# TARGET T0283 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0283.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7.04591 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.057 0.050 0.035 0.016 0.035 0.089 0.007 0.711 2 S 0.064 0.081 0.024 0.021 0.030 0.230 0.010 0.540 3 F 0.106 0.147 0.014 0.012 0.023 0.118 0.010 0.571 4 I 0.118 0.422 0.029 0.017 0.048 0.109 0.008 0.249 5 E 0.040 0.644 0.018 0.016 0.023 0.092 0.009 0.159 6 K 0.050 0.799 0.006 0.006 0.009 0.016 0.007 0.108 7 M 0.091 0.731 0.015 0.006 0.015 0.019 0.018 0.105 8 I 0.036 0.820 0.014 0.008 0.011 0.010 0.010 0.091 9 G 0.065 0.647 0.016 0.010 0.012 0.013 0.028 0.210 10 S 0.171 0.375 0.034 0.009 0.015 0.043 0.038 0.315 11 L 0.102 0.396 0.032 0.011 0.019 0.033 0.020 0.385 12 N 0.043 0.146 0.021 0.008 0.013 0.253 0.018 0.497 13 D 0.118 0.188 0.009 0.005 0.005 0.164 0.017 0.494 14 K 0.152 0.459 0.013 0.003 0.007 0.084 0.009 0.273 15 R 0.030 0.480 0.011 0.007 0.008 0.122 0.007 0.333 16 E 0.016 0.694 0.006 0.005 0.005 0.056 0.004 0.214 17 W 0.021 0.872 0.004 0.003 0.008 0.012 0.003 0.076 18 K 0.007 0.933 0.002 0.003 0.004 0.008 0.001 0.041 19 A 0.002 0.965 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.025 20 M 0.005 0.976 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.012 21 E 0.004 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 22 A 0.003 0.972 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.019 23 R 0.013 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.014 24 A 0.010 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 25 K 0.011 0.963 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.017 26 A 0.054 0.838 0.004 0.002 0.001 0.002 0.047 0.052 27 L 0.322 0.475 0.010 0.006 0.004 0.008 0.035 0.141 28 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 29 K 0.003 0.029 0.005 0.005 0.013 0.093 0.002 0.850 30 E 0.087 0.122 0.004 0.002 0.002 0.117 0.007 0.661 31 Y 0.097 0.636 0.003 0.002 0.002 0.026 0.003 0.230 32 H 0.028 0.848 0.006 0.002 0.002 0.014 0.002 0.098 33 H 0.005 0.883 0.003 0.002 0.002 0.008 0.001 0.095 34 A 0.007 0.955 0.001 0.002 0.002 0.004 0.002 0.028 35 Y 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 36 K 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 37 A 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 38 I 0.009 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 39 Q 0.004 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 40 K 0.003 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 41 Y 0.011 0.960 0.003 0.002 0.002 0.002 0.005 0.016 42 M 0.015 0.946 0.004 0.004 0.004 0.002 0.007 0.019 43 W 0.030 0.836 0.027 0.012 0.012 0.008 0.015 0.059 44 T 0.102 0.641 0.032 0.028 0.018 0.017 0.043 0.119 45 S 0.150 0.357 0.080 0.020 0.024 0.028 0.060 0.281 46 G 0.096 0.177 0.074 0.029 0.035 0.093 0.057 0.438 47 G 0.154 0.042 0.092 0.033 0.028 0.113 0.042 0.494 48 P 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.983 49 T 0.024 0.013 0.066 0.037 0.066 0.176 0.005 0.614 50 D 0.055 0.019 0.027 0.020 0.035 0.108 0.005 0.730 51 W 0.084 0.040 0.044 0.023 0.083 0.136 0.005 0.586 52 Q 0.070 0.031 0.014 0.010 0.022 0.548 0.005 0.300 53 D 0.205 0.148 0.010 0.008 0.012 0.171 0.013 0.433 54 T 0.222 0.316 0.020 0.009 0.018 0.073 0.015 0.328 55 K 0.099 0.304 0.029 0.011 0.020 0.212 0.019 0.307 56 R 0.158 0.296 0.020 0.010 0.018 0.158 0.023 0.317 57 I 0.083 0.663 0.018 0.006 0.012 0.068 0.009 0.140 58 F 0.031 0.750 0.027 0.006 0.015 0.036 0.008 0.126 59 G 0.028 0.684 0.015 0.003 0.008 0.034 0.008 0.220 60 G 0.109 0.554 0.007 0.003 0.004 0.059 0.017 0.246 61 I 0.081 0.755 0.009 0.002 0.003 0.021 0.011 0.119 62 L 0.018 0.863 0.009 0.002 0.004 0.012 0.006 0.086 63 D 0.018 0.874 0.006 0.002 0.003 0.013 0.006 0.078 64 L 0.022 0.915 0.008 0.002 0.002 0.006 0.006 0.040 65 F 0.025 0.901 0.005 0.002 0.004 0.009 0.008 0.047 66 E 0.031 0.866 0.015 0.004 0.005 0.012 0.009 0.059 67 E 0.010 0.945 0.006 0.003 0.003 0.002 0.003 0.028 68 G 0.034 0.867 0.012 0.005 0.009 0.004 0.012 0.057 69 A 0.028 0.883 0.010 0.006 0.014 0.006 0.008 0.045 70 A 0.042 0.833 0.012 0.010 0.012 0.011 0.018 0.062 71 E 0.215 0.573 0.016 0.012 0.008 0.022 0.079 0.075 72 G 0.625 0.104 0.016 0.007 0.003 0.004 0.156 0.085 73 K 0.374 0.048 0.344 0.037 0.026 0.049 0.028 0.095 74 K 0.004 0.010 0.036 0.013 0.018 0.036 0.003 0.880 75 V 0.052 0.029 0.140 0.059 0.231 0.101 0.006 0.382 76 T 0.024 0.037 0.127 0.069 0.061 0.101 0.006 0.576 77 D 0.045 0.037 0.081 0.021 0.044 0.081 0.011 0.681 78 L 0.149 0.084 0.255 0.045 0.048 0.085 0.017 0.319 79 T 0.042 0.151 0.146 0.047 0.050 0.186 0.013 0.366 80 G 0.072 0.116 0.126 0.033 0.068 0.072 0.020 0.493 81 E 0.070 0.054 0.093 0.011 0.022 0.234 0.006 0.511 82 D 0.032 0.095 0.018 0.008 0.012 0.318 0.006 0.510 83 V 0.052 0.412 0.025 0.006 0.023 0.086 0.006 0.391 84 A 0.010 0.614 0.008 0.003 0.007 0.129 0.004 0.225 85 A 0.033 0.662 0.002 0.001 0.002 0.137 0.005 0.156 86 F 0.019 0.947 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.027 87 C 0.004 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 88 D 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 89 E 0.015 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.011 90 L 0.081 0.885 0.002 0.001 0.001 0.001 0.013 0.016 91 M 0.070 0.845 0.015 0.003 0.005 0.003 0.014 0.044 92 K 0.110 0.583 0.019 0.006 0.007 0.020 0.038 0.217 93 D 0.225 0.304 0.041 0.004 0.004 0.015 0.083 0.323 94 T 0.249 0.165 0.050 0.004 0.004 0.049 0.073 0.405 95 K 0.103 0.064 0.106 0.010 0.007 0.153 0.038 0.519 96 T 0.043 0.038 0.064 0.010 0.011 0.265 0.008 0.561 97 W 0.051 0.089 0.049 0.010 0.025 0.148 0.003 0.626 98 M 0.033 0.143 0.035 0.012 0.032 0.273 0.004 0.468 99 D 0.040 0.242 0.014 0.008 0.016 0.190 0.006 0.484 100 K 0.056 0.576 0.005 0.006 0.009 0.081 0.005 0.264 101 Y 0.037 0.779 0.003 0.004 0.007 0.062 0.006 0.103 102 R 0.021 0.903 0.003 0.003 0.007 0.011 0.003 0.048 103 T 0.004 0.964 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.022 104 K 0.033 0.886 0.003 0.003 0.004 0.005 0.012 0.054 105 L 0.042 0.907 0.006 0.003 0.004 0.004 0.009 0.024 106 N 0.028 0.828 0.016 0.008 0.012 0.015 0.017 0.076 107 D 0.095 0.549 0.022 0.009 0.011 0.022 0.035 0.257 108 S 0.217 0.380 0.026 0.011 0.013 0.107 0.039 0.208 109 I 0.206 0.348 0.037 0.020 0.021 0.066 0.031 0.272 110 G 0.122 0.309 0.088 0.044 0.053 0.123 0.032 0.229 111 R 0.153 0.167 0.073 0.052 0.068 0.093 0.026 0.369 112 D 0.040 0.106 0.034 0.026 0.041 0.049 0.011 0.692