# TARGET T0284 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0284.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 694.638 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.007 0.002 0.003 0.078 0.061 0.849 2 H 0.018 0.007 0.008 0.152 0.097 0.718 3 R 0.014 0.004 0.022 0.253 0.160 0.547 4 A 0.020 0.007 0.065 0.380 0.226 0.302 5 S 0.029 0.007 0.052 0.386 0.205 0.321 6 H 0.013 0.002 0.042 0.632 0.115 0.196 7 H 0.006 0.004 0.039 0.781 0.069 0.102 8 E 0.007 0.004 0.045 0.777 0.084 0.084 9 L 0.001 0.001 0.017 0.908 0.030 0.043 10 R 0.001 0.001 0.004 0.954 0.016 0.025 11 A 0.001 0.001 0.003 0.985 0.006 0.005 12 M 0.001 0.001 0.003 0.985 0.008 0.004 13 F 0.001 0.001 0.002 0.988 0.006 0.003 14 R 0.001 0.001 0.002 0.994 0.003 0.001 15 A 0.001 0.001 0.002 0.992 0.003 0.002 16 L 0.001 0.001 0.003 0.985 0.005 0.007 17 L 0.001 0.001 0.003 0.984 0.006 0.006 18 D 0.001 0.001 0.005 0.963 0.021 0.009 19 S 0.001 0.001 0.014 0.695 0.146 0.143 20 S 0.002 0.001 0.007 0.025 0.278 0.688 21 R 0.030 0.004 0.002 0.001 0.264 0.700 22 C 0.206 0.004 0.002 0.001 0.130 0.657 23 Y 0.781 0.019 0.001 0.001 0.032 0.167 24 H 0.897 0.012 0.001 0.001 0.017 0.074 25 T 0.845 0.006 0.001 0.001 0.029 0.119 26 A 0.735 0.013 0.004 0.002 0.062 0.184 27 S 0.355 0.025 0.008 0.005 0.245 0.362 28 V 0.201 0.021 0.018 0.013 0.349 0.399 29 F 0.085 0.097 0.013 0.033 0.279 0.493 30 D 0.032 0.025 0.006 0.097 0.317 0.522 31 P 0.001 0.001 0.009 0.938 0.036 0.016 32 M 0.001 0.001 0.007 0.976 0.014 0.003 33 S 0.001 0.001 0.009 0.981 0.007 0.001 34 A 0.001 0.001 0.007 0.985 0.005 0.001 35 R 0.002 0.001 0.009 0.978 0.009 0.002 36 I 0.002 0.001 0.010 0.976 0.009 0.002 37 A 0.002 0.001 0.011 0.970 0.014 0.003 38 A 0.001 0.001 0.019 0.965 0.010 0.004 39 D 0.001 0.001 0.018 0.959 0.015 0.006 40 L 0.001 0.001 0.022 0.884 0.027 0.067 41 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.975 42 F 0.096 0.006 0.001 0.002 0.105 0.790 43 E 0.406 0.001 0.001 0.001 0.109 0.482 44 C 0.990 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 45 G 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 46 I 0.993 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 47 L 0.898 0.002 0.001 0.016 0.016 0.067 48 G 0.137 0.002 0.002 0.009 0.076 0.775 49 G 0.031 0.005 0.021 0.202 0.224 0.517 50 S 0.018 0.005 0.048 0.691 0.138 0.100 51 V 0.008 0.001 0.029 0.902 0.047 0.013 52 A 0.020 0.002 0.040 0.867 0.056 0.015 53 S 0.028 0.004 0.035 0.851 0.059 0.024 54 L 0.046 0.003 0.051 0.811 0.068 0.022 55 Q 0.034 0.003 0.041 0.840 0.056 0.027 56 V 0.028 0.005 0.042 0.810 0.086 0.029 57 L 0.019 0.007 0.030 0.738 0.112 0.094 58 A 0.014 0.008 0.026 0.274 0.229 0.449 59 A 0.015 0.023 0.020 0.042 0.505 0.395 60 P 0.022 0.006 0.063 0.043 0.570 0.296 61 D 0.033 0.011 0.098 0.050 0.611 0.198 62 F 0.135 0.027 0.099 0.037 0.528 0.174 63 A 0.290 0.015 0.057 0.027 0.280 0.332 64 L 0.537 0.029 0.026 0.014 0.141 0.253 65 I 0.446 0.045 0.006 0.008 0.124 0.371 66 T 0.169 0.018 0.002 0.006 0.060 0.745 67 L 0.001 0.001 0.072 0.909 0.010 0.008 68 S 0.001 0.001 0.065 0.921 0.010 0.004 69 E 0.001 0.001 0.038 0.955 0.005 0.001 70 F 0.001 0.001 0.006 0.991 0.002 0.001 71 V 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 72 E 0.001 0.001 0.006 0.987 0.005 0.002 73 Q 0.001 0.001 0.007 0.971 0.013 0.007 74 A 0.005 0.001 0.012 0.951 0.025 0.006 75 T 0.007 0.001 0.017 0.926 0.042 0.008 76 R 0.016 0.001 0.015 0.911 0.038 0.019 77 I 0.034 0.003 0.012 0.845 0.047 0.059 78 G 0.042 0.005 0.019 0.816 0.054 0.064 79 R 0.054 0.005 0.028 0.702 0.088 0.123 80 V 0.091 0.010 0.076 0.353 0.209 0.261 81 A 0.073 0.007 0.046 0.179 0.298 0.397 82 R 0.072 0.012 0.024 0.026 0.317 0.550 83 L 0.139 0.007 0.005 0.004 0.270 0.576 84 P 0.228 0.003 0.004 0.002 0.166 0.596 85 V 0.842 0.008 0.002 0.001 0.037 0.110 86 I 0.960 0.007 0.001 0.001 0.009 0.022 87 A 0.949 0.009 0.001 0.002 0.007 0.032 88 D 0.729 0.019 0.003 0.005 0.084 0.160 89 A 0.164 0.012 0.022 0.007 0.391 0.405 90 D 0.040 0.009 0.071 0.009 0.658 0.213 91 H 0.010 0.010 0.160 0.014 0.687 0.120 92 G 0.009 0.010 0.059 0.014 0.721 0.187 93 Y 0.022 0.038 0.025 0.039 0.512 0.364 94 G 0.013 0.045 0.006 0.051 0.335 0.549 95 N 0.009 0.012 0.003 0.190 0.174 0.613 96 A 0.001 0.001 0.004 0.981 0.009 0.006 97 L 0.001 0.001 0.003 0.990 0.005 0.002 98 N 0.001 0.001 0.006 0.986 0.005 0.002 99 V 0.001 0.001 0.003 0.991 0.003 0.002 100 M 0.001 0.001 0.002 0.992 0.003 0.002 101 R 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 102 T 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.002 103 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 104 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 105 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 106 L 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.001 107 E 0.001 0.001 0.007 0.988 0.004 0.002 108 R 0.001 0.001 0.016 0.969 0.010 0.004 109 A 0.003 0.001 0.029 0.862 0.041 0.065 110 G 0.006 0.001 0.005 0.007 0.079 0.903 111 I 0.171 0.009 0.008 0.003 0.166 0.643 112 A 0.530 0.003 0.007 0.003 0.130 0.327 113 A 0.950 0.003 0.001 0.001 0.011 0.033 114 L 0.978 0.001 0.001 0.002 0.004 0.015 115 T 0.972 0.001 0.001 0.002 0.003 0.021 116 I 0.900 0.004 0.001 0.005 0.044 0.046 117 E 0.628 0.008 0.003 0.009 0.194 0.158 118 D 0.202 0.010 0.008 0.023 0.571 0.185 119 T 0.180 0.044 0.016 0.031 0.585 0.144 120 L 0.161 0.037 0.026 0.053 0.329 0.395 121 L 0.069 0.021 0.040 0.060 0.529 0.281 122 P 0.022 0.003 0.175 0.123 0.464 0.212 123 A 0.050 0.008 0.334 0.133 0.356 0.119 124 Q 0.062 0.015 0.318 0.184 0.334 0.087 125 F 0.065 0.021 0.135 0.185 0.373 0.220 126 G 0.091 0.032 0.058 0.103 0.384 0.331 127 R 0.098 0.028 0.058 0.092 0.419 0.305 128 K 0.079 0.015 0.060 0.102 0.448 0.295 129 S 0.078 0.015 0.056 0.078 0.460 0.312 130 T 0.126 0.010 0.054 0.060 0.409 0.340 131 D 0.290 0.013 0.054 0.063 0.233 0.347 132 L 0.571 0.033 0.035 0.070 0.107 0.183 133 I 0.609 0.032 0.019 0.074 0.075 0.191 134 C 0.509 0.025 0.018 0.080 0.150 0.217 135 V 0.136 0.005 0.099 0.336 0.243 0.181 136 E 0.087 0.005 0.133 0.342 0.272 0.161 137 E 0.073 0.011 0.146 0.377 0.260 0.133 138 G 0.055 0.011 0.072 0.349 0.204 0.309 139 V 0.061 0.004 0.044 0.488 0.183 0.220 140 G 0.085 0.005 0.040 0.639 0.102 0.129 141 K 0.148 0.004 0.029 0.708 0.051 0.061 142 I 0.159 0.003 0.030 0.746 0.032 0.030 143 R 0.128 0.002 0.020 0.802 0.023 0.025 144 A 0.125 0.002 0.021 0.810 0.021 0.023 145 A 0.090 0.003 0.018 0.828 0.028 0.034 146 L 0.083 0.002 0.031 0.802 0.047 0.034 147 E 0.076 0.005 0.046 0.747 0.076 0.050 148 A 0.116 0.006 0.042 0.631 0.123 0.082 149 R 0.106 0.016 0.033 0.476 0.177 0.192 150 V 0.066 0.022 0.013 0.136 0.250 0.514 151 D 0.038 0.006 0.009 0.010 0.704 0.232 152 P 0.017 0.003 0.036 0.012 0.846 0.086 153 A 0.029 0.001 0.034 0.010 0.849 0.077 154 L 0.504 0.009 0.017 0.014 0.395 0.062 155 T 0.921 0.003 0.001 0.012 0.019 0.044 156 I 0.974 0.001 0.001 0.011 0.004 0.009 157 I 0.959 0.001 0.001 0.021 0.005 0.013 158 A 0.917 0.002 0.001 0.025 0.012 0.044 159 R 0.656 0.006 0.004 0.051 0.066 0.217 160 T 0.350 0.015 0.019 0.080 0.180 0.355 161 N 0.069 0.007 0.128 0.162 0.385 0.250 162 A 0.012 0.001 0.654 0.142 0.165 0.026 163 E 0.011 0.002 0.695 0.136 0.132 0.024 164 L 0.021 0.008 0.474 0.167 0.242 0.087 165 I 0.026 0.013 0.045 0.129 0.379 0.409 166 D 0.009 0.009 0.003 0.034 0.123 0.822 167 V 0.001 0.001 0.012 0.942 0.026 0.020 168 D 0.001 0.001 0.008 0.974 0.012 0.005 169 A 0.001 0.001 0.008 0.981 0.009 0.002 170 V 0.001 0.001 0.004 0.991 0.003 0.002 171 I 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.002 172 Q 0.001 0.001 0.004 0.991 0.003 0.002 173 R 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.002 174 T 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.001 175 L 0.001 0.001 0.004 0.989 0.005 0.001 176 A 0.001 0.001 0.004 0.988 0.005 0.002 177 Y 0.001 0.001 0.008 0.980 0.008 0.003 178 Q 0.001 0.001 0.031 0.958 0.008 0.003 179 E 0.001 0.001 0.039 0.948 0.010 0.003 180 A 0.001 0.001 0.058 0.887 0.018 0.036 181 G 0.002 0.001 0.002 0.002 0.038 0.956 182 A 0.067 0.005 0.003 0.001 0.143 0.781 183 D 0.448 0.001 0.001 0.001 0.130 0.419 184 G 0.982 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 185 I 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 186 C 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 187 L 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 188 V 0.875 0.002 0.001 0.001 0.023 0.099 189 G 0.471 0.004 0.004 0.002 0.122 0.397 190 V 0.142 0.020 0.010 0.004 0.209 0.615 191 R 0.056 0.030 0.006 0.011 0.229 0.668 192 D 0.016 0.011 0.004 0.044 0.179 0.746 193 F 0.001 0.001 0.022 0.955 0.015 0.007 194 A 0.001 0.001 0.022 0.968 0.008 0.001 195 H 0.001 0.001 0.017 0.977 0.005 0.001 196 L 0.001 0.001 0.004 0.988 0.005 0.003 197 E 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.002 198 A 0.001 0.001 0.004 0.985 0.008 0.002 199 I 0.001 0.001 0.005 0.981 0.010 0.004 200 A 0.001 0.001 0.025 0.955 0.016 0.002 201 E 0.001 0.001 0.043 0.926 0.022 0.008 202 H 0.003 0.001 0.045 0.814 0.043 0.094 203 L 0.007 0.007 0.026 0.498 0.098 0.364 204 H 0.019 0.006 0.003 0.019 0.115 0.838 205 I 0.108 0.004 0.004 0.010 0.153 0.721 206 P 0.238 0.006 0.006 0.006 0.168 0.576 207 L 0.775 0.013 0.006 0.005 0.048 0.154 208 M 0.889 0.006 0.005 0.004 0.027 0.068 209 L 0.928 0.005 0.009 0.006 0.017 0.036 210 V 0.867 0.006 0.010 0.011 0.031 0.075 211 T 0.679 0.008 0.012 0.008 0.130 0.163 212 Y 0.378 0.020 0.013 0.025 0.233 0.331 213 G 0.107 0.029 0.017 0.024 0.339 0.485 214 N 0.049 0.020 0.015 0.017 0.395 0.505 215 P 0.043 0.034 0.057 0.035 0.431 0.399 216 Q 0.027 0.030 0.089 0.066 0.469 0.319 217 L 0.018 0.015 0.080 0.114 0.461 0.313 218 R 0.011 0.011 0.035 0.232 0.344 0.368 219 D 0.007 0.010 0.011 0.726 0.092 0.155 220 D 0.002 0.001 0.004 0.952 0.020 0.022 221 A 0.002 0.001 0.005 0.974 0.014 0.005 222 R 0.002 0.001 0.005 0.981 0.008 0.003 223 L 0.002 0.001 0.009 0.980 0.007 0.002 224 A 0.002 0.001 0.023 0.964 0.007 0.004 225 R 0.001 0.001 0.024 0.961 0.007 0.006 226 L 0.001 0.001 0.015 0.958 0.005 0.021 227 G 0.002 0.001 0.001 0.007 0.022 0.968 228 V 0.100 0.005 0.002 0.017 0.063 0.813 229 R 0.588 0.006 0.004 0.028 0.062 0.312 230 V 0.849 0.005 0.007 0.031 0.036 0.073 231 V 0.881 0.003 0.005 0.039 0.024 0.047 232 V 0.707 0.007 0.011 0.110 0.050 0.115 233 N 0.324 0.006 0.008 0.141 0.147 0.373 234 G 0.086 0.003 0.013 0.284 0.167 0.446 235 H 0.024 0.005 0.016 0.670 0.099 0.185 236 A 0.005 0.002 0.014 0.939 0.025 0.015 237 A 0.006 0.001 0.014 0.950 0.020 0.009 238 Y 0.005 0.001 0.009 0.967 0.013 0.006 239 F 0.002 0.001 0.008 0.977 0.009 0.004 240 A 0.001 0.001 0.009 0.978 0.008 0.003 241 A 0.001 0.001 0.005 0.988 0.005 0.003 242 I 0.001 0.001 0.003 0.991 0.004 0.002 243 K 0.001 0.001 0.003 0.991 0.004 0.002 244 A 0.001 0.001 0.004 0.985 0.008 0.003 245 T 0.001 0.001 0.003 0.989 0.005 0.003 246 Y 0.001 0.001 0.003 0.991 0.005 0.001 247 D 0.001 0.001 0.003 0.990 0.005 0.002 248 C 0.001 0.001 0.002 0.992 0.003 0.003 249 L 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.002 250 R 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.001 251 E 0.001 0.001 0.005 0.983 0.008 0.004 252 E 0.001 0.001 0.009 0.967 0.012 0.011 253 R 0.001 0.001 0.030 0.924 0.030 0.014 254 G 0.001 0.001 0.071 0.821 0.073 0.032 255 A 0.006 0.002 0.100 0.579 0.190 0.123 256 V 0.020 0.009 0.083 0.405 0.268 0.215 257 A 0.034 0.013 0.100 0.314 0.374 0.166 258 S 0.039 0.006 0.085 0.232 0.376 0.262 259 D 0.030 0.009 0.030 0.093 0.298 0.539 260 L 0.044 0.028 0.005 0.042 0.201 0.680 261 T 0.026 0.019 0.001 0.034 0.071 0.849 262 A 0.001 0.001 0.021 0.946 0.014 0.017 263 S 0.001 0.001 0.030 0.953 0.012 0.004 264 E 0.001 0.001 0.047 0.927 0.022 0.003 265 L 0.004 0.002 0.017 0.941 0.025 0.010 266 S 0.004 0.002 0.014 0.946 0.022 0.012 267 K 0.005 0.001 0.018 0.893 0.042 0.041 268 K 0.005 0.002 0.013 0.771 0.068 0.140 269 Y 0.011 0.012 0.010 0.516 0.111 0.341 270 T 0.008 0.007 0.003 0.105 0.129 0.748 271 F 0.007 0.003 0.003 0.189 0.101 0.697 272 P 0.008 0.002 0.006 0.666 0.074 0.244 273 E 0.003 0.001 0.005 0.954 0.020 0.017 274 E 0.008 0.001 0.009 0.951 0.018 0.013 275 Y 0.013 0.001 0.012 0.938 0.019 0.017 276 Q 0.016 0.001 0.012 0.920 0.022 0.028 277 A 0.009 0.001 0.009 0.938 0.022 0.021 278 W 0.010 0.001 0.009 0.916 0.030 0.035 279 A 0.009 0.001 0.012 0.892 0.034 0.052 280 R 0.012 0.001 0.022 0.878 0.040 0.047 281 D 0.014 0.002 0.019 0.850 0.048 0.066 282 Y 0.013 0.002 0.019 0.817 0.048 0.101 283 M 0.021 0.002 0.036 0.771 0.066 0.103 284 E 0.027 0.003 0.045 0.672 0.094 0.159 285 V 0.040 0.005 0.044 0.528 0.112 0.272 286 K 0.025 0.008 0.013 0.407 0.068 0.480 287 E 0.003 0.001 0.001 0.016 0.020 0.961