# TARGET T0285 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0285.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.277 0.243 0.181 0.147 0.098 0.046 0.009 2 Y 0.123 0.186 0.231 0.225 0.157 0.069 0.009 3 L 0.209 0.193 0.192 0.215 0.138 0.049 0.003 4 P 0.475 0.264 0.144 0.081 0.029 0.007 0.001 5 D 0.732 0.181 0.056 0.022 0.007 0.002 0.001 6 D 0.610 0.240 0.098 0.038 0.011 0.003 0.001 7 S 0.520 0.251 0.120 0.072 0.028 0.008 0.001 8 P 0.470 0.260 0.140 0.083 0.035 0.011 0.001 9 A 0.214 0.183 0.201 0.215 0.141 0.042 0.004 10 K 0.223 0.293 0.243 0.159 0.061 0.020 0.003 11 R 0.178 0.299 0.245 0.165 0.082 0.027 0.004 12 L 0.068 0.078 0.137 0.227 0.265 0.192 0.033 13 L 0.078 0.114 0.150 0.197 0.208 0.204 0.050 14 F 0.071 0.077 0.104 0.188 0.243 0.250 0.068 15 Q 0.120 0.193 0.211 0.230 0.147 0.081 0.018 16 M 0.117 0.096 0.123 0.191 0.229 0.203 0.042 17 V 0.187 0.153 0.146 0.150 0.151 0.163 0.051 18 G 0.296 0.190 0.174 0.162 0.115 0.053 0.009 19 N 0.381 0.267 0.172 0.107 0.050 0.018 0.004 20 A 0.298 0.201 0.161 0.165 0.115 0.053 0.007 21 I 0.220 0.159 0.159 0.197 0.171 0.084 0.010 22 N 0.417 0.300 0.163 0.082 0.030 0.008 0.001 23 R 0.431 0.293 0.155 0.081 0.031 0.007 0.001 24 N 0.365 0.263 0.173 0.126 0.055 0.016 0.002 25 T 0.260 0.255 0.220 0.158 0.079 0.026 0.003 26 Q 0.456 0.270 0.145 0.081 0.035 0.011 0.002 27 Q 0.312 0.330 0.195 0.107 0.041 0.013 0.002 28 L 0.089 0.089 0.151 0.273 0.271 0.118 0.010 29 T 0.226 0.265 0.237 0.169 0.075 0.025 0.003 30 Q 0.365 0.331 0.181 0.086 0.029 0.007 0.001 31 D 0.265 0.225 0.204 0.174 0.096 0.033 0.004 32 L 0.159 0.128 0.173 0.251 0.201 0.082 0.006 33 R 0.376 0.344 0.165 0.078 0.027 0.009 0.001 34 A 0.324 0.245 0.177 0.148 0.077 0.027 0.003 35 M 0.162 0.165 0.189 0.211 0.172 0.088 0.013 36 P 0.426 0.260 0.163 0.095 0.039 0.015 0.003 37 N 0.399 0.322 0.152 0.076 0.033 0.014 0.003 38 W 0.110 0.111 0.159 0.230 0.241 0.127 0.022 39 S 0.132 0.222 0.216 0.190 0.132 0.085 0.023 40 L 0.049 0.061 0.096 0.190 0.259 0.271 0.074 41 R 0.065 0.106 0.180 0.241 0.223 0.144 0.041 42 F 0.049 0.046 0.068 0.132 0.215 0.363 0.128 43 V 0.060 0.082 0.135 0.225 0.246 0.204 0.049 44 Y 0.091 0.103 0.124 0.172 0.219 0.237 0.054 45 I 0.070 0.074 0.095 0.184 0.264 0.253 0.060 46 V 0.057 0.091 0.138 0.233 0.265 0.193 0.025 47 D 0.244 0.301 0.213 0.143 0.070 0.024 0.004 48 R 0.305 0.321 0.209 0.113 0.041 0.011 0.001 49 N 0.520 0.242 0.123 0.073 0.032 0.009 0.001 50 N 0.377 0.258 0.177 0.119 0.054 0.014 0.001 51 Q 0.320 0.298 0.218 0.111 0.043 0.010 0.001 52 D 0.392 0.324 0.166 0.081 0.028 0.007 0.001 53 L 0.095 0.135 0.200 0.266 0.207 0.088 0.009 54 L 0.070 0.105 0.174 0.284 0.254 0.105 0.009 55 K 0.327 0.334 0.195 0.097 0.034 0.010 0.002 56 R 0.242 0.240 0.206 0.178 0.096 0.033 0.004 57 P 0.290 0.267 0.190 0.135 0.079 0.034 0.005 58 L 0.114 0.130 0.192 0.252 0.202 0.095 0.015 59 P 0.292 0.284 0.205 0.131 0.060 0.024 0.004 60 P 0.307 0.264 0.185 0.133 0.073 0.032 0.007 61 G 0.229 0.196 0.170 0.172 0.130 0.084 0.019 62 I 0.082 0.093 0.128 0.192 0.225 0.218 0.062 63 M 0.076 0.099 0.134 0.191 0.207 0.216 0.078 64 V 0.068 0.106 0.131 0.170 0.205 0.229 0.092 65 L 0.056 0.060 0.083 0.156 0.257 0.289 0.099 66 A 0.071 0.112 0.169 0.221 0.216 0.165 0.044 67 P 0.154 0.219 0.205 0.190 0.135 0.079 0.018 68 R 0.148 0.268 0.245 0.187 0.103 0.043 0.007 69 L 0.073 0.080 0.133 0.240 0.290 0.163 0.020 70 T 0.292 0.314 0.205 0.117 0.049 0.020 0.003 71 A 0.265 0.206 0.194 0.188 0.109 0.034 0.003 72 K 0.488 0.299 0.136 0.056 0.017 0.004 0.001 73 H 0.297 0.241 0.211 0.163 0.071 0.016 0.001 74 P 0.453 0.308 0.141 0.066 0.025 0.007 0.001 75 Y 0.145 0.172 0.236 0.252 0.155 0.037 0.002 76 D 0.361 0.310 0.185 0.094 0.037 0.011 0.001 77 K 0.248 0.358 0.227 0.118 0.039 0.010 0.001 78 V 0.086 0.106 0.172 0.298 0.254 0.079 0.005 79 Q 0.268 0.345 0.231 0.110 0.037 0.009 0.001 80 D 0.461 0.296 0.143 0.069 0.023 0.006 0.001 81 R 0.354 0.263 0.189 0.129 0.052 0.012 0.001 82 N 0.428 0.251 0.157 0.106 0.045 0.012 0.001 83 R 0.309 0.297 0.219 0.123 0.042 0.010 0.001 84 K 0.347 0.367 0.182 0.074 0.024 0.007 0.001 85 L 0.115 0.115 0.161 0.254 0.241 0.103 0.011 86 Y 0.117 0.176 0.234 0.231 0.158 0.075 0.010 87 G 0.229 0.229 0.206 0.178 0.104 0.046 0.008 88 R 0.185 0.248 0.236 0.188 0.100 0.038 0.005 89 H 0.101 0.156 0.203 0.228 0.194 0.104 0.015 90 I 0.051 0.066 0.111 0.210 0.304 0.225 0.033 91 T 0.116 0.243 0.248 0.200 0.121 0.063 0.009 92 L 0.067 0.097 0.153 0.271 0.278 0.124 0.010 93 N 0.242 0.296 0.227 0.152 0.064 0.017 0.002 94 D 0.437 0.307 0.158 0.072 0.021 0.005 0.001 95 G 0.412 0.264 0.170 0.106 0.040 0.008 0.001 96 N 0.423 0.301 0.163 0.079 0.027 0.006 0.001 97 S 0.213 0.298 0.247 0.156 0.065 0.019 0.002 98 V 0.032 0.065 0.143 0.277 0.312 0.155 0.015 99 K 0.063 0.218 0.292 0.243 0.127 0.050 0.007 100 V 0.031 0.069 0.124 0.215 0.282 0.241 0.038 101 V 0.020 0.043 0.085 0.202 0.323 0.279 0.049 102 T 0.025 0.109 0.220 0.276 0.213 0.131 0.027 103 I 0.024 0.041 0.085 0.213 0.326 0.264 0.047 104 S 0.094 0.233 0.259 0.219 0.132 0.055 0.008 105 A 0.152 0.225 0.238 0.211 0.122 0.046 0.006 106 G 0.404 0.276 0.155 0.097 0.047 0.019 0.002 107 R 0.263 0.262 0.230 0.161 0.067 0.015 0.001 108 D 0.524 0.263 0.119 0.063 0.024 0.006 0.001 109 E 0.481 0.303 0.138 0.057 0.018 0.004 0.001 110 G 0.461 0.258 0.150 0.089 0.033 0.008 0.001 111 P 0.510 0.233 0.126 0.085 0.036 0.009 0.001 112 D 0.479 0.294 0.138 0.060 0.022 0.006 0.001 113 R 0.148 0.196 0.253 0.248 0.119 0.033 0.003 114 D 0.239 0.327 0.223 0.129 0.059 0.021 0.002 115 I 0.117 0.123 0.182 0.254 0.220 0.095 0.009 116 I 0.148 0.144 0.153 0.196 0.195 0.146 0.017 117 W 0.115 0.093 0.117 0.206 0.236 0.203 0.031 118 E 0.221 0.262 0.233 0.177 0.075 0.029 0.003 119 M 0.224 0.170 0.170 0.198 0.155 0.075 0.008 120 F 0.253 0.160 0.140 0.158 0.155 0.118 0.015 121 L 0.366 0.159 0.162 0.155 0.108 0.046 0.003 122 E 0.560 0.285 0.107 0.037 0.009 0.001 0.001 123 N 0.522 0.270 0.128 0.060 0.017 0.003 0.001 124 L 0.428 0.204 0.174 0.128 0.055 0.010 0.001 125 E 0.843 0.120 0.027 0.008 0.002 0.001 0.001