# TARGET T0285 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t3c1-near-backbone-11-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0285.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.078 0.053 0.064 0.116 0.108 0.114 0.156 0.101 0.096 0.071 0.043 2 Y 0.043 0.047 0.042 0.095 0.093 0.100 0.170 0.133 0.117 0.091 0.067 3 L 0.033 0.035 0.033 0.064 0.065 0.081 0.162 0.149 0.146 0.126 0.105 4 P 0.167 0.144 0.108 0.164 0.122 0.089 0.079 0.047 0.037 0.025 0.018 5 D 0.253 0.187 0.073 0.147 0.109 0.079 0.068 0.034 0.028 0.015 0.008 6 D 0.361 0.164 0.037 0.111 0.094 0.071 0.068 0.041 0.029 0.016 0.008 7 S 0.420 0.170 0.040 0.096 0.074 0.060 0.055 0.037 0.027 0.013 0.008 8 P 0.283 0.254 0.076 0.151 0.098 0.060 0.037 0.021 0.012 0.005 0.003 9 A 0.085 0.091 0.061 0.104 0.108 0.115 0.141 0.097 0.089 0.063 0.046 10 K 0.117 0.117 0.091 0.192 0.161 0.128 0.098 0.043 0.030 0.015 0.007 11 R 0.068 0.069 0.124 0.205 0.158 0.135 0.113 0.059 0.039 0.021 0.008 12 L 0.005 0.008 0.021 0.037 0.047 0.081 0.191 0.182 0.166 0.154 0.109 13 L 0.005 0.012 0.034 0.048 0.055 0.078 0.154 0.166 0.188 0.155 0.105 14 F 0.005 0.008 0.050 0.044 0.059 0.091 0.171 0.142 0.167 0.158 0.106 15 Q 0.027 0.044 0.129 0.175 0.153 0.144 0.154 0.075 0.050 0.032 0.018 16 M 0.008 0.014 0.020 0.043 0.046 0.075 0.191 0.164 0.176 0.156 0.108 17 V 0.023 0.033 0.026 0.054 0.058 0.079 0.164 0.160 0.162 0.137 0.105 18 G 0.098 0.088 0.086 0.155 0.145 0.129 0.125 0.067 0.055 0.033 0.019 19 N 0.186 0.115 0.123 0.187 0.136 0.095 0.078 0.035 0.025 0.013 0.006 20 A 0.076 0.061 0.044 0.104 0.094 0.100 0.172 0.116 0.109 0.075 0.049 21 I 0.027 0.031 0.027 0.049 0.056 0.082 0.186 0.152 0.161 0.127 0.100 22 N 0.109 0.126 0.180 0.214 0.138 0.089 0.074 0.032 0.020 0.012 0.006 23 R 0.136 0.111 0.148 0.169 0.123 0.106 0.100 0.048 0.031 0.019 0.010 24 N 0.172 0.201 0.083 0.138 0.107 0.093 0.090 0.056 0.036 0.016 0.007 25 T 0.108 0.082 0.047 0.120 0.119 0.131 0.169 0.094 0.070 0.039 0.022 26 Q 0.348 0.118 0.174 0.141 0.090 0.055 0.037 0.017 0.012 0.006 0.002 27 Q 0.105 0.125 0.167 0.243 0.143 0.096 0.072 0.027 0.013 0.006 0.002 28 L 0.007 0.015 0.023 0.024 0.030 0.059 0.177 0.186 0.187 0.169 0.123 29 T 0.049 0.080 0.101 0.183 0.176 0.151 0.135 0.063 0.033 0.020 0.010 30 Q 0.167 0.118 0.354 0.170 0.088 0.052 0.026 0.012 0.008 0.004 0.001 31 D 0.099 0.089 0.095 0.189 0.162 0.138 0.124 0.058 0.029 0.013 0.005 32 L 0.014 0.008 0.010 0.015 0.022 0.050 0.161 0.165 0.226 0.188 0.139 33 R 0.076 0.106 0.231 0.250 0.141 0.081 0.062 0.023 0.015 0.009 0.005 34 A 0.041 0.082 0.181 0.167 0.120 0.114 0.141 0.075 0.040 0.027 0.012 35 M 0.070 0.063 0.050 0.078 0.088 0.109 0.165 0.144 0.104 0.075 0.054 36 P 0.341 0.204 0.067 0.132 0.088 0.067 0.048 0.026 0.017 0.007 0.003 37 N 0.374 0.190 0.108 0.141 0.093 0.045 0.022 0.012 0.008 0.004 0.002 38 W 0.061 0.044 0.018 0.047 0.070 0.110 0.191 0.154 0.137 0.095 0.073 39 S 0.129 0.188 0.084 0.210 0.140 0.096 0.065 0.041 0.027 0.012 0.007 40 L 0.013 0.016 0.034 0.051 0.058 0.089 0.163 0.137 0.153 0.158 0.126 41 R 0.035 0.070 0.080 0.184 0.172 0.148 0.137 0.076 0.049 0.030 0.019 42 F 0.004 0.008 0.014 0.037 0.041 0.067 0.158 0.149 0.203 0.190 0.129 43 V 0.010 0.014 0.029 0.055 0.072 0.094 0.165 0.146 0.160 0.146 0.109 44 Y 0.011 0.016 0.034 0.078 0.080 0.099 0.198 0.152 0.146 0.113 0.072 45 I 0.011 0.015 0.035 0.052 0.057 0.070 0.147 0.147 0.170 0.165 0.131 46 V 0.015 0.021 0.028 0.047 0.058 0.080 0.176 0.150 0.175 0.139 0.110 47 D 0.116 0.114 0.111 0.179 0.138 0.101 0.108 0.054 0.041 0.025 0.013 48 R 0.181 0.124 0.082 0.156 0.118 0.103 0.111 0.053 0.037 0.023 0.013 49 N 0.259 0.235 0.074 0.136 0.097 0.071 0.063 0.032 0.021 0.009 0.004 50 N 0.156 0.128 0.050 0.136 0.115 0.111 0.134 0.075 0.050 0.029 0.016 51 Q 0.309 0.133 0.121 0.138 0.115 0.077 0.052 0.024 0.018 0.009 0.004 52 D 0.176 0.121 0.147 0.218 0.136 0.085 0.066 0.027 0.015 0.007 0.003 53 L 0.020 0.024 0.040 0.055 0.061 0.079 0.173 0.160 0.148 0.137 0.103 54 L 0.017 0.026 0.038 0.057 0.072 0.101 0.187 0.164 0.145 0.112 0.081 55 K 0.099 0.119 0.251 0.221 0.138 0.079 0.046 0.022 0.014 0.008 0.003 56 R 0.098 0.061 0.081 0.124 0.124 0.138 0.155 0.087 0.066 0.045 0.024 57 P 0.235 0.150 0.062 0.119 0.092 0.082 0.091 0.067 0.055 0.030 0.017 58 L 0.054 0.071 0.021 0.073 0.078 0.106 0.174 0.156 0.116 0.086 0.066 59 P 0.186 0.200 0.075 0.130 0.115 0.090 0.068 0.055 0.039 0.024 0.018 60 P 0.245 0.161 0.058 0.172 0.125 0.090 0.063 0.035 0.028 0.015 0.009 61 G 0.181 0.124 0.042 0.134 0.141 0.113 0.092 0.062 0.059 0.034 0.018 62 I 0.012 0.013 0.007 0.038 0.047 0.071 0.162 0.143 0.189 0.166 0.153 63 M 0.017 0.025 0.039 0.093 0.089 0.093 0.159 0.133 0.141 0.118 0.092 64 V 0.005 0.011 0.040 0.058 0.063 0.076 0.158 0.145 0.153 0.161 0.131 65 L 0.010 0.023 0.037 0.066 0.069 0.085 0.168 0.165 0.153 0.131 0.095 66 A 0.020 0.027 0.028 0.070 0.091 0.112 0.177 0.148 0.146 0.111 0.072 67 P 0.145 0.107 0.097 0.166 0.126 0.101 0.105 0.055 0.051 0.031 0.016 68 R 0.141 0.120 0.071 0.192 0.165 0.113 0.096 0.050 0.031 0.017 0.007 69 L 0.024 0.019 0.011 0.023 0.034 0.064 0.165 0.189 0.190 0.163 0.119 70 T 0.145 0.206 0.095 0.215 0.138 0.081 0.056 0.031 0.018 0.009 0.006 71 A 0.092 0.072 0.080 0.100 0.101 0.110 0.146 0.094 0.090 0.072 0.044 72 K 0.309 0.191 0.083 0.184 0.116 0.056 0.033 0.015 0.008 0.004 0.002 73 H 0.120 0.070 0.032 0.080 0.080 0.109 0.172 0.118 0.108 0.070 0.042 74 P 0.181 0.239 0.078 0.175 0.110 0.071 0.059 0.040 0.025 0.014 0.008 75 Y 0.091 0.077 0.043 0.096 0.108 0.126 0.161 0.115 0.091 0.057 0.035 76 D 0.343 0.166 0.118 0.145 0.091 0.054 0.036 0.020 0.015 0.008 0.005 77 K 0.205 0.160 0.075 0.210 0.140 0.092 0.068 0.028 0.015 0.006 0.003 78 V 0.045 0.034 0.029 0.039 0.044 0.065 0.136 0.144 0.179 0.160 0.127 79 Q 0.105 0.154 0.080 0.219 0.156 0.116 0.096 0.039 0.020 0.009 0.005 80 D 0.168 0.129 0.238 0.163 0.099 0.070 0.056 0.032 0.024 0.015 0.007 81 R 0.122 0.117 0.079 0.164 0.137 0.125 0.129 0.064 0.034 0.019 0.010 82 N 0.181 0.142 0.086 0.132 0.110 0.104 0.102 0.063 0.049 0.022 0.009 83 R 0.104 0.067 0.110 0.146 0.120 0.115 0.133 0.067 0.060 0.047 0.030 84 K 0.157 0.154 0.190 0.208 0.129 0.080 0.049 0.018 0.009 0.004 0.001 85 L 0.014 0.021 0.032 0.049 0.052 0.079 0.179 0.173 0.154 0.146 0.101 86 Y 0.052 0.075 0.048 0.095 0.102 0.130 0.170 0.142 0.088 0.057 0.041 87 G 0.138 0.134 0.142 0.179 0.133 0.096 0.063 0.043 0.039 0.022 0.011 88 R 0.082 0.068 0.055 0.128 0.135 0.136 0.158 0.085 0.071 0.051 0.032 89 H 0.076 0.067 0.033 0.130 0.119 0.108 0.144 0.108 0.103 0.069 0.042 90 I 0.010 0.009 0.011 0.024 0.032 0.054 0.140 0.147 0.201 0.201 0.171 91 T 0.071 0.109 0.136 0.223 0.143 0.093 0.086 0.054 0.038 0.026 0.019 92 L 0.014 0.016 0.018 0.038 0.050 0.077 0.174 0.153 0.168 0.163 0.129 93 N 0.198 0.176 0.079 0.155 0.114 0.080 0.076 0.047 0.037 0.023 0.017 94 D 0.216 0.171 0.044 0.158 0.115 0.090 0.090 0.050 0.036 0.020 0.010 95 G 0.417 0.158 0.048 0.088 0.085 0.064 0.047 0.036 0.030 0.017 0.009 96 N 0.222 0.162 0.041 0.139 0.113 0.095 0.095 0.054 0.042 0.022 0.015 97 S 0.141 0.157 0.064 0.166 0.141 0.104 0.089 0.059 0.042 0.024 0.013 98 V 0.022 0.020 0.022 0.044 0.056 0.079 0.146 0.136 0.163 0.158 0.153 99 K 0.076 0.122 0.092 0.238 0.177 0.122 0.090 0.042 0.024 0.012 0.006 100 V 0.008 0.011 0.020 0.048 0.054 0.068 0.137 0.145 0.174 0.194 0.140 101 V 0.015 0.014 0.016 0.035 0.053 0.081 0.169 0.171 0.177 0.152 0.116 102 T 0.054 0.092 0.088 0.210 0.151 0.107 0.099 0.077 0.062 0.039 0.021 103 I 0.008 0.010 0.012 0.021 0.037 0.066 0.146 0.154 0.185 0.196 0.166 104 S 0.154 0.152 0.061 0.181 0.131 0.091 0.088 0.058 0.043 0.025 0.016 105 A 0.084 0.065 0.032 0.103 0.103 0.110 0.161 0.111 0.102 0.078 0.051 106 G 0.304 0.177 0.071 0.126 0.094 0.063 0.056 0.039 0.034 0.022 0.014 107 R 0.139 0.106 0.028 0.128 0.117 0.114 0.146 0.083 0.067 0.043 0.029 108 D 0.305 0.179 0.076 0.114 0.089 0.066 0.058 0.040 0.036 0.023 0.015 109 E 0.231 0.159 0.051 0.174 0.125 0.091 0.083 0.041 0.025 0.013 0.008 110 G 0.351 0.153 0.067 0.090 0.077 0.065 0.061 0.050 0.043 0.027 0.017 111 P 0.198 0.173 0.045 0.164 0.114 0.093 0.092 0.051 0.035 0.020 0.015 112 D 0.207 0.216 0.084 0.135 0.109 0.081 0.066 0.040 0.032 0.019 0.011 113 R 0.108 0.097 0.046 0.158 0.138 0.131 0.135 0.072 0.056 0.035 0.022 114 D 0.288 0.148 0.111 0.162 0.115 0.077 0.046 0.025 0.017 0.007 0.003 115 I 0.017 0.022 0.020 0.069 0.078 0.113 0.210 0.175 0.130 0.100 0.065 116 I 0.011 0.031 0.046 0.057 0.064 0.079 0.130 0.148 0.180 0.142 0.112 117 W 0.004 0.009 0.030 0.050 0.065 0.102 0.193 0.145 0.165 0.142 0.095 118 E 0.038 0.050 0.182 0.206 0.187 0.141 0.106 0.045 0.026 0.014 0.005 119 M 0.005 0.009 0.024 0.057 0.059 0.096 0.231 0.174 0.155 0.120 0.070 120 F 0.006 0.010 0.022 0.026 0.027 0.042 0.128 0.159 0.221 0.209 0.150 121 L 0.012 0.016 0.057 0.067 0.092 0.126 0.219 0.133 0.120 0.100 0.060 122 E 0.072 0.096 0.324 0.213 0.123 0.078 0.055 0.018 0.011 0.006 0.003 123 N 0.077 0.089 0.086 0.159 0.127 0.130 0.170 0.082 0.046 0.024 0.010 124 L 0.059 0.036 0.023 0.035 0.042 0.072 0.176 0.173 0.163 0.128 0.093 125 E 0.283 0.212 0.133 0.178 0.097 0.051 0.027 0.011 0.006 0.002 0.001