# TARGET T0284 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0284.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 682.55 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.595 0.196 0.100 0.068 0.031 0.009 0.001 2 H 0.694 0.190 0.072 0.031 0.011 0.002 0.001 3 R 0.730 0.183 0.058 0.022 0.006 0.001 0.001 4 A 0.484 0.247 0.148 0.084 0.030 0.007 0.001 5 S 0.387 0.202 0.176 0.146 0.071 0.016 0.001 6 H 0.501 0.292 0.137 0.054 0.014 0.002 0.001 7 H 0.632 0.242 0.083 0.033 0.009 0.002 0.001 8 E 0.477 0.278 0.137 0.071 0.029 0.008 0.001 9 L 0.181 0.242 0.235 0.212 0.106 0.022 0.001 10 R 0.095 0.179 0.255 0.289 0.147 0.034 0.002 11 A 0.443 0.385 0.127 0.036 0.008 0.001 0.001 12 M 0.068 0.225 0.360 0.268 0.069 0.010 0.001 13 F 0.022 0.017 0.041 0.206 0.467 0.241 0.007 14 R 0.032 0.144 0.335 0.337 0.135 0.017 0.001 15 A 0.207 0.514 0.207 0.057 0.012 0.002 0.001 16 L 0.017 0.093 0.240 0.363 0.229 0.056 0.002 17 L 0.048 0.153 0.278 0.321 0.166 0.032 0.001 18 D 0.715 0.217 0.048 0.016 0.004 0.001 0.001 19 S 0.801 0.148 0.038 0.010 0.002 0.001 0.001 20 S 0.574 0.310 0.089 0.023 0.004 0.001 0.001 21 R 0.105 0.327 0.298 0.197 0.063 0.011 0.001 22 C 0.009 0.037 0.133 0.321 0.373 0.120 0.008 23 Y 0.003 0.010 0.026 0.088 0.288 0.460 0.125 24 H 0.001 0.004 0.016 0.079 0.235 0.407 0.257 25 T 0.001 0.002 0.004 0.010 0.037 0.238 0.709 26 A 0.001 0.001 0.003 0.009 0.041 0.210 0.735 27 S 0.001 0.002 0.006 0.022 0.066 0.246 0.657 28 V 0.001 0.001 0.003 0.010 0.041 0.223 0.722 29 F 0.001 0.002 0.005 0.020 0.077 0.310 0.585 30 D 0.002 0.009 0.023 0.058 0.124 0.319 0.465 31 P 0.004 0.014 0.036 0.093 0.179 0.338 0.336 32 M 0.008 0.022 0.047 0.099 0.184 0.364 0.275 33 S 0.007 0.011 0.018 0.039 0.102 0.342 0.481 34 A 0.008 0.015 0.030 0.098 0.215 0.408 0.227 35 R 0.024 0.126 0.199 0.260 0.207 0.133 0.051 36 I 0.013 0.038 0.075 0.175 0.263 0.331 0.106 37 A 0.007 0.019 0.039 0.115 0.283 0.402 0.135 38 A 0.083 0.252 0.272 0.214 0.111 0.053 0.015 39 D 0.150 0.369 0.257 0.148 0.055 0.017 0.004 40 L 0.013 0.062 0.149 0.284 0.329 0.146 0.018 41 G 0.043 0.254 0.328 0.233 0.096 0.037 0.010 42 F 0.001 0.006 0.020 0.103 0.363 0.429 0.077 43 E 0.002 0.015 0.069 0.216 0.379 0.238 0.081 44 C 0.001 0.001 0.003 0.014 0.064 0.411 0.506 45 G 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 0.168 0.806 46 I 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 0.111 0.867 47 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.092 0.892 48 G 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.130 0.850 49 G 0.001 0.001 0.003 0.013 0.058 0.242 0.683 50 S 0.001 0.002 0.005 0.022 0.067 0.240 0.663 51 V 0.003 0.006 0.009 0.021 0.056 0.229 0.677 52 A 0.004 0.008 0.014 0.029 0.057 0.208 0.680 53 S 0.007 0.009 0.017 0.045 0.090 0.251 0.580 54 L 0.016 0.021 0.021 0.040 0.084 0.259 0.559 55 Q 0.027 0.035 0.044 0.090 0.155 0.271 0.378 56 V 0.018 0.039 0.064 0.110 0.176 0.304 0.288 57 L 0.036 0.054 0.070 0.123 0.196 0.285 0.238 58 A 0.052 0.073 0.094 0.134 0.188 0.282 0.177 59 A 0.077 0.100 0.125 0.191 0.211 0.195 0.101 60 P 0.119 0.126 0.143 0.177 0.166 0.161 0.109 61 D 0.161 0.142 0.127 0.147 0.153 0.168 0.101 62 F 0.096 0.086 0.100 0.141 0.186 0.215 0.176 63 A 0.086 0.099 0.113 0.143 0.159 0.215 0.185 64 L 0.096 0.113 0.119 0.144 0.161 0.214 0.152 65 I 0.074 0.070 0.084 0.138 0.211 0.265 0.157 66 T 0.076 0.118 0.141 0.162 0.166 0.207 0.130 67 L 0.045 0.063 0.091 0.168 0.231 0.268 0.134 68 S 0.094 0.211 0.222 0.199 0.145 0.091 0.037 69 E 0.029 0.097 0.174 0.251 0.242 0.159 0.049 70 F 0.004 0.009 0.018 0.056 0.179 0.475 0.258 71 V 0.005 0.027 0.082 0.215 0.311 0.297 0.064 72 E 0.008 0.077 0.235 0.345 0.239 0.086 0.011 73 Q 0.001 0.003 0.013 0.074 0.304 0.504 0.102 74 A 0.001 0.001 0.001 0.006 0.058 0.504 0.429 75 T 0.006 0.051 0.168 0.349 0.282 0.128 0.016 76 R 0.003 0.029 0.158 0.376 0.322 0.097 0.014 77 I 0.001 0.002 0.004 0.017 0.090 0.493 0.393 78 G 0.004 0.020 0.046 0.148 0.318 0.375 0.090 79 R 0.019 0.119 0.224 0.258 0.222 0.120 0.038 80 V 0.009 0.029 0.069 0.183 0.327 0.289 0.095 81 A 0.010 0.060 0.117 0.231 0.261 0.239 0.083 82 R 0.019 0.111 0.145 0.201 0.230 0.202 0.091 83 L 0.001 0.008 0.029 0.117 0.268 0.373 0.204 84 P 0.001 0.002 0.006 0.027 0.112 0.384 0.469 85 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.030 0.258 0.707 86 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.099 0.892 87 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.080 0.914 88 D 0.001 0.001 0.001 0.005 0.025 0.140 0.828 89 A 0.001 0.001 0.002 0.007 0.033 0.187 0.769 90 D 0.001 0.006 0.012 0.036 0.111 0.343 0.491 91 H 0.003 0.008 0.019 0.055 0.152 0.365 0.397 92 G 0.013 0.031 0.059 0.131 0.229 0.349 0.188 93 Y 0.026 0.064 0.114 0.185 0.247 0.252 0.114 94 G 0.048 0.103 0.153 0.201 0.226 0.178 0.092 95 N 0.049 0.171 0.219 0.222 0.174 0.115 0.050 96 A 0.013 0.035 0.062 0.148 0.271 0.311 0.161 97 L 0.007 0.045 0.137 0.251 0.316 0.215 0.029 98 N 0.002 0.023 0.108 0.255 0.371 0.201 0.039 99 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.032 0.358 0.605 100 M 0.001 0.002 0.011 0.091 0.320 0.481 0.095 101 R 0.001 0.015 0.148 0.356 0.323 0.137 0.021 102 T 0.001 0.001 0.003 0.022 0.178 0.651 0.146 103 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.416 0.562 104 V 0.001 0.027 0.172 0.423 0.270 0.098 0.008 105 E 0.001 0.030 0.223 0.439 0.258 0.046 0.003 106 L 0.001 0.001 0.004 0.033 0.193 0.575 0.193 107 E 0.002 0.028 0.105 0.326 0.387 0.141 0.011 108 R 0.034 0.217 0.255 0.216 0.171 0.093 0.014 109 A 0.004 0.052 0.187 0.326 0.289 0.122 0.020 110 G 0.003 0.029 0.085 0.190 0.236 0.293 0.163 111 I 0.002 0.005 0.009 0.032 0.166 0.504 0.283 112 A 0.001 0.005 0.027 0.121 0.249 0.360 0.237 113 A 0.002 0.004 0.006 0.012 0.035 0.232 0.708 114 L 0.001 0.001 0.001 0.005 0.026 0.177 0.790 115 T 0.001 0.003 0.012 0.058 0.157 0.290 0.479 116 I 0.001 0.003 0.006 0.021 0.090 0.388 0.492 117 E 0.002 0.010 0.020 0.069 0.180 0.443 0.276 118 D 0.006 0.041 0.104 0.184 0.263 0.293 0.107 119 T 0.029 0.113 0.189 0.280 0.239 0.123 0.028 120 L 0.057 0.107 0.162 0.221 0.229 0.175 0.049 121 L 0.100 0.147 0.195 0.235 0.195 0.110 0.018 122 P 0.284 0.293 0.206 0.130 0.060 0.023 0.005 123 A 0.257 0.218 0.191 0.163 0.109 0.050 0.010 124 Q 0.318 0.271 0.167 0.111 0.070 0.050 0.015 125 F 0.126 0.157 0.176 0.230 0.184 0.103 0.022 126 G 0.265 0.231 0.190 0.164 0.098 0.044 0.010 127 R 0.321 0.253 0.174 0.133 0.081 0.032 0.007 128 K 0.476 0.288 0.142 0.065 0.021 0.006 0.002 129 S 0.271 0.257 0.214 0.160 0.072 0.022 0.003 130 T 0.107 0.182 0.244 0.238 0.156 0.065 0.009 131 D 0.072 0.166 0.240 0.252 0.181 0.078 0.011 132 L 0.018 0.025 0.052 0.136 0.291 0.389 0.090 133 I 0.024 0.068 0.108 0.210 0.278 0.257 0.056 134 C 0.055 0.158 0.218 0.237 0.179 0.123 0.029 135 V 0.072 0.150 0.191 0.251 0.204 0.110 0.021 136 E 0.263 0.268 0.208 0.140 0.077 0.036 0.008 137 E 0.151 0.271 0.244 0.183 0.099 0.044 0.007 138 G 0.048 0.060 0.094 0.201 0.309 0.248 0.039 139 V 0.032 0.092 0.184 0.279 0.250 0.137 0.026 140 G 0.096 0.248 0.239 0.193 0.123 0.078 0.023 141 K 0.018 0.069 0.144 0.231 0.275 0.210 0.054 142 I 0.011 0.014 0.027 0.095 0.264 0.448 0.141 143 R 0.036 0.157 0.276 0.286 0.159 0.069 0.018 144 A 0.012 0.040 0.098 0.207 0.276 0.295 0.072 145 A 0.005 0.017 0.040 0.131 0.307 0.382 0.117 146 L 0.036 0.119 0.178 0.245 0.220 0.160 0.042 147 E 0.086 0.237 0.241 0.225 0.136 0.062 0.013 148 A 0.035 0.078 0.139 0.255 0.288 0.182 0.024 149 R 0.128 0.247 0.261 0.217 0.108 0.034 0.005 150 V 0.339 0.319 0.179 0.105 0.043 0.013 0.002 151 D 0.401 0.308 0.178 0.082 0.025 0.005 0.001 152 P 0.376 0.310 0.175 0.099 0.033 0.006 0.001 153 A 0.279 0.323 0.215 0.117 0.048 0.015 0.003 154 L 0.018 0.039 0.092 0.213 0.355 0.249 0.033 155 T 0.030 0.085 0.190 0.290 0.256 0.121 0.028 156 I 0.008 0.012 0.018 0.045 0.136 0.469 0.313 157 I 0.016 0.040 0.072 0.153 0.248 0.277 0.194 158 A 0.009 0.021 0.046 0.111 0.196 0.347 0.270 159 R 0.023 0.056 0.094 0.184 0.233 0.242 0.168 160 T 0.053 0.106 0.128 0.188 0.190 0.233 0.102 161 N 0.074 0.136 0.143 0.163 0.163 0.198 0.123 162 A 0.153 0.161 0.160 0.160 0.157 0.143 0.066 163 E 0.120 0.201 0.215 0.198 0.132 0.099 0.034 164 L 0.143 0.170 0.172 0.195 0.174 0.119 0.027 165 I 0.140 0.180 0.202 0.201 0.176 0.086 0.015 166 D 0.224 0.369 0.221 0.120 0.051 0.013 0.002 167 V 0.038 0.088 0.159 0.279 0.276 0.142 0.019 168 D 0.182 0.315 0.237 0.156 0.081 0.026 0.003 169 A 0.035 0.185 0.367 0.285 0.105 0.020 0.003 170 V 0.004 0.006 0.010 0.059 0.258 0.555 0.109 171 I 0.003 0.041 0.142 0.303 0.310 0.180 0.020 172 Q 0.013 0.133 0.271 0.300 0.183 0.087 0.013 173 R 0.002 0.011 0.037 0.100 0.277 0.436 0.138 174 T 0.001 0.002 0.008 0.058 0.265 0.540 0.128 175 L 0.010 0.123 0.315 0.332 0.156 0.054 0.010 176 A 0.012 0.047 0.133 0.293 0.323 0.175 0.018 177 Y 0.003 0.007 0.012 0.039 0.164 0.475 0.301 178 Q 0.016 0.080 0.167 0.283 0.256 0.160 0.039 179 E 0.052 0.179 0.195 0.225 0.204 0.111 0.035 180 A 0.008 0.044 0.095 0.210 0.310 0.241 0.091 181 G 0.004 0.024 0.077 0.190 0.234 0.279 0.193 182 A 0.002 0.004 0.007 0.022 0.121 0.450 0.394 183 D 0.001 0.004 0.021 0.115 0.290 0.299 0.270 184 G 0.001 0.001 0.003 0.007 0.022 0.178 0.789 185 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.116 0.869 186 C 0.001 0.001 0.002 0.009 0.043 0.198 0.747 187 L 0.001 0.001 0.002 0.009 0.050 0.279 0.659 188 V 0.001 0.003 0.009 0.039 0.155 0.492 0.302 189 G 0.001 0.005 0.023 0.106 0.303 0.470 0.093 190 V 0.003 0.041 0.137 0.282 0.318 0.197 0.023 191 R 0.036 0.160 0.231 0.268 0.199 0.092 0.014 192 D 0.115 0.261 0.219 0.175 0.132 0.083 0.015 193 F 0.038 0.129 0.270 0.334 0.174 0.051 0.003 194 A 0.292 0.464 0.170 0.050 0.018 0.005 0.001 195 H 0.009 0.084 0.237 0.329 0.245 0.088 0.007 196 L 0.002 0.004 0.012 0.109 0.427 0.413 0.033 197 E 0.020 0.262 0.452 0.222 0.039 0.004 0.001 198 A 0.025 0.254 0.427 0.240 0.049 0.005 0.001 199 I 0.001 0.003 0.011 0.075 0.354 0.523 0.033 200 A 0.001 0.012 0.095 0.378 0.430 0.082 0.002 201 E 0.128 0.586 0.225 0.051 0.009 0.002 0.001 202 H 0.021 0.127 0.318 0.381 0.130 0.023 0.001 203 L 0.005 0.013 0.041 0.150 0.361 0.380 0.051 204 H 0.093 0.308 0.273 0.192 0.094 0.033 0.007 205 I 0.041 0.086 0.136 0.232 0.280 0.186 0.039 206 P 0.038 0.093 0.151 0.216 0.215 0.205 0.081 207 L 0.057 0.094 0.130 0.189 0.216 0.221 0.094 208 M 0.079 0.087 0.108 0.148 0.193 0.228 0.157 209 L 0.054 0.056 0.073 0.136 0.213 0.281 0.186 210 V 0.041 0.045 0.054 0.094 0.171 0.313 0.283 211 T 0.087 0.102 0.113 0.158 0.187 0.216 0.138 212 Y 0.064 0.074 0.101 0.160 0.217 0.248 0.136 213 G 0.157 0.177 0.170 0.181 0.151 0.120 0.045 214 N 0.152 0.177 0.183 0.192 0.157 0.106 0.032 215 P 0.196 0.174 0.167 0.178 0.149 0.100 0.035 216 Q 0.180 0.206 0.183 0.171 0.130 0.099 0.032 217 L 0.081 0.100 0.136 0.202 0.231 0.191 0.060 218 R 0.068 0.125 0.175 0.231 0.220 0.141 0.039 219 D 0.186 0.283 0.218 0.150 0.092 0.053 0.018 220 D 0.092 0.185 0.241 0.265 0.153 0.055 0.009 221 A 0.278 0.374 0.202 0.089 0.037 0.015 0.004 222 R 0.023 0.107 0.256 0.313 0.204 0.085 0.013 223 L 0.006 0.008 0.016 0.076 0.261 0.498 0.135 224 A 0.017 0.104 0.211 0.297 0.221 0.122 0.028 225 R 0.032 0.183 0.235 0.228 0.160 0.128 0.034 226 L 0.009 0.024 0.061 0.161 0.297 0.329 0.119 227 G 0.013 0.049 0.128 0.211 0.250 0.244 0.105 228 V 0.010 0.017 0.029 0.068 0.169 0.432 0.275 229 R 0.020 0.047 0.101 0.219 0.267 0.236 0.109 230 V 0.021 0.032 0.048 0.078 0.149 0.353 0.318 231 V 0.014 0.018 0.024 0.058 0.142 0.346 0.398 232 V 0.015 0.021 0.034 0.064 0.139 0.332 0.395 233 N 0.037 0.071 0.094 0.155 0.205 0.238 0.199 234 G 0.051 0.092 0.122 0.187 0.218 0.211 0.120 235 H 0.056 0.095 0.116 0.159 0.212 0.223 0.139 236 A 0.048 0.086 0.126 0.170 0.179 0.215 0.177 237 A 0.026 0.030 0.045 0.084 0.151 0.313 0.350 238 Y 0.019 0.032 0.049 0.097 0.164 0.304 0.334 239 F 0.015 0.023 0.042 0.094 0.177 0.330 0.319 240 A 0.022 0.027 0.033 0.054 0.106 0.268 0.490 241 A 0.005 0.008 0.012 0.023 0.055 0.233 0.664 242 I 0.004 0.012 0.024 0.071 0.161 0.350 0.378 243 K 0.007 0.043 0.115 0.243 0.271 0.217 0.103 244 A 0.005 0.013 0.038 0.113 0.252 0.433 0.147 245 T 0.006 0.008 0.009 0.020 0.090 0.486 0.381 246 Y 0.007 0.030 0.104 0.276 0.335 0.219 0.029 247 D 0.026 0.126 0.257 0.311 0.196 0.072 0.012 248 C 0.011 0.027 0.059 0.162 0.311 0.364 0.066 249 L 0.010 0.027 0.064 0.195 0.374 0.297 0.033 250 R 0.165 0.379 0.280 0.124 0.041 0.009 0.001 251 E 0.196 0.294 0.255 0.182 0.062 0.010 0.001 252 E 0.095 0.131 0.158 0.230 0.231 0.145 0.011 253 R 0.244 0.283 0.238 0.160 0.062 0.013 0.001 254 G 0.466 0.352 0.132 0.040 0.009 0.001 0.001 255 A 0.107 0.123 0.173 0.299 0.217 0.076 0.005 256 V 0.104 0.131 0.163 0.239 0.213 0.139 0.013 257 A 0.422 0.327 0.158 0.066 0.021 0.005 0.001 258 S 0.325 0.326 0.213 0.098 0.030 0.007 0.001 259 D 0.080 0.116 0.173 0.270 0.249 0.105 0.007 260 L 0.162 0.180 0.233 0.226 0.142 0.051 0.005 261 T 0.594 0.252 0.094 0.042 0.014 0.004 0.001 262 A 0.332 0.259 0.196 0.138 0.058 0.015 0.001 263 S 0.340 0.243 0.173 0.141 0.072 0.028 0.002 264 E 0.387 0.273 0.165 0.106 0.051 0.016 0.002 265 L 0.353 0.218 0.183 0.143 0.077 0.024 0.002 266 S 0.347 0.261 0.183 0.131 0.062 0.016 0.001 267 K 0.530 0.271 0.122 0.055 0.018 0.004 0.001 268 K 0.288 0.289 0.216 0.137 0.056 0.014 0.001 269 Y 0.173 0.199 0.233 0.230 0.129 0.033 0.002 270 T 0.489 0.280 0.128 0.067 0.026 0.008 0.001 271 F 0.328 0.229 0.208 0.155 0.065 0.014 0.001 272 P 0.702 0.192 0.062 0.029 0.012 0.003 0.001 273 E 0.456 0.260 0.158 0.090 0.030 0.005 0.001 274 E 0.367 0.290 0.186 0.104 0.041 0.012 0.001 275 Y 0.174 0.179 0.232 0.257 0.131 0.026 0.001 276 Q 0.388 0.379 0.165 0.052 0.013 0.003 0.001 277 A 0.185 0.181 0.209 0.246 0.138 0.038 0.002 278 W 0.180 0.172 0.198 0.219 0.162 0.065 0.004 279 A 0.436 0.313 0.156 0.069 0.020 0.005 0.001 280 R 0.409 0.262 0.168 0.107 0.043 0.011 0.001 281 D 0.222 0.181 0.193 0.212 0.144 0.046 0.002 282 Y 0.262 0.253 0.228 0.163 0.072 0.020 0.001 283 M 0.359 0.269 0.193 0.124 0.047 0.009 0.001 284 E 0.481 0.288 0.143 0.063 0.021 0.004 0.001 285 V 0.543 0.220 0.120 0.080 0.030 0.007 0.001 286 K 0.776 0.143 0.048 0.023 0.008 0.002 0.001 287 E 0.864 0.102 0.024 0.008 0.002 0.001 0.001