# TARGET T0283 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t3c1-near-backbone-11-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0283.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.04591 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.130 0.071 0.052 0.112 0.118 0.130 0.147 0.096 0.070 0.046 0.028 2 S 0.365 0.177 0.127 0.149 0.088 0.049 0.024 0.011 0.006 0.002 0.001 3 F 0.021 0.043 0.043 0.087 0.087 0.097 0.163 0.145 0.143 0.106 0.065 4 I 0.006 0.008 0.013 0.022 0.042 0.082 0.187 0.164 0.188 0.157 0.131 5 E 0.068 0.069 0.293 0.271 0.131 0.073 0.053 0.019 0.014 0.008 0.003 6 K 0.013 0.032 0.101 0.172 0.149 0.168 0.211 0.082 0.037 0.023 0.010 7 M 0.003 0.004 0.010 0.010 0.011 0.022 0.099 0.142 0.235 0.253 0.211 8 I 0.078 0.056 0.069 0.136 0.151 0.151 0.174 0.090 0.050 0.030 0.014 9 G 0.223 0.146 0.363 0.135 0.066 0.033 0.016 0.008 0.006 0.002 0.001 10 S 0.109 0.104 0.062 0.123 0.121 0.131 0.184 0.081 0.049 0.022 0.013 11 L 0.170 0.081 0.032 0.068 0.068 0.086 0.172 0.121 0.098 0.062 0.042 12 N 0.359 0.201 0.183 0.161 0.057 0.022 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 13 D 0.177 0.224 0.195 0.148 0.101 0.075 0.047 0.020 0.009 0.003 0.001 14 K 0.104 0.064 0.054 0.104 0.115 0.138 0.190 0.108 0.071 0.035 0.018 15 R 0.337 0.121 0.230 0.139 0.069 0.048 0.030 0.013 0.007 0.003 0.001 16 E 0.026 0.146 0.246 0.209 0.143 0.122 0.064 0.029 0.011 0.003 0.001 17 W 0.002 0.005 0.028 0.019 0.029 0.080 0.239 0.188 0.180 0.140 0.091 18 K 0.082 0.056 0.335 0.238 0.125 0.081 0.055 0.016 0.006 0.004 0.001 19 A 0.018 0.066 0.448 0.230 0.104 0.080 0.037 0.011 0.004 0.001 0.001 20 M 0.001 0.002 0.018 0.007 0.008 0.036 0.155 0.175 0.233 0.224 0.141 21 E 0.003 0.013 0.038 0.100 0.188 0.280 0.283 0.057 0.022 0.013 0.003 22 A 0.034 0.024 0.802 0.102 0.021 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 23 R 0.002 0.008 0.042 0.071 0.079 0.147 0.374 0.164 0.065 0.033 0.014 24 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.046 0.102 0.261 0.322 0.258 25 K 0.012 0.029 0.369 0.276 0.189 0.076 0.038 0.006 0.003 0.002 0.001 26 A 0.038 0.054 0.616 0.166 0.057 0.038 0.022 0.007 0.002 0.001 0.001 27 L 0.002 0.005 0.005 0.008 0.011 0.032 0.177 0.229 0.225 0.171 0.134 28 P 0.091 0.089 0.040 0.069 0.088 0.141 0.210 0.146 0.073 0.033 0.019 29 K 0.303 0.107 0.390 0.138 0.043 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 30 E 0.203 0.204 0.138 0.161 0.142 0.094 0.041 0.011 0.004 0.001 0.001 31 Y 0.003 0.006 0.004 0.010 0.011 0.029 0.118 0.149 0.263 0.215 0.193 32 H 0.028 0.036 0.086 0.172 0.191 0.185 0.194 0.059 0.027 0.015 0.006 33 H 0.040 0.039 0.596 0.198 0.058 0.033 0.021 0.009 0.004 0.002 0.001 34 A 0.002 0.016 0.048 0.044 0.060 0.121 0.234 0.208 0.149 0.082 0.036 35 Y 0.001 0.002 0.004 0.006 0.013 0.049 0.177 0.198 0.245 0.189 0.116 36 K 0.049 0.054 0.448 0.239 0.125 0.052 0.022 0.006 0.003 0.002 0.001 37 A 0.020 0.052 0.206 0.278 0.178 0.152 0.084 0.024 0.005 0.001 0.001 38 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.046 0.200 0.340 0.392 39 Q 0.002 0.006 0.026 0.050 0.130 0.263 0.344 0.093 0.046 0.030 0.009 40 K 0.004 0.017 0.705 0.162 0.060 0.029 0.013 0.005 0.003 0.002 0.001 41 Y 0.001 0.001 0.012 0.019 0.033 0.109 0.457 0.203 0.078 0.054 0.032 42 M 0.001 0.001 0.005 0.004 0.003 0.005 0.032 0.091 0.215 0.329 0.315 43 W 0.003 0.004 0.022 0.017 0.040 0.077 0.170 0.182 0.189 0.173 0.124 44 T 0.026 0.095 0.261 0.219 0.147 0.089 0.069 0.035 0.026 0.018 0.015 45 S 0.032 0.033 0.014 0.061 0.081 0.126 0.228 0.153 0.129 0.090 0.053 46 G 0.255 0.112 0.026 0.083 0.066 0.059 0.077 0.079 0.099 0.079 0.064 47 G 0.147 0.120 0.027 0.134 0.111 0.113 0.145 0.071 0.062 0.039 0.031 48 P 0.149 0.124 0.046 0.147 0.124 0.087 0.095 0.073 0.064 0.054 0.039 49 T 0.101 0.060 0.023 0.060 0.067 0.085 0.135 0.124 0.140 0.108 0.096 50 D 0.203 0.264 0.070 0.190 0.116 0.066 0.041 0.023 0.016 0.008 0.005 51 W 0.047 0.036 0.017 0.056 0.066 0.087 0.162 0.127 0.145 0.139 0.119 52 Q 0.339 0.187 0.061 0.161 0.096 0.058 0.044 0.024 0.016 0.009 0.005 53 D 0.087 0.151 0.057 0.178 0.147 0.119 0.114 0.065 0.045 0.025 0.012 54 T 0.031 0.037 0.028 0.063 0.073 0.099 0.149 0.133 0.157 0.129 0.101 55 K 0.085 0.051 0.067 0.153 0.158 0.151 0.155 0.069 0.062 0.033 0.016 56 R 0.044 0.054 0.135 0.266 0.166 0.120 0.119 0.050 0.025 0.015 0.007 57 I 0.001 0.002 0.005 0.007 0.010 0.017 0.077 0.125 0.201 0.275 0.279 58 F 0.002 0.005 0.009 0.015 0.028 0.057 0.149 0.216 0.216 0.175 0.127 59 G 0.059 0.069 0.279 0.223 0.164 0.101 0.051 0.024 0.018 0.009 0.004 60 G 0.028 0.047 0.057 0.138 0.182 0.209 0.196 0.084 0.037 0.016 0.006 61 I 0.002 0.004 0.003 0.010 0.011 0.018 0.070 0.124 0.248 0.263 0.246 62 L 0.002 0.002 0.004 0.010 0.021 0.058 0.172 0.203 0.221 0.171 0.135 63 D 0.018 0.050 0.255 0.270 0.201 0.104 0.057 0.026 0.012 0.005 0.002 64 L 0.001 0.002 0.011 0.017 0.026 0.050 0.162 0.172 0.204 0.200 0.155 65 F 0.002 0.002 0.007 0.009 0.013 0.021 0.076 0.123 0.249 0.266 0.232 66 E 0.007 0.015 0.063 0.095 0.107 0.138 0.245 0.126 0.098 0.071 0.035 67 E 0.014 0.033 0.153 0.186 0.190 0.173 0.144 0.056 0.030 0.016 0.006 68 G 0.014 0.012 0.047 0.039 0.034 0.058 0.180 0.139 0.190 0.171 0.116 69 A 0.061 0.075 0.061 0.170 0.138 0.120 0.191 0.096 0.047 0.028 0.013 70 A 0.061 0.047 0.081 0.057 0.064 0.087 0.153 0.140 0.123 0.105 0.081 71 E 0.159 0.308 0.098 0.206 0.114 0.060 0.034 0.012 0.005 0.002 0.001 72 G 0.429 0.185 0.068 0.101 0.084 0.052 0.035 0.022 0.015 0.007 0.002 73 K 0.370 0.090 0.033 0.082 0.089 0.079 0.090 0.066 0.048 0.032 0.022 74 K 0.275 0.345 0.058 0.175 0.091 0.036 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 75 V 0.001 0.002 0.003 0.004 0.008 0.018 0.063 0.108 0.188 0.276 0.328 76 T 0.092 0.105 0.130 0.228 0.184 0.121 0.086 0.026 0.016 0.008 0.005 77 D 0.067 0.080 0.217 0.313 0.144 0.077 0.049 0.025 0.015 0.009 0.002 78 L 0.003 0.003 0.004 0.006 0.015 0.045 0.135 0.229 0.196 0.198 0.166 79 T 0.045 0.137 0.028 0.101 0.083 0.100 0.119 0.159 0.122 0.061 0.046 80 G 0.077 0.067 0.064 0.110 0.130 0.131 0.121 0.091 0.093 0.070 0.046 81 E 0.441 0.160 0.088 0.152 0.083 0.040 0.019 0.008 0.005 0.002 0.001 82 D 0.030 0.056 0.012 0.104 0.108 0.129 0.224 0.130 0.109 0.063 0.036 83 V 0.003 0.006 0.005 0.011 0.013 0.023 0.072 0.113 0.218 0.262 0.275 84 A 0.026 0.033 0.084 0.173 0.190 0.183 0.169 0.066 0.043 0.023 0.011 85 A 0.043 0.051 0.282 0.276 0.139 0.092 0.068 0.028 0.013 0.007 0.002 86 F 0.001 0.002 0.005 0.010 0.017 0.031 0.133 0.173 0.224 0.229 0.176 87 C 0.001 0.001 0.003 0.005 0.009 0.024 0.099 0.175 0.256 0.236 0.192 88 D 0.023 0.031 0.260 0.208 0.217 0.132 0.075 0.025 0.017 0.008 0.003 89 E 0.024 0.030 0.173 0.216 0.184 0.162 0.143 0.044 0.015 0.006 0.002 90 L 0.001 0.001 0.004 0.004 0.004 0.007 0.053 0.097 0.246 0.302 0.281 91 M 0.004 0.003 0.010 0.010 0.025 0.065 0.234 0.251 0.182 0.135 0.081 92 K 0.037 0.098 0.588 0.180 0.065 0.020 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 93 D 0.105 0.139 0.160 0.138 0.133 0.148 0.117 0.039 0.014 0.005 0.001 94 T 0.369 0.132 0.042 0.088 0.068 0.060 0.093 0.067 0.047 0.022 0.011 95 K 0.603 0.119 0.072 0.082 0.053 0.037 0.022 0.007 0.004 0.001 0.001 96 T 0.260 0.149 0.322 0.150 0.068 0.030 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 97 W 0.013 0.031 0.048 0.047 0.056 0.106 0.250 0.178 0.126 0.084 0.062 98 M 0.033 0.068 0.107 0.140 0.133 0.157 0.180 0.094 0.050 0.025 0.013 99 D 0.150 0.092 0.427 0.179 0.076 0.041 0.020 0.008 0.004 0.002 0.001 100 K 0.103 0.080 0.159 0.183 0.143 0.141 0.111 0.046 0.022 0.009 0.003 101 Y 0.011 0.027 0.029 0.033 0.035 0.068 0.168 0.177 0.220 0.150 0.083 102 R 0.011 0.031 0.070 0.145 0.177 0.200 0.219 0.070 0.040 0.025 0.011 103 T 0.082 0.051 0.591 0.147 0.056 0.033 0.022 0.008 0.005 0.003 0.001 104 K 0.033 0.052 0.131 0.255 0.165 0.150 0.152 0.043 0.013 0.006 0.002 105 L 0.002 0.003 0.006 0.004 0.005 0.015 0.084 0.150 0.240 0.276 0.215 106 N 0.041 0.074 0.117 0.207 0.214 0.155 0.111 0.042 0.021 0.012 0.006 107 D 0.201 0.099 0.468 0.123 0.057 0.028 0.013 0.005 0.004 0.002 0.001 108 S 0.168 0.087 0.082 0.162 0.148 0.129 0.126 0.057 0.026 0.011 0.005 109 I 0.020 0.014 0.008 0.012 0.017 0.039 0.142 0.180 0.234 0.175 0.160 110 G 0.111 0.168 0.173 0.222 0.134 0.074 0.057 0.028 0.017 0.009 0.006 111 R 0.154 0.147 0.245 0.181 0.113 0.071 0.050 0.020 0.011 0.006 0.003 112 D 0.397 0.171 0.096 0.129 0.087 0.055 0.034 0.016 0.010 0.004 0.001