# TARGET T0386 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.65111 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.032 0.133 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.058 0.074 0.663 2 P 0.064 0.357 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.021 0.042 0.502 3 K 0.131 0.425 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.047 0.032 0.352 4 A 0.092 0.063 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.427 0.068 0.325 5 K 0.043 0.188 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.217 0.102 0.416 6 A 0.106 0.046 0.015 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.187 0.119 0.474 7 K 0.093 0.019 0.005 0.005 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.149 0.125 0.534 8 T 0.070 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.080 0.123 0.656 9 K 0.032 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.029 0.118 0.752 10 N 0.013 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.148 0.051 0.100 0.666 11 T 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.123 0.051 0.105 0.696 12 E 0.007 0.005 0.002 0.001 0.005 0.006 0.004 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.390 0.072 0.066 0.426 13 I 0.003 0.004 0.001 0.001 0.004 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.206 0.031 0.107 0.624 14 I 0.025 0.002 0.001 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.331 0.042 0.095 0.492 15 S 0.092 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.146 0.087 0.125 0.530 16 P 0.086 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.056 0.130 0.674 17 H 0.033 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.157 0.072 0.154 0.564 18 H 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.148 0.052 0.143 0.626 19 Y 0.002 0.005 0.001 0.001 0.037 0.041 0.049 0.018 0.003 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.172 0.090 0.161 0.407 20 V 0.005 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.001 0.002 0.003 0.003 0.002 0.180 0.045 0.127 0.611 21 Y 0.387 0.008 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.075 0.202 0.056 0.259 22 P 0.032 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.023 0.128 0.773 23 N 0.014 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.031 0.099 0.766 24 T 0.038 0.125 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.072 0.140 0.506 25 T 0.028 0.112 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.300 0.238 0.061 0.211 26 T 0.022 0.095 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.128 0.002 0.048 0.002 0.002 0.002 0.171 0.174 0.062 0.265 27 L 0.030 0.108 0.008 0.005 0.011 0.020 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.026 0.001 0.002 0.401 0.095 0.057 0.221 28 K 0.039 0.051 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.060 0.001 0.193 0.170 0.064 0.386 29 N 0.400 0.052 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.056 0.059 0.067 0.354 30 K 0.102 0.026 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.046 0.117 0.650 31 Y 0.012 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.067 0.143 0.698 32 G 0.032 0.079 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.042 0.121 0.692 33 I 0.064 0.058 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.068 0.142 0.600 34 K 0.009 0.202 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.027 0.114 0.584 35 N 0.029 0.895 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.004 0.038 36 L 0.020 0.907 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.004 0.030 37 N 0.010 0.884 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.032 0.006 0.065 38 A 0.014 0.886 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.007 0.064 39 F 0.032 0.824 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.043 0.011 0.067 40 L 0.076 0.262 0.044 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.269 0.057 0.279 41 E 0.042 0.307 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.137 0.067 0.423 42 K 0.051 0.259 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.062 0.089 0.509 43 C 0.063 0.041 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.386 0.092 0.393 44 S 0.012 0.477 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.110 0.044 0.348 45 H 0.024 0.748 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.015 0.195 46 D 0.006 0.765 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.039 0.017 0.164 47 T 0.009 0.930 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.004 0.035 48 A 0.011 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.002 0.022 49 K 0.008 0.558 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.342 0.013 0.069 50 A 0.021 0.789 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.081 0.020 0.074 51 M 0.081 0.684 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.035 0.020 0.152 52 I 0.024 0.590 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.032 0.041 0.278 53 N 0.108 0.325 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.053 0.056 0.411 54 L 0.075 0.121 0.054 0.002 0.002 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.116 0.097 0.491 55 R 0.125 0.069 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.076 0.075 0.613 56 E 0.141 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.031 0.066 0.731 57 E 0.010 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.018 0.112 0.814 58 S 0.021 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.018 0.119 0.803 59 L 0.185 0.078 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.080 0.090 0.542 60 P 0.215 0.136 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.049 0.067 0.526 61 E 0.087 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.154 0.097 0.588 62 Y 0.010 0.284 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.090 0.113 0.470 63 F 0.038 0.707 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.020 0.039 0.176 64 D 0.040 0.804 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.031 0.015 0.098 65 T 0.012 0.901 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.035 0.007 0.042 66 A 0.007 0.817 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.106 0.011 0.050 67 Y 0.004 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 0.005 0.032 68 L 0.008 0.889 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.063 0.005 0.029 69 C 0.010 0.817 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.080 0.012 0.067 70 H 0.052 0.708 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.085 0.024 0.111 71 I 0.084 0.606 0.040 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.096 0.019 0.145 72 H 0.326 0.079 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.105 0.043 0.429 73 Q 0.042 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.018 0.064 0.859 74 Q 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.014 0.078 0.886 75 L 0.019 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.043 0.136 0.772