# TARGET T0283 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t3c1-near-backbone-11-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0283.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.5344 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.116 0.067 0.058 0.110 0.111 0.127 0.156 0.103 0.075 0.049 0.028 2 S 0.291 0.166 0.134 0.160 0.102 0.066 0.041 0.021 0.012 0.005 0.002 3 F 0.029 0.054 0.062 0.098 0.089 0.105 0.164 0.131 0.127 0.087 0.054 4 I 0.018 0.023 0.039 0.059 0.084 0.122 0.218 0.143 0.131 0.098 0.066 5 E 0.095 0.079 0.267 0.249 0.126 0.077 0.059 0.021 0.015 0.009 0.004 6 K 0.037 0.065 0.170 0.205 0.143 0.139 0.143 0.051 0.026 0.014 0.005 7 M 0.012 0.017 0.032 0.038 0.037 0.063 0.203 0.169 0.179 0.151 0.097 8 I 0.103 0.067 0.111 0.150 0.143 0.134 0.152 0.067 0.038 0.024 0.011 9 G 0.243 0.143 0.372 0.135 0.058 0.028 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 10 S 0.115 0.109 0.096 0.123 0.112 0.121 0.167 0.080 0.046 0.021 0.011 11 L 0.151 0.077 0.040 0.068 0.076 0.100 0.185 0.125 0.090 0.053 0.036 12 N 0.367 0.198 0.215 0.142 0.049 0.018 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 13 D 0.171 0.207 0.212 0.149 0.102 0.077 0.049 0.021 0.009 0.003 0.001 14 K 0.087 0.054 0.048 0.092 0.106 0.142 0.211 0.120 0.080 0.039 0.021 15 R 0.307 0.118 0.258 0.147 0.068 0.047 0.030 0.013 0.007 0.003 0.001 16 E 0.021 0.128 0.253 0.206 0.142 0.129 0.072 0.032 0.012 0.004 0.001 17 W 0.002 0.005 0.031 0.020 0.030 0.082 0.242 0.188 0.178 0.136 0.086 18 K 0.080 0.055 0.317 0.242 0.129 0.086 0.060 0.018 0.007 0.004 0.001 19 A 0.022 0.068 0.472 0.218 0.098 0.073 0.033 0.010 0.004 0.001 0.001 20 M 0.001 0.003 0.019 0.008 0.010 0.039 0.167 0.177 0.230 0.215 0.132 21 E 0.003 0.011 0.035 0.090 0.176 0.279 0.301 0.061 0.024 0.015 0.004 22 A 0.031 0.022 0.805 0.105 0.021 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 23 R 0.002 0.008 0.048 0.078 0.084 0.153 0.372 0.155 0.058 0.029 0.011 24 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.042 0.096 0.258 0.329 0.267 25 K 0.012 0.030 0.355 0.275 0.197 0.081 0.039 0.006 0.003 0.002 0.001 26 A 0.038 0.053 0.634 0.157 0.053 0.035 0.020 0.006 0.002 0.001 0.001 27 L 0.002 0.005 0.006 0.009 0.012 0.036 0.189 0.234 0.218 0.161 0.128 28 P 0.094 0.090 0.039 0.067 0.083 0.137 0.206 0.149 0.078 0.036 0.021 29 K 0.296 0.109 0.380 0.148 0.045 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 30 E 0.161 0.207 0.130 0.165 0.158 0.109 0.050 0.014 0.005 0.001 0.001 31 Y 0.003 0.005 0.004 0.010 0.010 0.028 0.116 0.143 0.261 0.219 0.202 32 H 0.027 0.031 0.082 0.163 0.185 0.185 0.203 0.066 0.032 0.018 0.008 33 H 0.029 0.037 0.514 0.236 0.079 0.048 0.034 0.014 0.006 0.003 0.001 34 A 0.001 0.008 0.029 0.022 0.032 0.069 0.179 0.214 0.215 0.150 0.081 35 Y 0.001 0.001 0.004 0.005 0.014 0.053 0.184 0.207 0.237 0.184 0.110 36 K 0.048 0.053 0.495 0.227 0.109 0.043 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 37 A 0.016 0.042 0.145 0.252 0.194 0.191 0.119 0.033 0.006 0.002 0.001 38 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.038 0.190 0.340 0.416 39 Q 0.002 0.006 0.025 0.050 0.135 0.268 0.346 0.090 0.043 0.027 0.009 40 K 0.003 0.016 0.709 0.156 0.059 0.030 0.015 0.006 0.003 0.002 0.001 41 Y 0.001 0.001 0.010 0.019 0.033 0.103 0.436 0.209 0.089 0.062 0.038 42 M 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.004 0.025 0.075 0.210 0.340 0.339 43 W 0.003 0.006 0.042 0.038 0.074 0.112 0.207 0.158 0.147 0.128 0.086 44 T 0.017 0.058 0.235 0.174 0.135 0.106 0.109 0.059 0.047 0.035 0.025 45 S 0.024 0.022 0.013 0.051 0.072 0.117 0.235 0.174 0.141 0.095 0.057 46 G 0.229 0.104 0.034 0.074 0.057 0.056 0.083 0.088 0.109 0.088 0.077 47 G 0.126 0.165 0.030 0.161 0.125 0.107 0.129 0.063 0.045 0.027 0.022 48 P 0.211 0.131 0.039 0.112 0.106 0.080 0.098 0.070 0.063 0.051 0.038 49 T 0.441 0.159 0.043 0.124 0.080 0.052 0.043 0.022 0.018 0.010 0.007 50 D 0.357 0.275 0.067 0.141 0.083 0.040 0.019 0.009 0.006 0.002 0.001 51 W 0.026 0.018 0.008 0.025 0.038 0.065 0.163 0.161 0.175 0.165 0.156 52 Q 0.323 0.223 0.093 0.172 0.088 0.047 0.028 0.013 0.007 0.003 0.002 53 D 0.078 0.152 0.128 0.207 0.153 0.106 0.083 0.046 0.027 0.015 0.006 54 T 0.038 0.044 0.039 0.067 0.087 0.124 0.166 0.136 0.138 0.094 0.067 55 K 0.084 0.050 0.059 0.158 0.161 0.163 0.160 0.068 0.059 0.027 0.012 56 R 0.044 0.052 0.170 0.280 0.162 0.111 0.104 0.042 0.019 0.011 0.005 57 I 0.001 0.001 0.005 0.006 0.009 0.016 0.077 0.131 0.206 0.276 0.273 58 F 0.001 0.003 0.008 0.011 0.021 0.049 0.143 0.221 0.224 0.183 0.135 59 G 0.047 0.054 0.327 0.220 0.156 0.096 0.049 0.023 0.016 0.009 0.004 60 G 0.017 0.043 0.056 0.137 0.198 0.228 0.196 0.079 0.031 0.012 0.004 61 I 0.001 0.002 0.002 0.005 0.005 0.010 0.047 0.103 0.251 0.287 0.287 62 L 0.002 0.002 0.004 0.011 0.029 0.077 0.210 0.220 0.201 0.142 0.102 63 D 0.018 0.050 0.330 0.278 0.174 0.079 0.041 0.018 0.008 0.003 0.001 64 L 0.001 0.001 0.007 0.011 0.019 0.039 0.151 0.171 0.216 0.214 0.171 65 F 0.001 0.001 0.003 0.004 0.006 0.013 0.058 0.112 0.257 0.291 0.254 66 E 0.009 0.023 0.138 0.178 0.166 0.156 0.188 0.068 0.040 0.024 0.009 67 E 0.009 0.023 0.144 0.172 0.173 0.185 0.175 0.068 0.029 0.015 0.005 68 G 0.005 0.004 0.022 0.012 0.012 0.025 0.113 0.122 0.234 0.247 0.204 69 A 0.049 0.084 0.066 0.197 0.164 0.139 0.185 0.070 0.027 0.014 0.005 70 A 0.072 0.062 0.187 0.085 0.079 0.086 0.120 0.098 0.085 0.075 0.051 71 E 0.183 0.269 0.093 0.208 0.118 0.069 0.042 0.012 0.004 0.001 0.001 72 G 0.511 0.192 0.069 0.083 0.061 0.035 0.021 0.014 0.010 0.004 0.001 73 K 0.185 0.053 0.024 0.059 0.085 0.103 0.148 0.124 0.094 0.071 0.056 74 K 0.271 0.375 0.073 0.166 0.077 0.026 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 75 V 0.001 0.001 0.003 0.005 0.008 0.020 0.066 0.112 0.185 0.279 0.320 76 T 0.111 0.113 0.113 0.208 0.174 0.121 0.090 0.032 0.020 0.011 0.007 77 D 0.074 0.083 0.162 0.319 0.149 0.084 0.059 0.031 0.021 0.013 0.004 78 L 0.003 0.005 0.004 0.008 0.018 0.050 0.134 0.219 0.191 0.200 0.168 79 T 0.040 0.122 0.024 0.098 0.079 0.094 0.120 0.162 0.134 0.071 0.056 80 G 0.075 0.061 0.053 0.106 0.131 0.134 0.127 0.095 0.096 0.073 0.048 81 E 0.429 0.163 0.091 0.153 0.086 0.040 0.020 0.009 0.006 0.003 0.001 82 D 0.025 0.045 0.011 0.091 0.095 0.118 0.224 0.138 0.125 0.077 0.049 83 V 0.003 0.006 0.006 0.011 0.013 0.024 0.073 0.115 0.218 0.263 0.268 84 A 0.028 0.039 0.097 0.201 0.200 0.173 0.147 0.054 0.034 0.018 0.009 85 A 0.057 0.055 0.294 0.252 0.127 0.091 0.069 0.030 0.015 0.008 0.003 86 F 0.001 0.004 0.006 0.016 0.025 0.045 0.168 0.185 0.209 0.196 0.144 87 C 0.001 0.002 0.003 0.006 0.009 0.026 0.102 0.171 0.252 0.232 0.196 88 D 0.022 0.030 0.193 0.204 0.230 0.153 0.096 0.035 0.023 0.012 0.004 89 E 0.031 0.035 0.179 0.221 0.184 0.151 0.129 0.045 0.016 0.007 0.002 90 L 0.001 0.001 0.003 0.004 0.005 0.007 0.049 0.098 0.255 0.303 0.274 91 M 0.001 0.002 0.006 0.005 0.015 0.045 0.180 0.238 0.218 0.177 0.112 92 K 0.024 0.078 0.538 0.219 0.092 0.031 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 93 D 0.080 0.100 0.195 0.153 0.136 0.156 0.121 0.040 0.014 0.005 0.001 94 T 0.165 0.094 0.044 0.077 0.057 0.065 0.150 0.129 0.113 0.067 0.038 95 K 0.371 0.153 0.080 0.129 0.102 0.082 0.055 0.017 0.008 0.002 0.001 96 T 0.266 0.110 0.385 0.129 0.058 0.027 0.014 0.006 0.004 0.002 0.001 97 W 0.066 0.102 0.120 0.150 0.124 0.143 0.177 0.069 0.029 0.013 0.006 98 M 0.033 0.056 0.077 0.072 0.069 0.107 0.193 0.158 0.120 0.072 0.041 99 D 0.116 0.122 0.258 0.206 0.126 0.084 0.052 0.020 0.009 0.004 0.002 100 K 0.201 0.135 0.300 0.175 0.094 0.055 0.024 0.009 0.005 0.002 0.001 101 Y 0.064 0.068 0.081 0.107 0.094 0.127 0.195 0.114 0.085 0.046 0.020 102 R 0.039 0.056 0.085 0.130 0.127 0.154 0.208 0.090 0.060 0.035 0.016 103 T 0.063 0.061 0.386 0.174 0.098 0.078 0.073 0.028 0.020 0.014 0.005 104 K 0.055 0.086 0.296 0.236 0.129 0.093 0.069 0.022 0.008 0.004 0.001 105 L 0.013 0.017 0.029 0.029 0.034 0.072 0.201 0.195 0.173 0.147 0.090 106 N 0.121 0.132 0.117 0.175 0.143 0.115 0.095 0.050 0.029 0.015 0.008 107 D 0.264 0.127 0.218 0.150 0.096 0.062 0.039 0.018 0.015 0.007 0.003 108 S 0.243 0.121 0.101 0.153 0.123 0.093 0.080 0.041 0.026 0.013 0.007 109 I 0.045 0.037 0.020 0.046 0.051 0.079 0.180 0.161 0.168 0.117 0.095 110 G 0.108 0.121 0.104 0.145 0.110 0.094 0.106 0.077 0.060 0.042 0.032 111 R 0.128 0.141 0.136 0.192 0.134 0.097 0.082 0.039 0.026 0.016 0.010 112 D 0.294 0.166 0.096 0.140 0.102 0.073 0.057 0.032 0.024 0.012 0.006