# TARGET T0386 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 191 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.014 0.008 0.006 0.044 0.340 0.588 2 P 0.032 0.021 0.008 0.077 0.296 0.566 3 K 0.039 0.015 0.013 0.076 0.365 0.492 4 A 0.074 0.016 0.041 0.286 0.374 0.210 5 K 0.092 0.016 0.047 0.387 0.255 0.204 6 A 0.149 0.026 0.064 0.327 0.258 0.176 7 K 0.195 0.026 0.060 0.324 0.233 0.162 8 T 0.239 0.013 0.046 0.319 0.214 0.168 9 K 0.246 0.010 0.036 0.262 0.245 0.200 10 N 0.156 0.006 0.025 0.186 0.276 0.350 11 T 0.232 0.017 0.034 0.154 0.252 0.312 12 E 0.328 0.028 0.039 0.150 0.188 0.267 13 I 0.319 0.019 0.040 0.111 0.230 0.281 14 I 0.326 0.028 0.040 0.067 0.271 0.267 15 S 0.204 0.016 0.039 0.045 0.401 0.295 16 P 0.153 0.010 0.062 0.040 0.457 0.278 17 H 0.158 0.017 0.060 0.026 0.421 0.318 18 H 0.295 0.013 0.038 0.020 0.311 0.322 19 Y 0.514 0.040 0.016 0.017 0.158 0.255 20 V 0.532 0.059 0.008 0.025 0.131 0.245 21 Y 0.319 0.037 0.010 0.041 0.417 0.176 22 P 0.114 0.011 0.011 0.059 0.620 0.185 23 N 0.042 0.005 0.014 0.081 0.718 0.140 24 T 0.093 0.014 0.021 0.178 0.557 0.137 25 T 0.205 0.023 0.028 0.406 0.194 0.144 26 T 0.208 0.029 0.045 0.521 0.108 0.090 27 L 0.168 0.012 0.075 0.585 0.103 0.058 28 K 0.118 0.006 0.112 0.566 0.142 0.056 29 N 0.099 0.004 0.099 0.478 0.214 0.105 30 K 0.085 0.009 0.080 0.373 0.291 0.161 31 Y 0.073 0.017 0.070 0.213 0.331 0.295 32 G 0.048 0.006 0.037 0.061 0.419 0.428 33 I 0.042 0.009 0.043 0.061 0.393 0.453 34 K 0.035 0.023 0.013 0.043 0.305 0.581 35 N 0.023 0.008 0.008 0.066 0.216 0.679 36 L 0.004 0.001 0.043 0.808 0.083 0.061 37 N 0.004 0.001 0.035 0.859 0.065 0.036 38 A 0.003 0.001 0.029 0.909 0.039 0.020 39 F 0.002 0.001 0.008 0.951 0.018 0.020 40 L 0.002 0.001 0.004 0.947 0.026 0.020 41 E 0.001 0.001 0.003 0.955 0.022 0.019 42 K 0.002 0.001 0.002 0.938 0.029 0.028 43 C 0.002 0.001 0.002 0.935 0.029 0.031 44 S 0.002 0.001 0.002 0.905 0.032 0.059 45 H 0.002 0.001 0.001 0.882 0.030 0.084 46 D 0.003 0.001 0.002 0.889 0.030 0.075 47 T 0.002 0.001 0.002 0.931 0.021 0.043 48 A 0.002 0.001 0.003 0.945 0.019 0.031 49 K 0.002 0.001 0.004 0.962 0.013 0.018 50 A 0.003 0.001 0.004 0.956 0.014 0.022 51 M 0.003 0.001 0.003 0.967 0.010 0.017 52 I 0.004 0.001 0.004 0.961 0.011 0.019 53 N 0.005 0.001 0.007 0.936 0.021 0.030 54 L 0.005 0.001 0.012 0.901 0.033 0.049 55 R 0.007 0.003 0.017 0.840 0.053 0.081 56 E 0.008 0.003 0.032 0.778 0.088 0.091 57 E 0.005 0.003 0.031 0.609 0.154 0.198 58 S 0.005 0.002 0.043 0.191 0.314 0.445 59 L 0.006 0.006 0.048 0.114 0.435 0.391 60 P 0.009 0.007 0.103 0.061 0.472 0.348 61 E 0.025 0.007 0.093 0.048 0.495 0.332 62 Y 0.050 0.015 0.071 0.024 0.298 0.543 63 F 0.063 0.086 0.012 0.014 0.180 0.645 64 D 0.013 0.006 0.003 0.017 0.082 0.878 65 T 0.001 0.001 0.018 0.956 0.017 0.010 66 A 0.001 0.001 0.012 0.975 0.012 0.002 67 Y 0.001 0.001 0.013 0.977 0.008 0.001 68 L 0.001 0.001 0.002 0.992 0.003 0.003 69 C 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 70 H 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 71 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 72 H 0.001 0.001 0.003 0.991 0.004 0.002 73 Q 0.001 0.001 0.004 0.985 0.007 0.004 74 Q 0.001 0.001 0.008 0.962 0.017 0.012 75 L 0.003 0.002 0.008 0.935 0.028 0.023 76 F 0.007 0.005 0.027 0.828 0.081 0.052 77 K 0.004 0.001 0.041 0.752 0.116 0.086 78 N 0.007 0.001 0.031 0.658 0.150 0.154 79 T 0.013 0.011 0.027 0.608 0.172 0.169 80 F 0.017 0.016 0.048 0.562 0.202 0.155 81 E 0.012 0.003 0.121 0.523 0.262 0.079 82 W 0.009 0.003 0.137 0.446 0.310 0.095 83 A 0.013 0.004 0.130 0.337 0.366 0.150 84 G 0.031 0.005 0.029 0.074 0.416 0.444 85 Y 0.139 0.016 0.032 0.039 0.269 0.505 86 L 0.447 0.044 0.032 0.026 0.206 0.245 87 R 0.416 0.017 0.033 0.037 0.241 0.256 88 H 0.388 0.022 0.030 0.039 0.270 0.251 89 I 0.275 0.010 0.026 0.047 0.352 0.290 90 P 0.303 0.008 0.021 0.039 0.316 0.312 91 F 0.529 0.023 0.017 0.048 0.176 0.207 92 T 0.645 0.026 0.012 0.055 0.112 0.150 93 F 0.632 0.016 0.012 0.059 0.127 0.154 94 A 0.439 0.013 0.016 0.061 0.244 0.228 95 D 0.373 0.017 0.022 0.066 0.252 0.269 96 G 0.392 0.018 0.035 0.082 0.208 0.264 97 T 0.442 0.021 0.052 0.107 0.161 0.216 98 T 0.463 0.022 0.065 0.117 0.156 0.177 99 A 0.456 0.014 0.052 0.132 0.176 0.170 100 A 0.438 0.011 0.042 0.114 0.197 0.197 101 M 0.353 0.015 0.040 0.100 0.271 0.221 102 P 0.205 0.012 0.060 0.062 0.475 0.186 103 E 0.140 0.012 0.101 0.044 0.571 0.132 104 M 0.110 0.015 0.123 0.037 0.584 0.131 105 K 0.124 0.022 0.070 0.023 0.518 0.243 106 R 0.181 0.022 0.046 0.016 0.393 0.341 107 T 0.251 0.013 0.030 0.015 0.314 0.378 108 G 0.355 0.018 0.016 0.010 0.225 0.375 109 W 0.468 0.026 0.006 0.008 0.153 0.339 110 K 0.458 0.013 0.005 0.009 0.122 0.392 111 N 0.382 0.030 0.005 0.008 0.103 0.471 112 A 0.119 0.012 0.002 0.009 0.102 0.756 113 F 0.039 0.006 0.001 0.007 0.052 0.895 114 A 0.040 0.019 0.004 0.024 0.113 0.799 115 I 0.031 0.012 0.013 0.057 0.177 0.711 116 G 0.008 0.003 0.230 0.374 0.213 0.171 117 D 0.004 0.003 0.224 0.433 0.193 0.143 118 E 0.002 0.004 0.187 0.525 0.142 0.140 119 I 0.001 0.003 0.021 0.870 0.040 0.064 120 Q 0.001 0.001 0.006 0.949 0.024 0.020 121 E 0.001 0.001 0.007 0.970 0.013 0.009 122 G 0.001 0.001 0.008 0.980 0.007 0.004 123 L 0.001 0.001 0.003 0.989 0.005 0.003 124 Q 0.001 0.001 0.002 0.990 0.005 0.003 125 R 0.001 0.001 0.002 0.991 0.004 0.003 126 L 0.001 0.001 0.002 0.988 0.005 0.004 127 D 0.001 0.001 0.004 0.975 0.013 0.007 128 Q 0.001 0.001 0.004 0.940 0.034 0.021 129 T 0.001 0.001 0.007 0.887 0.054 0.050 130 L 0.001 0.003 0.009 0.869 0.051 0.067 131 A 0.001 0.003 0.016 0.711 0.087 0.182 132 E 0.001 0.001 0.010 0.534 0.085 0.369 133 K 0.001 0.001 0.027 0.723 0.092 0.157 134 N 0.001 0.001 0.046 0.818 0.097 0.038 135 N 0.001 0.001 0.060 0.741 0.157 0.042 136 L 0.001 0.001 0.055 0.689 0.203 0.052 137 Q 0.001 0.001 0.063 0.608 0.242 0.086 138 G 0.001 0.003 0.034 0.453 0.304 0.204 139 L 0.002 0.005 0.050 0.415 0.274 0.254 140 T 0.003 0.005 0.039 0.138 0.402 0.413 141 R 0.003 0.002 0.068 0.473 0.257 0.197 142 E 0.005 0.002 0.027 0.721 0.117 0.128 143 E 0.005 0.001 0.014 0.753 0.063 0.163 144 F 0.003 0.001 0.011 0.948 0.010 0.026 145 N 0.003 0.001 0.006 0.978 0.003 0.009 146 S 0.002 0.001 0.004 0.990 0.002 0.003 147 E 0.002 0.001 0.003 0.991 0.002 0.003 148 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.002 149 I 0.002 0.001 0.001 0.992 0.002 0.002 150 E 0.004 0.001 0.002 0.989 0.003 0.003 151 L 0.008 0.001 0.002 0.980 0.004 0.006 152 F 0.009 0.001 0.002 0.972 0.006 0.010 153 N 0.029 0.001 0.006 0.920 0.019 0.025 154 S 0.051 0.003 0.010 0.858 0.038 0.040 155 L 0.102 0.005 0.016 0.768 0.055 0.055 156 N 0.170 0.004 0.016 0.562 0.092 0.157 157 Q 0.280 0.007 0.014 0.406 0.092 0.200 158 L 0.293 0.025 0.010 0.178 0.117 0.376 159 H 0.168 0.030 0.009 0.058 0.218 0.518 160 P 0.138 0.013 0.012 0.018 0.226 0.593 161 F 0.057 0.019 0.027 0.020 0.346 0.530 162 R 0.029 0.039 0.045 0.029 0.518 0.341 163 E 0.009 0.013 0.026 0.035 0.483 0.433 164 G 0.003 0.015 0.012 0.054 0.309 0.606 165 N 0.002 0.007 0.004 0.613 0.131 0.243 166 G 0.001 0.001 0.001 0.886 0.026 0.087 167 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 168 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 169 Q 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 170 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 171 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 172 F 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 173 F 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 174 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 175 N 0.001 0.001 0.001 0.986 0.008 0.006 176 L 0.001 0.001 0.001 0.980 0.013 0.006 177 A 0.001 0.001 0.006 0.952 0.033 0.007 178 K 0.001 0.001 0.020 0.925 0.039 0.016 179 A 0.001 0.001 0.018 0.931 0.029 0.021 180 A 0.001 0.001 0.007 0.890 0.024 0.078 181 G 0.002 0.001 0.001 0.031 0.055 0.911 182 H 0.022 0.006 0.002 0.030 0.092 0.847 183 Q 0.121 0.019 0.006 0.038 0.134 0.681 184 L 0.151 0.014 0.046 0.104 0.231 0.455 185 N 0.211 0.011 0.101 0.127 0.212 0.338 186 F 0.217 0.013 0.147 0.192 0.210 0.220 187 S 0.229 0.018 0.111 0.237 0.201 0.203 188 L 0.214 0.009 0.069 0.256 0.229 0.222 189 I 0.134 0.009 0.047 0.357 0.240 0.213 190 T 0.064 0.009 0.038 0.380 0.250 0.259 191 K 0.029 0.006 0.030 0.490 0.193 0.251 192 E 0.010 0.002 0.023 0.813 0.078 0.074 193 R 0.008 0.001 0.013 0.893 0.045 0.039 194 M 0.007 0.001 0.012 0.927 0.027 0.027 195 M 0.008 0.001 0.005 0.952 0.014 0.020 196 V 0.006 0.001 0.003 0.973 0.008 0.009 197 A 0.007 0.001 0.003 0.966 0.011 0.012 198 S 0.004 0.001 0.003 0.969 0.009 0.015 199 V 0.003 0.001 0.006 0.972 0.009 0.010 200 A 0.003 0.001 0.009 0.963 0.014 0.010 201 V 0.002 0.001 0.013 0.950 0.020 0.015 202 A 0.004 0.002 0.016 0.894 0.045 0.039 203 E 0.006 0.003 0.016 0.802 0.097 0.076 204 N 0.004 0.003 0.013 0.592 0.243 0.145 205 G 0.002 0.002 0.011 0.129 0.487 0.370 206 D 0.003 0.004 0.014 0.141 0.455 0.383 207 L 0.006 0.006 0.026 0.588 0.249 0.126 208 E 0.006 0.003 0.016 0.767 0.116 0.093 209 P 0.006 0.003 0.023 0.866 0.058 0.045 210 M 0.009 0.003 0.024 0.911 0.028 0.025 211 Q 0.008 0.002 0.028 0.926 0.019 0.018 212 H 0.007 0.001 0.038 0.927 0.014 0.013 213 L 0.005 0.001 0.027 0.942 0.012 0.012 214 F 0.007 0.001 0.024 0.942 0.015 0.011 215 E 0.004 0.001 0.021 0.937 0.021 0.016 216 D 0.003 0.001 0.022 0.909 0.035 0.030 217 I 0.004 0.002 0.015 0.860 0.058 0.061 218 S 0.003 0.003 0.012 0.832 0.061 0.090 219 N 0.003 0.002 0.010 0.780 0.077 0.128 220 P 0.001 0.001 0.015 0.851 0.056 0.076 221 E 0.003 0.002 0.019 0.884 0.045 0.047 222 K 0.002 0.001 0.012 0.927 0.027 0.031 223 I 0.002 0.001 0.007 0.945 0.021 0.025 224 R 0.001 0.001 0.006 0.960 0.015 0.017 225 L 0.002 0.001 0.006 0.948 0.021 0.023 226 L 0.002 0.001 0.004 0.957 0.017 0.021 227 K 0.002 0.001 0.004 0.945 0.022 0.027 228 E 0.002 0.001 0.004 0.934 0.026 0.034 229 F 0.003 0.001 0.004 0.923 0.026 0.042 230 M 0.004 0.001 0.008 0.879 0.050 0.057 231 H 0.003 0.001 0.013 0.864 0.059 0.060 232 T 0.006 0.002 0.017 0.769 0.096 0.110 233 M 0.010 0.003 0.021 0.715 0.123 0.127 234 K 0.013 0.004 0.034 0.673 0.151 0.126 235 N 0.012 0.003 0.041 0.569 0.195 0.181 236 T 0.014 0.004 0.045 0.444 0.245 0.247 237 G 0.023 0.007 0.044 0.276 0.325 0.325 238 R 0.031 0.008 0.052 0.288 0.340 0.282 239 N 0.048 0.011 0.040 0.258 0.313 0.329 240 V 0.057 0.008 0.060 0.332 0.329 0.214 241 N 0.061 0.004 0.042 0.414 0.249 0.229 242 D 0.171 0.011 0.036 0.456 0.164 0.163 243 R 0.268 0.012 0.016 0.486 0.089 0.129 244 P 0.383 0.007 0.009 0.421 0.049 0.131 245 V 0.342 0.005 0.006 0.531 0.033 0.083 246 M 0.244 0.005 0.008 0.655 0.029 0.060 247 V 0.281 0.004 0.013 0.621 0.035 0.047 248 A 0.211 0.002 0.020 0.659 0.061 0.046 249 K 0.161 0.003 0.022 0.686 0.081 0.046 250 E 0.042 0.003 0.016 0.821 0.060 0.057 251 G 0.074 0.005 0.009 0.297 0.191 0.424 252 E 0.142 0.005 0.023 0.296 0.228 0.306 253 T 0.262 0.028 0.030 0.235 0.216 0.228 254 Y 0.203 0.011 0.050 0.370 0.169 0.197 255 T 0.187 0.008 0.089 0.342 0.208 0.166 256 G 0.196 0.005 0.096 0.355 0.207 0.141 257 T 0.273 0.012 0.070 0.307 0.171 0.166 258 Y 0.262 0.021 0.091 0.251 0.196 0.179 259 R 0.191 0.009 0.091 0.297 0.237 0.175 260 G 0.187 0.010 0.065 0.242 0.255 0.241 261 A 0.183 0.021 0.031 0.159 0.325 0.281 262 G 0.159 0.017 0.039 0.163 0.307 0.314 263 L 0.135 0.005 0.080 0.258 0.256 0.267 264 E 0.264 0.019 0.073 0.300 0.173 0.170 265 G 0.384 0.026 0.050 0.185 0.145 0.210 266 F 0.393 0.011 0.036 0.180 0.142 0.237 267 A 0.346 0.012 0.052 0.203 0.165 0.222 268 L 0.295 0.012 0.081 0.222 0.198 0.192 269 N 0.334 0.014 0.053 0.140 0.248 0.211 270 V 0.381 0.020 0.037 0.106 0.266 0.189 271 K 0.273 0.015 0.045 0.161 0.328 0.179 272 G 0.129 0.007 0.118 0.363 0.282 0.100 273 A 0.199 0.006 0.098 0.336 0.261 0.100 274 Y 0.357 0.017 0.088 0.342 0.124 0.073 275 I 0.527 0.017 0.039 0.234 0.088 0.096 276 I 0.429 0.015 0.052 0.237 0.150 0.117 277 G 0.272 0.021 0.029 0.098 0.278 0.302 278 N 0.083 0.018 0.036 0.069 0.494 0.301 279 I 0.009 0.004 0.420 0.111 0.404 0.052 280 D 0.007 0.004 0.437 0.089 0.417 0.046 281 H 0.007 0.007 0.375 0.076 0.448 0.086 282 L 0.012 0.011 0.035 0.078 0.391 0.472 283 P 0.006 0.007 0.026 0.082 0.255 0.625 284 P 0.007 0.004 0.123 0.615 0.157 0.095 285 E 0.009 0.002 0.110 0.653 0.180 0.045 286 Q 0.010 0.003 0.125 0.632 0.188 0.042 287 L 0.009 0.002 0.162 0.606 0.170 0.051 288 K 0.010 0.004 0.188 0.466 0.250 0.081 289 I 0.010 0.010 0.120 0.434 0.322 0.102 290 L 0.013 0.027 0.058 0.175 0.386 0.342 291 K 0.010 0.011 0.029 0.024 0.778 0.148 292 P 0.011 0.004 0.066 0.010 0.825 0.084 293 G 0.022 0.003 0.032 0.003 0.836 0.104 294 D 0.296 0.026 0.024 0.002 0.526 0.127 295 K 0.735 0.004 0.003 0.001 0.071 0.186 296 I 0.882 0.013 0.002 0.001 0.023 0.078 297 T 0.798 0.020 0.001 0.002 0.034 0.145 298 F 0.433 0.020 0.001 0.003 0.040 0.502 299 T 0.003 0.001 0.001 0.001 0.008 0.988