# TARGET T0284 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0284.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 682.55 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 2 H 0.015 0.015 0.010 0.041 0.005 0.030 0.884 3 R 0.018 0.011 0.037 0.114 0.139 0.121 0.561 4 A 0.010 0.006 0.035 0.114 0.098 0.085 0.650 5 S 0.008 0.006 0.033 0.195 0.097 0.082 0.579 6 H 0.004 0.002 0.025 0.433 0.078 0.087 0.372 7 H 0.002 0.001 0.022 0.710 0.075 0.050 0.140 8 E 0.003 0.006 0.017 0.822 0.032 0.026 0.095 9 L 0.003 0.003 0.010 0.912 0.012 0.018 0.044 10 R 0.001 0.001 0.004 0.979 0.002 0.005 0.009 11 A 0.001 0.001 0.004 0.985 0.002 0.006 0.003 12 M 0.001 0.001 0.004 0.981 0.001 0.010 0.003 13 F 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.008 0.002 14 R 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.006 0.001 15 A 0.001 0.001 0.004 0.975 0.001 0.018 0.002 16 L 0.001 0.001 0.007 0.958 0.002 0.027 0.005 17 L 0.001 0.003 0.014 0.884 0.013 0.058 0.027 18 D 0.001 0.001 0.018 0.626 0.025 0.300 0.029 19 S 0.001 0.001 0.015 0.130 0.070 0.744 0.041 20 S 0.005 0.001 0.014 0.009 0.189 0.619 0.164 21 R 0.039 0.003 0.008 0.002 0.307 0.050 0.591 22 C 0.390 0.019 0.005 0.002 0.106 0.014 0.464 23 Y 0.860 0.010 0.002 0.001 0.008 0.002 0.118 24 H 0.934 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.055 25 T 0.920 0.003 0.002 0.002 0.012 0.002 0.059 26 A 0.709 0.005 0.005 0.004 0.053 0.010 0.213 27 S 0.518 0.011 0.013 0.004 0.101 0.033 0.319 28 V 0.171 0.018 0.026 0.010 0.141 0.131 0.503 29 F 0.064 0.040 0.015 0.021 0.418 0.108 0.335 30 D 0.011 0.008 0.001 0.009 0.502 0.004 0.464 31 P 0.001 0.001 0.010 0.929 0.005 0.049 0.005 32 M 0.001 0.001 0.011 0.960 0.001 0.026 0.001 33 S 0.001 0.001 0.013 0.978 0.001 0.004 0.004 34 A 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.002 0.002 35 R 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 36 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 37 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 38 A 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.005 0.001 39 D 0.001 0.001 0.004 0.960 0.002 0.033 0.001 40 L 0.001 0.001 0.003 0.461 0.005 0.528 0.003 41 G 0.002 0.001 0.002 0.010 0.033 0.912 0.041 42 F 0.077 0.002 0.001 0.001 0.067 0.008 0.844 43 E 0.334 0.001 0.002 0.001 0.402 0.007 0.253 44 C 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 45 G 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 46 I 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 47 L 0.882 0.001 0.002 0.003 0.009 0.003 0.100 48 G 0.183 0.002 0.007 0.003 0.123 0.027 0.654 49 G 0.045 0.003 0.019 0.019 0.553 0.072 0.289 50 S 0.050 0.024 0.058 0.126 0.272 0.146 0.324 51 V 0.045 0.009 0.111 0.527 0.051 0.166 0.091 52 A 0.030 0.006 0.052 0.742 0.035 0.084 0.052 53 S 0.047 0.003 0.046 0.750 0.032 0.068 0.053 54 L 0.058 0.004 0.055 0.759 0.024 0.055 0.046 55 Q 0.088 0.005 0.052 0.701 0.024 0.073 0.057 56 V 0.097 0.007 0.058 0.630 0.033 0.128 0.047 57 L 0.095 0.011 0.033 0.380 0.056 0.319 0.104 58 A 0.072 0.022 0.018 0.117 0.178 0.307 0.285 59 A 0.042 0.015 0.008 0.016 0.178 0.032 0.709 60 P 0.025 0.012 0.062 0.034 0.152 0.469 0.246 61 D 0.022 0.011 0.067 0.025 0.154 0.530 0.191 62 F 0.057 0.022 0.127 0.035 0.279 0.141 0.338 63 A 0.144 0.033 0.073 0.034 0.196 0.138 0.381 64 L 0.192 0.053 0.045 0.018 0.156 0.133 0.404 65 I 0.165 0.086 0.004 0.007 0.154 0.011 0.573 66 T 0.057 0.051 0.001 0.005 0.030 0.003 0.851 67 L 0.001 0.001 0.037 0.946 0.001 0.012 0.004 68 S 0.001 0.001 0.015 0.979 0.001 0.005 0.001 69 E 0.001 0.001 0.013 0.983 0.001 0.003 0.001 70 F 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 71 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 72 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.004 0.001 73 Q 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 74 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 75 T 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.008 0.001 76 R 0.001 0.001 0.002 0.969 0.001 0.026 0.002 77 I 0.001 0.001 0.009 0.918 0.004 0.057 0.010 78 G 0.002 0.001 0.022 0.828 0.019 0.116 0.011 79 R 0.005 0.002 0.050 0.597 0.027 0.277 0.043 80 V 0.013 0.006 0.194 0.260 0.096 0.227 0.204 81 A 0.033 0.007 0.115 0.069 0.180 0.321 0.277 82 R 0.038 0.006 0.053 0.007 0.395 0.305 0.197 83 L 0.097 0.004 0.002 0.001 0.522 0.008 0.367 84 P 0.255 0.003 0.002 0.001 0.091 0.010 0.639 85 V 0.939 0.006 0.001 0.001 0.008 0.003 0.044 86 I 0.977 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 87 A 0.953 0.009 0.001 0.001 0.003 0.001 0.035 88 D 0.531 0.012 0.001 0.001 0.005 0.002 0.451 89 A 0.059 0.003 0.018 0.002 0.138 0.561 0.218 90 D 0.017 0.007 0.033 0.004 0.139 0.714 0.087 91 H 0.022 0.019 0.082 0.010 0.312 0.388 0.167 92 G 0.034 0.028 0.029 0.011 0.243 0.235 0.421 93 Y 0.059 0.094 0.023 0.020 0.242 0.196 0.366 94 G 0.041 0.049 0.008 0.029 0.373 0.085 0.414 95 N 0.029 0.030 0.004 0.053 0.186 0.021 0.677 96 A 0.001 0.001 0.009 0.967 0.003 0.014 0.006 97 L 0.001 0.001 0.003 0.989 0.001 0.005 0.001 98 N 0.001 0.001 0.007 0.984 0.001 0.004 0.003 99 V 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.003 0.001 100 M 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 101 R 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 102 T 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 103 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 104 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 105 E 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 106 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 107 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 108 R 0.001 0.001 0.002 0.902 0.001 0.094 0.001 109 A 0.001 0.001 0.002 0.262 0.003 0.731 0.002 110 G 0.001 0.001 0.003 0.011 0.023 0.926 0.035 111 I 0.032 0.005 0.008 0.002 0.064 0.017 0.872 112 A 0.263 0.004 0.016 0.003 0.459 0.012 0.244 113 A 0.923 0.002 0.006 0.002 0.023 0.004 0.041 114 L 0.968 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.025 115 T 0.984 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.009 116 I 0.913 0.001 0.001 0.008 0.003 0.004 0.070 117 E 0.635 0.005 0.004 0.009 0.052 0.065 0.231 118 D 0.275 0.004 0.014 0.009 0.215 0.215 0.268 119 T 0.120 0.014 0.016 0.004 0.324 0.151 0.371 120 L 0.139 0.043 0.020 0.009 0.320 0.127 0.344 121 L 0.085 0.029 0.015 0.013 0.230 0.038 0.590 122 P 0.072 0.013 0.083 0.039 0.078 0.084 0.631 123 A 0.053 0.008 0.337 0.136 0.104 0.159 0.202 124 Q 0.067 0.014 0.375 0.132 0.079 0.187 0.145 125 F 0.104 0.034 0.184 0.148 0.096 0.211 0.222 126 G 0.110 0.030 0.055 0.069 0.176 0.221 0.338 127 R 0.095 0.012 0.047 0.040 0.222 0.215 0.369 128 K 0.104 0.018 0.045 0.022 0.190 0.346 0.276 129 S 0.150 0.016 0.049 0.018 0.191 0.190 0.386 130 T 0.254 0.010 0.026 0.017 0.239 0.044 0.409 131 D 0.586 0.014 0.019 0.021 0.082 0.028 0.249 132 L 0.817 0.017 0.005 0.019 0.023 0.012 0.107 133 I 0.816 0.040 0.003 0.020 0.019 0.006 0.096 134 C 0.626 0.013 0.003 0.014 0.023 0.008 0.314 135 V 0.171 0.005 0.105 0.192 0.068 0.308 0.150 136 E 0.062 0.005 0.197 0.265 0.095 0.274 0.102 137 E 0.053 0.008 0.240 0.267 0.093 0.189 0.149 138 G 0.048 0.011 0.108 0.414 0.065 0.173 0.180 139 V 0.060 0.008 0.065 0.610 0.045 0.077 0.134 140 G 0.052 0.003 0.039 0.728 0.048 0.079 0.052 141 K 0.060 0.003 0.012 0.861 0.014 0.030 0.020 142 I 0.079 0.004 0.004 0.875 0.005 0.010 0.022 143 R 0.050 0.001 0.003 0.914 0.006 0.013 0.014 144 A 0.036 0.001 0.004 0.915 0.007 0.015 0.022 145 A 0.022 0.002 0.006 0.914 0.008 0.011 0.036 146 L 0.017 0.001 0.021 0.914 0.008 0.016 0.023 147 E 0.019 0.002 0.037 0.878 0.010 0.037 0.017 148 A 0.009 0.001 0.041 0.818 0.015 0.089 0.028 149 R 0.012 0.004 0.023 0.563 0.040 0.318 0.039 150 V 0.018 0.010 0.012 0.217 0.179 0.381 0.184 151 D 0.012 0.002 0.003 0.002 0.103 0.019 0.860 152 P 0.012 0.001 0.046 0.009 0.236 0.560 0.136 153 A 0.035 0.001 0.023 0.006 0.248 0.623 0.065 154 L 0.712 0.005 0.009 0.006 0.028 0.012 0.228 155 T 0.945 0.003 0.001 0.004 0.002 0.001 0.045 156 I 0.994 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 157 I 0.979 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.016 158 A 0.888 0.001 0.001 0.004 0.015 0.002 0.089 159 R 0.364 0.007 0.002 0.011 0.207 0.018 0.392 160 T 0.111 0.036 0.002 0.021 0.292 0.018 0.519 161 N 0.025 0.005 0.053 0.380 0.107 0.050 0.379 162 A 0.004 0.002 0.276 0.554 0.036 0.100 0.029 163 E 0.003 0.001 0.339 0.464 0.019 0.151 0.023 164 L 0.004 0.008 0.250 0.399 0.035 0.277 0.028 165 I 0.004 0.009 0.023 0.337 0.153 0.381 0.092 166 D 0.005 0.011 0.010 0.154 0.125 0.213 0.482 167 V 0.001 0.001 0.009 0.912 0.012 0.016 0.049 168 D 0.001 0.001 0.004 0.979 0.003 0.003 0.010 169 A 0.001 0.001 0.003 0.991 0.001 0.002 0.003 170 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 171 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 172 Q 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 173 R 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.009 0.001 174 T 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.011 0.001 175 L 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.011 0.002 176 A 0.001 0.001 0.001 0.980 0.001 0.014 0.003 177 Y 0.001 0.001 0.005 0.974 0.003 0.014 0.003 178 Q 0.001 0.001 0.012 0.963 0.003 0.018 0.003 179 E 0.001 0.001 0.030 0.849 0.010 0.102 0.007 180 A 0.001 0.001 0.018 0.373 0.014 0.587 0.007 181 G 0.003 0.003 0.009 0.009 0.037 0.878 0.060 182 A 0.022 0.002 0.002 0.001 0.075 0.008 0.891 183 D 0.075 0.001 0.001 0.001 0.759 0.012 0.152 184 G 0.973 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.018 185 I 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 186 C 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 187 L 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 188 V 0.776 0.001 0.001 0.001 0.050 0.006 0.165 189 G 0.378 0.005 0.003 0.001 0.304 0.023 0.287 190 V 0.091 0.025 0.005 0.002 0.171 0.020 0.687 191 R 0.039 0.026 0.003 0.003 0.344 0.029 0.556 192 D 0.007 0.021 0.001 0.008 0.191 0.008 0.763 193 F 0.001 0.001 0.013 0.977 0.001 0.007 0.002 194 A 0.001 0.001 0.011 0.985 0.001 0.004 0.001 195 H 0.001 0.001 0.010 0.987 0.001 0.002 0.001 196 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 197 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 198 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.007 0.001 199 I 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.009 0.001 200 A 0.001 0.001 0.010 0.975 0.001 0.012 0.001 201 E 0.001 0.001 0.016 0.880 0.001 0.103 0.001 202 H 0.001 0.001 0.044 0.607 0.006 0.336 0.006 203 L 0.005 0.006 0.014 0.222 0.365 0.131 0.257 204 H 0.015 0.006 0.014 0.050 0.197 0.178 0.540 205 I 0.147 0.007 0.012 0.061 0.515 0.055 0.203 206 P 0.443 0.009 0.011 0.080 0.083 0.030 0.344 207 L 0.852 0.006 0.009 0.042 0.022 0.011 0.058 208 M 0.908 0.004 0.005 0.031 0.010 0.005 0.038 209 L 0.876 0.005 0.010 0.043 0.011 0.008 0.048 210 V 0.735 0.004 0.016 0.081 0.026 0.037 0.101 211 T 0.502 0.016 0.026 0.050 0.060 0.109 0.237 212 Y 0.297 0.039 0.044 0.036 0.112 0.207 0.265 213 G 0.087 0.018 0.034 0.014 0.255 0.300 0.293 214 N 0.037 0.017 0.036 0.008 0.233 0.082 0.588 215 P 0.022 0.021 0.163 0.017 0.142 0.124 0.511 216 Q 0.016 0.007 0.221 0.020 0.138 0.371 0.227 217 L 0.017 0.013 0.147 0.042 0.166 0.332 0.282 218 R 0.020 0.015 0.017 0.060 0.308 0.062 0.518 219 D 0.026 0.012 0.006 0.142 0.167 0.043 0.604 220 D 0.003 0.001 0.005 0.921 0.019 0.032 0.019 221 A 0.001 0.001 0.001 0.971 0.007 0.009 0.011 222 R 0.001 0.001 0.001 0.983 0.003 0.002 0.010 223 L 0.005 0.001 0.002 0.983 0.003 0.002 0.004 224 A 0.008 0.001 0.006 0.968 0.003 0.010 0.004 225 R 0.012 0.001 0.008 0.922 0.009 0.045 0.003 226 L 0.006 0.001 0.004 0.342 0.011 0.631 0.005 227 G 0.008 0.001 0.001 0.008 0.023 0.930 0.029 228 V 0.160 0.008 0.002 0.004 0.035 0.008 0.784 229 R 0.752 0.013 0.005 0.009 0.046 0.004 0.171 230 V 0.890 0.003 0.009 0.011 0.023 0.005 0.059 231 V 0.907 0.004 0.005 0.011 0.012 0.004 0.058 232 V 0.837 0.014 0.007 0.020 0.023 0.009 0.090 233 N 0.356 0.011 0.011 0.032 0.090 0.070 0.429 234 G 0.055 0.004 0.013 0.030 0.242 0.159 0.496 235 H 0.025 0.008 0.028 0.210 0.283 0.179 0.267 236 A 0.012 0.008 0.021 0.684 0.093 0.073 0.110 237 A 0.007 0.003 0.019 0.856 0.020 0.040 0.055 238 Y 0.004 0.001 0.008 0.951 0.006 0.014 0.016 239 F 0.002 0.001 0.004 0.979 0.004 0.006 0.005 240 A 0.001 0.001 0.002 0.987 0.002 0.006 0.002 241 A 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.008 0.002 242 I 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.003 0.002 243 K 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 244 A 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.007 0.001 245 T 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.008 0.001 246 Y 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.001 247 D 0.001 0.001 0.001 0.983 0.001 0.013 0.001 248 C 0.001 0.001 0.001 0.975 0.001 0.020 0.003 249 L 0.001 0.001 0.001 0.980 0.002 0.012 0.005 250 R 0.001 0.001 0.002 0.984 0.001 0.011 0.002 251 E 0.001 0.001 0.004 0.973 0.002 0.016 0.004 252 E 0.001 0.001 0.006 0.960 0.002 0.027 0.006 253 R 0.001 0.001 0.006 0.901 0.005 0.084 0.005 254 G 0.001 0.001 0.010 0.770 0.012 0.191 0.015 255 A 0.002 0.001 0.021 0.766 0.036 0.086 0.088 256 V 0.004 0.005 0.020 0.803 0.038 0.044 0.087 257 A 0.001 0.001 0.054 0.837 0.009 0.084 0.014 258 S 0.001 0.001 0.080 0.700 0.015 0.189 0.015 259 D 0.004 0.002 0.086 0.687 0.024 0.164 0.033 260 L 0.017 0.008 0.034 0.660 0.079 0.097 0.105 261 T 0.031 0.007 0.037 0.561 0.042 0.124 0.198 262 A 0.039 0.005 0.025 0.756 0.030 0.064 0.081 263 S 0.074 0.006 0.024 0.718 0.031 0.057 0.091 264 E 0.166 0.007 0.028 0.571 0.041 0.055 0.132 265 L 0.188 0.007 0.037 0.540 0.042 0.060 0.125 266 S 0.163 0.010 0.050 0.414 0.102 0.097 0.165 267 K 0.142 0.009 0.041 0.383 0.096 0.140 0.189 268 K 0.120 0.012 0.028 0.207 0.163 0.112 0.358 269 Y 0.060 0.013 0.014 0.097 0.190 0.111 0.515 270 T 0.037 0.012 0.011 0.053 0.189 0.124 0.574 271 F 0.028 0.008 0.016 0.133 0.169 0.032 0.612 272 P 0.026 0.006 0.061 0.445 0.047 0.090 0.325 273 E 0.036 0.007 0.072 0.547 0.069 0.097 0.172 274 E 0.048 0.010 0.052 0.694 0.033 0.046 0.116 275 Y 0.057 0.006 0.017 0.800 0.025 0.029 0.065 276 Q 0.042 0.002 0.009 0.849 0.019 0.034 0.044 277 A 0.055 0.004 0.011 0.805 0.024 0.024 0.077 278 W 0.046 0.004 0.014 0.813 0.018 0.027 0.079 279 A 0.018 0.002 0.019 0.866 0.012 0.052 0.031 280 R 0.015 0.002 0.031 0.802 0.018 0.102 0.032 281 D 0.020 0.003 0.041 0.747 0.018 0.088 0.083 282 Y 0.019 0.003 0.042 0.794 0.016 0.078 0.048 283 M 0.025 0.002 0.054 0.739 0.024 0.100 0.056 284 E 0.025 0.003 0.065 0.681 0.040 0.117 0.070 285 V 0.026 0.011 0.033 0.554 0.072 0.150 0.153 286 K 0.020 0.015 0.014 0.221 0.022 0.150 0.557 287 E 0.002 0.001 0.001 0.008 0.004 0.003 0.982