# TARGET T0283 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0283.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.04591 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.016 0.911 0.001 0.002 0.002 0.001 0.006 0.009 0.001 0.005 0.047 2 S 0.007 0.942 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.009 0.032 3 F 0.028 0.906 0.005 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.001 0.019 0.024 4 I 0.076 0.776 0.013 0.003 0.001 0.001 0.010 0.028 0.005 0.038 0.047 5 E 0.117 0.410 0.014 0.010 0.003 0.005 0.057 0.006 0.008 0.121 0.248 6 K 0.054 0.185 0.027 0.020 0.003 0.006 0.087 0.006 0.009 0.101 0.502 7 M 0.134 0.245 0.009 0.011 0.005 0.008 0.097 0.022 0.003 0.076 0.390 8 I 0.190 0.122 0.008 0.012 0.005 0.010 0.077 0.007 0.004 0.056 0.508 9 G 0.044 0.154 0.004 0.014 0.006 0.015 0.089 0.005 0.002 0.032 0.635 10 S 0.148 0.294 0.005 0.006 0.005 0.013 0.063 0.009 0.002 0.031 0.424 11 L 0.190 0.432 0.005 0.013 0.007 0.008 0.041 0.009 0.002 0.027 0.267 12 N 0.040 0.537 0.002 0.008 0.004 0.008 0.047 0.004 0.001 0.025 0.324 13 D 0.017 0.844 0.001 0.004 0.002 0.004 0.014 0.003 0.001 0.011 0.100 14 K 0.008 0.937 0.001 0.003 0.002 0.002 0.005 0.001 0.001 0.006 0.033 15 R 0.004 0.956 0.001 0.002 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.007 0.020 16 E 0.001 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 17 W 0.004 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.006 18 K 0.008 0.877 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.095 0.011 19 A 0.002 0.922 0.006 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.039 0.020 20 M 0.013 0.956 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.006 0.013 21 E 0.010 0.879 0.002 0.002 0.001 0.002 0.004 0.002 0.001 0.054 0.043 22 A 0.017 0.717 0.038 0.001 0.001 0.001 0.022 0.003 0.020 0.071 0.108 23 R 0.275 0.444 0.029 0.002 0.001 0.002 0.019 0.058 0.015 0.064 0.092 24 A 0.503 0.078 0.005 0.003 0.001 0.003 0.038 0.020 0.005 0.067 0.275 25 K 0.035 0.023 0.001 0.008 0.002 0.005 0.068 0.001 0.001 0.010 0.848 26 A 0.002 0.039 0.003 0.010 0.002 0.004 0.083 0.001 0.001 0.010 0.846 27 L 0.035 0.133 0.004 0.004 0.013 0.007 0.138 0.042 0.002 0.071 0.551 28 P 0.194 0.723 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.001 0.013 0.056 29 K 0.075 0.705 0.002 0.003 0.001 0.001 0.017 0.002 0.001 0.048 0.147 30 E 0.007 0.854 0.001 0.002 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.047 0.073 31 Y 0.003 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.012 32 H 0.004 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.009 33 H 0.002 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 0.009 34 A 0.001 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 35 Y 0.002 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.003 36 K 0.003 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.007 37 A 0.003 0.964 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.012 0.013 38 I 0.009 0.963 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.005 0.010 39 Q 0.034 0.849 0.002 0.003 0.001 0.001 0.009 0.004 0.001 0.051 0.045 40 K 0.028 0.167 0.005 0.006 0.002 0.004 0.036 0.002 0.001 0.601 0.149 41 Y 0.037 0.184 0.024 0.022 0.003 0.007 0.071 0.008 0.006 0.478 0.159 42 M 0.165 0.044 0.055 0.060 0.006 0.013 0.094 0.015 0.018 0.287 0.242 43 W 0.098 0.013 0.008 0.092 0.010 0.022 0.113 0.004 0.006 0.084 0.549 44 T 0.091 0.004 0.001 0.023 0.006 0.020 0.102 0.002 0.001 0.052 0.698 45 S 0.058 0.003 0.001 0.023 0.004 0.011 0.132 0.002 0.001 0.051 0.713 46 G 0.019 0.003 0.001 0.019 0.004 0.012 0.180 0.004 0.001 0.025 0.732 47 G 0.119 0.058 0.001 0.015 0.006 0.008 0.108 0.004 0.001 0.021 0.658 48 P 0.062 0.102 0.001 0.020 0.019 0.023 0.138 0.018 0.001 0.027 0.589 49 T 0.108 0.250 0.002 0.019 0.006 0.014 0.094 0.012 0.001 0.064 0.430 50 D 0.057 0.113 0.005 0.020 0.008 0.009 0.055 0.004 0.001 0.572 0.156 51 W 0.034 0.469 0.005 0.013 0.006 0.010 0.053 0.006 0.001 0.176 0.226 52 Q 0.059 0.591 0.006 0.009 0.005 0.010 0.031 0.008 0.001 0.083 0.198 53 D 0.019 0.552 0.005 0.011 0.006 0.008 0.034 0.007 0.001 0.154 0.203 54 T 0.033 0.793 0.002 0.002 0.002 0.005 0.017 0.013 0.001 0.032 0.101 55 K 0.073 0.552 0.010 0.006 0.003 0.005 0.018 0.017 0.003 0.180 0.134 56 R 0.062 0.351 0.031 0.006 0.003 0.004 0.053 0.007 0.013 0.271 0.199 57 I 0.040 0.684 0.005 0.002 0.001 0.001 0.035 0.007 0.002 0.047 0.175 58 F 0.026 0.892 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.005 0.001 0.015 0.048 59 G 0.014 0.885 0.002 0.002 0.001 0.001 0.018 0.002 0.001 0.021 0.055 60 G 0.004 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.006 0.022 61 I 0.004 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.011 0.011 62 L 0.003 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.014 0.008 63 D 0.005 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.026 0.008 64 L 0.007 0.891 0.008 0.003 0.001 0.001 0.005 0.004 0.002 0.062 0.018 65 F 0.011 0.929 0.006 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.002 0.016 0.023 66 E 0.030 0.888 0.002 0.001 0.001 0.002 0.006 0.006 0.001 0.015 0.050 67 E 0.012 0.769 0.007 0.001 0.001 0.002 0.015 0.002 0.005 0.062 0.124 68 G 0.048 0.174 0.280 0.001 0.001 0.002 0.034 0.009 0.196 0.121 0.133 69 A 0.709 0.055 0.015 0.001 0.001 0.001 0.014 0.030 0.011 0.039 0.125 70 A 0.318 0.010 0.001 0.001 0.001 0.002 0.035 0.004 0.001 0.030 0.598 71 E 0.010 0.007 0.001 0.006 0.001 0.002 0.055 0.001 0.001 0.007 0.912 72 G 0.008 0.006 0.002 0.007 0.003 0.006 0.071 0.001 0.001 0.020 0.875 73 K 0.020 0.013 0.001 0.015 0.066 0.031 0.131 0.008 0.001 0.062 0.651 74 K 0.089 0.060 0.001 0.054 0.009 0.019 0.098 0.005 0.001 0.050 0.614 75 V 0.071 0.093 0.003 0.106 0.022 0.024 0.101 0.010 0.001 0.075 0.495 76 T 0.059 0.074 0.002 0.174 0.031 0.045 0.136 0.007 0.001 0.064 0.406 77 D 0.041 0.036 0.002 0.209 0.038 0.057 0.095 0.004 0.001 0.074 0.444 78 L 0.023 0.082 0.003 0.240 0.040 0.049 0.118 0.004 0.001 0.056 0.383 79 T 0.048 0.421 0.003 0.040 0.022 0.026 0.072 0.009 0.001 0.049 0.310 80 G 0.054 0.693 0.002 0.014 0.005 0.009 0.027 0.006 0.001 0.039 0.150 81 E 0.020 0.485 0.003 0.019 0.006 0.008 0.046 0.003 0.001 0.232 0.176 82 D 0.007 0.848 0.003 0.003 0.001 0.002 0.011 0.003 0.001 0.085 0.037 83 V 0.006 0.944 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.020 0.021 84 A 0.004 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.032 0.015 85 A 0.003 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 0.010 86 F 0.001 0.984 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.005 87 C 0.011 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.005 88 D 0.019 0.719 0.003 0.001 0.001 0.001 0.010 0.003 0.002 0.159 0.083 89 E 0.031 0.385 0.046 0.002 0.001 0.001 0.049 0.005 0.018 0.320 0.144 90 L 0.188 0.066 0.139 0.007 0.001 0.002 0.053 0.030 0.051 0.317 0.146 91 M 0.315 0.029 0.018 0.009 0.001 0.003 0.068 0.009 0.018 0.075 0.454 92 K 0.056 0.005 0.001 0.003 0.001 0.002 0.048 0.001 0.001 0.011 0.872 93 D 0.027 0.032 0.001 0.003 0.001 0.003 0.074 0.003 0.001 0.017 0.840 94 T 0.059 0.064 0.001 0.002 0.002 0.004 0.093 0.012 0.001 0.018 0.744 95 K 0.053 0.219 0.001 0.013 0.007 0.015 0.066 0.009 0.001 0.023 0.593 96 T 0.034 0.719 0.001 0.010 0.006 0.011 0.030 0.003 0.001 0.014 0.171 97 W 0.021 0.854 0.003 0.010 0.007 0.007 0.013 0.003 0.001 0.010 0.071 98 M 0.019 0.915 0.001 0.005 0.003 0.003 0.007 0.003 0.001 0.008 0.036 99 D 0.023 0.363 0.002 0.017 0.007 0.007 0.023 0.003 0.001 0.454 0.102 100 K 0.005 0.773 0.015 0.009 0.003 0.004 0.016 0.004 0.003 0.102 0.065 101 Y 0.039 0.850 0.008 0.002 0.002 0.003 0.009 0.014 0.001 0.014 0.056 102 R 0.082 0.369 0.019 0.008 0.011 0.014 0.022 0.012 0.008 0.266 0.189 103 T 0.054 0.504 0.003 0.004 0.002 0.005 0.046 0.004 0.002 0.055 0.321 104 K 0.160 0.201 0.068 0.008 0.003 0.007 0.051 0.023 0.028 0.148 0.303 105 L 0.141 0.383 0.019 0.008 0.003 0.004 0.068 0.019 0.008 0.040 0.307 106 N 0.112 0.150 0.002 0.003 0.003 0.006 0.064 0.004 0.002 0.017 0.637 107 D 0.071 0.106 0.014 0.017 0.009 0.017 0.112 0.018 0.003 0.075 0.558 108 S 0.165 0.047 0.007 0.017 0.010 0.031 0.124 0.014 0.004 0.083 0.499 109 I 0.179 0.020 0.008 0.031 0.016 0.030 0.073 0.006 0.003 0.055 0.578 110 G 0.071 0.011 0.002 0.016 0.013 0.017 0.090 0.002 0.001 0.022 0.755 111 R 0.023 0.004 0.001 0.010 0.014 0.020 0.102 0.004 0.001 0.018 0.803 112 D 0.034 0.007 0.001 0.014 0.017 0.019 0.120 0.007 0.001 0.025 0.755