# TARGET T0284 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0284.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 437 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.991 2 H 0.023 0.017 0.024 0.315 0.007 0.068 0.546 3 R 0.020 0.008 0.046 0.306 0.175 0.122 0.323 4 A 0.021 0.015 0.053 0.320 0.160 0.134 0.297 5 S 0.011 0.006 0.063 0.415 0.104 0.117 0.283 6 H 0.004 0.001 0.057 0.622 0.058 0.055 0.203 7 H 0.005 0.002 0.033 0.782 0.039 0.047 0.093 8 E 0.004 0.003 0.017 0.851 0.025 0.040 0.061 9 L 0.003 0.003 0.009 0.843 0.020 0.061 0.061 10 R 0.003 0.001 0.004 0.907 0.017 0.036 0.031 11 A 0.005 0.001 0.003 0.930 0.012 0.024 0.026 12 M 0.002 0.001 0.004 0.950 0.007 0.020 0.016 13 F 0.003 0.001 0.005 0.949 0.010 0.016 0.016 14 R 0.002 0.001 0.013 0.949 0.007 0.019 0.009 15 A 0.002 0.001 0.013 0.932 0.004 0.042 0.007 16 L 0.001 0.001 0.023 0.868 0.006 0.090 0.011 17 L 0.003 0.003 0.028 0.748 0.053 0.132 0.033 18 D 0.007 0.003 0.057 0.524 0.051 0.272 0.085 19 S 0.009 0.005 0.034 0.211 0.199 0.409 0.134 20 S 0.016 0.003 0.017 0.040 0.273 0.373 0.278 21 R 0.075 0.006 0.011 0.016 0.355 0.077 0.461 22 C 0.426 0.030 0.011 0.008 0.083 0.024 0.418 23 Y 0.759 0.018 0.006 0.005 0.021 0.008 0.181 24 H 0.788 0.017 0.009 0.007 0.027 0.013 0.140 25 T 0.643 0.028 0.008 0.008 0.040 0.017 0.256 26 A 0.223 0.014 0.051 0.017 0.170 0.274 0.250 27 S 0.046 0.005 0.043 0.007 0.204 0.535 0.160 28 V 0.073 0.025 0.050 0.013 0.211 0.238 0.389 29 F 0.034 0.065 0.017 0.012 0.276 0.066 0.529 30 D 0.010 0.013 0.002 0.029 0.370 0.012 0.564 31 P 0.001 0.001 0.008 0.927 0.017 0.022 0.024 32 M 0.001 0.001 0.003 0.974 0.004 0.015 0.004 33 S 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.007 0.002 34 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 35 R 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.002 36 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 37 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 38 A 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.007 0.001 39 D 0.001 0.001 0.003 0.910 0.001 0.085 0.001 40 L 0.001 0.001 0.003 0.311 0.015 0.663 0.007 41 G 0.001 0.001 0.001 0.007 0.025 0.829 0.136 42 F 0.008 0.001 0.001 0.001 0.041 0.001 0.950 43 E 0.256 0.001 0.001 0.001 0.550 0.001 0.191 44 C 0.983 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 45 G 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 I 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 L 0.953 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.042 48 G 0.461 0.003 0.001 0.010 0.124 0.013 0.388 49 G 0.090 0.004 0.022 0.204 0.242 0.125 0.313 50 S 0.014 0.007 0.076 0.575 0.148 0.097 0.082 51 V 0.011 0.002 0.074 0.813 0.038 0.039 0.023 52 A 0.011 0.004 0.074 0.835 0.015 0.040 0.022 53 S 0.019 0.007 0.053 0.789 0.018 0.081 0.034 54 L 0.022 0.005 0.068 0.637 0.046 0.175 0.048 55 Q 0.024 0.004 0.069 0.506 0.083 0.213 0.101 56 V 0.027 0.018 0.100 0.310 0.118 0.248 0.180 57 L 0.024 0.011 0.062 0.147 0.159 0.398 0.199 58 A 0.012 0.012 0.041 0.046 0.187 0.421 0.281 59 A 0.015 0.032 0.021 0.027 0.325 0.058 0.522 60 P 0.024 0.020 0.054 0.037 0.234 0.124 0.508 61 D 0.022 0.020 0.106 0.051 0.141 0.198 0.461 62 F 0.017 0.014 0.292 0.044 0.097 0.208 0.327 63 A 0.037 0.005 0.215 0.035 0.188 0.327 0.192 64 L 0.087 0.024 0.150 0.045 0.265 0.175 0.254 65 I 0.081 0.168 0.013 0.018 0.269 0.016 0.435 66 T 0.037 0.030 0.003 0.015 0.066 0.009 0.841 67 L 0.001 0.001 0.120 0.794 0.017 0.051 0.017 68 S 0.001 0.001 0.106 0.836 0.009 0.043 0.005 69 E 0.001 0.001 0.084 0.869 0.005 0.032 0.008 70 F 0.001 0.001 0.007 0.969 0.004 0.010 0.008 71 V 0.001 0.001 0.002 0.989 0.002 0.005 0.002 72 E 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.004 0.001 73 Q 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 74 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 75 T 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 76 R 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 77 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 78 G 0.001 0.001 0.004 0.980 0.001 0.013 0.001 79 R 0.001 0.001 0.008 0.898 0.004 0.086 0.003 80 V 0.001 0.001 0.012 0.792 0.014 0.167 0.013 81 A 0.007 0.006 0.014 0.443 0.119 0.288 0.123 82 R 0.007 0.005 0.010 0.057 0.265 0.385 0.271 83 L 0.016 0.004 0.002 0.013 0.541 0.028 0.395 84 P 0.080 0.008 0.001 0.005 0.080 0.009 0.816 85 V 0.573 0.029 0.005 0.012 0.068 0.011 0.302 86 I 0.796 0.013 0.002 0.007 0.020 0.004 0.156 87 A 0.772 0.022 0.004 0.014 0.017 0.006 0.166 88 D 0.506 0.024 0.009 0.025 0.029 0.017 0.391 89 A 0.045 0.008 0.212 0.060 0.047 0.417 0.210 90 D 0.016 0.004 0.222 0.032 0.175 0.475 0.076 91 H 0.011 0.008 0.287 0.035 0.208 0.372 0.078 92 G 0.012 0.018 0.092 0.021 0.268 0.424 0.164 93 Y 0.024 0.034 0.038 0.021 0.229 0.244 0.409 94 G 0.017 0.028 0.018 0.022 0.357 0.178 0.381 95 N 0.008 0.005 0.014 0.088 0.345 0.116 0.424 96 A 0.001 0.001 0.026 0.924 0.018 0.020 0.011 97 L 0.001 0.001 0.007 0.979 0.004 0.008 0.002 98 N 0.001 0.001 0.005 0.984 0.001 0.007 0.002 99 V 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 100 M 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 101 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 102 T 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 103 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 104 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 105 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 106 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 107 E 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 108 R 0.001 0.001 0.004 0.946 0.001 0.048 0.001 109 A 0.001 0.001 0.007 0.396 0.011 0.583 0.003 110 G 0.001 0.001 0.003 0.017 0.021 0.930 0.027 111 I 0.025 0.002 0.001 0.002 0.068 0.008 0.894 112 A 0.141 0.001 0.001 0.001 0.698 0.003 0.155 113 A 0.956 0.013 0.001 0.001 0.006 0.001 0.021 114 L 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 115 T 0.986 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 116 I 0.837 0.002 0.004 0.013 0.014 0.010 0.120 117 E 0.309 0.005 0.028 0.036 0.198 0.077 0.347 118 D 0.115 0.006 0.078 0.104 0.266 0.118 0.312 119 T 0.087 0.047 0.109 0.129 0.198 0.169 0.262 120 L 0.115 0.038 0.037 0.119 0.291 0.139 0.262 121 L 0.092 0.017 0.019 0.042 0.337 0.146 0.348 122 P 0.059 0.009 0.031 0.026 0.214 0.150 0.510 123 A 0.089 0.042 0.113 0.056 0.191 0.165 0.345 124 Q 0.131 0.065 0.095 0.077 0.172 0.135 0.326 125 F 0.095 0.024 0.085 0.043 0.216 0.175 0.361 126 G 0.099 0.079 0.048 0.023 0.183 0.202 0.367 127 R 0.056 0.040 0.047 0.009 0.148 0.199 0.502 128 K 0.048 0.017 0.040 0.008 0.203 0.478 0.206 129 S 0.021 0.009 0.042 0.009 0.180 0.630 0.109 130 T 0.030 0.004 0.016 0.003 0.431 0.256 0.260 131 D 0.276 0.023 0.010 0.004 0.188 0.054 0.444 132 L 0.648 0.115 0.001 0.002 0.031 0.007 0.196 133 I 0.523 0.064 0.001 0.002 0.084 0.003 0.323 134 C 0.246 0.049 0.001 0.008 0.060 0.003 0.634 135 V 0.001 0.001 0.017 0.956 0.009 0.009 0.008 136 E 0.001 0.001 0.014 0.976 0.004 0.006 0.001 137 E 0.001 0.001 0.009 0.986 0.001 0.004 0.001 138 G 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.005 0.001 139 V 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 140 G 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.001 141 K 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 142 I 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.003 0.001 143 R 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.007 0.001 144 A 0.001 0.001 0.003 0.976 0.001 0.018 0.001 145 A 0.001 0.001 0.004 0.965 0.003 0.024 0.003 146 L 0.001 0.001 0.016 0.929 0.006 0.041 0.007 147 E 0.002 0.001 0.054 0.776 0.018 0.135 0.016 148 A 0.002 0.001 0.076 0.529 0.024 0.341 0.028 149 R 0.006 0.009 0.131 0.257 0.103 0.386 0.109 150 V 0.016 0.010 0.096 0.151 0.115 0.464 0.148 151 D 0.023 0.011 0.056 0.040 0.335 0.226 0.310 152 P 0.036 0.005 0.019 0.023 0.427 0.150 0.340 153 A 0.194 0.004 0.005 0.005 0.186 0.171 0.436 154 L 0.805 0.006 0.002 0.004 0.027 0.006 0.150 155 T 0.971 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.022 156 I 0.984 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.010 157 I 0.982 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.012 158 A 0.881 0.005 0.002 0.011 0.007 0.005 0.089 159 R 0.722 0.009 0.004 0.021 0.082 0.020 0.141 160 T 0.326 0.007 0.019 0.101 0.142 0.068 0.335 161 N 0.052 0.009 0.103 0.296 0.199 0.147 0.194 162 A 0.030 0.008 0.220 0.321 0.140 0.159 0.122 163 E 0.014 0.009 0.294 0.268 0.061 0.262 0.093 164 L 0.017 0.015 0.132 0.288 0.114 0.242 0.192 165 I 0.009 0.009 0.065 0.209 0.130 0.259 0.319 166 D 0.004 0.005 0.024 0.214 0.093 0.231 0.430 167 V 0.002 0.004 0.018 0.255 0.079 0.029 0.613 168 D 0.004 0.004 0.036 0.763 0.040 0.061 0.092 169 A 0.004 0.001 0.038 0.795 0.035 0.077 0.050 170 V 0.003 0.001 0.024 0.858 0.032 0.042 0.041 171 I 0.004 0.001 0.010 0.903 0.032 0.028 0.022 172 Q 0.005 0.001 0.006 0.889 0.020 0.039 0.040 173 R 0.001 0.001 0.004 0.872 0.013 0.071 0.038 174 T 0.002 0.001 0.003 0.895 0.012 0.034 0.053 175 L 0.002 0.001 0.003 0.938 0.009 0.026 0.021 176 A 0.001 0.001 0.002 0.962 0.008 0.014 0.013 177 Y 0.001 0.001 0.003 0.965 0.009 0.007 0.013 178 Q 0.002 0.001 0.007 0.971 0.003 0.012 0.004 179 E 0.002 0.001 0.012 0.907 0.004 0.068 0.006 180 A 0.001 0.001 0.009 0.514 0.013 0.455 0.007 181 G 0.003 0.002 0.007 0.085 0.049 0.793 0.062 182 A 0.025 0.007 0.009 0.032 0.130 0.051 0.745 183 D 0.119 0.008 0.039 0.040 0.417 0.068 0.309 184 G 0.429 0.039 0.069 0.071 0.075 0.081 0.236 185 I 0.551 0.020 0.046 0.072 0.039 0.047 0.225 186 C 0.583 0.026 0.026 0.055 0.083 0.037 0.190 187 L 0.349 0.026 0.043 0.044 0.101 0.051 0.387 188 V 0.093 0.009 0.084 0.027 0.197 0.117 0.472 189 G 0.057 0.010 0.121 0.036 0.223 0.146 0.408 190 V 0.036 0.037 0.129 0.027 0.156 0.152 0.465 191 R 0.014 0.018 0.023 0.017 0.287 0.052 0.588 192 D 0.004 0.003 0.003 0.030 0.100 0.007 0.852 193 F 0.001 0.001 0.015 0.945 0.009 0.019 0.011 194 A 0.001 0.001 0.009 0.968 0.004 0.013 0.006 195 H 0.001 0.001 0.007 0.978 0.002 0.008 0.005 196 L 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.004 0.002 197 E 0.001 0.001 0.001 0.986 0.002 0.006 0.004 198 A 0.001 0.001 0.002 0.981 0.002 0.011 0.003 199 I 0.001 0.001 0.002 0.978 0.002 0.011 0.006 200 A 0.001 0.001 0.012 0.939 0.004 0.039 0.005 201 E 0.001 0.001 0.011 0.759 0.008 0.216 0.005 202 H 0.001 0.001 0.015 0.688 0.027 0.241 0.026 203 L 0.004 0.014 0.015 0.363 0.217 0.134 0.253 204 H 0.006 0.008 0.011 0.045 0.148 0.262 0.521 205 I 0.008 0.006 0.003 0.016 0.238 0.023 0.707 206 P 0.050 0.019 0.005 0.023 0.045 0.019 0.839 207 L 0.177 0.028 0.051 0.076 0.072 0.046 0.551 208 M 0.380 0.010 0.076 0.068 0.104 0.060 0.302 209 L 0.525 0.020 0.114 0.061 0.066 0.042 0.172 210 V 0.605 0.046 0.045 0.061 0.046 0.023 0.174 211 T 0.505 0.035 0.029 0.036 0.066 0.033 0.296 212 Y 0.280 0.012 0.037 0.030 0.162 0.111 0.369 213 G 0.143 0.017 0.037 0.025 0.243 0.161 0.375 214 N 0.095 0.055 0.049 0.024 0.248 0.102 0.428 215 P 0.073 0.021 0.029 0.014 0.318 0.058 0.487 216 Q 0.072 0.014 0.030 0.011 0.228 0.150 0.495 217 L 0.084 0.058 0.021 0.014 0.184 0.108 0.530 218 R 0.044 0.084 0.006 0.006 0.242 0.032 0.586 219 D 0.026 0.039 0.002 0.018 0.168 0.010 0.737 220 D 0.001 0.001 0.027 0.955 0.005 0.009 0.004 221 A 0.001 0.001 0.027 0.959 0.003 0.009 0.002 222 R 0.001 0.001 0.022 0.966 0.001 0.009 0.001 223 L 0.001 0.001 0.010 0.976 0.003 0.008 0.003 224 A 0.001 0.001 0.019 0.934 0.004 0.036 0.005 225 R 0.004 0.001 0.027 0.792 0.010 0.156 0.009 226 L 0.004 0.003 0.028 0.473 0.018 0.445 0.030 227 G 0.044 0.014 0.011 0.123 0.108 0.452 0.247 228 V 0.236 0.003 0.009 0.102 0.226 0.032 0.392 229 R 0.607 0.011 0.011 0.203 0.048 0.015 0.104 230 V 0.629 0.005 0.019 0.286 0.008 0.018 0.035 231 V 0.688 0.004 0.013 0.230 0.013 0.020 0.033 232 V 0.504 0.003 0.023 0.241 0.059 0.060 0.110 233 N 0.189 0.007 0.013 0.159 0.221 0.092 0.320 234 G 0.015 0.003 0.026 0.365 0.193 0.121 0.276 235 H 0.004 0.004 0.054 0.639 0.105 0.105 0.089 236 A 0.002 0.001 0.039 0.876 0.024 0.041 0.017 237 A 0.001 0.001 0.026 0.931 0.008 0.021 0.013 238 Y 0.001 0.001 0.007 0.966 0.009 0.010 0.007 239 F 0.004 0.001 0.005 0.954 0.016 0.012 0.009 240 A 0.003 0.001 0.009 0.948 0.011 0.019 0.011 241 A 0.001 0.001 0.014 0.918 0.007 0.048 0.011 242 I 0.001 0.001 0.013 0.838 0.015 0.119 0.013 243 K 0.001 0.001 0.009 0.719 0.032 0.206 0.032 244 A 0.001 0.002 0.005 0.696 0.056 0.099 0.141 245 T 0.001 0.001 0.005 0.894 0.026 0.022 0.053 246 Y 0.001 0.001 0.004 0.960 0.012 0.012 0.011 247 D 0.001 0.001 0.002 0.973 0.005 0.012 0.007 248 C 0.001 0.001 0.001 0.978 0.003 0.011 0.006 249 L 0.001 0.001 0.001 0.976 0.003 0.014 0.005 250 R 0.001 0.001 0.002 0.958 0.004 0.028 0.006 251 E 0.001 0.001 0.003 0.938 0.006 0.039 0.013 252 E 0.001 0.003 0.005 0.918 0.017 0.030 0.026 253 R 0.001 0.002 0.013 0.872 0.020 0.065 0.029 254 G 0.001 0.001 0.011 0.736 0.026 0.201 0.025 255 A 0.001 0.001 0.006 0.393 0.070 0.476 0.053 256 V 0.002 0.003 0.010 0.192 0.204 0.366 0.223 257 A 0.011 0.023 0.026 0.166 0.134 0.080 0.560 258 S 0.017 0.018 0.106 0.564 0.067 0.066 0.162 259 D 0.012 0.003 0.098 0.683 0.036 0.085 0.083 260 L 0.010 0.007 0.095 0.700 0.026 0.112 0.051 261 T 0.014 0.006 0.067 0.693 0.059 0.061 0.100 262 A 0.006 0.002 0.101 0.784 0.019 0.043 0.045 263 S 0.004 0.001 0.161 0.684 0.020 0.109 0.022 264 E 0.003 0.002 0.167 0.620 0.017 0.166 0.026 265 L 0.006 0.017 0.080 0.585 0.062 0.173 0.077 266 S 0.009 0.012 0.052 0.491 0.099 0.181 0.156 267 K 0.009 0.005 0.015 0.581 0.090 0.097 0.203 268 K 0.001 0.001 0.009 0.923 0.015 0.026 0.025 269 Y 0.001 0.001 0.008 0.959 0.007 0.015 0.010 270 T 0.001 0.001 0.008 0.960 0.006 0.016 0.008 271 F 0.002 0.001 0.004 0.971 0.007 0.010 0.006 272 P 0.005 0.001 0.007 0.952 0.006 0.020 0.009 273 E 0.005 0.001 0.012 0.898 0.008 0.067 0.010 274 E 0.013 0.006 0.019 0.793 0.025 0.107 0.037 275 Y 0.020 0.013 0.017 0.587 0.103 0.152 0.109 276 Q 0.012 0.006 0.005 0.469 0.126 0.165 0.217 277 A 0.001 0.001 0.010 0.801 0.056 0.035 0.095 278 W 0.001 0.001 0.019 0.919 0.016 0.029 0.016 279 A 0.002 0.001 0.022 0.901 0.014 0.040 0.021 280 R 0.002 0.003 0.021 0.902 0.015 0.025 0.031 281 D 0.009 0.002 0.021 0.820 0.024 0.058 0.067 282 Y 0.012 0.005 0.030 0.687 0.026 0.181 0.058 283 M 0.017 0.004 0.041 0.496 0.089 0.198 0.155 284 E 0.035 0.011 0.067 0.387 0.109 0.180 0.211 285 V 0.037 0.012 0.048 0.231 0.206 0.146 0.319 286 K 0.019 0.018 0.038 0.186 0.007 0.222 0.509 287 E 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.996