# TARGET T0386 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.65111 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.339 0.060 0.032 0.015 0.007 0.016 0.070 0.005 0.001 0.003 0.452 2 P 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.987 3 K 0.011 0.004 0.001 0.008 0.003 0.009 0.118 0.001 0.001 0.001 0.846 4 A 0.096 0.021 0.001 0.005 0.003 0.004 0.046 0.001 0.001 0.001 0.823 5 K 0.165 0.313 0.001 0.017 0.009 0.014 0.068 0.004 0.001 0.004 0.405 6 A 0.257 0.289 0.003 0.006 0.006 0.018 0.075 0.002 0.001 0.005 0.340 7 K 0.199 0.476 0.001 0.014 0.017 0.014 0.026 0.016 0.001 0.001 0.235 8 T 0.272 0.484 0.008 0.010 0.011 0.016 0.016 0.016 0.001 0.004 0.163 9 K 0.072 0.235 0.026 0.020 0.033 0.031 0.045 0.023 0.001 0.003 0.513 10 N 0.142 0.091 0.013 0.035 0.033 0.051 0.140 0.035 0.001 0.011 0.449 11 T 0.278 0.055 0.063 0.080 0.030 0.038 0.069 0.011 0.001 0.013 0.361 12 E 0.073 0.036 0.015 0.127 0.089 0.086 0.252 0.007 0.001 0.009 0.305 13 I 0.071 0.013 0.011 0.091 0.087 0.120 0.094 0.005 0.001 0.008 0.501 14 I 0.045 0.016 0.005 0.307 0.116 0.229 0.094 0.004 0.001 0.006 0.176 15 S 0.042 0.006 0.003 0.081 0.126 0.113 0.243 0.002 0.001 0.005 0.377 16 P 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.982 17 H 0.005 0.001 0.001 0.034 0.022 0.049 0.606 0.001 0.001 0.011 0.272 18 H 0.669 0.001 0.001 0.015 0.005 0.009 0.090 0.001 0.001 0.064 0.144 19 Y 0.306 0.039 0.003 0.083 0.080 0.063 0.123 0.003 0.001 0.011 0.289 20 V 0.113 0.017 0.013 0.107 0.064 0.110 0.159 0.001 0.001 0.012 0.402 21 Y 0.034 0.010 0.003 0.159 0.159 0.240 0.085 0.001 0.001 0.003 0.304 22 P 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 0.015 0.010 0.001 0.001 0.001 0.958 23 N 0.013 0.002 0.001 0.027 0.071 0.205 0.192 0.001 0.001 0.009 0.481 24 T 0.294 0.010 0.004 0.029 0.018 0.049 0.128 0.001 0.001 0.043 0.423 25 T 0.097 0.040 0.003 0.066 0.109 0.066 0.149 0.002 0.001 0.006 0.462 26 T 0.063 0.035 0.005 0.058 0.055 0.113 0.174 0.001 0.001 0.011 0.485 27 L 0.041 0.090 0.003 0.104 0.207 0.320 0.093 0.001 0.001 0.003 0.138 28 K 0.015 0.111 0.001 0.045 0.079 0.175 0.082 0.001 0.001 0.002 0.487 29 N 0.045 0.143 0.002 0.039 0.161 0.227 0.076 0.005 0.001 0.007 0.298 30 K 0.349 0.127 0.007 0.012 0.015 0.031 0.103 0.012 0.001 0.021 0.324 31 Y 0.189 0.101 0.031 0.036 0.054 0.062 0.176 0.025 0.001 0.016 0.309 32 G 0.174 0.028 0.030 0.034 0.032 0.034 0.244 0.018 0.001 0.019 0.387 33 I 0.088 0.021 0.242 0.024 0.008 0.017 0.067 0.001 0.001 0.006 0.526 34 K 0.006 0.009 0.004 0.070 0.020 0.036 0.129 0.001 0.001 0.002 0.722 35 N 0.065 0.005 0.001 0.010 0.005 0.008 0.230 0.001 0.001 0.006 0.669 36 L 0.038 0.028 0.004 0.019 0.002 0.005 0.075 0.001 0.001 0.004 0.826 37 N 0.008 0.049 0.001 0.015 0.005 0.009 0.466 0.001 0.001 0.007 0.441 38 A 0.062 0.115 0.001 0.005 0.002 0.005 0.496 0.002 0.001 0.013 0.299 39 F 0.047 0.858 0.001 0.003 0.002 0.002 0.011 0.002 0.001 0.001 0.073 40 L 0.025 0.942 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.002 0.001 0.001 0.020 41 E 0.029 0.921 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.010 0.001 0.001 0.034 42 K 0.079 0.859 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.038 43 C 0.103 0.807 0.014 0.001 0.001 0.001 0.002 0.027 0.001 0.001 0.044 44 S 0.102 0.546 0.032 0.006 0.002 0.004 0.015 0.059 0.001 0.001 0.233 45 H 0.137 0.257 0.060 0.009 0.002 0.004 0.057 0.039 0.001 0.002 0.434 46 D 0.215 0.203 0.018 0.004 0.001 0.001 0.101 0.010 0.001 0.004 0.443 47 T 0.084 0.262 0.009 0.003 0.001 0.001 0.160 0.007 0.001 0.004 0.470 48 A 0.020 0.515 0.005 0.004 0.002 0.003 0.107 0.004 0.001 0.005 0.335 49 K 0.023 0.587 0.001 0.003 0.006 0.010 0.187 0.010 0.001 0.013 0.159 50 A 0.047 0.859 0.001 0.002 0.003 0.006 0.029 0.011 0.001 0.002 0.038 51 M 0.023 0.954 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 0.011 52 I 0.013 0.959 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 0.014 53 N 0.056 0.807 0.004 0.002 0.006 0.006 0.003 0.046 0.001 0.001 0.069 54 L 0.175 0.647 0.034 0.007 0.005 0.008 0.006 0.038 0.001 0.001 0.080 55 R 0.092 0.490 0.046 0.036 0.022 0.028 0.034 0.032 0.001 0.002 0.218 56 E 0.112 0.166 0.034 0.029 0.015 0.035 0.045 0.020 0.001 0.004 0.539 57 E 0.194 0.139 0.023 0.044 0.017 0.049 0.053 0.016 0.001 0.003 0.461 58 S 0.090 0.041 0.007 0.026 0.010 0.013 0.027 0.010 0.001 0.002 0.773 59 L 0.141 0.040 0.011 0.026 0.015 0.022 0.104 0.004 0.001 0.003 0.632 60 P 0.006 0.003 0.002 0.004 0.002 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.971 61 E 0.042 0.017 0.001 0.020 0.013 0.030 0.280 0.001 0.001 0.006 0.588 62 Y 0.425 0.030 0.003 0.010 0.006 0.011 0.113 0.003 0.001 0.012 0.387 63 F 0.223 0.227 0.009 0.057 0.030 0.038 0.082 0.004 0.001 0.006 0.324 64 D 0.067 0.113 0.005 0.023 0.023 0.028 0.202 0.003 0.001 0.005 0.530 65 T 0.052 0.111 0.006 0.027 0.011 0.018 0.050 0.003 0.001 0.005 0.718 66 A 0.045 0.189 0.005 0.027 0.022 0.039 0.251 0.004 0.001 0.012 0.406 67 Y 0.106 0.193 0.007 0.026 0.038 0.053 0.333 0.011 0.001 0.023 0.210 68 L 0.065 0.705 0.008 0.035 0.019 0.043 0.025 0.003 0.001 0.003 0.095 69 C 0.015 0.740 0.002 0.035 0.027 0.048 0.019 0.005 0.001 0.001 0.107 70 H 0.037 0.680 0.002 0.011 0.014 0.019 0.015 0.006 0.001 0.001 0.215 71 I 0.043 0.799 0.004 0.012 0.014 0.023 0.008 0.008 0.001 0.001 0.089 72 H 0.027 0.804 0.005 0.015 0.016 0.048 0.013 0.010 0.001 0.001 0.061 73 Q 0.046 0.632 0.004 0.008 0.016 0.028 0.015 0.016 0.001 0.001 0.233 74 Q 0.203 0.558 0.009 0.006 0.010 0.015 0.014 0.023 0.001 0.002 0.160 75 L 0.169 0.454 0.036 0.010 0.014 0.018 0.024 0.021 0.001 0.002 0.252