# TARGET T0283 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0283.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.00874 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.311 0.094 0.074 0.120 0.085 0.075 0.086 0.055 0.049 0.032 0.019 2 S 0.314 0.286 0.077 0.121 0.069 0.046 0.043 0.020 0.013 0.007 0.003 3 F 0.061 0.099 0.050 0.140 0.134 0.138 0.145 0.092 0.076 0.044 0.022 4 I 0.017 0.028 0.019 0.057 0.091 0.128 0.212 0.147 0.160 0.085 0.056 5 E 0.118 0.152 0.378 0.247 0.073 0.021 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 6 K 0.051 0.101 0.116 0.279 0.200 0.134 0.084 0.022 0.009 0.003 0.001 7 M 0.017 0.014 0.027 0.025 0.024 0.043 0.133 0.141 0.209 0.202 0.166 8 I 0.022 0.091 0.123 0.286 0.217 0.138 0.086 0.022 0.010 0.004 0.001 9 G 0.284 0.202 0.270 0.121 0.053 0.032 0.022 0.007 0.005 0.002 0.001 10 S 0.081 0.149 0.102 0.176 0.148 0.133 0.126 0.045 0.024 0.012 0.005 11 L 0.144 0.088 0.052 0.087 0.089 0.112 0.174 0.099 0.078 0.049 0.027 12 N 0.412 0.263 0.114 0.109 0.050 0.026 0.016 0.005 0.003 0.001 0.001 13 D 0.160 0.203 0.212 0.182 0.092 0.070 0.050 0.018 0.009 0.004 0.002 14 K 0.309 0.189 0.130 0.123 0.079 0.068 0.065 0.021 0.011 0.004 0.002 15 R 0.476 0.148 0.153 0.093 0.054 0.039 0.028 0.007 0.003 0.001 0.001 16 E 0.047 0.072 0.321 0.255 0.117 0.087 0.067 0.020 0.010 0.003 0.001 17 W 0.009 0.018 0.179 0.070 0.080 0.127 0.267 0.119 0.078 0.038 0.015 18 K 0.033 0.032 0.525 0.208 0.094 0.056 0.038 0.009 0.003 0.001 0.001 19 A 0.002 0.027 0.407 0.263 0.168 0.085 0.035 0.008 0.004 0.001 0.001 20 M 0.001 0.005 0.122 0.018 0.023 0.048 0.212 0.168 0.202 0.134 0.067 21 E 0.002 0.008 0.199 0.183 0.243 0.191 0.140 0.024 0.008 0.002 0.001 22 A 0.012 0.034 0.872 0.057 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 23 R 0.001 0.007 0.182 0.097 0.120 0.161 0.265 0.083 0.055 0.022 0.007 24 A 0.001 0.001 0.032 0.004 0.006 0.019 0.165 0.168 0.247 0.225 0.133 25 K 0.001 0.010 0.575 0.255 0.115 0.032 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 26 A 0.007 0.042 0.590 0.137 0.116 0.075 0.029 0.004 0.001 0.001 0.001 27 L 0.001 0.003 0.006 0.008 0.011 0.032 0.165 0.166 0.239 0.223 0.148 28 P 0.027 0.076 0.067 0.073 0.098 0.164 0.311 0.108 0.052 0.019 0.006 29 K 0.575 0.135 0.240 0.042 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 E 0.131 0.129 0.148 0.169 0.146 0.138 0.103 0.022 0.009 0.003 0.001 31 Y 0.002 0.004 0.017 0.016 0.018 0.045 0.172 0.176 0.232 0.197 0.120 32 H 0.026 0.043 0.150 0.222 0.219 0.194 0.113 0.022 0.008 0.002 0.001 33 H 0.044 0.075 0.628 0.143 0.057 0.031 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 34 A 0.001 0.002 0.011 0.014 0.028 0.079 0.292 0.204 0.202 0.115 0.052 35 Y 0.001 0.001 0.017 0.012 0.017 0.046 0.249 0.189 0.201 0.166 0.103 36 K 0.002 0.016 0.676 0.191 0.077 0.026 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 37 A 0.001 0.015 0.174 0.166 0.211 0.228 0.157 0.031 0.012 0.004 0.001 38 I 0.001 0.001 0.007 0.003 0.003 0.005 0.052 0.120 0.294 0.318 0.197 39 Q 0.001 0.003 0.025 0.058 0.123 0.234 0.349 0.122 0.059 0.022 0.005 40 K 0.004 0.038 0.543 0.246 0.097 0.041 0.018 0.006 0.004 0.002 0.001 41 Y 0.001 0.003 0.010 0.015 0.039 0.123 0.388 0.217 0.135 0.058 0.013 42 M 0.002 0.005 0.012 0.012 0.011 0.018 0.080 0.131 0.226 0.259 0.245 43 W 0.004 0.012 0.022 0.047 0.083 0.124 0.196 0.163 0.155 0.123 0.072 44 T 0.016 0.076 0.163 0.263 0.149 0.119 0.112 0.051 0.033 0.013 0.005 45 S 0.049 0.033 0.032 0.054 0.066 0.102 0.192 0.158 0.147 0.110 0.058 46 G 0.057 0.054 0.028 0.085 0.077 0.081 0.135 0.111 0.135 0.127 0.110 47 G 0.109 0.122 0.038 0.118 0.102 0.098 0.127 0.095 0.090 0.064 0.036 48 P 0.201 0.115 0.054 0.141 0.105 0.101 0.108 0.064 0.053 0.034 0.024 49 T 0.074 0.072 0.026 0.070 0.073 0.072 0.121 0.116 0.143 0.124 0.109 50 D 0.133 0.263 0.097 0.216 0.124 0.070 0.044 0.019 0.017 0.011 0.007 51 W 0.047 0.038 0.022 0.080 0.099 0.116 0.157 0.126 0.133 0.102 0.080 52 Q 0.195 0.140 0.099 0.198 0.143 0.088 0.069 0.029 0.021 0.011 0.007 53 D 0.035 0.122 0.079 0.244 0.180 0.134 0.113 0.044 0.029 0.013 0.007 54 T 0.015 0.009 0.008 0.023 0.039 0.063 0.140 0.156 0.206 0.187 0.154 55 K 0.031 0.031 0.045 0.116 0.173 0.228 0.220 0.078 0.048 0.021 0.010 56 R 0.012 0.051 0.227 0.261 0.189 0.121 0.089 0.026 0.014 0.006 0.004 57 I 0.001 0.004 0.014 0.019 0.022 0.038 0.128 0.127 0.211 0.214 0.223 58 F 0.002 0.003 0.012 0.020 0.021 0.036 0.152 0.175 0.231 0.217 0.131 59 G 0.035 0.054 0.292 0.261 0.191 0.099 0.046 0.011 0.006 0.003 0.001 60 G 0.008 0.023 0.075 0.080 0.137 0.232 0.290 0.094 0.037 0.016 0.007 61 I 0.001 0.002 0.013 0.013 0.008 0.013 0.073 0.115 0.259 0.294 0.208 62 L 0.004 0.012 0.050 0.031 0.025 0.061 0.246 0.166 0.168 0.149 0.088 63 D 0.011 0.053 0.489 0.251 0.128 0.044 0.015 0.005 0.003 0.001 0.001 64 L 0.002 0.008 0.030 0.021 0.027 0.061 0.230 0.185 0.202 0.147 0.086 65 F 0.002 0.004 0.040 0.035 0.034 0.041 0.126 0.150 0.232 0.203 0.133 66 E 0.023 0.025 0.232 0.087 0.084 0.135 0.233 0.080 0.050 0.031 0.019 67 E 0.002 0.023 0.244 0.367 0.219 0.089 0.038 0.010 0.005 0.002 0.001 68 G 0.005 0.009 0.059 0.018 0.018 0.040 0.123 0.114 0.214 0.209 0.191 69 A 0.007 0.012 0.049 0.092 0.134 0.143 0.215 0.115 0.092 0.068 0.073 70 A 0.006 0.041 0.319 0.076 0.079 0.108 0.156 0.074 0.069 0.042 0.031 71 E 0.028 0.095 0.132 0.318 0.199 0.128 0.074 0.014 0.006 0.003 0.002 72 G 0.844 0.091 0.025 0.022 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 73 K 0.020 0.051 0.044 0.142 0.165 0.195 0.220 0.083 0.045 0.023 0.013 74 K 0.236 0.389 0.154 0.158 0.047 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 75 V 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.009 0.043 0.078 0.186 0.230 0.446 76 T 0.094 0.163 0.098 0.210 0.197 0.130 0.075 0.018 0.009 0.004 0.003 77 D 0.171 0.272 0.142 0.271 0.084 0.034 0.018 0.004 0.003 0.001 0.001 78 L 0.003 0.003 0.003 0.011 0.029 0.068 0.174 0.173 0.195 0.176 0.165 79 T 0.019 0.136 0.060 0.119 0.091 0.091 0.137 0.097 0.106 0.074 0.071 80 G 0.072 0.069 0.029 0.117 0.165 0.190 0.194 0.076 0.048 0.026 0.014 81 E 0.634 0.165 0.090 0.075 0.024 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 82 D 0.016 0.068 0.034 0.160 0.177 0.200 0.201 0.080 0.039 0.017 0.008 83 V 0.001 0.002 0.004 0.009 0.012 0.022 0.079 0.125 0.247 0.258 0.239 84 A 0.025 0.026 0.064 0.116 0.172 0.257 0.231 0.060 0.032 0.012 0.004 85 A 0.014 0.057 0.363 0.316 0.138 0.066 0.032 0.009 0.004 0.002 0.001 86 F 0.001 0.001 0.004 0.006 0.010 0.025 0.124 0.154 0.245 0.236 0.196 87 C 0.001 0.001 0.005 0.003 0.006 0.013 0.084 0.141 0.246 0.270 0.232 88 D 0.001 0.009 0.371 0.232 0.185 0.118 0.062 0.013 0.006 0.002 0.001 89 E 0.003 0.022 0.155 0.201 0.219 0.212 0.138 0.031 0.013 0.005 0.002 90 L 0.001 0.001 0.005 0.003 0.004 0.010 0.074 0.122 0.271 0.296 0.215 91 M 0.001 0.002 0.009 0.013 0.024 0.064 0.254 0.207 0.194 0.141 0.091 92 K 0.036 0.103 0.604 0.165 0.061 0.021 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 93 D 0.057 0.093 0.107 0.137 0.150 0.187 0.180 0.047 0.025 0.012 0.006 94 T 0.209 0.175 0.068 0.107 0.075 0.078 0.113 0.063 0.056 0.036 0.019 95 K 0.435 0.183 0.087 0.121 0.071 0.049 0.035 0.010 0.006 0.003 0.001 96 T 0.398 0.244 0.165 0.106 0.044 0.022 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 97 W 0.021 0.025 0.024 0.046 0.063 0.122 0.222 0.163 0.155 0.101 0.058 98 M 0.017 0.038 0.055 0.113 0.160 0.208 0.238 0.088 0.052 0.022 0.009 99 D 0.150 0.129 0.434 0.191 0.061 0.021 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 100 K 0.084 0.101 0.263 0.244 0.147 0.091 0.052 0.012 0.005 0.001 0.001 101 Y 0.013 0.021 0.047 0.035 0.037 0.073 0.210 0.183 0.190 0.126 0.067 102 R 0.005 0.014 0.100 0.131 0.200 0.239 0.227 0.054 0.021 0.007 0.002 103 T 0.038 0.076 0.763 0.088 0.024 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 104 K 0.039 0.069 0.238 0.230 0.180 0.147 0.078 0.013 0.005 0.001 0.001 105 L 0.009 0.018 0.065 0.026 0.019 0.033 0.145 0.146 0.207 0.191 0.141 106 N 0.024 0.081 0.296 0.211 0.174 0.119 0.069 0.016 0.007 0.003 0.001 107 D 0.085 0.104 0.636 0.120 0.034 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 108 S 0.105 0.116 0.129 0.125 0.131 0.144 0.162 0.049 0.025 0.011 0.004 109 I 0.068 0.063 0.089 0.069 0.056 0.083 0.156 0.107 0.127 0.106 0.077 110 G 0.214 0.257 0.215 0.135 0.076 0.049 0.032 0.010 0.006 0.003 0.002 111 R 0.269 0.182 0.224 0.159 0.074 0.045 0.026 0.010 0.007 0.004 0.001 112 D 0.437 0.200 0.061 0.079 0.061 0.053 0.051 0.023 0.017 0.010 0.006