# TARGET T0386 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.65111 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.180 0.066 0.004 0.007 0.062 0.032 0.092 0.035 0.002 0.054 0.467 2 P 0.121 0.160 0.002 0.006 0.012 0.019 0.071 0.012 0.001 0.032 0.564 3 K 0.191 0.172 0.013 0.019 0.009 0.025 0.056 0.006 0.003 0.047 0.458 4 A 0.082 0.076 0.006 0.032 0.042 0.058 0.080 0.008 0.002 0.076 0.538 5 K 0.060 0.042 0.003 0.032 0.059 0.091 0.089 0.005 0.001 0.072 0.545 6 A 0.037 0.013 0.002 0.072 0.054 0.048 0.100 0.003 0.001 0.041 0.627 7 K 0.045 0.007 0.001 0.082 0.075 0.080 0.126 0.003 0.001 0.064 0.517 8 T 0.034 0.014 0.001 0.048 0.055 0.065 0.129 0.003 0.001 0.040 0.611 9 K 0.032 0.015 0.002 0.058 0.047 0.069 0.164 0.012 0.001 0.036 0.563 10 N 0.091 0.043 0.005 0.075 0.044 0.074 0.135 0.024 0.002 0.079 0.428 11 T 0.119 0.060 0.001 0.081 0.038 0.099 0.111 0.011 0.001 0.080 0.397 12 E 0.056 0.010 0.001 0.098 0.057 0.114 0.099 0.002 0.001 0.056 0.507 13 I 0.005 0.008 0.003 0.119 0.074 0.122 0.136 0.001 0.001 0.032 0.499 14 I 0.014 0.009 0.006 0.067 0.051 0.072 0.109 0.002 0.004 0.030 0.636 15 S 0.561 0.053 0.003 0.015 0.027 0.022 0.053 0.019 0.002 0.081 0.165 16 P 0.198 0.043 0.004 0.015 0.004 0.010 0.103 0.007 0.002 0.079 0.536 17 H 0.039 0.063 0.002 0.017 0.014 0.062 0.110 0.010 0.001 0.043 0.639 18 H 0.038 0.013 0.001 0.044 0.124 0.218 0.084 0.002 0.001 0.066 0.409 19 Y 0.005 0.002 0.002 0.042 0.154 0.210 0.097 0.001 0.001 0.058 0.428 20 V 0.007 0.001 0.004 0.085 0.109 0.145 0.072 0.001 0.002 0.044 0.531 21 Y 0.504 0.003 0.001 0.020 0.047 0.053 0.060 0.007 0.001 0.091 0.212 22 P 0.125 0.001 0.002 0.021 0.004 0.009 0.119 0.001 0.001 0.058 0.659 23 N 0.004 0.001 0.001 0.008 0.009 0.024 0.110 0.003 0.001 0.014 0.826 24 T 0.009 0.002 0.001 0.030 0.128 0.123 0.145 0.003 0.001 0.037 0.521 25 T 0.003 0.004 0.001 0.133 0.201 0.308 0.055 0.001 0.001 0.058 0.236 26 T 0.002 0.003 0.001 0.149 0.226 0.375 0.019 0.001 0.001 0.083 0.142 27 L 0.003 0.004 0.001 0.189 0.353 0.251 0.024 0.001 0.001 0.029 0.144 28 K 0.006 0.006 0.003 0.317 0.234 0.235 0.034 0.001 0.001 0.032 0.131 29 N 0.093 0.013 0.002 0.167 0.129 0.172 0.059 0.009 0.002 0.086 0.268 30 K 0.188 0.015 0.001 0.096 0.059 0.079 0.095 0.009 0.002 0.104 0.351 31 Y 0.034 0.022 0.002 0.082 0.040 0.117 0.151 0.006 0.001 0.043 0.503 32 G 0.037 0.033 0.002 0.082 0.046 0.092 0.127 0.002 0.001 0.058 0.520 33 I 0.038 0.027 0.003 0.058 0.082 0.059 0.122 0.002 0.001 0.172 0.437 34 K 0.006 0.173 0.001 0.038 0.026 0.030 0.121 0.004 0.001 0.068 0.532 35 N 0.024 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.003 0.015 36 L 0.010 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.002 0.016 37 N 0.010 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.004 0.024 38 A 0.027 0.868 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.001 0.052 0.032 39 F 0.051 0.607 0.059 0.002 0.001 0.001 0.020 0.031 0.028 0.131 0.069 40 L 0.302 0.248 0.015 0.004 0.003 0.004 0.046 0.016 0.007 0.187 0.170 41 E 0.059 0.160 0.015 0.012 0.003 0.007 0.077 0.005 0.010 0.110 0.543 42 K 0.121 0.100 0.007 0.009 0.001 0.003 0.108 0.004 0.002 0.067 0.577 43 C 0.058 0.050 0.004 0.015 0.003 0.006 0.079 0.006 0.002 0.349 0.430 44 S 0.024 0.267 0.001 0.002 0.001 0.003 0.068 0.005 0.001 0.059 0.570 45 H 0.047 0.714 0.003 0.002 0.001 0.001 0.014 0.005 0.001 0.017 0.196 46 D 0.014 0.784 0.003 0.003 0.001 0.001 0.017 0.003 0.001 0.050 0.123 47 T 0.013 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.003 0.017 48 A 0.022 0.941 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.008 0.018 49 K 0.031 0.487 0.008 0.006 0.002 0.003 0.027 0.004 0.003 0.338 0.090 50 A 0.039 0.689 0.006 0.007 0.002 0.004 0.039 0.005 0.002 0.104 0.103 51 M 0.091 0.359 0.055 0.021 0.005 0.007 0.069 0.025 0.013 0.115 0.240 52 I 0.177 0.146 0.013 0.043 0.012 0.025 0.114 0.012 0.005 0.164 0.289 53 N 0.074 0.063 0.004 0.033 0.007 0.025 0.091 0.005 0.002 0.084 0.611 54 L 0.085 0.012 0.006 0.025 0.009 0.021 0.137 0.009 0.002 0.096 0.597 55 R 0.060 0.012 0.003 0.058 0.018 0.051 0.136 0.005 0.002 0.065 0.592 56 E 0.041 0.004 0.001 0.018 0.007 0.013 0.079 0.001 0.001 0.023 0.813 57 E 0.016 0.003 0.001 0.021 0.032 0.041 0.156 0.005 0.001 0.043 0.683 58 S 0.075 0.016 0.001 0.019 0.008 0.010 0.123 0.004 0.001 0.036 0.707 59 L 0.210 0.046 0.003 0.020 0.014 0.017 0.126 0.030 0.001 0.065 0.467 60 P 0.163 0.037 0.002 0.012 0.004 0.008 0.107 0.006 0.001 0.036 0.625 61 E 0.060 0.024 0.002 0.028 0.015 0.031 0.117 0.004 0.001 0.077 0.642 62 Y 0.041 0.171 0.002 0.026 0.019 0.030 0.109 0.004 0.001 0.073 0.524 63 F 0.062 0.435 0.004 0.017 0.017 0.021 0.075 0.009 0.001 0.041 0.318 64 D 0.039 0.672 0.003 0.012 0.015 0.019 0.038 0.008 0.001 0.037 0.157 65 T 0.064 0.600 0.002 0.011 0.013 0.023 0.043 0.006 0.001 0.064 0.174 66 A 0.049 0.601 0.006 0.021 0.016 0.026 0.039 0.007 0.001 0.100 0.135 67 Y 0.046 0.498 0.007 0.024 0.025 0.034 0.055 0.008 0.002 0.127 0.173 68 L 0.051 0.482 0.007 0.026 0.033 0.047 0.049 0.010 0.002 0.108 0.186 69 C 0.062 0.477 0.010 0.033 0.028 0.039 0.051 0.010 0.003 0.078 0.209 70 H 0.108 0.284 0.024 0.032 0.031 0.051 0.081 0.014 0.010 0.077 0.287 71 I 0.119 0.322 0.013 0.029 0.024 0.045 0.076 0.022 0.008 0.057 0.284 72 H 0.236 0.138 0.014 0.018 0.017 0.032 0.084 0.017 0.009 0.058 0.377 73 Q 0.168 0.075 0.007 0.033 0.029 0.053 0.107 0.009 0.003 0.051 0.466 74 Q 0.037 0.038 0.004 0.027 0.022 0.055 0.133 0.003 0.002 0.036 0.642 75 L 0.060 0.033 0.008 0.043 0.041 0.054 0.130 0.007 0.003 0.048 0.571