# TARGET T0284 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0284.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 437 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.614 0.212 0.102 0.052 0.016 0.003 0.001 2 H 0.502 0.262 0.127 0.074 0.028 0.007 0.001 3 R 0.371 0.227 0.161 0.133 0.079 0.026 0.003 4 A 0.542 0.226 0.107 0.069 0.038 0.016 0.002 5 S 0.352 0.237 0.170 0.148 0.069 0.022 0.003 6 H 0.274 0.217 0.178 0.177 0.109 0.040 0.005 7 H 0.438 0.309 0.161 0.066 0.021 0.005 0.001 8 E 0.404 0.362 0.150 0.059 0.020 0.006 0.001 9 L 0.077 0.174 0.215 0.271 0.192 0.066 0.004 10 R 0.017 0.069 0.183 0.339 0.302 0.086 0.004 11 A 0.255 0.494 0.200 0.044 0.006 0.001 0.001 12 M 0.100 0.280 0.350 0.204 0.057 0.008 0.001 13 F 0.009 0.011 0.024 0.133 0.463 0.347 0.014 14 R 0.015 0.091 0.280 0.416 0.174 0.023 0.001 15 A 0.189 0.546 0.194 0.054 0.014 0.004 0.001 16 L 0.015 0.095 0.261 0.384 0.198 0.046 0.002 17 L 0.007 0.024 0.079 0.306 0.445 0.134 0.003 18 D 0.274 0.418 0.213 0.076 0.017 0.002 0.001 19 S 0.616 0.289 0.072 0.020 0.003 0.001 0.001 20 S 0.399 0.421 0.141 0.034 0.005 0.001 0.001 21 R 0.108 0.404 0.306 0.142 0.035 0.004 0.001 22 C 0.003 0.016 0.064 0.285 0.433 0.187 0.011 23 Y 0.001 0.004 0.013 0.053 0.219 0.521 0.188 24 H 0.001 0.002 0.005 0.023 0.092 0.398 0.479 25 T 0.001 0.001 0.002 0.007 0.030 0.208 0.753 26 A 0.001 0.001 0.003 0.011 0.041 0.200 0.742 27 S 0.001 0.003 0.009 0.026 0.080 0.261 0.620 28 V 0.001 0.005 0.011 0.032 0.106 0.309 0.538 29 F 0.001 0.004 0.011 0.037 0.108 0.331 0.508 30 D 0.001 0.003 0.008 0.027 0.100 0.328 0.533 31 P 0.002 0.007 0.014 0.042 0.109 0.330 0.495 32 M 0.002 0.010 0.025 0.081 0.165 0.322 0.393 33 S 0.004 0.011 0.020 0.054 0.116 0.317 0.478 34 A 0.001 0.005 0.009 0.033 0.100 0.355 0.496 35 R 0.005 0.023 0.046 0.134 0.251 0.348 0.193 36 I 0.001 0.005 0.026 0.125 0.323 0.423 0.097 37 A 0.001 0.005 0.014 0.062 0.252 0.488 0.179 38 A 0.005 0.051 0.147 0.320 0.279 0.169 0.029 39 D 0.033 0.203 0.227 0.256 0.200 0.075 0.006 40 L 0.009 0.069 0.164 0.324 0.310 0.116 0.010 41 G 0.084 0.349 0.270 0.169 0.090 0.036 0.002 42 F 0.002 0.009 0.049 0.168 0.372 0.366 0.034 43 E 0.001 0.017 0.077 0.295 0.402 0.192 0.015 44 C 0.001 0.001 0.003 0.014 0.090 0.495 0.398 45 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.159 0.827 46 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.127 0.856 47 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.113 0.868 48 G 0.001 0.001 0.004 0.011 0.037 0.206 0.740 49 G 0.001 0.004 0.012 0.033 0.074 0.253 0.623 50 S 0.002 0.006 0.014 0.041 0.117 0.287 0.532 51 V 0.004 0.009 0.021 0.050 0.130 0.318 0.469 52 A 0.008 0.014 0.025 0.060 0.125 0.304 0.465 53 S 0.015 0.021 0.032 0.066 0.144 0.341 0.380 54 L 0.026 0.043 0.061 0.123 0.196 0.296 0.256 55 Q 0.073 0.104 0.132 0.167 0.191 0.203 0.129 56 V 0.091 0.134 0.135 0.180 0.196 0.173 0.090 57 L 0.086 0.112 0.136 0.179 0.189 0.186 0.112 58 A 0.130 0.139 0.134 0.165 0.169 0.177 0.088 59 A 0.078 0.091 0.123 0.174 0.202 0.209 0.122 60 P 0.072 0.074 0.084 0.144 0.211 0.243 0.172 61 D 0.109 0.145 0.152 0.164 0.163 0.166 0.101 62 F 0.081 0.072 0.098 0.155 0.193 0.249 0.152 63 A 0.122 0.169 0.153 0.180 0.159 0.146 0.071 64 L 0.108 0.133 0.172 0.199 0.183 0.155 0.050 65 I 0.048 0.071 0.101 0.180 0.283 0.251 0.065 66 T 0.133 0.283 0.242 0.201 0.094 0.037 0.008 67 L 0.041 0.119 0.194 0.272 0.234 0.119 0.021 68 S 0.267 0.373 0.206 0.101 0.039 0.012 0.002 69 E 0.054 0.173 0.264 0.284 0.160 0.053 0.012 70 F 0.011 0.022 0.048 0.131 0.331 0.411 0.045 71 V 0.010 0.077 0.190 0.323 0.280 0.112 0.009 72 E 0.048 0.285 0.328 0.227 0.084 0.025 0.002 73 Q 0.004 0.017 0.062 0.209 0.399 0.281 0.028 74 A 0.002 0.004 0.008 0.039 0.207 0.592 0.149 75 T 0.009 0.097 0.267 0.372 0.199 0.052 0.005 76 R 0.018 0.100 0.244 0.333 0.226 0.074 0.006 77 I 0.003 0.006 0.011 0.047 0.206 0.554 0.172 78 G 0.006 0.026 0.079 0.235 0.354 0.256 0.043 79 R 0.058 0.237 0.295 0.237 0.115 0.049 0.009 80 V 0.028 0.063 0.095 0.204 0.326 0.233 0.051 81 A 0.015 0.051 0.113 0.242 0.313 0.224 0.043 82 R 0.094 0.305 0.286 0.183 0.094 0.035 0.004 83 L 0.020 0.081 0.139 0.281 0.286 0.159 0.035 84 P 0.007 0.029 0.072 0.183 0.292 0.317 0.099 85 V 0.003 0.005 0.013 0.045 0.140 0.427 0.368 86 I 0.002 0.002 0.005 0.017 0.059 0.264 0.652 87 A 0.002 0.003 0.006 0.016 0.049 0.204 0.721 88 D 0.004 0.011 0.024 0.044 0.085 0.249 0.582 89 A 0.003 0.008 0.019 0.051 0.118 0.300 0.502 90 D 0.016 0.050 0.071 0.112 0.182 0.281 0.288 91 H 0.026 0.047 0.075 0.127 0.209 0.288 0.229 92 G 0.039 0.059 0.078 0.142 0.195 0.291 0.197 93 Y 0.035 0.080 0.114 0.194 0.240 0.222 0.116 94 G 0.048 0.073 0.105 0.188 0.248 0.223 0.115 95 N 0.032 0.089 0.130 0.186 0.213 0.222 0.129 96 A 0.008 0.034 0.072 0.161 0.268 0.299 0.158 97 L 0.012 0.087 0.168 0.291 0.271 0.140 0.031 98 N 0.001 0.013 0.058 0.193 0.324 0.321 0.090 99 V 0.001 0.001 0.001 0.005 0.051 0.487 0.455 100 M 0.001 0.005 0.034 0.180 0.362 0.353 0.065 101 R 0.001 0.018 0.130 0.403 0.321 0.121 0.007 102 T 0.001 0.001 0.001 0.008 0.119 0.657 0.215 103 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.053 0.557 0.386 104 V 0.001 0.015 0.130 0.402 0.329 0.115 0.010 105 E 0.001 0.004 0.048 0.289 0.473 0.178 0.008 106 L 0.001 0.001 0.001 0.005 0.092 0.636 0.266 107 E 0.001 0.013 0.072 0.253 0.326 0.273 0.062 108 R 0.013 0.197 0.301 0.288 0.137 0.056 0.009 109 A 0.001 0.013 0.046 0.193 0.411 0.279 0.057 110 G 0.001 0.005 0.012 0.047 0.203 0.509 0.224 111 I 0.001 0.001 0.004 0.017 0.083 0.413 0.481 112 A 0.001 0.001 0.003 0.018 0.052 0.246 0.680 113 A 0.001 0.001 0.001 0.005 0.021 0.146 0.826 114 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.112 0.873 115 T 0.001 0.001 0.003 0.013 0.054 0.237 0.692 116 I 0.001 0.001 0.004 0.015 0.046 0.177 0.757 117 E 0.001 0.003 0.009 0.025 0.078 0.330 0.555 118 D 0.007 0.013 0.025 0.075 0.199 0.411 0.271 119 T 0.007 0.023 0.054 0.128 0.242 0.336 0.208 120 L 0.024 0.053 0.087 0.137 0.220 0.335 0.145 121 L 0.042 0.084 0.136 0.243 0.263 0.183 0.049 122 P 0.139 0.205 0.221 0.212 0.134 0.067 0.022 123 A 0.180 0.201 0.240 0.184 0.121 0.057 0.017 124 Q 0.215 0.248 0.180 0.150 0.122 0.067 0.018 125 F 0.144 0.163 0.186 0.208 0.157 0.107 0.035 126 G 0.239 0.235 0.164 0.152 0.110 0.073 0.027 127 R 0.139 0.152 0.165 0.198 0.192 0.121 0.034 128 K 0.239 0.172 0.156 0.177 0.153 0.081 0.022 129 S 0.441 0.228 0.116 0.093 0.059 0.043 0.020 130 T 0.430 0.237 0.150 0.106 0.050 0.022 0.005 131 D 0.160 0.185 0.187 0.209 0.156 0.087 0.015 132 L 0.085 0.086 0.091 0.148 0.228 0.290 0.072 133 I 0.052 0.078 0.132 0.218 0.288 0.194 0.037 134 C 0.116 0.266 0.278 0.221 0.085 0.030 0.004 135 V 0.031 0.110 0.180 0.286 0.248 0.125 0.020 136 E 0.215 0.253 0.182 0.150 0.118 0.066 0.016 137 E 0.041 0.172 0.254 0.264 0.167 0.074 0.028 138 G 0.007 0.016 0.037 0.110 0.302 0.445 0.084 139 V 0.008 0.052 0.129 0.247 0.300 0.227 0.037 140 G 0.042 0.250 0.343 0.224 0.088 0.042 0.011 141 K 0.002 0.011 0.040 0.156 0.367 0.362 0.062 142 I 0.001 0.002 0.006 0.030 0.171 0.579 0.211 143 R 0.012 0.104 0.278 0.361 0.167 0.067 0.011 144 A 0.031 0.199 0.281 0.276 0.158 0.049 0.005 145 A 0.004 0.011 0.038 0.156 0.351 0.366 0.076 146 L 0.007 0.030 0.071 0.244 0.408 0.214 0.026 147 E 0.070 0.358 0.324 0.177 0.058 0.011 0.002 148 A 0.143 0.285 0.256 0.202 0.082 0.027 0.005 149 R 0.103 0.224 0.212 0.224 0.173 0.060 0.005 150 V 0.234 0.322 0.243 0.141 0.049 0.009 0.001 151 D 0.389 0.382 0.154 0.059 0.014 0.002 0.001 152 P 0.086 0.264 0.301 0.238 0.093 0.017 0.001 153 A 0.028 0.145 0.265 0.342 0.180 0.038 0.002 154 L 0.003 0.008 0.024 0.102 0.323 0.431 0.111 155 T 0.002 0.003 0.006 0.025 0.107 0.391 0.466 156 I 0.001 0.001 0.002 0.007 0.024 0.211 0.755 157 I 0.001 0.002 0.004 0.015 0.044 0.209 0.725 158 A 0.001 0.002 0.006 0.015 0.040 0.223 0.714 159 R 0.001 0.003 0.006 0.029 0.095 0.310 0.557 160 T 0.004 0.014 0.030 0.069 0.177 0.346 0.360 161 N 0.013 0.037 0.075 0.149 0.224 0.336 0.165 162 A 0.026 0.046 0.062 0.126 0.245 0.355 0.139 163 E 0.053 0.092 0.121 0.200 0.231 0.235 0.068 164 L 0.082 0.119 0.159 0.200 0.213 0.186 0.041 165 I 0.189 0.216 0.194 0.180 0.135 0.071 0.014 166 D 0.218 0.252 0.219 0.181 0.092 0.033 0.005 167 V 0.100 0.128 0.180 0.241 0.227 0.112 0.012 168 D 0.367 0.307 0.183 0.094 0.036 0.011 0.002 169 A 0.304 0.343 0.193 0.108 0.039 0.011 0.002 170 V 0.083 0.117 0.159 0.245 0.265 0.120 0.011 171 I 0.053 0.122 0.200 0.288 0.222 0.102 0.013 172 Q 0.224 0.358 0.232 0.124 0.045 0.014 0.002 173 R 0.082 0.142 0.212 0.250 0.211 0.093 0.009 174 T 0.022 0.037 0.062 0.179 0.368 0.303 0.029 175 L 0.044 0.184 0.266 0.294 0.159 0.046 0.006 176 A 0.052 0.136 0.194 0.265 0.228 0.111 0.015 177 Y 0.029 0.053 0.069 0.148 0.278 0.330 0.093 178 Q 0.036 0.074 0.130 0.258 0.269 0.184 0.049 179 E 0.138 0.196 0.209 0.200 0.154 0.082 0.021 180 A 0.080 0.105 0.120 0.190 0.238 0.204 0.063 181 G 0.044 0.075 0.094 0.152 0.193 0.283 0.159 182 A 0.028 0.042 0.066 0.125 0.208 0.318 0.212 183 D 0.034 0.071 0.107 0.186 0.238 0.229 0.135 184 G 0.024 0.029 0.044 0.085 0.153 0.318 0.348 185 I 0.020 0.024 0.040 0.088 0.147 0.311 0.370 186 C 0.025 0.033 0.051 0.101 0.181 0.316 0.292 187 L 0.033 0.036 0.050 0.095 0.183 0.320 0.283 188 V 0.057 0.095 0.129 0.171 0.194 0.222 0.133 189 G 0.053 0.096 0.125 0.211 0.225 0.223 0.067 190 V 0.038 0.074 0.111 0.190 0.280 0.252 0.057 191 R 0.089 0.198 0.224 0.230 0.154 0.083 0.022 192 D 0.158 0.343 0.254 0.149 0.066 0.025 0.005 193 F 0.185 0.291 0.283 0.156 0.062 0.019 0.003 194 A 0.383 0.418 0.142 0.040 0.012 0.005 0.001 195 H 0.015 0.071 0.172 0.283 0.323 0.121 0.015 196 L 0.005 0.025 0.092 0.264 0.402 0.201 0.012 197 E 0.094 0.465 0.311 0.102 0.023 0.005 0.001 198 A 0.078 0.292 0.355 0.208 0.056 0.009 0.001 199 I 0.009 0.017 0.037 0.162 0.453 0.308 0.014 200 A 0.025 0.071 0.241 0.387 0.213 0.057 0.005 201 E 0.333 0.466 0.150 0.040 0.009 0.002 0.001 202 H 0.102 0.250 0.282 0.224 0.111 0.028 0.003 203 L 0.024 0.057 0.139 0.309 0.326 0.132 0.012 204 H 0.170 0.349 0.241 0.136 0.074 0.028 0.003 205 I 0.037 0.091 0.150 0.297 0.281 0.128 0.015 206 P 0.023 0.072 0.133 0.245 0.279 0.221 0.027 207 L 0.004 0.009 0.022 0.072 0.225 0.466 0.202 208 M 0.004 0.008 0.020 0.068 0.177 0.388 0.335 209 L 0.003 0.006 0.016 0.043 0.106 0.360 0.465 210 V 0.002 0.004 0.009 0.029 0.084 0.338 0.534 211 T 0.006 0.014 0.028 0.067 0.158 0.378 0.349 212 Y 0.018 0.044 0.079 0.141 0.237 0.320 0.161 213 G 0.029 0.067 0.112 0.194 0.253 0.257 0.090 214 N 0.095 0.190 0.192 0.206 0.171 0.117 0.029 215 P 0.059 0.104 0.157 0.243 0.249 0.150 0.037 216 Q 0.129 0.220 0.214 0.190 0.135 0.092 0.020 217 L 0.120 0.212 0.223 0.207 0.139 0.082 0.017 218 R 0.059 0.116 0.160 0.232 0.262 0.150 0.022 219 D 0.073 0.228 0.245 0.234 0.150 0.062 0.008 220 D 0.032 0.109 0.224 0.312 0.237 0.078 0.009 221 A 0.366 0.449 0.134 0.039 0.009 0.002 0.001 222 R 0.045 0.186 0.333 0.297 0.114 0.023 0.002 223 L 0.007 0.016 0.040 0.146 0.400 0.358 0.032 224 A 0.037 0.190 0.286 0.298 0.141 0.042 0.004 225 R 0.166 0.371 0.251 0.129 0.054 0.023 0.004 226 L 0.021 0.054 0.109 0.220 0.320 0.232 0.044 227 G 0.020 0.034 0.068 0.160 0.273 0.344 0.102 228 V 0.064 0.112 0.157 0.209 0.215 0.176 0.067 229 R 0.085 0.162 0.186 0.203 0.193 0.133 0.038 230 V 0.018 0.030 0.048 0.116 0.223 0.333 0.232 231 V 0.019 0.033 0.053 0.102 0.186 0.330 0.278 232 V 0.032 0.042 0.059 0.114 0.183 0.289 0.282 233 N 0.033 0.041 0.052 0.093 0.158 0.265 0.358 234 G 0.034 0.037 0.046 0.087 0.156 0.279 0.361 235 H 0.049 0.069 0.087 0.139 0.187 0.247 0.223 236 A 0.035 0.057 0.070 0.141 0.197 0.257 0.243 237 A 0.010 0.018 0.024 0.061 0.133 0.311 0.442 238 Y 0.005 0.010 0.018 0.051 0.149 0.370 0.397 239 F 0.007 0.027 0.054 0.136 0.243 0.316 0.217 240 A 0.003 0.010 0.025 0.081 0.173 0.373 0.335 241 A 0.001 0.002 0.003 0.013 0.045 0.309 0.627 242 I 0.001 0.003 0.012 0.061 0.197 0.467 0.259 243 K 0.001 0.011 0.050 0.171 0.328 0.365 0.073 244 A 0.001 0.004 0.015 0.071 0.263 0.476 0.170 245 T 0.001 0.001 0.003 0.012 0.078 0.534 0.372 246 Y 0.002 0.030 0.130 0.333 0.349 0.147 0.009 247 D 0.007 0.100 0.283 0.374 0.188 0.044 0.003 248 C 0.002 0.008 0.027 0.111 0.334 0.457 0.061 249 L 0.002 0.008 0.032 0.167 0.452 0.322 0.017 250 R 0.051 0.405 0.337 0.160 0.040 0.007 0.001 251 E 0.163 0.348 0.284 0.160 0.039 0.006 0.001 252 E 0.033 0.095 0.152 0.281 0.330 0.106 0.004 253 R 0.155 0.251 0.303 0.217 0.066 0.009 0.001 254 G 0.695 0.240 0.048 0.014 0.003 0.001 0.001 255 A 0.409 0.337 0.174 0.064 0.014 0.002 0.001 256 V 0.516 0.257 0.127 0.067 0.026 0.006 0.001 257 A 0.315 0.306 0.192 0.118 0.054 0.013 0.001 258 S 0.128 0.172 0.225 0.272 0.159 0.040 0.003 259 D 0.422 0.332 0.152 0.066 0.022 0.005 0.001 260 L 0.308 0.374 0.199 0.087 0.025 0.006 0.001 261 T 0.071 0.099 0.156 0.272 0.285 0.108 0.009 262 A 0.134 0.178 0.209 0.254 0.165 0.055 0.005 263 S 0.351 0.360 0.171 0.079 0.028 0.009 0.001 264 E 0.175 0.249 0.251 0.205 0.089 0.028 0.002 265 L 0.047 0.053 0.083 0.185 0.319 0.281 0.031 266 S 0.094 0.144 0.196 0.240 0.208 0.104 0.015 267 K 0.261 0.338 0.203 0.123 0.054 0.018 0.002 268 K 0.108 0.159 0.222 0.253 0.176 0.073 0.010 269 Y 0.351 0.285 0.170 0.112 0.053 0.025 0.005 270 T 0.173 0.235 0.219 0.190 0.126 0.051 0.008 271 F 0.066 0.074 0.118 0.221 0.299 0.197 0.023 272 P 0.096 0.140 0.183 0.246 0.205 0.115 0.015 273 E 0.202 0.262 0.203 0.164 0.101 0.060 0.009 274 E 0.076 0.089 0.126 0.209 0.258 0.211 0.032 275 Y 0.108 0.107 0.127 0.205 0.244 0.179 0.030 276 Q 0.179 0.233 0.216 0.193 0.115 0.056 0.009 277 A 0.141 0.151 0.181 0.228 0.193 0.095 0.011 278 W 0.380 0.293 0.161 0.100 0.049 0.015 0.002 279 A 0.248 0.287 0.256 0.143 0.049 0.015 0.002 280 R 0.121 0.081 0.128 0.247 0.278 0.137 0.008 281 D 0.275 0.279 0.219 0.148 0.065 0.014 0.001 282 Y 0.511 0.294 0.123 0.050 0.017 0.004 0.001 283 M 0.258 0.204 0.228 0.198 0.089 0.022 0.001 284 E 0.440 0.228 0.146 0.114 0.057 0.014 0.001 285 V 0.487 0.248 0.153 0.082 0.026 0.005 0.001 286 K 0.724 0.169 0.067 0.029 0.009 0.002 0.001 287 E 0.761 0.140 0.051 0.028 0.014 0.005 0.001