# TARGET T0283 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0283.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.00874 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.054 0.182 0.055 0.014 0.147 0.016 0.030 0.366 0.072 0.039 0.025 2 S 0.043 0.133 0.045 0.006 0.091 0.007 0.019 0.538 0.067 0.030 0.020 3 F 0.012 0.014 0.006 0.001 0.014 0.002 0.005 0.840 0.077 0.023 0.006 4 I 0.006 0.006 0.001 0.001 0.010 0.001 0.002 0.887 0.075 0.009 0.002 5 E 0.002 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.929 0.051 0.002 0.001 6 K 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.014 0.940 0.031 0.003 0.001 7 M 0.003 0.002 0.001 0.002 0.003 0.004 0.012 0.873 0.071 0.027 0.002 8 I 0.009 0.096 0.015 0.015 0.025 0.020 0.040 0.650 0.101 0.026 0.003 9 G 0.011 0.017 0.020 0.027 0.008 0.022 0.046 0.513 0.134 0.172 0.031 10 S 0.006 0.037 0.043 0.019 0.016 0.025 0.089 0.641 0.082 0.038 0.004 11 L 0.029 0.034 0.009 0.007 0.032 0.014 0.029 0.608 0.159 0.055 0.024 12 N 0.019 0.053 0.026 0.026 0.029 0.037 0.047 0.498 0.140 0.099 0.025 13 D 0.039 0.058 0.025 0.006 0.064 0.004 0.011 0.398 0.102 0.260 0.032 14 K 0.010 0.037 0.017 0.005 0.022 0.005 0.012 0.764 0.099 0.023 0.006 15 R 0.005 0.012 0.005 0.002 0.008 0.003 0.010 0.859 0.074 0.016 0.006 16 E 0.004 0.009 0.004 0.001 0.008 0.001 0.005 0.916 0.039 0.012 0.002 17 W 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.960 0.030 0.005 0.001 18 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.959 0.038 0.001 0.001 19 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.981 0.014 0.002 0.001 20 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.957 0.032 0.009 0.001 21 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.968 0.030 0.001 0.001 22 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.977 0.020 0.001 0.001 23 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.950 0.040 0.006 0.001 24 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.851 0.136 0.010 0.001 25 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.049 0.834 0.109 0.003 0.001 26 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.082 0.424 0.197 0.286 0.003 27 L 0.023 0.143 0.084 0.003 0.047 0.003 0.033 0.469 0.134 0.046 0.014 28 P 0.012 0.263 0.054 0.005 0.051 0.004 0.008 0.495 0.092 0.011 0.004 29 K 0.002 0.007 0.003 0.002 0.005 0.021 0.049 0.785 0.117 0.008 0.002 30 E 0.003 0.007 0.004 0.002 0.004 0.002 0.012 0.846 0.068 0.046 0.006 31 Y 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.799 0.134 0.055 0.002 32 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.935 0.057 0.001 0.001 33 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.968 0.027 0.001 0.001 34 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.952 0.038 0.005 0.001 35 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.944 0.053 0.002 0.001 36 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.964 0.034 0.001 0.001 37 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.970 0.024 0.003 0.001 38 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.907 0.081 0.009 0.001 39 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.838 0.141 0.007 0.001 40 K 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.007 0.115 0.796 0.068 0.007 0.001 41 Y 0.009 0.012 0.006 0.006 0.016 0.010 0.103 0.592 0.127 0.111 0.009 42 M 0.054 0.040 0.007 0.005 0.058 0.012 0.053 0.421 0.183 0.126 0.041 43 W 0.071 0.156 0.045 0.014 0.154 0.016 0.046 0.285 0.114 0.066 0.033 44 T 0.033 0.080 0.058 0.023 0.063 0.040 0.174 0.316 0.131 0.058 0.022 45 S 0.080 0.092 0.067 0.037 0.102 0.036 0.104 0.163 0.102 0.155 0.062 46 G 0.042 0.256 0.146 0.078 0.105 0.034 0.068 0.053 0.054 0.121 0.041 47 G 0.034 0.082 0.196 0.261 0.044 0.073 0.025 0.035 0.034 0.142 0.075 48 P 0.106 0.122 0.047 0.016 0.169 0.020 0.037 0.116 0.134 0.163 0.070 49 T 0.050 0.147 0.100 0.047 0.116 0.052 0.054 0.129 0.128 0.135 0.043 50 D 0.145 0.135 0.083 0.014 0.175 0.007 0.018 0.134 0.064 0.135 0.091 51 W 0.035 0.028 0.013 0.009 0.038 0.010 0.015 0.489 0.239 0.097 0.028 52 Q 0.006 0.029 0.011 0.012 0.019 0.048 0.064 0.630 0.139 0.036 0.006 53 D 0.041 0.028 0.012 0.004 0.044 0.003 0.014 0.526 0.118 0.170 0.042 54 T 0.014 0.014 0.006 0.003 0.018 0.002 0.006 0.654 0.183 0.090 0.011 55 K 0.003 0.019 0.006 0.003 0.011 0.005 0.011 0.793 0.134 0.012 0.002 56 R 0.005 0.006 0.003 0.001 0.006 0.002 0.024 0.876 0.066 0.008 0.003 57 I 0.002 0.004 0.005 0.003 0.002 0.002 0.010 0.885 0.065 0.021 0.001 58 F 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.880 0.104 0.008 0.001 59 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.930 0.062 0.001 0.001 60 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.926 0.052 0.014 0.001 61 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.929 0.061 0.007 0.001 62 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.918 0.078 0.002 0.001 63 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.951 0.039 0.002 0.001 64 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.939 0.043 0.007 0.001 65 F 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.893 0.084 0.011 0.001 66 E 0.003 0.004 0.001 0.001 0.004 0.003 0.019 0.842 0.106 0.016 0.002 67 E 0.004 0.012 0.004 0.002 0.009 0.005 0.035 0.822 0.083 0.022 0.003 68 G 0.008 0.027 0.007 0.003 0.033 0.006 0.032 0.748 0.105 0.028 0.003 69 A 0.016 0.015 0.015 0.002 0.011 0.003 0.032 0.752 0.126 0.018 0.011 70 A 0.006 0.011 0.016 0.012 0.007 0.024 0.075 0.635 0.164 0.044 0.006 71 E 0.001 0.594 0.242 0.065 0.023 0.019 0.030 0.022 0.003 0.001 0.001 72 G 0.028 0.004 0.005 0.003 0.004 0.001 0.001 0.004 0.009 0.527 0.414 73 K 0.012 0.664 0.163 0.004 0.130 0.002 0.004 0.010 0.005 0.005 0.003 74 K 0.098 0.496 0.062 0.001 0.309 0.001 0.001 0.012 0.005 0.005 0.012 75 V 0.316 0.038 0.011 0.007 0.156 0.012 0.018 0.145 0.148 0.035 0.116 76 T 0.017 0.096 0.024 0.029 0.068 0.074 0.081 0.423 0.152 0.027 0.009 77 D 0.215 0.065 0.024 0.003 0.191 0.004 0.036 0.274 0.058 0.077 0.054 78 L 0.126 0.042 0.029 0.037 0.098 0.054 0.088 0.250 0.069 0.143 0.065 79 T 0.031 0.273 0.153 0.053 0.080 0.010 0.012 0.105 0.043 0.208 0.031 80 G 0.014 0.061 0.121 0.169 0.033 0.049 0.010 0.397 0.081 0.052 0.013 81 E 0.002 0.016 0.010 0.004 0.006 0.008 0.023 0.862 0.060 0.008 0.002 82 D 0.029 0.024 0.007 0.001 0.026 0.001 0.007 0.795 0.042 0.050 0.018 83 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.869 0.108 0.020 0.001 84 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.944 0.052 0.001 0.001 85 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.972 0.022 0.001 0.001 86 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.956 0.034 0.007 0.001 87 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.897 0.096 0.006 0.001 88 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.909 0.087 0.001 0.001 89 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.916 0.054 0.009 0.001 90 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.775 0.148 0.057 0.001 91 M 0.003 0.006 0.001 0.001 0.004 0.002 0.020 0.759 0.169 0.032 0.003 92 K 0.002 0.017 0.010 0.008 0.005 0.019 0.097 0.629 0.143 0.065 0.004 93 D 0.040 0.054 0.028 0.006 0.080 0.013 0.078 0.252 0.122 0.262 0.067 94 T 0.098 0.133 0.024 0.005 0.156 0.003 0.012 0.227 0.122 0.149 0.070 95 K 0.017 0.024 0.009 0.012 0.029 0.029 0.068 0.470 0.193 0.126 0.022 96 T 0.032 0.109 0.057 0.010 0.067 0.009 0.046 0.492 0.086 0.069 0.023 97 W 0.020 0.030 0.013 0.004 0.027 0.004 0.008 0.688 0.120 0.069 0.017 98 M 0.010 0.037 0.008 0.003 0.027 0.005 0.009 0.797 0.081 0.018 0.005 99 D 0.009 0.009 0.003 0.002 0.014 0.003 0.011 0.887 0.045 0.011 0.005 100 K 0.002 0.004 0.003 0.001 0.004 0.002 0.011 0.919 0.046 0.008 0.001 101 Y 0.004 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.908 0.055 0.018 0.003 102 R 0.004 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.907 0.067 0.008 0.001 103 T 0.002 0.007 0.002 0.002 0.004 0.007 0.032 0.910 0.032 0.002 0.001 104 K 0.007 0.004 0.004 0.001 0.005 0.002 0.019 0.878 0.044 0.030 0.005 105 L 0.006 0.011 0.005 0.003 0.008 0.005 0.011 0.833 0.093 0.021 0.003 106 N 0.017 0.042 0.007 0.004 0.028 0.005 0.015 0.712 0.132 0.030 0.008 107 D 0.007 0.016 0.010 0.004 0.009 0.008 0.053 0.714 0.153 0.021 0.004 108 S 0.007 0.018 0.014 0.005 0.016 0.013 0.154 0.595 0.126 0.047 0.005 109 I 0.102 0.133 0.029 0.010 0.122 0.012 0.030 0.205 0.120 0.160 0.078 110 G 0.068 0.085 0.069 0.047 0.077 0.035 0.035 0.178 0.112 0.228 0.065 111 R 0.036 0.211 0.152 0.058 0.102 0.034 0.051 0.164 0.082 0.085 0.025 112 D 0.117 0.169 0.131 0.033 0.193 0.017 0.034 0.104 0.054 0.078 0.071