# TARGET T0283 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0283.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.00874 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.630 0.216 0.093 0.040 0.015 0.006 0.001 2 S 0.544 0.267 0.116 0.048 0.018 0.006 0.001 3 F 0.262 0.217 0.205 0.183 0.100 0.031 0.003 4 I 0.168 0.152 0.174 0.228 0.192 0.081 0.006 5 E 0.389 0.374 0.160 0.059 0.015 0.003 0.001 6 K 0.205 0.281 0.281 0.175 0.050 0.009 0.001 7 M 0.116 0.083 0.101 0.213 0.302 0.176 0.009 8 I 0.213 0.294 0.275 0.161 0.047 0.008 0.001 9 G 0.570 0.293 0.098 0.031 0.007 0.001 0.001 10 S 0.365 0.302 0.189 0.105 0.032 0.007 0.001 11 L 0.281 0.223 0.215 0.179 0.078 0.022 0.001 12 N 0.582 0.251 0.104 0.044 0.015 0.004 0.001 13 D 0.454 0.248 0.145 0.101 0.041 0.010 0.001 14 K 0.372 0.321 0.187 0.085 0.026 0.009 0.001 15 R 0.586 0.229 0.094 0.054 0.027 0.009 0.001 16 E 0.319 0.310 0.200 0.117 0.042 0.011 0.001 17 W 0.136 0.162 0.255 0.284 0.130 0.031 0.001 18 K 0.603 0.270 0.091 0.028 0.007 0.001 0.001 19 A 0.478 0.340 0.125 0.045 0.010 0.002 0.001 20 M 0.117 0.101 0.179 0.320 0.222 0.061 0.001 21 E 0.311 0.323 0.227 0.108 0.027 0.004 0.001 22 A 0.498 0.372 0.101 0.023 0.004 0.001 0.001 23 R 0.126 0.151 0.238 0.299 0.155 0.031 0.001 24 A 0.106 0.094 0.168 0.307 0.262 0.062 0.001 25 K 0.419 0.425 0.129 0.024 0.002 0.001 0.001 26 A 0.503 0.356 0.109 0.028 0.004 0.001 0.001 27 L 0.137 0.159 0.217 0.307 0.154 0.026 0.001 28 P 0.369 0.304 0.206 0.091 0.026 0.004 0.001 29 K 0.829 0.140 0.023 0.006 0.001 0.001 0.001 30 E 0.383 0.361 0.178 0.063 0.013 0.002 0.001 31 Y 0.068 0.077 0.175 0.380 0.253 0.047 0.001 32 H 0.352 0.379 0.200 0.058 0.009 0.001 0.001 33 H 0.423 0.445 0.103 0.023 0.004 0.001 0.001 34 A 0.086 0.089 0.160 0.313 0.265 0.086 0.002 35 Y 0.042 0.084 0.185 0.305 0.287 0.094 0.002 36 K 0.232 0.433 0.240 0.072 0.018 0.004 0.001 37 A 0.060 0.204 0.326 0.284 0.106 0.020 0.001 38 I 0.003 0.007 0.018 0.095 0.333 0.493 0.051 39 Q 0.027 0.142 0.267 0.294 0.189 0.072 0.008 40 K 0.127 0.344 0.238 0.161 0.080 0.044 0.007 41 Y 0.018 0.056 0.169 0.328 0.268 0.138 0.024 42 M 0.026 0.057 0.100 0.190 0.287 0.276 0.065 43 W 0.055 0.096 0.124 0.183 0.250 0.222 0.070 44 T 0.128 0.201 0.199 0.205 0.150 0.087 0.028 45 S 0.160 0.168 0.171 0.183 0.156 0.119 0.043 46 G 0.195 0.154 0.160 0.191 0.161 0.111 0.028 47 G 0.322 0.230 0.166 0.139 0.088 0.044 0.011 48 P 0.295 0.192 0.160 0.148 0.111 0.076 0.018 49 T 0.281 0.169 0.154 0.165 0.136 0.079 0.016 50 D 0.357 0.313 0.176 0.095 0.039 0.016 0.004 51 W 0.233 0.216 0.187 0.182 0.119 0.055 0.008 52 Q 0.320 0.279 0.184 0.124 0.064 0.024 0.005 53 D 0.263 0.254 0.204 0.158 0.080 0.034 0.007 54 T 0.119 0.139 0.152 0.203 0.207 0.158 0.023 55 K 0.133 0.226 0.228 0.228 0.127 0.052 0.006 56 R 0.083 0.199 0.252 0.245 0.146 0.066 0.009 57 I 0.014 0.017 0.032 0.104 0.272 0.479 0.082 58 F 0.013 0.031 0.055 0.115 0.248 0.427 0.111 59 G 0.070 0.164 0.238 0.259 0.168 0.082 0.019 60 G 0.039 0.115 0.198 0.267 0.225 0.126 0.030 61 I 0.011 0.019 0.034 0.081 0.186 0.445 0.224 62 L 0.016 0.026 0.049 0.100 0.199 0.431 0.180 63 D 0.040 0.111 0.198 0.239 0.192 0.158 0.063 64 L 0.023 0.036 0.070 0.150 0.252 0.327 0.142 65 F 0.015 0.024 0.030 0.073 0.196 0.454 0.209 66 E 0.037 0.065 0.117 0.205 0.269 0.241 0.065 67 E 0.166 0.277 0.244 0.184 0.087 0.035 0.006 68 G 0.096 0.146 0.195 0.261 0.199 0.093 0.010 69 A 0.120 0.218 0.270 0.244 0.112 0.034 0.003 70 A 0.299 0.279 0.198 0.149 0.062 0.012 0.001 71 E 0.722 0.217 0.047 0.012 0.002 0.001 0.001 72 G 0.727 0.183 0.054 0.026 0.008 0.001 0.001 73 K 0.407 0.313 0.181 0.077 0.019 0.003 0.001 74 K 0.432 0.385 0.135 0.040 0.007 0.001 0.001 75 V 0.041 0.066 0.157 0.329 0.316 0.087 0.004 76 T 0.184 0.365 0.276 0.130 0.036 0.008 0.001 77 D 0.133 0.256 0.276 0.205 0.097 0.030 0.002 78 L 0.045 0.058 0.103 0.227 0.322 0.219 0.026 79 T 0.093 0.195 0.221 0.213 0.162 0.101 0.015 80 G 0.086 0.152 0.206 0.266 0.183 0.091 0.014 81 E 0.212 0.352 0.218 0.130 0.061 0.023 0.004 82 D 0.044 0.137 0.236 0.290 0.195 0.088 0.010 83 V 0.005 0.011 0.024 0.086 0.292 0.479 0.103 84 A 0.023 0.118 0.270 0.358 0.176 0.051 0.004 85 A 0.036 0.239 0.377 0.243 0.083 0.021 0.002 86 F 0.002 0.005 0.016 0.102 0.385 0.448 0.041 87 C 0.003 0.010 0.026 0.090 0.300 0.502 0.068 88 D 0.068 0.234 0.311 0.257 0.101 0.027 0.002 89 E 0.035 0.196 0.350 0.302 0.099 0.017 0.001 90 L 0.006 0.016 0.054 0.226 0.422 0.266 0.011 91 M 0.031 0.109 0.256 0.354 0.211 0.039 0.001 92 K 0.546 0.361 0.077 0.014 0.001 0.001 0.001 93 D 0.567 0.290 0.108 0.031 0.004 0.001 0.001 94 T 0.661 0.222 0.077 0.032 0.007 0.001 0.001 95 K 0.671 0.235 0.071 0.019 0.003 0.001 0.001 96 T 0.644 0.238 0.080 0.030 0.008 0.001 0.001 97 W 0.157 0.178 0.235 0.262 0.141 0.026 0.001 98 M 0.163 0.278 0.293 0.192 0.062 0.012 0.001 99 D 0.502 0.345 0.112 0.033 0.007 0.001 0.001 100 K 0.344 0.323 0.199 0.101 0.028 0.005 0.001 101 Y 0.093 0.121 0.187 0.301 0.227 0.070 0.002 102 R 0.094 0.204 0.313 0.268 0.101 0.019 0.001 103 T 0.523 0.358 0.093 0.022 0.003 0.001 0.001 104 K 0.353 0.344 0.195 0.084 0.020 0.003 0.001 105 L 0.101 0.086 0.136 0.279 0.287 0.109 0.002 106 N 0.284 0.269 0.243 0.143 0.050 0.010 0.001 107 D 0.640 0.264 0.071 0.020 0.004 0.001 0.001 108 S 0.474 0.270 0.166 0.069 0.017 0.003 0.001 109 I 0.379 0.157 0.172 0.188 0.087 0.017 0.001 110 G 0.592 0.255 0.107 0.036 0.008 0.001 0.001 111 R 0.822 0.142 0.027 0.007 0.001 0.001 0.001 112 D 0.866 0.101 0.024 0.007 0.001 0.001 0.001