001