# TARGET T0386 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 191 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.636 0.211 0.101 0.041 0.009 0.002 0.001 2 P 0.517 0.251 0.126 0.073 0.027 0.006 0.001 3 K 0.507 0.229 0.120 0.081 0.045 0.015 0.002 4 A 0.351 0.198 0.161 0.148 0.101 0.037 0.004 5 K 0.479 0.262 0.143 0.077 0.029 0.010 0.001 6 A 0.461 0.210 0.119 0.111 0.064 0.029 0.005 7 K 0.369 0.238 0.181 0.132 0.062 0.017 0.002 8 T 0.349 0.213 0.177 0.152 0.084 0.024 0.002 9 K 0.608 0.241 0.090 0.042 0.014 0.004 0.001 10 N 0.503 0.255 0.132 0.074 0.028 0.007 0.001 11 T 0.491 0.280 0.122 0.072 0.027 0.007 0.001 12 E 0.262 0.216 0.192 0.175 0.111 0.040 0.004 13 I 0.325 0.213 0.175 0.163 0.093 0.030 0.003 14 I 0.476 0.251 0.135 0.086 0.039 0.012 0.001 15 S 0.378 0.246 0.171 0.126 0.059 0.018 0.002 16 P 0.321 0.208 0.170 0.160 0.098 0.039 0.005 17 H 0.322 0.246 0.164 0.137 0.086 0.038 0.006 18 H 0.301 0.264 0.195 0.133 0.071 0.031 0.004 19 Y 0.136 0.149 0.173 0.237 0.195 0.099 0.010 20 V 0.145 0.196 0.210 0.206 0.158 0.077 0.007 21 Y 0.118 0.138 0.171 0.275 0.223 0.070 0.005 22 P 0.339 0.344 0.186 0.093 0.030 0.007 0.001 23 N 0.397 0.300 0.168 0.095 0.033 0.007 0.001 24 T 0.395 0.324 0.150 0.086 0.034 0.010 0.001 25 T 0.227 0.313 0.241 0.144 0.057 0.017 0.001 26 T 0.058 0.101 0.195 0.293 0.260 0.089 0.005 27 L 0.066 0.104 0.148 0.235 0.278 0.157 0.012 28 K 0.166 0.268 0.275 0.188 0.080 0.023 0.001 29 N 0.185 0.234 0.236 0.213 0.108 0.022 0.001 30 K 0.280 0.296 0.222 0.133 0.055 0.013 0.001 31 Y 0.328 0.201 0.198 0.174 0.080 0.019 0.001 32 G 0.722 0.200 0.051 0.019 0.006 0.001 0.001 33 I 0.528 0.239 0.135 0.073 0.021 0.004 0.001 34 K 0.708 0.199 0.062 0.024 0.006 0.001 0.001 35 N 0.581 0.272 0.090 0.040 0.014 0.003 0.001 36 L 0.375 0.254 0.198 0.131 0.036 0.005 0.001 37 N 0.605 0.275 0.084 0.028 0.007 0.001 0.001 38 A 0.424 0.344 0.145 0.066 0.017 0.003 0.001 39 F 0.171 0.175 0.204 0.241 0.162 0.044 0.003 40 L 0.274 0.267 0.212 0.160 0.069 0.016 0.001 41 E 0.442 0.321 0.134 0.072 0.024 0.006 0.001 42 K 0.172 0.181 0.199 0.215 0.158 0.067 0.008 43 C 0.163 0.160 0.173 0.208 0.177 0.102 0.016 44 S 0.224 0.241 0.180 0.160 0.119 0.065 0.013 45 H 0.137 0.174 0.203 0.207 0.169 0.096 0.014 46 D 0.164 0.191 0.182 0.196 0.154 0.096 0.016 47 T 0.121 0.175 0.189 0.198 0.177 0.118 0.022 48 A 0.059 0.078 0.118 0.221 0.284 0.213 0.026 49 K 0.104 0.180 0.223 0.235 0.165 0.083 0.010 50 A 0.127 0.209 0.222 0.208 0.146 0.079 0.009 51 M 0.053 0.066 0.101 0.209 0.305 0.240 0.027 52 I 0.074 0.107 0.166 0.253 0.237 0.147 0.016 53 N 0.157 0.272 0.226 0.178 0.111 0.050 0.005 54 L 0.089 0.154 0.197 0.245 0.212 0.096 0.008 55 R 0.168 0.203 0.208 0.223 0.139 0.055 0.004 56 E 0.323 0.257 0.173 0.142 0.076 0.026 0.002 57 E 0.445 0.272 0.152 0.090 0.033 0.008 0.001 58 S 0.570 0.239 0.107 0.057 0.021 0.005 0.001 59 L 0.477 0.238 0.142 0.094 0.040 0.009 0.001 60 P 0.513 0.268 0.134 0.064 0.018 0.003 0.001 61 E 0.293 0.301 0.183 0.146 0.061 0.015 0.001 62 Y 0.181 0.289 0.227 0.181 0.091 0.029 0.002 63 F 0.039 0.054 0.107 0.243 0.358 0.182 0.018 64 D 0.064 0.241 0.282 0.253 0.124 0.033 0.002 65 T 0.034 0.157 0.264 0.307 0.191 0.045 0.003 66 A 0.116 0.389 0.267 0.155 0.058 0.014 0.001 67 Y 0.005 0.034 0.127 0.281 0.345 0.187 0.021 68 L 0.001 0.003 0.010 0.051 0.246 0.571 0.118 69 C 0.004 0.079 0.252 0.365 0.231 0.064 0.005 70 H 0.007 0.090 0.259 0.360 0.194 0.083 0.008 71 I 0.001 0.001 0.001 0.009 0.103 0.638 0.248 72 H 0.001 0.001 0.005 0.043 0.231 0.583 0.137 73 Q 0.004 0.090 0.302 0.347 0.186 0.066 0.005 74 Q 0.002 0.018 0.130 0.419 0.333 0.093 0.005 75 L 0.001 0.001 0.002 0.016 0.140 0.667 0.172 76 F 0.007 0.036 0.095 0.269 0.370 0.207 0.017 77 K 0.063 0.363 0.308 0.184 0.065 0.016 0.001 78 N 0.029 0.147 0.302 0.349 0.143 0.029 0.002 79 T 0.062 0.121 0.138 0.228 0.282 0.155 0.012 80 F 0.171 0.242 0.216 0.211 0.119 0.038 0.003 81 E 0.297 0.402 0.190 0.080 0.025 0.006 0.001 82 W 0.203 0.209 0.229 0.211 0.113 0.032 0.003 83 A 0.183 0.197 0.199 0.194 0.152 0.068 0.007 84 G 0.291 0.257 0.182 0.153 0.083 0.030 0.003 85 Y 0.176 0.289 0.240 0.183 0.083 0.026 0.003 86 L 0.050 0.079 0.130 0.249 0.294 0.178 0.020 87 R 0.077 0.137 0.223 0.287 0.201 0.067 0.007 88 H 0.328 0.286 0.183 0.124 0.058 0.019 0.002 89 I 0.201 0.222 0.212 0.200 0.119 0.041 0.005 90 P 0.259 0.239 0.186 0.153 0.101 0.054 0.009 91 F 0.091 0.131 0.187 0.232 0.211 0.125 0.023 92 T 0.102 0.138 0.184 0.222 0.201 0.128 0.024 93 F 0.129 0.140 0.160 0.192 0.189 0.152 0.038 94 A 0.177 0.152 0.147 0.170 0.169 0.141 0.044 95 D 0.199 0.187 0.160 0.166 0.140 0.113 0.034 96 G 0.202 0.189 0.160 0.173 0.141 0.101 0.035 97 T 0.226 0.195 0.160 0.161 0.136 0.095 0.027 98 T 0.228 0.211 0.177 0.173 0.126 0.073 0.013 99 A 0.233 0.242 0.194 0.167 0.104 0.051 0.009 100 A 0.248 0.217 0.174 0.162 0.120 0.069 0.010 101 M 0.219 0.202 0.186 0.183 0.128 0.072 0.011 102 P 0.442 0.241 0.138 0.097 0.051 0.026 0.005 103 E 0.541 0.237 0.114 0.064 0.028 0.013 0.003 104 M 0.476 0.211 0.134 0.103 0.054 0.019 0.003 105 K 0.549 0.220 0.110 0.072 0.036 0.011 0.002 106 R 0.437 0.235 0.162 0.110 0.043 0.012 0.001 107 T 0.495 0.251 0.124 0.083 0.036 0.010 0.001 108 G 0.245 0.284 0.210 0.152 0.080 0.026 0.004 109 W 0.085 0.107 0.171 0.264 0.247 0.110 0.014 110 K 0.099 0.169 0.202 0.222 0.185 0.106 0.018 111 N 0.057 0.068 0.102 0.205 0.277 0.237 0.054 112 A 0.073 0.095 0.117 0.188 0.246 0.221 0.060 113 F 0.046 0.059 0.084 0.152 0.226 0.318 0.115 114 A 0.044 0.072 0.095 0.166 0.260 0.270 0.094 115 I 0.072 0.190 0.218 0.237 0.163 0.097 0.023 116 G 0.054 0.143 0.191 0.256 0.215 0.117 0.024 117 D 0.188 0.301 0.211 0.156 0.093 0.043 0.009 118 E 0.056 0.210 0.288 0.262 0.129 0.046 0.009 119 I 0.007 0.020 0.054 0.173 0.369 0.336 0.040 120 Q 0.040 0.217 0.326 0.260 0.120 0.033 0.004 121 E 0.117 0.446 0.287 0.110 0.030 0.009 0.001 122 G 0.002 0.016 0.066 0.238 0.426 0.236 0.017 123 L 0.001 0.006 0.025 0.118 0.378 0.433 0.040 124 Q 0.062 0.410 0.362 0.127 0.032 0.007 0.001 125 R 0.028 0.201 0.403 0.278 0.075 0.014 0.001 126 L 0.002 0.004 0.008 0.059 0.351 0.542 0.034 127 D 0.005 0.038 0.201 0.404 0.279 0.070 0.004 128 Q 0.175 0.528 0.202 0.067 0.020 0.007 0.001 129 T 0.015 0.091 0.305 0.384 0.171 0.033 0.001 130 L 0.011 0.030 0.098 0.306 0.397 0.153 0.005 131 A 0.207 0.411 0.231 0.107 0.037 0.007 0.001 132 E 0.553 0.294 0.091 0.042 0.015 0.004 0.001 133 K 0.315 0.309 0.210 0.121 0.036 0.008 0.001 134 N 0.497 0.327 0.119 0.042 0.013 0.002 0.001 135 N 0.363 0.236 0.183 0.149 0.057 0.011 0.001 136 L 0.321 0.209 0.170 0.168 0.104 0.026 0.001 137 Q 0.506 0.268 0.133 0.066 0.022 0.005 0.001 138 G 0.568 0.261 0.101 0.051 0.015 0.004 0.001 139 L 0.289 0.245 0.193 0.165 0.085 0.022 0.002 140 T 0.392 0.262 0.169 0.109 0.052 0.014 0.002 141 R 0.168 0.241 0.219 0.205 0.119 0.042 0.006 142 E 0.064 0.183 0.227 0.274 0.192 0.056 0.005 143 E 0.035 0.144 0.228 0.317 0.211 0.059 0.005 144 F 0.002 0.010 0.038 0.141 0.373 0.380 0.056 145 N 0.001 0.002 0.005 0.024 0.155 0.555 0.258 146 S 0.002 0.023 0.074 0.234 0.357 0.267 0.043 147 E 0.001 0.006 0.036 0.164 0.315 0.389 0.090 148 A 0.001 0.001 0.001 0.003 0.029 0.342 0.626 149 I 0.001 0.001 0.003 0.016 0.089 0.420 0.471 150 E 0.001 0.014 0.061 0.210 0.279 0.323 0.112 151 L 0.001 0.002 0.007 0.042 0.161 0.419 0.370 152 F 0.001 0.001 0.001 0.006 0.042 0.332 0.617 153 N 0.001 0.005 0.017 0.077 0.258 0.468 0.174 154 S 0.002 0.025 0.087 0.231 0.349 0.234 0.071 155 L 0.002 0.006 0.015 0.042 0.137 0.433 0.365 156 N 0.004 0.027 0.065 0.166 0.263 0.326 0.149 157 Q 0.005 0.026 0.070 0.169 0.230 0.320 0.178 158 L 0.002 0.004 0.009 0.037 0.134 0.349 0.465 159 H 0.004 0.008 0.014 0.034 0.103 0.292 0.545 160 P 0.017 0.018 0.030 0.054 0.102 0.242 0.537 161 F 0.025 0.047 0.060 0.093 0.125 0.249 0.402 162 R 0.022 0.057 0.086 0.153 0.192 0.238 0.252 163 E 0.027 0.058 0.083 0.138 0.216 0.246 0.231 164 G 0.031 0.051 0.071 0.127 0.178 0.254 0.287 165 N 0.022 0.022 0.035 0.067 0.121 0.275 0.458 166 G 0.031 0.037 0.043 0.082 0.163 0.302 0.342 167 R 0.015 0.034 0.064 0.152 0.219 0.274 0.242 168 T 0.002 0.005 0.011 0.032 0.098 0.307 0.545 169 Q 0.001 0.001 0.004 0.014 0.053 0.257 0.671 170 R 0.001 0.002 0.006 0.026 0.117 0.344 0.504 171 L 0.002 0.006 0.016 0.049 0.144 0.387 0.396 172 F 0.001 0.002 0.005 0.019 0.049 0.227 0.697 173 F 0.001 0.002 0.003 0.009 0.027 0.220 0.738 174 E 0.001 0.004 0.011 0.054 0.157 0.465 0.308 175 N 0.003 0.019 0.044 0.120 0.305 0.388 0.120 176 L 0.001 0.005 0.022 0.107 0.289 0.461 0.115 177 A 0.003 0.016 0.042 0.124 0.322 0.417 0.075 178 K 0.021 0.123 0.217 0.326 0.218 0.086 0.009 179 A 0.124 0.313 0.238 0.193 0.100 0.029 0.003 180 A 0.099 0.199 0.313 0.261 0.102 0.023 0.002 181 G 0.400 0.334 0.151 0.073 0.032 0.010 0.001 182 H 0.112 0.189 0.244 0.262 0.150 0.040 0.004 183 Q 0.248 0.290 0.230 0.146 0.064 0.021 0.002 184 L 0.069 0.068 0.108 0.200 0.285 0.233 0.037 185 N 0.108 0.140 0.157 0.222 0.219 0.134 0.021 186 F 0.088 0.103 0.141 0.209 0.233 0.187 0.039 187 S 0.085 0.104 0.122 0.194 0.242 0.202 0.051 188 L 0.113 0.207 0.209 0.212 0.151 0.090 0.018 189 I 0.153 0.174 0.172 0.209 0.175 0.097 0.018 190 T 0.211 0.246 0.188 0.156 0.115 0.067 0.018 191 K 0.134 0.215 0.230 0.211 0.133 0.064 0.014 192 E 0.131 0.225 0.229 0.198 0.137 0.067 0.012 193 R 0.242 0.363 0.216 0.107 0.047 0.021 0.004 194 M 0.032 0.108 0.195 0.274 0.252 0.121 0.018 195 M 0.008 0.024 0.057 0.161 0.345 0.353 0.052 196 V 0.039 0.157 0.274 0.294 0.165 0.066 0.005 197 A 0.057 0.214 0.292 0.251 0.135 0.048 0.004 198 S 0.010 0.019 0.035 0.120 0.330 0.431 0.055 199 V 0.009 0.024 0.084 0.244 0.344 0.263 0.033 200 A 0.138 0.297 0.253 0.177 0.090 0.040 0.005 201 V 0.110 0.244 0.234 0.215 0.138 0.053 0.006 202 A 0.040 0.072 0.141 0.284 0.301 0.147 0.015 203 E 0.270 0.327 0.213 0.121 0.052 0.016 0.002 204 N 0.321 0.302 0.188 0.130 0.048 0.011 0.001 205 G 0.454 0.295 0.136 0.076 0.030 0.008 0.001 206 D 0.279 0.287 0.208 0.130 0.069 0.023 0.003 207 L 0.074 0.110 0.175 0.272 0.247 0.109 0.013 208 E 0.195 0.257 0.217 0.177 0.105 0.043 0.005 209 P 0.098 0.182 0.213 0.244 0.176 0.075 0.012 210 M 0.028 0.043 0.066 0.149 0.309 0.349 0.055 211 Q 0.037 0.108 0.179 0.267 0.239 0.147 0.022 212 H 0.087 0.209 0.257 0.230 0.137 0.070 0.010 213 L 0.028 0.052 0.094 0.208 0.317 0.264 0.036 214 F 0.019 0.023 0.044 0.117 0.261 0.431 0.105 215 E 0.079 0.169 0.191 0.234 0.188 0.117 0.022 216 D 0.129 0.283 0.244 0.185 0.107 0.046 0.006 217 I 0.047 0.084 0.142 0.247 0.277 0.174 0.030 218 S 0.100 0.137 0.168 0.221 0.213 0.142 0.019 219 N 0.273 0.277 0.188 0.146 0.080 0.032 0.004 220 P 0.409 0.319 0.146 0.075 0.034 0.013 0.002 221 E 0.160 0.191 0.202 0.220 0.150 0.065 0.011 222 K 0.093 0.129 0.181 0.231 0.224 0.126 0.016 223 I 0.288 0.290 0.186 0.133 0.071 0.028 0.004 224 R 0.244 0.315 0.217 0.133 0.062 0.026 0.004 225 L 0.049 0.069 0.124 0.246 0.306 0.186 0.020 226 L 0.059 0.094 0.146 0.227 0.266 0.183 0.026 227 K 0.252 0.306 0.205 0.134 0.068 0.031 0.004 228 E 0.164 0.247 0.246 0.198 0.103 0.037 0.004 229 F 0.068 0.080 0.115 0.213 0.283 0.216 0.026 230 M 0.167 0.188 0.195 0.218 0.157 0.067 0.007 231 H 0.429 0.310 0.143 0.071 0.032 0.012 0.001 232 T 0.307 0.245 0.198 0.154 0.072 0.023 0.002 233 M 0.195 0.146 0.159 0.218 0.191 0.085 0.007 234 K 0.496 0.262 0.128 0.072 0.031 0.010 0.001 235 N 0.588 0.248 0.097 0.046 0.017 0.005 0.001 236 T 0.400 0.234 0.160 0.124 0.060 0.020 0.002 237 G 0.401 0.219 0.156 0.122 0.074 0.026 0.002 238 R 0.494 0.256 0.132 0.077 0.031 0.009 0.001 239 N 0.525 0.256 0.120 0.065 0.026 0.008 0.001 240 V 0.249 0.182 0.180 0.202 0.134 0.047 0.005 241 N 0.444 0.264 0.146 0.086 0.042 0.015 0.002 242 D 0.363 0.292 0.167 0.106 0.050 0.018 0.003 243 R 0.154 0.140 0.166 0.231 0.196 0.100 0.012 244 P 0.202 0.190 0.191 0.188 0.145 0.075 0.009 245 V 0.226 0.216 0.182 0.172 0.127 0.067 0.010 246 M 0.146 0.162 0.174 0.209 0.187 0.109 0.013 247 V 0.109 0.115 0.156 0.225 0.232 0.147 0.015 248 A 0.216 0.225 0.189 0.186 0.123 0.056 0.006 249 K 0.305 0.259 0.189 0.134 0.076 0.033 0.004 250 E 0.273 0.205 0.190 0.185 0.108 0.036 0.003 251 G 0.499 0.261 0.126 0.073 0.031 0.010 0.001 252 E 0.611 0.245 0.091 0.038 0.012 0.003 0.001 253 T 0.495 0.314 0.122 0.050 0.015 0.003 0.001 254 Y 0.140 0.154 0.205 0.265 0.185 0.049 0.003 255 T 0.256 0.277 0.234 0.159 0.060 0.013 0.001 256 G 0.491 0.301 0.116 0.060 0.025 0.007 0.001 257 T 0.179 0.270 0.249 0.194 0.084 0.022 0.001 258 Y 0.059 0.072 0.140 0.289 0.310 0.123 0.007 259 R 0.247 0.321 0.227 0.138 0.053 0.014 0.001 260 G 0.393 0.302 0.159 0.095 0.040 0.011 0.001 261 A 0.179 0.213 0.212 0.226 0.129 0.038 0.003 262 G 0.291 0.281 0.201 0.140 0.066 0.019 0.002 263 L 0.180 0.231 0.209 0.205 0.126 0.043 0.006 264 E 0.229 0.281 0.219 0.163 0.079 0.026 0.003 265 G 0.136 0.225 0.220 0.216 0.135 0.058 0.009 266 F 0.034 0.046 0.076 0.170 0.298 0.310 0.065 267 A 0.054 0.093 0.148 0.223 0.233 0.201 0.048 268 L 0.090 0.129 0.136 0.198 0.213 0.190 0.045 269 N 0.096 0.176 0.209 0.234 0.175 0.095 0.015 270 V 0.035 0.051 0.092 0.217 0.333 0.235 0.037 271 K 0.145 0.287 0.269 0.187 0.077 0.029 0.005 272 G 0.178 0.265 0.228 0.183 0.101 0.040 0.006 273 A 0.076 0.165 0.202 0.243 0.201 0.101 0.012 274 Y 0.021 0.075 0.150 0.259 0.286 0.192 0.018 275 I 0.008 0.014 0.041 0.124 0.294 0.465 0.055 276 I 0.018 0.043 0.100 0.233 0.354 0.234 0.018 277 G 0.081 0.199 0.272 0.254 0.151 0.040 0.003 278 N 0.148 0.264 0.288 0.205 0.079 0.015 0.001 279 I 0.244 0.310 0.225 0.162 0.052 0.006 0.001 280 D 0.562 0.324 0.091 0.020 0.003 0.001 0.001 281 H 0.626 0.262 0.083 0.024 0.005 0.001 0.001 282 L 0.262 0.227 0.244 0.200 0.063 0.005 0.001 283 P 0.697 0.235 0.055 0.012 0.001 0.001 0.001 284 P 0.840 0.138 0.018 0.004 0.001 0.001 0.001 285 E 0.681 0.245 0.056 0.015 0.003 0.001 0.001 286 Q 0.210 0.276 0.255 0.191 0.061 0.006 0.001 287 L 0.392 0.388 0.158 0.052 0.010 0.001 0.001 288 K 0.425 0.349 0.154 0.058 0.013 0.002 0.001 289 I 0.222 0.271 0.234 0.190 0.068 0.013 0.001 290 L 0.178 0.185 0.218 0.268 0.136 0.015 0.001 291 K 0.579 0.314 0.079 0.023 0.004 0.001 0.001 292 P 0.362 0.298 0.205 0.107 0.025 0.003 0.001 293 G 0.287 0.285 0.209 0.141 0.063 0.014 0.001 294 D 0.133 0.194 0.214 0.246 0.165 0.044 0.003 295 K 0.184 0.312 0.302 0.151 0.042 0.007 0.001 296 I 0.101 0.103 0.125 0.268 0.273 0.124 0.006 297 T 0.210 0.345 0.266 0.136 0.038 0.006 0.001 298 F 0.243 0.191 0.193 0.239 0.118 0.016 0.001 299 T 0.747 0.208 0.036 0.007 0.001 0.001 0.001