# TARGET T0283 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0283.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.04591 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.038 0.023 0.012 0.011 0.002 0.006 0.024 0.002 0.001 0.002 0.880 2 S 0.018 0.017 0.002 0.005 0.003 0.004 0.174 0.001 0.001 0.002 0.774 3 F 0.119 0.078 0.002 0.006 0.004 0.005 0.187 0.002 0.001 0.008 0.588 4 I 0.041 0.592 0.002 0.006 0.003 0.007 0.069 0.001 0.001 0.002 0.275 5 E 0.026 0.679 0.001 0.004 0.004 0.009 0.086 0.003 0.001 0.003 0.185 6 K 0.053 0.842 0.001 0.001 0.002 0.003 0.014 0.004 0.001 0.001 0.079 7 M 0.036 0.932 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.021 8 I 0.014 0.947 0.002 0.001 0.002 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 0.021 9 G 0.070 0.718 0.004 0.002 0.004 0.004 0.004 0.058 0.001 0.001 0.135 10 S 0.312 0.510 0.078 0.001 0.001 0.002 0.011 0.015 0.001 0.001 0.069 11 L 0.125 0.448 0.050 0.015 0.008 0.012 0.034 0.054 0.001 0.003 0.251 12 N 0.108 0.235 0.056 0.027 0.010 0.017 0.100 0.020 0.001 0.006 0.420 13 D 0.133 0.153 0.013 0.008 0.004 0.005 0.062 0.012 0.001 0.003 0.607 14 K 0.190 0.244 0.009 0.012 0.003 0.005 0.081 0.011 0.001 0.008 0.438 15 R 0.086 0.134 0.010 0.005 0.003 0.004 0.277 0.004 0.001 0.009 0.467 16 E 0.083 0.340 0.009 0.007 0.005 0.008 0.192 0.004 0.001 0.004 0.347 17 W 0.080 0.664 0.003 0.008 0.004 0.008 0.026 0.005 0.001 0.002 0.201 18 K 0.053 0.721 0.002 0.002 0.001 0.003 0.032 0.002 0.001 0.002 0.182 19 A 0.044 0.724 0.002 0.001 0.002 0.003 0.018 0.005 0.001 0.001 0.200 20 M 0.030 0.899 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.060 21 E 0.015 0.935 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.005 0.001 0.001 0.033 22 A 0.012 0.917 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.060 23 R 0.013 0.947 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.035 24 A 0.024 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.014 25 K 0.033 0.936 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 0.001 0.001 0.017 26 A 0.177 0.704 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.001 0.001 0.045 27 L 0.512 0.389 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.061 28 P 0.007 0.010 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.963 29 K 0.007 0.010 0.020 0.008 0.001 0.003 0.062 0.001 0.001 0.001 0.889 30 E 0.110 0.019 0.001 0.016 0.003 0.004 0.226 0.004 0.001 0.002 0.615 31 Y 0.311 0.383 0.001 0.032 0.003 0.005 0.062 0.002 0.001 0.003 0.199 32 H 0.031 0.720 0.002 0.021 0.002 0.005 0.042 0.001 0.001 0.001 0.175 33 H 0.025 0.648 0.001 0.009 0.003 0.004 0.060 0.002 0.001 0.001 0.246 34 A 0.065 0.833 0.002 0.003 0.001 0.003 0.015 0.003 0.001 0.001 0.073 35 Y 0.011 0.957 0.001 0.002 0.001 0.003 0.005 0.002 0.001 0.001 0.016 36 K 0.005 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.039 37 A 0.017 0.914 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.061 38 I 0.014 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.014 39 Q 0.010 0.970 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.011 40 K 0.009 0.952 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 0.027 41 Y 0.057 0.888 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.034 42 M 0.059 0.898 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.027 43 W 0.024 0.848 0.014 0.010 0.009 0.016 0.004 0.022 0.001 0.001 0.053 44 T 0.104 0.580 0.014 0.015 0.011 0.025 0.022 0.025 0.001 0.001 0.204 45 S 0.107 0.247 0.020 0.025 0.012 0.020 0.024 0.017 0.001 0.001 0.526 46 G 0.105 0.093 0.032 0.043 0.016 0.038 0.115 0.020 0.001 0.008 0.530 47 G 0.173 0.025 0.054 0.022 0.011 0.013 0.108 0.007 0.001 0.007 0.581 48 P 0.024 0.009 0.010 0.008 0.002 0.003 0.019 0.001 0.001 0.001 0.923 49 T 0.031 0.013 0.003 0.037 0.039 0.059 0.127 0.001 0.001 0.003 0.687 50 D 0.100 0.030 0.001 0.018 0.016 0.021 0.090 0.001 0.001 0.004 0.719 51 W 0.149 0.181 0.002 0.031 0.024 0.039 0.128 0.005 0.001 0.008 0.433 52 Q 0.119 0.170 0.008 0.015 0.010 0.024 0.233 0.003 0.001 0.017 0.400 53 D 0.092 0.148 0.003 0.008 0.009 0.013 0.424 0.009 0.001 0.017 0.278 54 T 0.151 0.425 0.016 0.010 0.005 0.008 0.086 0.008 0.001 0.014 0.278 55 K 0.028 0.574 0.006 0.005 0.005 0.005 0.107 0.006 0.001 0.004 0.259 56 R 0.051 0.464 0.004 0.004 0.007 0.011 0.196 0.013 0.001 0.009 0.241 57 I 0.044 0.860 0.007 0.002 0.003 0.007 0.013 0.003 0.001 0.001 0.060 58 F 0.012 0.929 0.001 0.002 0.003 0.006 0.008 0.004 0.001 0.001 0.033 59 G 0.023 0.823 0.001 0.001 0.002 0.004 0.007 0.009 0.001 0.001 0.128 60 G 0.103 0.709 0.006 0.001 0.001 0.001 0.015 0.025 0.001 0.002 0.137 61 I 0.067 0.815 0.068 0.001 0.001 0.001 0.014 0.003 0.001 0.001 0.031 62 L 0.008 0.903 0.003 0.006 0.003 0.004 0.006 0.009 0.001 0.001 0.057 63 D 0.024 0.836 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.003 0.001 0.001 0.122 64 L 0.022 0.894 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.075 65 F 0.010 0.966 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.014 66 E 0.005 0.962 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.001 0.001 0.018 67 E 0.009 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.012 68 G 0.039 0.932 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.014 69 A 0.032 0.939 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.011 70 A 0.026 0.853 0.034 0.003 0.005 0.008 0.008 0.028 0.001 0.001 0.036 71 E 0.078 0.706 0.007 0.005 0.007 0.007 0.021 0.042 0.001 0.001 0.126 72 G 0.355 0.172 0.019 0.009 0.004 0.005 0.031 0.141 0.001 0.010 0.254 73 K 0.170 0.032 0.626 0.007 0.002 0.003 0.044 0.004 0.001 0.010 0.102 74 K 0.018 0.014 0.065 0.055 0.025 0.021 0.204 0.004 0.001 0.004 0.589 75 V 0.015 0.011 0.014 0.078 0.027 0.058 0.054 0.001 0.001 0.003 0.739 76 T 0.012 0.029 0.001 0.329 0.135 0.265 0.082 0.001 0.001 0.003 0.144 77 D 0.072 0.095 0.001 0.058 0.022 0.036 0.074 0.003 0.001 0.004 0.636 78 L 0.180 0.249 0.004 0.213 0.062 0.083 0.031 0.008 0.001 0.005 0.165 79 T 0.106 0.200 0.009 0.105 0.054 0.108 0.165 0.012 0.001 0.009 0.232 80 G 0.111 0.051 0.014 0.045 0.014 0.028 0.089 0.014 0.001 0.009 0.623 81 E 0.056 0.035 0.029 0.034 0.009 0.018 0.187 0.004 0.001 0.008 0.620 82 D 0.043 0.016 0.004 0.005 0.002 0.002 0.383 0.002 0.001 0.005 0.538 83 V 0.050 0.164 0.014 0.017 0.004 0.007 0.155 0.001 0.001 0.006 0.582 84 A 0.022 0.453 0.001 0.011 0.004 0.009 0.165 0.002 0.001 0.007 0.326 85 A 0.057 0.525 0.001 0.002 0.001 0.004 0.199 0.003 0.001 0.004 0.205 86 F 0.073 0.848 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.068 87 C 0.018 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 88 D 0.002 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.019 89 E 0.017 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.028 90 L 0.033 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.005 91 M 0.061 0.887 0.011 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 0.022 92 K 0.048 0.861 0.031 0.002 0.001 0.003 0.003 0.022 0.001 0.001 0.029 93 D 0.178 0.494 0.005 0.003 0.002 0.001 0.003 0.080 0.001 0.001 0.235 94 T 0.195 0.325 0.034 0.006 0.002 0.002 0.017 0.045 0.001 0.001 0.373 95 K 0.059 0.087 0.037 0.010 0.002 0.004 0.133 0.018 0.001 0.006 0.644 96 T 0.092 0.070 0.026 0.008 0.002 0.003 0.406 0.004 0.001 0.005 0.383 97 W 0.114 0.231 0.006 0.012 0.003 0.005 0.165 0.002 0.001 0.005 0.457 98 M 0.048 0.534 0.003 0.016 0.007 0.013 0.135 0.002 0.001 0.004 0.236 99 D 0.043 0.613 0.001 0.005 0.003 0.005 0.066 0.004 0.001 0.003 0.256 100 K 0.070 0.759 0.002 0.002 0.001 0.002 0.017 0.006 0.001 0.001 0.139 101 Y 0.071 0.815 0.003 0.001 0.002 0.003 0.016 0.012 0.001 0.001 0.075 102 R 0.042 0.852 0.009 0.002 0.002 0.006 0.010 0.010 0.001 0.002 0.064 103 T 0.023 0.840 0.004 0.001 0.001 0.002 0.005 0.012 0.001 0.001 0.111 104 K 0.108 0.781 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 0.001 0.001 0.084 105 L 0.101 0.804 0.015 0.002 0.002 0.003 0.009 0.013 0.001 0.001 0.051 106 N 0.042 0.756 0.012 0.007 0.006 0.009 0.024 0.027 0.001 0.002 0.115 107 D 0.046 0.649 0.009 0.004 0.003 0.005 0.025 0.014 0.001 0.002 0.244 108 S 0.085 0.608 0.005 0.003 0.003 0.003 0.039 0.014 0.001 0.002 0.238 109 I 0.114 0.629 0.011 0.008 0.008 0.013 0.084 0.034 0.001 0.006 0.094 110 G 0.099 0.689 0.018 0.012 0.011 0.019 0.025 0.022 0.001 0.003 0.104 111 R 0.093 0.624 0.010 0.004 0.005 0.011 0.014 0.013 0.001 0.001 0.223 112 D 0.169 0.414 0.006 0.005 0.007 0.007 0.013 0.029 0.001 0.001 0.350