# TARGET T0283 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0283.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.00874 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.004 0.004 0.037 0.019 0.020 0.004 0.050 0.365 0.006 0.001 0.002 0.001 0.003 0.004 0.036 0.011 0.243 0.043 0.078 0.069 0.001 2 S 0.003 0.003 0.011 0.010 0.019 0.010 0.034 0.697 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.008 0.107 0.016 0.030 0.032 0.001 3 F 0.001 0.002 0.004 0.003 0.008 0.005 0.028 0.823 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.006 0.082 0.011 0.007 0.006 0.001 4 I 0.001 0.001 0.003 0.004 0.002 0.004 0.015 0.897 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.053 0.003 0.003 0.002 0.001 5 E 0.001 0.002 0.001 0.004 0.002 0.015 0.040 0.871 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.002 0.040 0.002 0.002 0.003 0.001 6 K 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.008 0.043 0.855 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.002 0.052 0.005 0.002 0.003 0.001 7 M 0.002 0.002 0.004 0.007 0.006 0.007 0.069 0.694 0.022 0.011 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.009 0.089 0.021 0.021 0.017 0.001 8 I 0.001 0.001 0.005 0.006 0.009 0.012 0.073 0.503 0.019 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.006 0.288 0.018 0.016 0.024 0.001 9 G 0.001 0.001 0.004 0.007 0.010 0.043 0.174 0.501 0.010 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.011 0.088 0.064 0.014 0.046 0.001 10 S 0.001 0.001 0.006 0.010 0.021 0.009 0.065 0.401 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.014 0.192 0.063 0.081 0.103 0.001 11 L 0.001 0.001 0.012 0.011 0.015 0.006 0.043 0.340 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.008 0.299 0.056 0.070 0.098 0.001 12 N 0.001 0.001 0.004 0.007 0.012 0.016 0.204 0.376 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 0.190 0.035 0.045 0.084 0.001 13 D 0.001 0.001 0.005 0.008 0.008 0.008 0.181 0.431 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.108 0.085 0.085 0.059 0.001 14 K 0.001 0.001 0.004 0.005 0.008 0.002 0.035 0.628 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.133 0.033 0.103 0.033 0.001 15 R 0.001 0.001 0.003 0.003 0.004 0.003 0.012 0.861 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.066 0.005 0.020 0.014 0.001 16 E 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.002 0.008 0.895 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.069 0.003 0.004 0.004 0.001 17 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 18 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 19 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 20 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.938 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.002 0.002 0.001 0.001 21 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.905 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.002 0.003 0.001 0.001 22 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 23 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.937 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.003 0.001 0.001 0.001 24 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.028 0.798 0.016 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.120 0.008 0.008 0.005 0.001 25 K 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.084 0.250 0.424 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.183 0.008 0.004 0.016 0.001 26 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.572 0.084 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.212 0.066 0.018 0.012 0.001 27 L 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.001 0.032 0.035 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.071 0.081 0.326 0.430 0.001 28 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.001 0.012 0.075 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.241 0.100 0.104 0.441 0.001 29 K 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.019 0.191 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.703 0.024 0.021 0.028 0.001 30 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.166 0.751 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.036 0.008 0.006 0.013 0.001 31 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.862 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.074 0.007 0.012 0.006 0.001 32 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.002 0.002 0.001 0.001 33 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 34 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 35 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 36 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 37 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 38 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 39 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.914 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.001 0.001 0.001 0.001 40 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.117 0.738 0.032 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.080 0.007 0.003 0.003 0.001 41 Y 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.006 0.173 0.535 0.018 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.175 0.035 0.015 0.015 0.001 42 M 0.003 0.003 0.007 0.010 0.012 0.006 0.092 0.360 0.027 0.004 0.001 0.001 0.001 0.006 0.010 0.008 0.176 0.134 0.096 0.041 0.001 43 W 0.005 0.006 0.014 0.016 0.032 0.022 0.133 0.234 0.047 0.010 0.001 0.002 0.003 0.012 0.025 0.023 0.199 0.079 0.068 0.069 0.001 44 T 0.006 0.008 0.028 0.041 0.030 0.026 0.198 0.098 0.042 0.012 0.002 0.003 0.006 0.021 0.052 0.018 0.196 0.050 0.066 0.093 0.002 45 S 0.005 0.006 0.020 0.030 0.066 0.008 0.103 0.028 0.016 0.005 0.003 0.004 0.005 0.012 0.031 0.035 0.225 0.092 0.175 0.128 0.002 46 G 0.003 0.003 0.024 0.017 0.057 0.004 0.095 0.013 0.004 0.002 0.002 0.002 0.003 0.006 0.045 0.037 0.139 0.117 0.150 0.276 0.001 47 G 0.001 0.002 0.034 0.021 0.035 0.004 0.024 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.046 0.026 0.087 0.074 0.137 0.489 0.001 48 P 0.001 0.002 0.017 0.014 0.096 0.004 0.030 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.035 0.042 0.312 0.086 0.142 0.191 0.001 49 T 0.002 0.003 0.058 0.048 0.027 0.010 0.078 0.045 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.065 0.020 0.135 0.063 0.146 0.288 0.001 50 D 0.002 0.003 0.016 0.015 0.106 0.007 0.070 0.078 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.013 0.039 0.208 0.082 0.140 0.212 0.001 51 W 0.001 0.002 0.018 0.017 0.024 0.008 0.104 0.164 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.047 0.020 0.371 0.092 0.060 0.059 0.001 52 Q 0.003 0.003 0.016 0.012 0.021 0.018 0.204 0.380 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.018 0.010 0.198 0.030 0.032 0.045 0.001 53 D 0.004 0.005 0.016 0.014 0.032 0.013 0.130 0.462 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.012 0.016 0.116 0.056 0.054 0.053 0.001 54 T 0.004 0.005 0.013 0.010 0.027 0.004 0.069 0.489 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.015 0.012 0.219 0.054 0.033 0.029 0.001 55 K 0.004 0.004 0.012 0.008 0.010 0.007 0.057 0.729 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 0.005 0.111 0.010 0.012 0.010 0.001 56 R 0.003 0.006 0.011 0.011 0.015 0.028 0.067 0.713 0.010 0.003 0.001 0.001 0.002 0.008 0.011 0.008 0.068 0.014 0.012 0.010 0.001 57 I 0.006 0.008 0.011 0.015 0.026 0.013 0.100 0.479 0.024 0.010 0.001 0.002 0.004 0.017 0.014 0.010 0.206 0.020 0.017 0.013 0.001 58 F 0.003 0.005 0.010 0.016 0.011 0.010 0.086 0.455 0.023 0.015 0.001 0.002 0.002 0.010 0.041 0.015 0.192 0.031 0.019 0.053 0.001 59 G 0.001 0.002 0.004 0.004 0.013 0.014 0.116 0.497 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.010 0.222 0.031 0.008 0.051 0.001 60 G 0.002 0.002 0.007 0.006 0.020 0.015 0.120 0.573 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.012 0.091 0.064 0.019 0.040 0.001 61 I 0.002 0.001 0.010 0.003 0.011 0.002 0.024 0.618 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.008 0.233 0.024 0.026 0.012 0.001 62 L 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.006 0.017 0.862 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.079 0.003 0.005 0.003 0.001 63 D 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.018 0.035 0.883 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.032 0.005 0.002 0.004 0.001 64 L 0.001 0.002 0.001 0.003 0.003 0.003 0.032 0.858 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.002 0.064 0.005 0.005 0.005 0.001 65 F 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.009 0.918 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.041 0.003 0.005 0.002 0.001 66 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.013 0.912 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.048 0.002 0.001 0.001 0.001 67 E 0.001 0.003 0.001 0.006 0.004 0.014 0.041 0.825 0.008 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.073 0.004 0.002 0.004 0.001 68 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.007 0.047 0.848 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.047 0.010 0.004 0.008 0.001 69 A 0.003 0.001 0.010 0.005 0.007 0.014 0.043 0.764 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.003 0.096 0.014 0.009 0.005 0.001 70 A 0.004 0.002 0.008 0.015 0.006 0.015 0.138 0.051 0.366 0.177 0.001 0.001 0.003 0.010 0.006 0.008 0.134 0.022 0.019 0.014 0.001 71 E 0.001 0.001 0.002 0.005 0.010 0.006 0.582 0.011 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.010 0.179 0.009 0.038 0.122 0.001 72 G 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.001 0.137 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.013 0.759 0.043 0.015 0.001 73 K 0.001 0.001 0.101 0.021 0.015 0.002 0.009 0.011 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.046 0.074 0.071 0.062 0.214 0.360 0.002 74 K 0.003 0.005 0.025 0.011 0.263 0.005 0.014 0.029 0.003 0.001 0.003 0.003 0.008 0.013 0.083 0.071 0.067 0.048 0.169 0.170 0.006 75 V 0.003 0.003 0.108 0.015 0.034 0.002 0.013 0.063 0.002 0.001 0.013 0.004 0.003 0.012 0.253 0.064 0.282 0.027 0.048 0.046 0.007 76 T 0.008 0.012 0.042 0.034 0.044 0.033 0.145 0.220 0.003 0.001 0.005 0.007 0.020 0.075 0.154 0.033 0.098 0.013 0.019 0.031 0.003 77 D 0.011 0.014 0.024 0.056 0.032 0.020 0.143 0.108 0.006 0.002 0.011 0.017 0.023 0.225 0.104 0.084 0.055 0.018 0.026 0.016 0.004 78 L 0.023 0.018 0.033 0.040 0.051 0.006 0.077 0.072 0.009 0.003 0.010 0.015 0.040 0.149 0.133 0.078 0.107 0.033 0.057 0.042 0.005 79 T 0.013 0.010 0.036 0.047 0.048 0.005 0.071 0.070 0.005 0.001 0.009 0.009 0.011 0.064 0.088 0.078 0.131 0.050 0.095 0.156 0.004 80 G 0.002 0.004 0.011 0.013 0.048 0.007 0.062 0.129 0.006 0.001 0.002 0.003 0.004 0.022 0.074 0.122 0.163 0.122 0.081 0.123 0.001 81 E 0.001 0.001 0.020 0.011 0.008 0.005 0.032 0.269 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.005 0.050 0.017 0.420 0.030 0.042 0.079 0.001 82 D 0.001 0.001 0.002 0.003 0.016 0.008 0.076 0.617 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.031 0.104 0.026 0.037 0.063 0.001 83 V 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.002 0.017 0.486 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.003 0.446 0.011 0.007 0.005 0.001 84 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.023 0.909 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.051 0.002 0.001 0.001 0.001 85 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.941 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 86 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 87 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.910 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.002 0.001 0.001 0.001 88 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.957 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 89 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.060 0.842 0.006 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.002 0.001 0.001 0.001 90 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.092 0.743 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.107 0.021 0.007 0.006 0.001 91 M 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.005 0.045 0.706 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.142 0.036 0.019 0.013 0.001 92 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.030 0.136 0.580 0.029 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.173 0.012 0.007 0.016 0.001 93 D 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.018 0.240 0.257 0.052 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 0.262 0.059 0.040 0.033 0.001 94 T 0.001 0.001 0.003 0.004 0.006 0.006 0.161 0.147 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.013 0.215 0.085 0.187 0.152 0.001 95 K 0.001 0.001 0.008 0.006 0.011 0.009 0.129 0.205 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.014 0.251 0.140 0.082 0.125 0.001 96 T 0.001 0.001 0.010 0.010 0.031 0.011 0.082 0.334 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.042 0.142 0.071 0.083 0.157 0.001 97 W 0.001 0.001 0.017 0.014 0.020 0.005 0.039 0.490 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.013 0.194 0.042 0.064 0.062 0.001 98 M 0.001 0.001 0.008 0.011 0.014 0.007 0.050 0.685 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.008 0.131 0.014 0.026 0.020 0.001 99 D 0.001 0.001 0.004 0.010 0.011 0.007 0.053 0.779 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.006 0.062 0.009 0.018 0.019 0.001 100 K 0.001 0.001 0.003 0.003 0.014 0.002 0.026 0.772 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.140 0.008 0.007 0.008 0.001 101 Y 0.001 0.001 0.003 0.004 0.008 0.002 0.026 0.885 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.037 0.008 0.008 0.006 0.001 102 R 0.001 0.001 0.003 0.004 0.007 0.003 0.020 0.863 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.068 0.007 0.005 0.005 0.001 103 T 0.001 0.001 0.002 0.004 0.005 0.006 0.024 0.880 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.059 0.002 0.002 0.005 0.001 104 K 0.001 0.001 0.002 0.003 0.011 0.007 0.058 0.783 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.088 0.014 0.005 0.011 0.001 105 L 0.002 0.001 0.007 0.014 0.021 0.004 0.112 0.427 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.006 0.269 0.028 0.040 0.036 0.001 106 N 0.002 0.001 0.010 0.012 0.017 0.008 0.234 0.324 0.021 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 0.182 0.049 0.061 0.059 0.001 107 D 0.001 0.001 0.009 0.012 0.024 0.022 0.200 0.293 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.009 0.210 0.073 0.050 0.072 0.001 108 S 0.001 0.002 0.015 0.014 0.030 0.011 0.129 0.292 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.009 0.251 0.079 0.085 0.056 0.001 109 I 0.002 0.003 0.020 0.025 0.040 0.010 0.098 0.199 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.018 0.183 0.083 0.134 0.145 0.001 110 G 0.002 0.003 0.025 0.031 0.040 0.015 0.135 0.152 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.032 0.021 0.206 0.052 0.083 0.180 0.001 111 R 0.002 0.002 0.020 0.026 0.052 0.011 0.210 0.073 0.007 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.026 0.026 0.220 0.074 0.093 0.152 0.001 112 D 0.002 0.003 0.035 0.028 0.058 0.008 0.190 0.067 0.005 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.027 0.024 0.102 0.123 0.157 0.160 0.001