# TARGET T0283 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0283.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.5344 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.087 0.063 0.013 0.021 0.008 0.019 0.056 0.003 0.001 0.005 0.725 2 S 0.038 0.049 0.004 0.011 0.008 0.012 0.147 0.002 0.001 0.003 0.725 3 F 0.087 0.102 0.003 0.010 0.011 0.014 0.183 0.003 0.001 0.007 0.580 4 I 0.072 0.439 0.004 0.011 0.010 0.018 0.094 0.002 0.001 0.004 0.347 5 E 0.033 0.594 0.002 0.008 0.011 0.020 0.087 0.003 0.001 0.004 0.239 6 K 0.055 0.711 0.002 0.003 0.007 0.014 0.032 0.005 0.001 0.003 0.166 7 M 0.065 0.847 0.004 0.002 0.005 0.011 0.007 0.007 0.001 0.001 0.051 8 I 0.028 0.866 0.003 0.005 0.009 0.012 0.004 0.014 0.001 0.001 0.058 9 G 0.081 0.585 0.006 0.006 0.013 0.012 0.009 0.055 0.001 0.001 0.233 10 S 0.301 0.448 0.067 0.004 0.004 0.007 0.019 0.017 0.001 0.002 0.131 11 L 0.112 0.392 0.044 0.029 0.016 0.027 0.049 0.037 0.001 0.003 0.290 12 N 0.105 0.207 0.032 0.038 0.017 0.030 0.123 0.017 0.001 0.007 0.424 13 D 0.144 0.128 0.012 0.010 0.004 0.006 0.076 0.009 0.001 0.003 0.609 14 K 0.147 0.207 0.010 0.015 0.004 0.006 0.113 0.008 0.001 0.009 0.482 15 R 0.062 0.109 0.008 0.005 0.003 0.004 0.338 0.003 0.001 0.009 0.459 16 E 0.078 0.335 0.007 0.006 0.004 0.008 0.203 0.003 0.001 0.004 0.351 17 W 0.074 0.696 0.002 0.006 0.003 0.007 0.022 0.004 0.001 0.002 0.184 18 K 0.050 0.749 0.002 0.001 0.001 0.002 0.025 0.001 0.001 0.001 0.167 19 A 0.037 0.776 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.004 0.001 0.001 0.165 20 M 0.025 0.918 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.049 21 E 0.013 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.026 22 A 0.010 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.046 23 R 0.011 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.030 24 A 0.021 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.012 25 K 0.030 0.943 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.015 26 A 0.170 0.716 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.001 0.001 0.044 27 L 0.506 0.401 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.058 28 P 0.008 0.011 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.960 29 K 0.008 0.011 0.026 0.008 0.001 0.003 0.056 0.001 0.001 0.001 0.887 30 E 0.095 0.018 0.001 0.017 0.003 0.004 0.234 0.004 0.001 0.002 0.623 31 Y 0.301 0.381 0.001 0.033 0.002 0.004 0.065 0.002 0.001 0.002 0.209 32 H 0.021 0.734 0.001 0.019 0.002 0.004 0.045 0.001 0.001 0.001 0.173 33 H 0.019 0.649 0.001 0.008 0.002 0.003 0.065 0.002 0.001 0.001 0.252 34 A 0.058 0.864 0.001 0.002 0.001 0.002 0.014 0.002 0.001 0.001 0.055 35 Y 0.007 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.012 36 K 0.005 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 37 A 0.013 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.037 38 I 0.010 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.010 39 Q 0.008 0.978 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 40 K 0.008 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.017 41 Y 0.046 0.911 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.025 42 M 0.033 0.928 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.020 43 W 0.018 0.867 0.009 0.017 0.012 0.020 0.003 0.023 0.001 0.001 0.033 44 T 0.105 0.579 0.020 0.023 0.015 0.034 0.016 0.033 0.001 0.001 0.173 45 S 0.140 0.296 0.030 0.046 0.019 0.041 0.040 0.034 0.001 0.002 0.352 46 G 0.107 0.049 0.061 0.062 0.016 0.034 0.073 0.026 0.001 0.006 0.566 47 G 0.071 0.010 0.083 0.023 0.008 0.012 0.121 0.003 0.001 0.004 0.665 48 P 0.005 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.973 49 T 0.016 0.002 0.001 0.010 0.005 0.008 0.111 0.001 0.001 0.002 0.845 50 D 0.124 0.011 0.001 0.006 0.004 0.005 0.210 0.001 0.001 0.007 0.632 51 W 0.295 0.133 0.002 0.012 0.004 0.008 0.175 0.002 0.001 0.012 0.356 52 Q 0.100 0.187 0.005 0.009 0.003 0.008 0.267 0.002 0.001 0.013 0.406 53 D 0.130 0.249 0.002 0.005 0.004 0.005 0.284 0.010 0.001 0.012 0.300 54 T 0.124 0.634 0.007 0.003 0.002 0.002 0.033 0.006 0.001 0.005 0.185 55 K 0.013 0.780 0.003 0.002 0.002 0.002 0.039 0.005 0.001 0.001 0.154 56 R 0.039 0.659 0.002 0.002 0.003 0.005 0.107 0.019 0.001 0.004 0.161 57 I 0.031 0.932 0.003 0.001 0.001 0.002 0.005 0.003 0.001 0.001 0.024 58 F 0.008 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.012 59 G 0.014 0.918 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.055 60 G 0.074 0.809 0.004 0.001 0.001 0.001 0.006 0.019 0.001 0.001 0.086 61 I 0.049 0.866 0.055 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.001 0.001 0.019 62 L 0.006 0.933 0.002 0.003 0.001 0.001 0.004 0.009 0.001 0.001 0.041 63 D 0.019 0.879 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.088 64 L 0.014 0.924 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.056 65 F 0.008 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.010 66 E 0.004 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.013 67 E 0.006 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.008 68 G 0.031 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.008 69 A 0.023 0.955 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.008 70 A 0.027 0.883 0.028 0.001 0.002 0.003 0.004 0.024 0.001 0.001 0.029 71 E 0.067 0.758 0.006 0.003 0.004 0.004 0.015 0.046 0.001 0.001 0.096 72 G 0.346 0.184 0.015 0.007 0.003 0.003 0.019 0.197 0.001 0.008 0.218 73 K 0.158 0.031 0.690 0.005 0.002 0.002 0.027 0.005 0.001 0.007 0.074 74 K 0.022 0.016 0.083 0.066 0.029 0.021 0.219 0.006 0.001 0.004 0.534 75 V 0.014 0.010 0.020 0.088 0.024 0.051 0.045 0.001 0.001 0.003 0.746 76 T 0.007 0.020 0.001 0.404 0.135 0.256 0.070 0.001 0.001 0.002 0.104 77 D 0.060 0.074 0.001 0.068 0.022 0.036 0.078 0.003 0.001 0.005 0.654 78 L 0.156 0.208 0.004 0.288 0.068 0.095 0.031 0.007 0.001 0.005 0.137 79 T 0.095 0.163 0.008 0.131 0.055 0.110 0.187 0.012 0.001 0.009 0.229 80 G 0.103 0.039 0.013 0.053 0.013 0.026 0.083 0.013 0.001 0.010 0.647 81 E 0.055 0.028 0.027 0.037 0.009 0.018 0.242 0.003 0.001 0.010 0.571 82 D 0.044 0.013 0.004 0.004 0.002 0.002 0.418 0.002 0.001 0.005 0.507 83 V 0.037 0.138 0.014 0.014 0.003 0.005 0.141 0.001 0.001 0.005 0.643 84 A 0.021 0.370 0.001 0.008 0.003 0.008 0.220 0.002 0.001 0.010 0.358 85 A 0.065 0.485 0.001 0.001 0.001 0.005 0.258 0.003 0.001 0.006 0.176 86 F 0.072 0.847 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.070 87 C 0.015 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 88 D 0.001 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.016 89 E 0.013 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.023 90 L 0.019 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.004 91 M 0.028 0.940 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.013 92 K 0.021 0.941 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.012 93 D 0.130 0.733 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.001 0.001 0.078 94 T 0.180 0.592 0.020 0.002 0.002 0.001 0.005 0.053 0.001 0.001 0.145 95 K 0.086 0.218 0.057 0.008 0.003 0.005 0.062 0.036 0.001 0.006 0.520 96 T 0.078 0.123 0.095 0.011 0.005 0.009 0.244 0.012 0.001 0.005 0.417 97 W 0.221 0.248 0.008 0.022 0.009 0.011 0.116 0.008 0.001 0.006 0.350 98 M 0.133 0.407 0.012 0.025 0.012 0.019 0.093 0.004 0.001 0.006 0.289 99 D 0.051 0.419 0.006 0.030 0.017 0.025 0.078 0.006 0.001 0.003 0.365 100 K 0.090 0.332 0.005 0.014 0.010 0.017 0.066 0.009 0.001 0.005 0.450 101 Y 0.142 0.376 0.009 0.010 0.016 0.024 0.119 0.015 0.001 0.010 0.281 102 R 0.123 0.415 0.018 0.015 0.017 0.032 0.095 0.019 0.001 0.010 0.257 103 T 0.063 0.496 0.011 0.012 0.013 0.016 0.044 0.013 0.001 0.003 0.331 104 K 0.135 0.455 0.008 0.007 0.010 0.012 0.047 0.015 0.001 0.005 0.306 105 L 0.160 0.516 0.019 0.008 0.015 0.023 0.051 0.015 0.001 0.005 0.188 106 N 0.086 0.492 0.012 0.020 0.023 0.039 0.060 0.023 0.001 0.005 0.239 107 D 0.072 0.405 0.012 0.011 0.012 0.020 0.053 0.015 0.001 0.005 0.394 108 S 0.137 0.355 0.009 0.008 0.014 0.014 0.082 0.017 0.001 0.006 0.358 109 I 0.172 0.366 0.017 0.016 0.018 0.029 0.144 0.028 0.001 0.011 0.200 110 G 0.130 0.425 0.023 0.031 0.038 0.057 0.067 0.022 0.001 0.007 0.201 111 R 0.103 0.374 0.015 0.014 0.018 0.037 0.048 0.011 0.001 0.004 0.376 112 D 0.135 0.255 0.006 0.010 0.017 0.022 0.046 0.018 0.001 0.003 0.487