# TARGET T0386 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 191 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 2 P 0.024 0.031 0.004 0.133 0.005 0.042 0.761 3 K 0.024 0.016 0.011 0.248 0.171 0.079 0.451 4 A 0.030 0.013 0.029 0.483 0.079 0.069 0.296 5 K 0.081 0.005 0.039 0.550 0.071 0.095 0.160 6 A 0.092 0.007 0.053 0.605 0.054 0.065 0.123 7 K 0.112 0.017 0.035 0.610 0.063 0.042 0.121 8 T 0.113 0.007 0.022 0.623 0.049 0.066 0.121 9 K 0.086 0.006 0.026 0.522 0.072 0.172 0.117 10 N 0.072 0.010 0.031 0.376 0.107 0.223 0.181 11 T 0.111 0.020 0.040 0.234 0.142 0.150 0.302 12 E 0.166 0.029 0.054 0.218 0.114 0.134 0.285 13 I 0.153 0.026 0.062 0.158 0.140 0.152 0.309 14 I 0.160 0.020 0.076 0.115 0.169 0.181 0.279 15 S 0.160 0.016 0.068 0.074 0.181 0.172 0.329 16 P 0.139 0.016 0.083 0.063 0.140 0.161 0.397 17 H 0.144 0.012 0.067 0.053 0.173 0.189 0.362 18 H 0.185 0.012 0.049 0.036 0.215 0.153 0.350 19 Y 0.374 0.056 0.021 0.025 0.115 0.034 0.376 20 V 0.370 0.116 0.009 0.022 0.087 0.020 0.375 21 Y 0.142 0.033 0.011 0.037 0.107 0.052 0.618 22 P 0.048 0.012 0.017 0.076 0.182 0.303 0.362 23 N 0.017 0.006 0.023 0.161 0.201 0.412 0.179 24 T 0.011 0.004 0.027 0.521 0.167 0.145 0.125 25 T 0.021 0.010 0.040 0.685 0.065 0.060 0.119 26 T 0.034 0.013 0.041 0.755 0.037 0.046 0.073 27 L 0.038 0.015 0.035 0.763 0.018 0.050 0.080 28 K 0.024 0.009 0.058 0.718 0.049 0.076 0.066 29 N 0.024 0.004 0.060 0.634 0.070 0.125 0.083 30 K 0.012 0.009 0.073 0.550 0.062 0.175 0.119 31 Y 0.009 0.009 0.043 0.201 0.149 0.450 0.139 32 G 0.007 0.004 0.021 0.055 0.151 0.466 0.297 33 I 0.006 0.015 0.030 0.056 0.229 0.140 0.523 34 K 0.008 0.025 0.028 0.063 0.369 0.072 0.435 35 N 0.005 0.014 0.014 0.113 0.252 0.043 0.559 36 L 0.001 0.002 0.066 0.770 0.042 0.050 0.070 37 N 0.001 0.001 0.044 0.830 0.021 0.055 0.047 38 A 0.001 0.001 0.025 0.891 0.013 0.029 0.041 39 F 0.001 0.001 0.004 0.934 0.015 0.015 0.030 40 L 0.001 0.001 0.002 0.928 0.015 0.023 0.030 41 E 0.001 0.001 0.002 0.944 0.011 0.022 0.020 42 K 0.001 0.001 0.001 0.950 0.011 0.020 0.017 43 C 0.001 0.001 0.001 0.947 0.009 0.027 0.014 44 S 0.001 0.001 0.001 0.949 0.008 0.028 0.014 45 H 0.001 0.001 0.001 0.955 0.008 0.023 0.014 46 D 0.001 0.001 0.001 0.966 0.007 0.013 0.013 47 T 0.001 0.001 0.001 0.975 0.004 0.012 0.008 48 A 0.001 0.001 0.001 0.981 0.004 0.008 0.006 49 K 0.001 0.001 0.001 0.985 0.003 0.006 0.004 50 A 0.001 0.001 0.001 0.984 0.002 0.011 0.003 51 M 0.001 0.001 0.001 0.976 0.004 0.012 0.006 52 I 0.002 0.001 0.002 0.970 0.004 0.016 0.006 53 N 0.002 0.001 0.005 0.935 0.007 0.043 0.008 54 L 0.003 0.001 0.011 0.895 0.014 0.054 0.021 55 R 0.005 0.002 0.024 0.817 0.024 0.091 0.036 56 E 0.008 0.004 0.062 0.579 0.049 0.225 0.072 57 E 0.008 0.010 0.070 0.351 0.183 0.203 0.175 58 S 0.007 0.005 0.065 0.177 0.191 0.219 0.336 59 L 0.007 0.005 0.083 0.131 0.143 0.329 0.303 60 P 0.009 0.008 0.100 0.060 0.224 0.309 0.290 61 E 0.023 0.006 0.065 0.052 0.392 0.154 0.308 62 Y 0.071 0.036 0.037 0.050 0.176 0.094 0.535 63 F 0.045 0.074 0.007 0.021 0.136 0.015 0.703 64 D 0.011 0.007 0.001 0.015 0.040 0.003 0.924 65 T 0.001 0.001 0.009 0.973 0.004 0.010 0.004 66 A 0.001 0.001 0.007 0.977 0.003 0.010 0.002 67 Y 0.001 0.001 0.008 0.979 0.001 0.009 0.002 68 L 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.005 0.002 69 C 0.001 0.001 0.001 0.986 0.002 0.007 0.002 70 H 0.001 0.001 0.001 0.983 0.002 0.011 0.002 71 I 0.001 0.001 0.001 0.983 0.004 0.007 0.004 72 H 0.001 0.001 0.003 0.982 0.002 0.008 0.004 73 Q 0.001 0.001 0.003 0.973 0.003 0.018 0.002 74 Q 0.001 0.001 0.005 0.949 0.002 0.039 0.004 75 L 0.001 0.001 0.008 0.909 0.009 0.061 0.011 76 F 0.004 0.008 0.020 0.701 0.033 0.175 0.059 77 K 0.004 0.002 0.044 0.431 0.071 0.383 0.065 78 N 0.007 0.007 0.055 0.291 0.093 0.402 0.146 79 T 0.015 0.018 0.054 0.217 0.166 0.114 0.417 80 F 0.033 0.023 0.139 0.218 0.148 0.173 0.266 81 E 0.034 0.012 0.157 0.203 0.192 0.226 0.176 82 W 0.031 0.013 0.140 0.210 0.150 0.246 0.210 83 A 0.019 0.006 0.065 0.115 0.089 0.609 0.096 84 G 0.034 0.004 0.042 0.035 0.152 0.567 0.166 85 Y 0.200 0.042 0.027 0.040 0.188 0.042 0.462 86 L 0.455 0.113 0.014 0.035 0.042 0.019 0.321 87 R 0.415 0.031 0.023 0.035 0.059 0.047 0.389 88 H 0.294 0.022 0.032 0.039 0.153 0.112 0.349 89 I 0.261 0.014 0.023 0.043 0.270 0.076 0.315 90 P 0.304 0.012 0.020 0.029 0.151 0.059 0.424 91 F 0.565 0.031 0.017 0.036 0.068 0.028 0.255 92 T 0.626 0.036 0.013 0.036 0.039 0.023 0.229 93 F 0.550 0.017 0.024 0.072 0.064 0.081 0.191 94 A 0.374 0.018 0.027 0.089 0.103 0.157 0.232 95 D 0.263 0.017 0.033 0.098 0.175 0.149 0.265 96 G 0.308 0.014 0.033 0.118 0.164 0.111 0.251 97 T 0.402 0.020 0.028 0.133 0.087 0.063 0.268 98 T 0.410 0.023 0.036 0.183 0.068 0.056 0.224 99 A 0.477 0.012 0.040 0.178 0.071 0.069 0.153 100 A 0.341 0.018 0.051 0.220 0.088 0.097 0.185 101 M 0.260 0.020 0.054 0.194 0.132 0.074 0.265 102 P 0.157 0.010 0.092 0.189 0.131 0.184 0.236 103 E 0.118 0.012 0.111 0.138 0.134 0.309 0.177 104 M 0.107 0.015 0.100 0.100 0.165 0.314 0.198 105 K 0.101 0.019 0.058 0.054 0.207 0.258 0.304 106 R 0.144 0.019 0.058 0.055 0.213 0.170 0.341 107 T 0.202 0.014 0.050 0.040 0.228 0.210 0.256 108 G 0.372 0.021 0.031 0.017 0.145 0.098 0.315 109 W 0.613 0.037 0.011 0.008 0.064 0.022 0.245 110 K 0.681 0.046 0.010 0.005 0.035 0.016 0.207 111 N 0.553 0.045 0.011 0.006 0.048 0.020 0.317 112 A 0.280 0.033 0.012 0.006 0.122 0.039 0.509 113 F 0.086 0.029 0.007 0.008 0.197 0.031 0.641 114 A 0.023 0.029 0.012 0.010 0.194 0.048 0.684 115 I 0.009 0.015 0.023 0.025 0.258 0.057 0.612 116 G 0.002 0.002 0.333 0.301 0.058 0.213 0.090 117 D 0.002 0.002 0.416 0.237 0.049 0.246 0.048 118 E 0.002 0.020 0.465 0.280 0.043 0.122 0.067 119 I 0.004 0.015 0.093 0.610 0.063 0.050 0.165 120 Q 0.001 0.001 0.040 0.889 0.014 0.026 0.029 121 E 0.001 0.001 0.019 0.938 0.008 0.025 0.008 122 G 0.001 0.001 0.012 0.953 0.002 0.027 0.004 123 L 0.001 0.001 0.005 0.973 0.003 0.014 0.004 124 Q 0.001 0.001 0.005 0.966 0.004 0.021 0.004 125 R 0.001 0.001 0.006 0.957 0.004 0.027 0.005 126 L 0.001 0.001 0.005 0.958 0.007 0.021 0.007 127 D 0.001 0.001 0.009 0.935 0.011 0.034 0.009 128 Q 0.002 0.001 0.016 0.881 0.011 0.075 0.015 129 T 0.001 0.001 0.026 0.819 0.017 0.101 0.035 130 L 0.003 0.006 0.037 0.689 0.056 0.128 0.081 131 A 0.003 0.003 0.039 0.577 0.065 0.215 0.099 132 E 0.002 0.004 0.034 0.467 0.099 0.132 0.263 133 K 0.001 0.003 0.037 0.543 0.081 0.172 0.162 134 N 0.002 0.003 0.057 0.520 0.071 0.229 0.117 135 N 0.003 0.009 0.080 0.486 0.104 0.138 0.181 136 L 0.006 0.017 0.071 0.443 0.091 0.195 0.177 137 Q 0.005 0.005 0.058 0.322 0.101 0.377 0.131 138 G 0.004 0.006 0.061 0.224 0.109 0.395 0.200 139 L 0.003 0.008 0.059 0.144 0.198 0.144 0.444 140 T 0.004 0.007 0.082 0.149 0.173 0.185 0.399 141 R 0.003 0.004 0.076 0.272 0.146 0.210 0.289 142 E 0.004 0.005 0.042 0.415 0.124 0.097 0.312 143 E 0.005 0.004 0.022 0.591 0.089 0.057 0.232 144 F 0.004 0.004 0.016 0.827 0.027 0.036 0.086 145 N 0.002 0.001 0.009 0.946 0.009 0.012 0.021 146 S 0.002 0.001 0.003 0.974 0.005 0.007 0.008 147 E 0.001 0.001 0.002 0.986 0.002 0.004 0.004 148 A 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.004 0.002 149 I 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.003 0.002 150 E 0.001 0.001 0.001 0.988 0.002 0.007 0.002 151 L 0.001 0.001 0.001 0.972 0.002 0.021 0.002 152 F 0.006 0.001 0.003 0.941 0.004 0.038 0.008 153 N 0.029 0.001 0.005 0.849 0.027 0.057 0.032 154 S 0.050 0.002 0.010 0.781 0.044 0.082 0.032 155 L 0.130 0.008 0.012 0.643 0.042 0.052 0.113 156 N 0.219 0.006 0.025 0.561 0.046 0.079 0.065 157 Q 0.289 0.005 0.026 0.372 0.059 0.123 0.125 158 L 0.200 0.015 0.048 0.271 0.117 0.121 0.228 159 H 0.112 0.011 0.023 0.085 0.179 0.062 0.527 160 P 0.051 0.008 0.056 0.045 0.173 0.245 0.422 161 F 0.037 0.038 0.053 0.026 0.218 0.203 0.425 162 R 0.009 0.014 0.078 0.033 0.316 0.200 0.349 163 E 0.003 0.007 0.037 0.040 0.344 0.310 0.260 164 G 0.001 0.006 0.034 0.080 0.293 0.320 0.266 165 N 0.001 0.003 0.028 0.311 0.193 0.262 0.202 166 G 0.001 0.002 0.011 0.677 0.110 0.100 0.098 167 R 0.001 0.001 0.007 0.923 0.023 0.021 0.024 168 T 0.001 0.001 0.002 0.971 0.004 0.010 0.012 169 Q 0.001 0.001 0.001 0.985 0.003 0.006 0.004 170 R 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.003 0.003 171 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.002 172 F 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 173 F 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 174 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 175 N 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 176 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 177 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 178 K 0.001 0.001 0.001 0.975 0.001 0.022 0.001 179 A 0.001 0.001 0.001 0.916 0.002 0.078 0.002 180 A 0.001 0.001 0.002 0.384 0.013 0.594 0.006 181 G 0.001 0.001 0.002 0.028 0.047 0.860 0.062 182 H 0.017 0.011 0.003 0.015 0.133 0.016 0.805 183 Q 0.129 0.043 0.006 0.013 0.083 0.012 0.715 184 L 0.312 0.030 0.030 0.049 0.062 0.027 0.490 185 N 0.428 0.014 0.049 0.057 0.084 0.054 0.313 186 F 0.539 0.014 0.084 0.066 0.077 0.062 0.160 187 S 0.439 0.011 0.091 0.079 0.088 0.056 0.237 188 L 0.249 0.016 0.111 0.118 0.123 0.080 0.302 189 I 0.154 0.014 0.075 0.132 0.157 0.078 0.390 190 T 0.056 0.019 0.051 0.146 0.159 0.093 0.476 191 K 0.021 0.007 0.032 0.378 0.130 0.069 0.363 192 E 0.008 0.003 0.023 0.743 0.043 0.043 0.138 193 R 0.006 0.001 0.011 0.916 0.017 0.024 0.025 194 M 0.004 0.001 0.007 0.944 0.009 0.015 0.021 195 M 0.003 0.001 0.002 0.972 0.007 0.007 0.009 196 V 0.004 0.001 0.001 0.980 0.003 0.007 0.004 197 A 0.002 0.001 0.001 0.980 0.002 0.011 0.004 198 S 0.002 0.001 0.001 0.977 0.003 0.011 0.005 199 V 0.002 0.001 0.003 0.972 0.005 0.012 0.005 200 A 0.002 0.001 0.005 0.957 0.006 0.024 0.005 201 V 0.002 0.001 0.010 0.898 0.010 0.068 0.011 202 A 0.003 0.003 0.015 0.696 0.061 0.164 0.059 203 E 0.006 0.010 0.034 0.398 0.086 0.296 0.169 204 N 0.004 0.007 0.046 0.160 0.234 0.316 0.233 205 G 0.002 0.003 0.025 0.057 0.211 0.566 0.137 206 D 0.002 0.005 0.016 0.030 0.234 0.163 0.549 207 L 0.005 0.017 0.036 0.239 0.210 0.070 0.423 208 E 0.004 0.006 0.034 0.613 0.079 0.076 0.188 209 P 0.003 0.004 0.045 0.805 0.024 0.062 0.056 210 M 0.003 0.003 0.027 0.901 0.010 0.028 0.029 211 Q 0.005 0.001 0.012 0.944 0.010 0.012 0.016 212 H 0.008 0.001 0.012 0.946 0.006 0.013 0.015 213 L 0.003 0.001 0.012 0.940 0.008 0.024 0.011 214 F 0.003 0.001 0.019 0.923 0.006 0.038 0.010 215 E 0.002 0.001 0.028 0.867 0.015 0.077 0.012 216 D 0.002 0.001 0.025 0.769 0.017 0.169 0.018 217 I 0.002 0.003 0.042 0.626 0.052 0.180 0.096 218 S 0.004 0.009 0.033 0.594 0.086 0.119 0.156 219 N 0.004 0.002 0.026 0.607 0.083 0.083 0.195 220 P 0.002 0.002 0.025 0.833 0.029 0.063 0.045 221 E 0.002 0.001 0.018 0.882 0.018 0.043 0.036 222 K 0.002 0.001 0.008 0.938 0.011 0.019 0.022 223 I 0.002 0.001 0.003 0.961 0.007 0.014 0.012 224 R 0.001 0.001 0.002 0.963 0.005 0.020 0.008 225 L 0.001 0.001 0.002 0.964 0.005 0.018 0.010 226 L 0.001 0.001 0.001 0.975 0.005 0.010 0.007 227 K 0.001 0.001 0.001 0.975 0.004 0.013 0.005 228 E 0.001 0.001 0.002 0.972 0.004 0.014 0.007 229 F 0.001 0.001 0.002 0.965 0.006 0.017 0.009 230 M 0.001 0.001 0.004 0.944 0.008 0.035 0.008 231 H 0.002 0.001 0.007 0.877 0.011 0.089 0.013 232 T 0.002 0.001 0.010 0.830 0.021 0.101 0.034 233 M 0.006 0.006 0.019 0.739 0.052 0.076 0.102 234 K 0.008 0.005 0.043 0.686 0.057 0.121 0.079 235 N 0.007 0.004 0.060 0.525 0.066 0.252 0.086 236 T 0.006 0.005 0.058 0.413 0.111 0.203 0.204 237 G 0.007 0.007 0.070 0.299 0.128 0.201 0.287 238 R 0.011 0.007 0.086 0.299 0.153 0.200 0.244 239 N 0.013 0.007 0.073 0.284 0.144 0.161 0.316 240 V 0.011 0.005 0.081 0.393 0.105 0.135 0.271 241 N 0.023 0.006 0.067 0.497 0.077 0.165 0.164 242 D 0.035 0.006 0.046 0.656 0.058 0.072 0.127 243 R 0.047 0.006 0.013 0.789 0.030 0.027 0.088 244 P 0.073 0.003 0.007 0.823 0.018 0.017 0.058 245 V 0.114 0.003 0.008 0.819 0.013 0.011 0.033 246 M 0.097 0.002 0.008 0.850 0.008 0.011 0.024 247 V 0.076 0.003 0.011 0.856 0.011 0.018 0.024 248 A 0.055 0.002 0.014 0.846 0.019 0.038 0.028 249 K 0.040 0.002 0.014 0.809 0.025 0.064 0.045 250 E 0.027 0.002 0.014 0.582 0.046 0.276 0.053 251 G 0.030 0.004 0.012 0.205 0.094 0.519 0.135 252 E 0.080 0.013 0.013 0.192 0.153 0.051 0.498 253 T 0.189 0.025 0.024 0.316 0.080 0.057 0.309 254 Y 0.244 0.014 0.036 0.370 0.065 0.097 0.174 255 T 0.257 0.010 0.039 0.368 0.059 0.116 0.152 256 G 0.326 0.008 0.037 0.304 0.095 0.087 0.143 257 T 0.307 0.017 0.036 0.380 0.059 0.061 0.139 258 Y 0.258 0.024 0.042 0.374 0.059 0.085 0.159 259 R 0.134 0.008 0.048 0.254 0.097 0.305 0.154 260 G 0.103 0.014 0.045 0.146 0.203 0.302 0.186 261 A 0.112 0.025 0.041 0.133 0.197 0.106 0.387 262 G 0.091 0.019 0.055 0.133 0.159 0.237 0.305 263 L 0.071 0.008 0.125 0.201 0.138 0.287 0.170 264 E 0.121 0.009 0.102 0.215 0.174 0.181 0.198 265 G 0.244 0.024 0.077 0.226 0.101 0.104 0.223 266 F 0.353 0.043 0.045 0.159 0.090 0.052 0.257 267 A 0.331 0.021 0.055 0.131 0.062 0.063 0.337 268 L 0.383 0.015 0.089 0.123 0.076 0.114 0.200 269 N 0.410 0.017 0.076 0.092 0.084 0.161 0.159 270 V 0.399 0.030 0.052 0.060 0.102 0.093 0.265 271 K 0.312 0.021 0.063 0.067 0.154 0.156 0.227 272 G 0.213 0.006 0.065 0.052 0.242 0.304 0.119 273 A 0.444 0.016 0.039 0.027 0.106 0.089 0.281 274 Y 0.757 0.022 0.007 0.011 0.034 0.016 0.153 275 I 0.862 0.020 0.005 0.008 0.018 0.012 0.075 276 I 0.775 0.023 0.005 0.010 0.020 0.017 0.151 277 G 0.402 0.016 0.008 0.011 0.172 0.059 0.332 278 N 0.134 0.026 0.010 0.017 0.284 0.040 0.488 279 I 0.017 0.009 0.324 0.122 0.110 0.205 0.213 280 D 0.008 0.002 0.267 0.085 0.125 0.436 0.077 281 H 0.005 0.012 0.337 0.107 0.119 0.301 0.120 282 L 0.005 0.039 0.043 0.105 0.409 0.058 0.341 283 P 0.007 0.011 0.017 0.103 0.089 0.044 0.730 284 P 0.003 0.002 0.155 0.659 0.026 0.113 0.043 285 E 0.002 0.001 0.157 0.710 0.022 0.083 0.026 286 Q 0.002 0.003 0.206 0.697 0.014 0.043 0.035 287 L 0.002 0.001 0.240 0.682 0.008 0.054 0.013 288 K 0.006 0.001 0.232 0.593 0.012 0.140 0.016 289 I 0.008 0.004 0.173 0.607 0.028 0.155 0.025 290 L 0.031 0.028 0.040 0.352 0.181 0.102 0.268 291 K 0.029 0.007 0.030 0.047 0.119 0.113 0.654 292 P 0.012 0.004 0.063 0.019 0.139 0.701 0.062 293 G 0.015 0.001 0.064 0.004 0.132 0.707 0.075 294 D 0.148 0.012 0.028 0.005 0.158 0.073 0.575 295 K 0.772 0.016 0.003 0.002 0.043 0.010 0.155 296 I 0.875 0.011 0.001 0.001 0.009 0.003 0.099 297 T 0.859 0.007 0.001 0.002 0.012 0.004 0.114 298 F 0.770 0.018 0.001 0.002 0.003 0.006 0.200 299 T 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988