# TARGET T0386 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 543 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.004 0.001 0.003 0.101 0.086 0.804 2 P 0.011 0.003 0.022 0.561 0.118 0.284 3 K 0.018 0.004 0.033 0.754 0.095 0.096 4 A 0.045 0.004 0.061 0.745 0.083 0.061 5 K 0.072 0.003 0.054 0.744 0.081 0.045 6 A 0.083 0.002 0.046 0.698 0.099 0.073 7 K 0.086 0.003 0.033 0.641 0.127 0.110 8 T 0.163 0.016 0.027 0.511 0.174 0.108 9 K 0.194 0.011 0.035 0.349 0.253 0.157 10 N 0.148 0.013 0.063 0.220 0.326 0.230 11 T 0.107 0.018 0.081 0.076 0.417 0.301 12 E 0.132 0.010 0.084 0.025 0.375 0.374 13 I 0.203 0.043 0.082 0.018 0.316 0.339 14 I 0.176 0.145 0.015 0.007 0.262 0.395 15 S 0.066 0.023 0.008 0.003 0.816 0.084 16 P 0.008 0.002 0.080 0.007 0.873 0.030 17 H 0.006 0.002 0.108 0.010 0.844 0.030 18 H 0.106 0.072 0.091 0.012 0.686 0.034 19 Y 0.184 0.150 0.012 0.021 0.169 0.464 20 V 0.185 0.110 0.010 0.031 0.191 0.471 21 Y 0.063 0.013 0.057 0.125 0.419 0.323 22 P 0.035 0.004 0.134 0.204 0.416 0.206 23 N 0.037 0.007 0.168 0.275 0.386 0.128 24 T 0.048 0.017 0.044 0.605 0.156 0.130 25 T 0.033 0.005 0.027 0.823 0.052 0.060 26 T 0.043 0.008 0.029 0.839 0.048 0.033 27 L 0.027 0.006 0.035 0.851 0.054 0.026 28 K 0.025 0.005 0.025 0.847 0.066 0.032 29 N 0.016 0.003 0.037 0.807 0.080 0.058 30 K 0.011 0.004 0.026 0.649 0.145 0.165 31 Y 0.019 0.004 0.034 0.336 0.217 0.390 32 G 0.048 0.012 0.020 0.038 0.286 0.597 33 I 0.069 0.029 0.039 0.083 0.228 0.552 34 K 0.073 0.024 0.091 0.133 0.244 0.435 35 N 0.052 0.011 0.075 0.163 0.330 0.370 36 L 0.006 0.001 0.229 0.570 0.121 0.072 37 N 0.015 0.002 0.165 0.650 0.100 0.068 38 A 0.011 0.001 0.146 0.692 0.113 0.037 39 F 0.007 0.003 0.100 0.776 0.070 0.045 40 L 0.012 0.003 0.033 0.821 0.076 0.055 41 E 0.020 0.002 0.040 0.767 0.083 0.090 42 K 0.018 0.002 0.024 0.788 0.057 0.111 43 C 0.051 0.008 0.029 0.675 0.093 0.144 44 S 0.027 0.005 0.020 0.741 0.067 0.140 45 H 0.018 0.002 0.012 0.820 0.048 0.100 46 D 0.008 0.002 0.014 0.791 0.069 0.117 47 T 0.006 0.002 0.012 0.829 0.063 0.088 48 A 0.001 0.001 0.005 0.982 0.007 0.005 49 K 0.001 0.001 0.005 0.988 0.005 0.002 50 A 0.001 0.001 0.005 0.985 0.007 0.003 51 M 0.001 0.001 0.005 0.986 0.004 0.004 52 I 0.001 0.001 0.007 0.984 0.005 0.003 53 N 0.001 0.001 0.010 0.971 0.011 0.006 54 L 0.001 0.001 0.010 0.959 0.015 0.015 55 R 0.002 0.001 0.015 0.930 0.024 0.028 56 E 0.002 0.001 0.051 0.887 0.037 0.022 57 E 0.003 0.002 0.053 0.816 0.070 0.056 58 S 0.004 0.005 0.064 0.592 0.132 0.204 59 L 0.005 0.006 0.023 0.073 0.288 0.604 60 P 0.011 0.005 0.068 0.040 0.379 0.497 61 E 0.033 0.009 0.076 0.032 0.417 0.433 62 Y 0.054 0.036 0.058 0.037 0.353 0.461 63 F 0.040 0.032 0.006 0.022 0.203 0.696 64 D 0.015 0.008 0.001 0.016 0.070 0.890 65 T 0.001 0.001 0.008 0.982 0.005 0.004 66 A 0.001 0.001 0.006 0.991 0.003 0.001 67 Y 0.001 0.001 0.005 0.993 0.002 0.001 68 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 69 C 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 70 H 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 71 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 72 H 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 73 Q 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 74 Q 0.001 0.001 0.003 0.990 0.004 0.002 75 L 0.001 0.001 0.006 0.971 0.011 0.011 76 F 0.001 0.002 0.018 0.904 0.061 0.015 77 K 0.002 0.001 0.027 0.794 0.136 0.040 78 N 0.003 0.002 0.037 0.380 0.370 0.206 79 T 0.016 0.013 0.062 0.155 0.533 0.221 80 F 0.052 0.022 0.108 0.161 0.391 0.266 81 E 0.079 0.019 0.153 0.196 0.349 0.205 82 W 0.088 0.014 0.178 0.162 0.383 0.175 83 A 0.096 0.008 0.082 0.181 0.398 0.236 84 G 0.179 0.011 0.082 0.110 0.332 0.287 85 Y 0.492 0.019 0.030 0.052 0.179 0.228 86 L 0.740 0.029 0.016 0.027 0.065 0.124 87 R 0.701 0.015 0.012 0.018 0.086 0.168 88 H 0.533 0.012 0.010 0.009 0.140 0.297 89 I 0.339 0.013 0.009 0.006 0.217 0.416 90 P 0.311 0.011 0.014 0.009 0.237 0.417 91 F 0.429 0.020 0.022 0.013 0.218 0.298 92 T 0.578 0.028 0.017 0.017 0.162 0.198 93 F 0.639 0.027 0.017 0.021 0.147 0.150 94 A 0.506 0.019 0.018 0.027 0.245 0.185 95 D 0.284 0.011 0.025 0.030 0.374 0.275 96 G 0.237 0.010 0.030 0.027 0.399 0.298 97 T 0.336 0.023 0.038 0.035 0.249 0.320 98 T 0.479 0.029 0.051 0.044 0.156 0.241 99 A 0.536 0.021 0.034 0.041 0.141 0.227 100 A 0.515 0.033 0.038 0.071 0.106 0.238 101 M 0.300 0.024 0.075 0.078 0.226 0.297 102 P 0.206 0.010 0.187 0.086 0.287 0.224 103 E 0.159 0.015 0.314 0.104 0.249 0.158 104 M 0.230 0.072 0.143 0.133 0.254 0.168 105 K 0.230 0.031 0.062 0.111 0.440 0.126 106 R 0.116 0.016 0.037 0.139 0.546 0.146 107 T 0.051 0.006 0.022 0.096 0.621 0.203 108 G 0.081 0.005 0.006 0.010 0.581 0.317 109 W 0.287 0.018 0.007 0.016 0.208 0.464 110 K 0.517 0.041 0.009 0.021 0.113 0.299 111 N 0.626 0.016 0.017 0.020 0.109 0.211 112 A 0.677 0.009 0.023 0.013 0.094 0.184 113 F 0.605 0.023 0.028 0.023 0.098 0.223 114 A 0.323 0.023 0.019 0.026 0.167 0.441 115 I 0.130 0.017 0.015 0.036 0.216 0.586 116 G 0.018 0.010 0.121 0.288 0.219 0.344 117 D 0.003 0.003 0.309 0.505 0.117 0.063 118 E 0.001 0.001 0.366 0.521 0.090 0.020 119 I 0.001 0.001 0.151 0.776 0.048 0.024 120 Q 0.001 0.001 0.030 0.936 0.021 0.011 121 E 0.001 0.001 0.048 0.914 0.030 0.009 122 G 0.001 0.001 0.030 0.923 0.033 0.013 123 L 0.001 0.001 0.017 0.942 0.028 0.012 124 Q 0.001 0.001 0.008 0.972 0.013 0.006 125 R 0.001 0.001 0.007 0.976 0.011 0.006 126 L 0.001 0.001 0.007 0.974 0.012 0.007 127 D 0.001 0.001 0.004 0.988 0.005 0.002 128 Q 0.001 0.001 0.004 0.990 0.004 0.002 129 T 0.001 0.001 0.003 0.984 0.005 0.007 130 L 0.001 0.001 0.006 0.974 0.008 0.012 131 A 0.001 0.001 0.006 0.963 0.015 0.014 132 E 0.001 0.001 0.009 0.913 0.035 0.041 133 K 0.002 0.002 0.023 0.758 0.097 0.119 134 N 0.004 0.004 0.069 0.498 0.236 0.190 135 N 0.007 0.005 0.102 0.272 0.351 0.264 136 L 0.005 0.005 0.230 0.294 0.371 0.095 137 Q 0.005 0.003 0.190 0.243 0.441 0.118 138 G 0.005 0.004 0.127 0.186 0.485 0.194 139 L 0.014 0.017 0.061 0.127 0.449 0.332 140 T 0.018 0.023 0.017 0.082 0.224 0.637 141 R 0.007 0.006 0.075 0.508 0.180 0.224 142 E 0.005 0.002 0.058 0.630 0.138 0.166 143 E 0.001 0.001 0.052 0.879 0.047 0.021 144 F 0.001 0.001 0.042 0.906 0.028 0.021 145 N 0.002 0.001 0.019 0.913 0.031 0.034 146 S 0.001 0.001 0.008 0.978 0.007 0.007 147 E 0.001 0.001 0.004 0.990 0.003 0.002 148 A 0.001 0.001 0.002 0.996 0.002 0.001 149 I 0.001 0.001 0.002 0.996 0.002 0.001 150 E 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 151 L 0.001 0.001 0.004 0.988 0.005 0.002 152 F 0.003 0.001 0.005 0.975 0.012 0.005 153 N 0.009 0.001 0.011 0.945 0.027 0.008 154 S 0.019 0.001 0.013 0.908 0.043 0.016 155 L 0.027 0.001 0.014 0.909 0.030 0.019 156 N 0.035 0.001 0.017 0.900 0.029 0.018 157 Q 0.061 0.002 0.012 0.857 0.037 0.032 158 L 0.123 0.013 0.011 0.636 0.063 0.154 159 H 0.150 0.010 0.010 0.071 0.191 0.567 160 P 0.058 0.017 0.017 0.022 0.329 0.558 161 F 0.061 0.029 0.052 0.017 0.601 0.240 162 R 0.030 0.015 0.081 0.027 0.693 0.153 163 E 0.017 0.011 0.138 0.052 0.642 0.140 164 G 0.019 0.009 0.103 0.064 0.644 0.162 165 N 0.028 0.014 0.022 0.161 0.404 0.372 166 G 0.022 0.017 0.003 0.247 0.132 0.578 167 R 0.001 0.001 0.001 0.990 0.003 0.004 168 T 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.002 169 Q 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 170 R 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 171 L 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.001 172 F 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 173 F 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 174 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 175 N 0.001 0.001 0.002 0.994 0.003 0.001 176 L 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.002 177 A 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.001 178 K 0.001 0.001 0.004 0.992 0.003 0.001 179 A 0.001 0.001 0.002 0.991 0.004 0.002 180 A 0.001 0.001 0.004 0.966 0.007 0.023 181 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.983 182 H 0.007 0.003 0.001 0.001 0.061 0.927 183 Q 0.095 0.010 0.003 0.002 0.114 0.776 184 L 0.375 0.064 0.010 0.005 0.091 0.455 185 N 0.381 0.014 0.013 0.015 0.134 0.444 186 F 0.371 0.006 0.096 0.026 0.177 0.324 187 S 0.374 0.010 0.057 0.030 0.172 0.358 188 L 0.280 0.021 0.085 0.023 0.202 0.389 189 I 0.118 0.020 0.010 0.019 0.187 0.646 190 T 0.036 0.011 0.001 0.012 0.061 0.879 191 K 0.001 0.001 0.014 0.972 0.007 0.006 192 E 0.001 0.001 0.013 0.977 0.007 0.002 193 R 0.001 0.001 0.011 0.982 0.006 0.001 194 M 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 195 M 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 196 V 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 197 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.001 198 S 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.001 199 V 0.002 0.001 0.003 0.987 0.007 0.001 200 A 0.002 0.001 0.005 0.977 0.009 0.006 201 V 0.003 0.002 0.007 0.920 0.031 0.037 202 A 0.005 0.006 0.014 0.848 0.100 0.028 203 E 0.004 0.004 0.015 0.702 0.216 0.059 204 N 0.002 0.002 0.019 0.344 0.450 0.182 205 G 0.004 0.004 0.011 0.043 0.506 0.432 206 D 0.010 0.010 0.005 0.025 0.196 0.755 207 L 0.013 0.015 0.014 0.572 0.121 0.265 208 E 0.006 0.004 0.005 0.855 0.039 0.092 209 P 0.001 0.001 0.003 0.983 0.007 0.006 210 M 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 211 Q 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 212 H 0.001 0.001 0.006 0.989 0.003 0.001 213 L 0.001 0.001 0.006 0.987 0.005 0.002 214 F 0.001 0.001 0.005 0.988 0.005 0.002 215 E 0.001 0.001 0.019 0.964 0.013 0.003 216 D 0.001 0.001 0.024 0.939 0.025 0.010 217 I 0.002 0.002 0.045 0.698 0.092 0.161 218 S 0.002 0.008 0.012 0.508 0.103 0.368 219 N 0.002 0.002 0.002 0.147 0.119 0.728 220 P 0.001 0.001 0.010 0.962 0.018 0.010 221 E 0.001 0.001 0.015 0.963 0.018 0.003 222 K 0.001 0.001 0.007 0.985 0.006 0.001 223 I 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.001 224 R 0.001 0.001 0.004 0.990 0.003 0.002 225 L 0.001 0.001 0.003 0.989 0.004 0.003 226 L 0.001 0.001 0.002 0.990 0.004 0.004 227 K 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 228 E 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.002 229 F 0.001 0.001 0.002 0.989 0.005 0.004 230 M 0.001 0.001 0.003 0.988 0.005 0.003 231 H 0.001 0.001 0.004 0.985 0.006 0.004 232 T 0.001 0.001 0.005 0.964 0.012 0.018 233 M 0.001 0.001 0.010 0.950 0.018 0.020 234 K 0.002 0.001 0.016 0.917 0.040 0.024 235 N 0.003 0.001 0.020 0.835 0.085 0.055 236 T 0.006 0.003 0.019 0.569 0.175 0.227 237 G 0.012 0.005 0.027 0.154 0.309 0.493 238 R 0.025 0.013 0.049 0.106 0.345 0.461 239 N 0.045 0.031 0.056 0.082 0.436 0.350 240 V 0.035 0.022 0.123 0.175 0.412 0.232 241 N 0.026 0.010 0.071 0.186 0.380 0.327 242 D 0.020 0.010 0.049 0.159 0.394 0.368 243 R 0.023 0.007 0.014 0.147 0.271 0.539 244 P 0.036 0.007 0.015 0.257 0.216 0.469 245 V 0.161 0.013 0.014 0.483 0.135 0.193 246 M 0.289 0.008 0.011 0.561 0.050 0.082 247 V 0.365 0.004 0.012 0.562 0.023 0.034 248 A 0.317 0.002 0.013 0.611 0.025 0.032 249 K 0.266 0.002 0.018 0.620 0.046 0.048 250 E 0.191 0.004 0.021 0.642 0.073 0.069 251 G 0.102 0.004 0.049 0.628 0.128 0.089 252 E 0.116 0.003 0.078 0.515 0.197 0.092 253 T 0.147 0.006 0.059 0.497 0.192 0.099 254 Y 0.114 0.019 0.029 0.575 0.164 0.099 255 T 0.085 0.006 0.024 0.393 0.277 0.215 256 G 0.080 0.005 0.037 0.186 0.385 0.307 257 T 0.153 0.029 0.047 0.148 0.360 0.263 258 Y 0.157 0.046 0.053 0.121 0.358 0.264 259 R 0.095 0.019 0.039 0.097 0.394 0.356 260 G 0.094 0.012 0.037 0.073 0.416 0.367 261 A 0.111 0.018 0.033 0.074 0.326 0.439 262 G 0.154 0.035 0.031 0.056 0.280 0.444 263 L 0.152 0.013 0.125 0.162 0.318 0.230 264 E 0.268 0.007 0.144 0.188 0.225 0.168 265 G 0.447 0.007 0.114 0.184 0.148 0.100 266 F 0.641 0.014 0.032 0.141 0.077 0.096 267 A 0.648 0.017 0.024 0.127 0.106 0.077 268 L 0.487 0.012 0.026 0.171 0.148 0.155 269 N 0.236 0.013 0.029 0.167 0.277 0.278 270 V 0.166 0.037 0.023 0.166 0.301 0.307 271 K 0.081 0.016 0.012 0.148 0.244 0.499 272 G 0.020 0.003 0.059 0.626 0.182 0.111 273 A 0.026 0.004 0.107 0.648 0.146 0.069 274 Y 0.065 0.013 0.136 0.593 0.133 0.060 275 I 0.129 0.025 0.102 0.520 0.125 0.100 276 I 0.096 0.017 0.077 0.502 0.163 0.147 277 G 0.063 0.014 0.089 0.451 0.201 0.181 278 N 0.016 0.011 0.142 0.484 0.218 0.129 279 I 0.002 0.001 0.529 0.262 0.195 0.011 280 D 0.002 0.001 0.505 0.203 0.265 0.023 281 H 0.003 0.003 0.313 0.184 0.383 0.114 282 L 0.010 0.041 0.026 0.046 0.452 0.426 283 P 0.011 0.012 0.005 0.014 0.192 0.766 284 P 0.012 0.005 0.232 0.293 0.335 0.123 285 E 0.044 0.003 0.217 0.303 0.362 0.071 286 Q 0.113 0.004 0.191 0.366 0.238 0.088 287 L 0.323 0.006 0.049 0.439 0.093 0.090 288 K 0.482 0.005 0.020 0.406 0.034 0.053 289 I 0.625 0.007 0.008 0.282 0.023 0.055 290 L 0.563 0.016 0.005 0.162 0.045 0.209 291 K 0.248 0.023 0.004 0.043 0.186 0.496 292 P 0.074 0.006 0.011 0.022 0.389 0.497 293 G 0.063 0.007 0.017 0.009 0.522 0.383 294 D 0.111 0.026 0.027 0.012 0.516 0.308 295 K 0.150 0.023 0.081 0.029 0.356 0.361 296 I 0.256 0.016 0.073 0.030 0.222 0.403 297 T 0.316 0.018 0.060 0.022 0.152 0.432 298 F 0.225 0.036 0.012 0.014 0.091 0.621 299 T 0.031 0.004 0.001 0.002 0.031 0.932