# TARGET T0386 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 543 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.354 0.219 0.180 0.140 0.077 0.028 0.003 2 P 0.553 0.282 0.112 0.037 0.012 0.003 0.001 3 K 0.343 0.314 0.192 0.106 0.036 0.007 0.001 4 A 0.106 0.127 0.156 0.258 0.238 0.107 0.008 5 K 0.094 0.203 0.265 0.256 0.138 0.040 0.004 6 A 0.306 0.377 0.193 0.085 0.028 0.009 0.002 7 K 0.077 0.187 0.301 0.262 0.127 0.043 0.004 8 T 0.091 0.085 0.110 0.202 0.277 0.204 0.029 9 K 0.104 0.257 0.268 0.216 0.108 0.041 0.005 10 N 0.149 0.249 0.225 0.192 0.113 0.061 0.011 11 T 0.048 0.077 0.119 0.211 0.276 0.225 0.045 12 E 0.073 0.134 0.191 0.225 0.193 0.148 0.037 13 I 0.083 0.200 0.258 0.226 0.139 0.078 0.017 14 I 0.019 0.026 0.049 0.159 0.342 0.338 0.067 15 S 0.095 0.265 0.294 0.219 0.093 0.031 0.004 16 P 0.284 0.291 0.195 0.134 0.064 0.026 0.005 17 H 0.347 0.291 0.172 0.117 0.050 0.020 0.003 18 H 0.229 0.282 0.236 0.164 0.065 0.021 0.002 19 Y 0.073 0.082 0.150 0.264 0.283 0.136 0.012 20 V 0.210 0.380 0.235 0.118 0.042 0.014 0.001 21 Y 0.130 0.184 0.244 0.255 0.145 0.039 0.003 22 P 0.423 0.335 0.142 0.067 0.025 0.007 0.001 23 N 0.165 0.264 0.258 0.202 0.086 0.024 0.002 24 T 0.090 0.180 0.288 0.286 0.127 0.027 0.001 25 T 0.315 0.403 0.186 0.073 0.020 0.003 0.001 26 T 0.069 0.222 0.333 0.253 0.098 0.023 0.001 27 L 0.015 0.023 0.049 0.190 0.417 0.293 0.015 28 K 0.053 0.176 0.286 0.305 0.146 0.031 0.002 29 N 0.250 0.387 0.217 0.104 0.033 0.009 0.001 30 K 0.159 0.240 0.242 0.216 0.108 0.033 0.002 31 Y 0.135 0.184 0.254 0.255 0.130 0.038 0.003 32 G 0.221 0.315 0.228 0.145 0.069 0.021 0.001 33 I 0.116 0.152 0.205 0.266 0.187 0.070 0.004 34 K 0.402 0.284 0.168 0.095 0.039 0.011 0.001 35 N 0.447 0.290 0.149 0.075 0.028 0.009 0.001 36 L 0.255 0.205 0.194 0.197 0.111 0.036 0.002 37 N 0.459 0.293 0.148 0.071 0.024 0.006 0.001 38 A 0.398 0.321 0.170 0.079 0.025 0.006 0.001 39 F 0.110 0.153 0.216 0.278 0.182 0.057 0.003 40 L 0.147 0.242 0.261 0.209 0.106 0.032 0.003 41 E 0.282 0.304 0.208 0.128 0.056 0.019 0.003 42 K 0.284 0.276 0.195 0.150 0.070 0.022 0.002 43 C 0.176 0.277 0.226 0.183 0.096 0.038 0.005 44 S 0.048 0.093 0.153 0.266 0.258 0.164 0.018 45 H 0.047 0.104 0.177 0.275 0.233 0.143 0.021 46 D 0.151 0.291 0.249 0.171 0.092 0.039 0.007 47 T 0.036 0.077 0.137 0.246 0.276 0.196 0.032 48 A 0.015 0.025 0.034 0.086 0.243 0.470 0.128 49 K 0.035 0.096 0.235 0.330 0.205 0.088 0.012 50 A 0.050 0.166 0.289 0.283 0.150 0.057 0.005 51 M 0.018 0.022 0.034 0.092 0.266 0.462 0.107 52 I 0.021 0.036 0.077 0.195 0.335 0.292 0.043 53 N 0.092 0.300 0.314 0.193 0.074 0.024 0.003 54 L 0.062 0.133 0.230 0.315 0.196 0.057 0.006 55 R 0.052 0.118 0.187 0.276 0.239 0.118 0.011 56 E 0.254 0.313 0.243 0.133 0.046 0.010 0.001 57 E 0.639 0.258 0.072 0.024 0.005 0.001 0.001 58 S 0.367 0.334 0.174 0.090 0.027 0.006 0.001 59 L 0.120 0.163 0.229 0.288 0.162 0.037 0.001 60 P 0.467 0.309 0.137 0.064 0.020 0.004 0.001 61 E 0.423 0.325 0.152 0.072 0.021 0.005 0.001 62 Y 0.111 0.214 0.278 0.246 0.119 0.031 0.001 63 F 0.031 0.052 0.118 0.269 0.339 0.179 0.013 64 D 0.114 0.334 0.278 0.164 0.074 0.032 0.003 65 T 0.041 0.155 0.257 0.318 0.183 0.043 0.003 66 A 0.120 0.396 0.263 0.142 0.060 0.017 0.002 67 Y 0.005 0.043 0.152 0.339 0.318 0.131 0.011 68 L 0.001 0.001 0.004 0.034 0.222 0.609 0.130 69 C 0.002 0.043 0.232 0.415 0.243 0.061 0.003 70 H 0.006 0.086 0.268 0.337 0.208 0.087 0.009 71 I 0.001 0.001 0.003 0.016 0.134 0.610 0.235 72 H 0.001 0.002 0.009 0.066 0.272 0.544 0.106 73 Q 0.007 0.117 0.284 0.311 0.186 0.089 0.007 74 Q 0.004 0.037 0.179 0.404 0.283 0.088 0.005 75 L 0.001 0.003 0.009 0.061 0.286 0.544 0.096 76 F 0.010 0.073 0.201 0.321 0.281 0.108 0.006 77 K 0.173 0.419 0.252 0.119 0.031 0.005 0.001 78 N 0.082 0.255 0.322 0.245 0.077 0.016 0.002 79 T 0.096 0.187 0.230 0.251 0.162 0.070 0.005 80 F 0.162 0.191 0.196 0.212 0.163 0.067 0.008 81 E 0.395 0.328 0.152 0.077 0.032 0.013 0.003 82 W 0.161 0.225 0.241 0.200 0.112 0.053 0.009 83 A 0.096 0.144 0.171 0.219 0.212 0.135 0.022 84 G 0.140 0.197 0.203 0.195 0.151 0.092 0.022 85 Y 0.104 0.179 0.229 0.239 0.154 0.079 0.015 86 L 0.030 0.036 0.055 0.141 0.288 0.356 0.094 87 R 0.063 0.127 0.193 0.254 0.209 0.129 0.023 88 H 0.163 0.249 0.219 0.179 0.111 0.063 0.016 89 I 0.125 0.149 0.176 0.223 0.182 0.116 0.029 90 P 0.143 0.182 0.183 0.195 0.157 0.113 0.027 91 F 0.090 0.100 0.137 0.209 0.226 0.188 0.050 92 T 0.153 0.175 0.171 0.187 0.163 0.123 0.029 93 F 0.115 0.117 0.152 0.204 0.201 0.164 0.047 94 A 0.195 0.213 0.188 0.174 0.127 0.084 0.020 95 D 0.236 0.244 0.193 0.157 0.098 0.056 0.016 96 G 0.198 0.209 0.178 0.180 0.137 0.079 0.019 97 T 0.159 0.218 0.195 0.185 0.137 0.085 0.021 98 T 0.096 0.132 0.172 0.226 0.207 0.136 0.031 99 A 0.133 0.231 0.247 0.196 0.118 0.062 0.013 100 A 0.043 0.072 0.130 0.225 0.274 0.214 0.043 101 M 0.075 0.135 0.181 0.221 0.207 0.152 0.030 102 P 0.198 0.189 0.175 0.183 0.150 0.087 0.019 103 E 0.464 0.241 0.129 0.093 0.048 0.021 0.004 104 M 0.360 0.230 0.180 0.140 0.066 0.023 0.003 105 K 0.482 0.248 0.140 0.081 0.034 0.012 0.002 106 R 0.505 0.231 0.128 0.081 0.039 0.013 0.002 107 T 0.506 0.240 0.124 0.077 0.036 0.014 0.002 108 G 0.336 0.226 0.164 0.137 0.087 0.043 0.008 109 W 0.263 0.208 0.176 0.162 0.108 0.067 0.017 110 K 0.169 0.182 0.178 0.182 0.150 0.108 0.031 111 N 0.063 0.082 0.126 0.206 0.236 0.218 0.070 112 A 0.032 0.069 0.110 0.190 0.250 0.271 0.077 113 F 0.020 0.037 0.066 0.133 0.211 0.351 0.182 114 A 0.016 0.025 0.051 0.123 0.233 0.384 0.167 115 I 0.058 0.122 0.166 0.227 0.229 0.170 0.027 116 G 0.047 0.165 0.267 0.293 0.169 0.055 0.004 117 D 0.504 0.320 0.101 0.046 0.020 0.007 0.002 118 E 0.189 0.391 0.261 0.122 0.030 0.006 0.001 119 I 0.016 0.027 0.081 0.298 0.401 0.171 0.005 120 Q 0.117 0.397 0.342 0.120 0.021 0.003 0.001 121 E 0.482 0.417 0.079 0.016 0.004 0.001 0.001 122 G 0.024 0.109 0.215 0.347 0.240 0.063 0.002 123 L 0.002 0.010 0.058 0.269 0.426 0.224 0.010 124 Q 0.079 0.405 0.375 0.117 0.021 0.003 0.001 125 R 0.068 0.293 0.361 0.213 0.055 0.009 0.001 126 L 0.005 0.010 0.022 0.094 0.356 0.484 0.029 127 D 0.012 0.054 0.179 0.357 0.300 0.093 0.004 128 Q 0.171 0.505 0.232 0.072 0.015 0.004 0.001 129 T 0.041 0.131 0.276 0.354 0.159 0.038 0.002 130 L 0.017 0.038 0.096 0.279 0.391 0.169 0.009 131 A 0.168 0.351 0.294 0.137 0.041 0.008 0.001 132 E 0.554 0.311 0.095 0.032 0.007 0.001 0.001 133 K 0.240 0.291 0.232 0.163 0.061 0.013 0.001 134 N 0.434 0.302 0.165 0.076 0.020 0.003 0.001 135 N 0.347 0.342 0.194 0.090 0.023 0.003 0.001 136 L 0.126 0.145 0.222 0.289 0.178 0.039 0.001 137 Q 0.571 0.273 0.106 0.039 0.010 0.002 0.001 138 G 0.590 0.273 0.094 0.034 0.007 0.001 0.001 139 L 0.255 0.213 0.215 0.195 0.096 0.025 0.001 140 T 0.478 0.312 0.128 0.058 0.019 0.004 0.001 141 R 0.108 0.180 0.278 0.272 0.124 0.036 0.002 142 E 0.264 0.259 0.194 0.158 0.089 0.032 0.004 143 E 0.173 0.335 0.239 0.144 0.076 0.029 0.004 144 F 0.016 0.040 0.093 0.253 0.348 0.222 0.029 145 N 0.009 0.038 0.072 0.166 0.305 0.333 0.077 146 S 0.018 0.070 0.194 0.329 0.261 0.114 0.014 147 E 0.008 0.038 0.151 0.334 0.308 0.145 0.016 148 A 0.003 0.005 0.005 0.014 0.082 0.478 0.412 149 I 0.008 0.011 0.023 0.082 0.217 0.480 0.179 150 E 0.008 0.058 0.185 0.301 0.246 0.162 0.039 151 L 0.008 0.010 0.023 0.095 0.273 0.444 0.147 152 F 0.002 0.006 0.011 0.030 0.123 0.484 0.345 153 N 0.016 0.052 0.118 0.196 0.238 0.249 0.131 154 S 0.014 0.053 0.162 0.296 0.278 0.139 0.057 155 L 0.012 0.020 0.028 0.070 0.173 0.438 0.258 156 N 0.041 0.078 0.137 0.220 0.222 0.216 0.087 157 Q 0.035 0.096 0.149 0.187 0.199 0.233 0.101 158 L 0.044 0.044 0.058 0.134 0.225 0.297 0.198 159 H 0.044 0.080 0.112 0.191 0.228 0.238 0.107 160 P 0.054 0.079 0.100 0.145 0.187 0.261 0.175 161 F 0.026 0.039 0.054 0.119 0.211 0.334 0.217 162 R 0.054 0.116 0.180 0.228 0.196 0.155 0.071 163 E 0.102 0.177 0.171 0.169 0.150 0.142 0.088 164 G 0.044 0.067 0.089 0.142 0.194 0.274 0.190 165 N 0.040 0.066 0.090 0.134 0.190 0.289 0.191 166 G 0.031 0.061 0.086 0.145 0.216 0.285 0.176 167 R 0.011 0.025 0.051 0.119 0.215 0.327 0.252 168 T 0.003 0.007 0.015 0.038 0.104 0.340 0.493 169 Q 0.001 0.003 0.006 0.017 0.059 0.261 0.654 170 R 0.001 0.002 0.007 0.025 0.088 0.277 0.600 171 L 0.001 0.002 0.006 0.025 0.090 0.320 0.556 172 F 0.001 0.001 0.001 0.006 0.033 0.238 0.721 173 F 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.193 0.781 174 E 0.001 0.002 0.012 0.070 0.229 0.457 0.229 175 N 0.001 0.011 0.067 0.211 0.323 0.319 0.067 176 L 0.001 0.002 0.007 0.042 0.191 0.577 0.181 177 A 0.002 0.006 0.013 0.055 0.228 0.562 0.133 178 K 0.027 0.171 0.294 0.324 0.153 0.029 0.002 179 A 0.085 0.356 0.315 0.187 0.051 0.006 0.001 180 A 0.066 0.246 0.319 0.266 0.089 0.014 0.001 181 G 0.558 0.339 0.082 0.018 0.003 0.001 0.001 182 H 0.038 0.135 0.287 0.357 0.161 0.021 0.001 183 Q 0.115 0.336 0.316 0.167 0.056 0.010 0.001 184 L 0.006 0.014 0.035 0.127 0.367 0.423 0.029 185 N 0.018 0.109 0.260 0.332 0.202 0.075 0.005 186 F 0.008 0.025 0.060 0.185 0.371 0.319 0.032 187 S 0.049 0.162 0.272 0.292 0.160 0.062 0.004 188 L 0.030 0.137 0.231 0.295 0.210 0.089 0.007 189 I 0.058 0.131 0.202 0.256 0.216 0.116 0.021 190 T 0.174 0.374 0.239 0.141 0.054 0.016 0.002 191 K 0.126 0.208 0.254 0.239 0.121 0.044 0.007 192 E 0.425 0.328 0.147 0.065 0.025 0.009 0.001 193 R 0.117 0.336 0.299 0.170 0.063 0.015 0.001 194 M 0.015 0.027 0.060 0.201 0.403 0.268 0.025 195 M 0.021 0.083 0.186 0.321 0.276 0.105 0.008 196 V 0.056 0.275 0.346 0.206 0.081 0.032 0.004 197 A 0.008 0.016 0.058 0.208 0.382 0.294 0.034 198 S 0.009 0.013 0.018 0.047 0.194 0.539 0.181 199 V 0.050 0.143 0.259 0.288 0.179 0.073 0.008 200 A 0.057 0.210 0.320 0.270 0.110 0.030 0.002 201 V 0.037 0.057 0.096 0.246 0.332 0.209 0.023 202 A 0.075 0.167 0.250 0.285 0.169 0.050 0.003 203 E 0.498 0.330 0.119 0.042 0.010 0.001 0.001 204 N 0.465 0.339 0.131 0.052 0.011 0.001 0.001 205 G 0.280 0.337 0.229 0.114 0.032 0.007 0.001 206 D 0.244 0.351 0.225 0.123 0.046 0.011 0.001 207 L 0.028 0.080 0.194 0.323 0.270 0.100 0.005 208 E 0.168 0.338 0.250 0.146 0.071 0.024 0.002 209 P 0.037 0.174 0.292 0.294 0.155 0.044 0.004 210 M 0.003 0.008 0.019 0.090 0.320 0.490 0.070 211 Q 0.008 0.060 0.180 0.346 0.290 0.106 0.009 212 H 0.046 0.274 0.359 0.214 0.077 0.027 0.002 213 L 0.007 0.020 0.073 0.240 0.382 0.255 0.024 214 F 0.006 0.011 0.017 0.053 0.206 0.539 0.166 215 E 0.045 0.135 0.240 0.303 0.192 0.078 0.008 216 D 0.092 0.293 0.295 0.204 0.085 0.029 0.003 217 I 0.028 0.042 0.085 0.216 0.320 0.268 0.042 218 S 0.045 0.066 0.129 0.231 0.287 0.222 0.020 219 N 0.216 0.369 0.256 0.118 0.034 0.007 0.001 220 P 0.417 0.340 0.142 0.066 0.025 0.007 0.002 221 E 0.198 0.291 0.219 0.171 0.085 0.033 0.004 222 K 0.056 0.084 0.175 0.322 0.254 0.100 0.009 223 I 0.213 0.356 0.258 0.129 0.036 0.008 0.001 224 R 0.199 0.427 0.239 0.098 0.028 0.007 0.001 225 L 0.025 0.055 0.109 0.251 0.349 0.199 0.010 226 L 0.014 0.037 0.103 0.268 0.365 0.202 0.010 227 K 0.247 0.439 0.226 0.072 0.014 0.003 0.001 228 E 0.092 0.287 0.344 0.208 0.058 0.011 0.001 229 F 0.013 0.027 0.058 0.182 0.372 0.322 0.026 230 M 0.039 0.146 0.253 0.286 0.187 0.081 0.008 231 H 0.231 0.325 0.218 0.142 0.061 0.020 0.003 232 T 0.101 0.244 0.274 0.227 0.112 0.037 0.004 233 M 0.062 0.097 0.170 0.270 0.258 0.131 0.013 234 K 0.284 0.316 0.217 0.118 0.048 0.015 0.002 235 N 0.447 0.284 0.151 0.080 0.030 0.008 0.001 236 T 0.365 0.217 0.168 0.142 0.080 0.026 0.002 237 G 0.404 0.258 0.160 0.106 0.052 0.018 0.002 238 R 0.597 0.219 0.105 0.056 0.019 0.005 0.001 239 N 0.501 0.276 0.127 0.066 0.023 0.006 0.001 240 V 0.246 0.186 0.208 0.203 0.114 0.040 0.003 241 N 0.487 0.246 0.138 0.079 0.035 0.013 0.002 242 D 0.513 0.269 0.127 0.062 0.022 0.006 0.001 243 R 0.259 0.253 0.223 0.165 0.074 0.024 0.002 244 P 0.306 0.260 0.175 0.136 0.083 0.034 0.006 245 V 0.177 0.255 0.233 0.184 0.099 0.045 0.007 246 M 0.052 0.105 0.171 0.273 0.257 0.126 0.015 247 V 0.051 0.123 0.187 0.254 0.224 0.137 0.024 248 A 0.150 0.241 0.229 0.200 0.117 0.055 0.007 249 K 0.155 0.249 0.256 0.203 0.098 0.035 0.004 250 E 0.098 0.147 0.166 0.229 0.216 0.131 0.013 251 G 0.052 0.105 0.182 0.292 0.254 0.107 0.008 252 E 0.362 0.419 0.154 0.051 0.011 0.002 0.001 253 T 0.108 0.225 0.283 0.249 0.108 0.027 0.001 254 Y 0.043 0.064 0.126 0.267 0.328 0.165 0.008 255 T 0.336 0.352 0.191 0.087 0.027 0.006 0.001 256 G 0.263 0.314 0.225 0.137 0.047 0.013 0.001 257 T 0.141 0.235 0.218 0.215 0.136 0.052 0.003 258 Y 0.056 0.094 0.170 0.283 0.257 0.128 0.012 259 R 0.277 0.282 0.201 0.140 0.067 0.028 0.005 260 G 0.162 0.227 0.231 0.203 0.120 0.051 0.006 261 A 0.214 0.209 0.194 0.177 0.127 0.068 0.011 262 G 0.150 0.181 0.184 0.193 0.167 0.109 0.016 263 L 0.085 0.100 0.141 0.237 0.250 0.162 0.024 264 E 0.271 0.302 0.191 0.132 0.068 0.030 0.007 265 G 0.155 0.208 0.203 0.197 0.133 0.084 0.020 266 F 0.042 0.075 0.124 0.223 0.270 0.232 0.034 267 A 0.030 0.075 0.134 0.221 0.266 0.228 0.046 268 L 0.066 0.127 0.163 0.210 0.213 0.178 0.043 269 N 0.095 0.226 0.267 0.238 0.123 0.046 0.006 270 V 0.020 0.037 0.076 0.214 0.358 0.260 0.035 271 K 0.182 0.374 0.242 0.128 0.050 0.020 0.004 272 G 0.076 0.219 0.263 0.237 0.137 0.060 0.008 273 A 0.103 0.182 0.201 0.218 0.184 0.100 0.011 274 Y 0.030 0.105 0.220 0.302 0.224 0.105 0.013 275 I 0.011 0.022 0.048 0.154 0.342 0.378 0.046 276 I 0.048 0.212 0.289 0.282 0.129 0.038 0.003 277 G 0.115 0.248 0.249 0.218 0.120 0.046 0.004 278 N 0.039 0.144 0.263 0.300 0.183 0.068 0.003 279 I 0.021 0.041 0.109 0.302 0.392 0.132 0.003 280 D 0.297 0.398 0.210 0.076 0.017 0.002 0.001 281 H 0.276 0.442 0.205 0.063 0.012 0.002 0.001 282 L 0.039 0.067 0.166 0.352 0.298 0.078 0.002 283 P 0.256 0.391 0.246 0.089 0.016 0.002 0.001 284 P 0.659 0.243 0.071 0.022 0.005 0.001 0.001 285 E 0.718 0.193 0.059 0.023 0.007 0.001 0.001 286 Q 0.413 0.342 0.168 0.064 0.012 0.001 0.001 287 L 0.157 0.192 0.285 0.261 0.096 0.010 0.001 288 K 0.351 0.354 0.186 0.087 0.019 0.002 0.001 289 I 0.306 0.376 0.222 0.081 0.014 0.001 0.001 290 L 0.240 0.216 0.233 0.224 0.077 0.011 0.001 291 K 0.641 0.237 0.083 0.030 0.007 0.001 0.001 292 P 0.819 0.132 0.033 0.012 0.003 0.001 0.001 293 G 0.659 0.224 0.079 0.030 0.008 0.001 0.001 294 D 0.554 0.258 0.121 0.052 0.013 0.002 0.001 295 K 0.370 0.337 0.190 0.078 0.022 0.003 0.001 296 I 0.234 0.165 0.200 0.228 0.134 0.036 0.002 297 T 0.364 0.298 0.200 0.103 0.029 0.006 0.001 298 F 0.342 0.218 0.174 0.152 0.083 0.029 0.002 299 T 0.491 0.234 0.146 0.092 0.030 0.007 0.001