# TARGET T0386 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.002 0.941 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 0.001 0.028 0.005 0.005 0.005 2 P 0.001 0.022 0.916 0.001 0.004 0.023 0.001 0.001 0.002 0.011 0.010 0.001 0.011 3 K 0.001 0.010 0.542 0.001 0.024 0.205 0.001 0.001 0.002 0.156 0.047 0.011 0.003 4 A 0.001 0.001 0.212 0.001 0.066 0.490 0.001 0.001 0.001 0.116 0.107 0.001 0.005 5 K 0.001 0.005 0.181 0.002 0.113 0.539 0.001 0.001 0.002 0.074 0.071 0.007 0.007 6 A 0.002 0.010 0.185 0.002 0.132 0.490 0.001 0.003 0.006 0.066 0.065 0.010 0.027 7 K 0.002 0.013 0.244 0.005 0.083 0.465 0.001 0.003 0.018 0.047 0.077 0.010 0.031 8 T 0.003 0.011 0.325 0.014 0.060 0.318 0.002 0.002 0.018 0.117 0.078 0.020 0.032 9 K 0.002 0.014 0.246 0.013 0.035 0.278 0.003 0.002 0.031 0.192 0.129 0.028 0.026 10 N 0.002 0.023 0.443 0.015 0.026 0.130 0.005 0.003 0.058 0.124 0.093 0.020 0.057 11 T 0.003 0.022 0.537 0.009 0.023 0.097 0.009 0.006 0.066 0.099 0.051 0.025 0.054 12 E 0.007 0.028 0.315 0.014 0.027 0.075 0.020 0.022 0.118 0.093 0.059 0.151 0.072 13 I 0.011 0.048 0.349 0.013 0.031 0.060 0.020 0.015 0.093 0.083 0.063 0.025 0.187 14 I 0.008 0.068 0.471 0.039 0.019 0.046 0.009 0.007 0.059 0.114 0.054 0.051 0.055 15 S 0.002 0.020 0.550 0.013 0.017 0.013 0.001 0.001 0.012 0.238 0.044 0.044 0.043 16 P 0.001 0.025 0.248 0.020 0.097 0.020 0.001 0.001 0.006 0.179 0.340 0.004 0.060 17 H 0.002 0.019 0.236 0.015 0.101 0.019 0.001 0.001 0.005 0.289 0.251 0.050 0.011 18 H 0.005 0.027 0.231 0.018 0.181 0.019 0.002 0.001 0.005 0.186 0.249 0.008 0.068 19 Y 0.022 0.036 0.249 0.007 0.129 0.019 0.008 0.001 0.008 0.130 0.230 0.107 0.055 20 V 0.066 0.073 0.270 0.011 0.054 0.020 0.008 0.001 0.006 0.141 0.110 0.038 0.202 21 Y 0.010 0.074 0.470 0.001 0.021 0.015 0.001 0.001 0.005 0.161 0.040 0.103 0.098 22 P 0.001 0.005 0.143 0.004 0.028 0.028 0.001 0.001 0.001 0.208 0.557 0.005 0.020 23 N 0.002 0.007 0.147 0.009 0.025 0.024 0.001 0.001 0.001 0.293 0.477 0.006 0.009 24 T 0.016 0.016 0.282 0.004 0.044 0.118 0.001 0.001 0.003 0.235 0.117 0.045 0.118 25 T 0.086 0.011 0.250 0.037 0.028 0.218 0.004 0.001 0.006 0.115 0.077 0.087 0.080 26 T 0.116 0.017 0.147 0.022 0.046 0.253 0.007 0.003 0.007 0.034 0.030 0.049 0.269 27 L 0.208 0.018 0.122 0.031 0.040 0.233 0.020 0.006 0.006 0.024 0.024 0.154 0.115 28 K 0.206 0.023 0.106 0.013 0.025 0.232 0.034 0.004 0.005 0.048 0.032 0.082 0.191 29 N 0.041 0.010 0.264 0.006 0.032 0.299 0.006 0.001 0.011 0.060 0.081 0.034 0.155 30 K 0.013 0.005 0.073 0.003 0.070 0.295 0.003 0.001 0.003 0.087 0.418 0.013 0.017 31 Y 0.003 0.007 0.057 0.006 0.051 0.094 0.001 0.001 0.003 0.122 0.643 0.005 0.007 32 G 0.002 0.002 0.158 0.004 0.027 0.031 0.001 0.001 0.006 0.248 0.501 0.012 0.009 33 I 0.011 0.051 0.516 0.003 0.010 0.048 0.005 0.001 0.017 0.172 0.058 0.012 0.095 34 K 0.018 0.238 0.285 0.003 0.004 0.058 0.007 0.001 0.026 0.145 0.021 0.112 0.081 35 N 0.002 0.033 0.563 0.001 0.003 0.101 0.001 0.001 0.017 0.151 0.010 0.007 0.111 36 L 0.001 0.001 0.012 0.001 0.009 0.957 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 0.001 0.001 37 N 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.975 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 38 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 39 F 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 40 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 41 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.959 0.001 0.001 0.001 0.002 0.033 0.001 0.001 42 K 0.001 0.001 0.016 0.001 0.007 0.921 0.001 0.001 0.001 0.011 0.043 0.001 0.001 43 C 0.001 0.003 0.034 0.001 0.014 0.849 0.001 0.001 0.001 0.026 0.069 0.001 0.003 44 S 0.001 0.001 0.043 0.001 0.016 0.699 0.001 0.001 0.001 0.037 0.202 0.001 0.001 45 H 0.001 0.002 0.090 0.001 0.014 0.555 0.001 0.001 0.001 0.090 0.245 0.001 0.001 46 D 0.001 0.007 0.282 0.001 0.008 0.520 0.001 0.001 0.001 0.111 0.066 0.002 0.003 47 T 0.001 0.012 0.229 0.001 0.006 0.651 0.001 0.001 0.002 0.074 0.018 0.001 0.007 48 A 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.979 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 49 K 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 50 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 51 M 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 52 I 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.958 0.001 0.001 0.001 0.003 0.025 0.001 0.001 53 N 0.003 0.001 0.010 0.001 0.006 0.911 0.001 0.001 0.001 0.004 0.060 0.001 0.003 54 L 0.008 0.003 0.079 0.001 0.017 0.742 0.001 0.001 0.003 0.035 0.090 0.008 0.012 55 R 0.010 0.025 0.163 0.003 0.033 0.446 0.004 0.001 0.005 0.067 0.177 0.019 0.048 56 E 0.005 0.014 0.295 0.003 0.057 0.276 0.002 0.001 0.003 0.153 0.136 0.015 0.041 57 E 0.001 0.005 0.341 0.002 0.031 0.100 0.001 0.001 0.002 0.398 0.089 0.021 0.011 58 S 0.001 0.017 0.498 0.001 0.046 0.094 0.001 0.001 0.003 0.177 0.138 0.002 0.023 59 L 0.001 0.012 0.495 0.002 0.090 0.123 0.001 0.001 0.003 0.185 0.078 0.005 0.006 60 P 0.001 0.009 0.412 0.002 0.239 0.080 0.001 0.001 0.002 0.103 0.148 0.001 0.004 61 E 0.001 0.007 0.163 0.004 0.252 0.058 0.001 0.001 0.003 0.211 0.298 0.001 0.003 62 Y 0.001 0.014 0.409 0.002 0.120 0.072 0.001 0.001 0.011 0.194 0.166 0.003 0.009 63 F 0.001 0.083 0.553 0.001 0.013 0.070 0.001 0.001 0.028 0.181 0.031 0.022 0.016 64 D 0.001 0.081 0.546 0.001 0.009 0.144 0.001 0.001 0.026 0.117 0.028 0.002 0.044 65 T 0.001 0.001 0.010 0.001 0.035 0.906 0.001 0.001 0.001 0.006 0.039 0.001 0.001 66 A 0.001 0.001 0.005 0.001 0.054 0.891 0.001 0.001 0.001 0.005 0.042 0.001 0.001 67 Y 0.001 0.001 0.005 0.001 0.035 0.929 0.001 0.001 0.001 0.003 0.025 0.001 0.001 68 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.007 0.972 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.001 0.001 69 C 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.970 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.001 0.001 70 H 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.965 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 0.001 0.001 71 I 0.001 0.001 0.007 0.001 0.006 0.951 0.001 0.001 0.001 0.004 0.030 0.001 0.001 72 H 0.001 0.002 0.018 0.001 0.015 0.866 0.001 0.001 0.001 0.014 0.082 0.001 0.001 73 Q 0.001 0.004 0.071 0.001 0.028 0.616 0.001 0.001 0.001 0.034 0.241 0.002 0.002 74 Q 0.001 0.012 0.133 0.001 0.022 0.440 0.001 0.001 0.006 0.032 0.344 0.002 0.008 75 L 0.001 0.001 0.869 0.001 0.003 0.076 0.001 0.001 0.001 0.032 0.013 0.001 0.003