# TARGET T0386 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 2 P 0.011 0.017 0.003 0.051 0.003 0.021 0.894 3 K 0.026 0.019 0.015 0.139 0.139 0.064 0.597 4 A 0.033 0.014 0.047 0.210 0.103 0.120 0.473 5 K 0.066 0.018 0.080 0.228 0.105 0.128 0.376 6 A 0.091 0.008 0.108 0.279 0.139 0.121 0.254 7 K 0.127 0.024 0.108 0.294 0.103 0.094 0.251 8 T 0.149 0.022 0.046 0.288 0.141 0.079 0.274 9 K 0.127 0.017 0.034 0.220 0.188 0.146 0.268 10 N 0.132 0.016 0.024 0.148 0.165 0.145 0.370 11 T 0.150 0.015 0.031 0.102 0.157 0.148 0.396 12 E 0.209 0.039 0.037 0.065 0.154 0.125 0.373 13 I 0.251 0.031 0.050 0.026 0.199 0.097 0.346 14 I 0.224 0.045 0.016 0.010 0.280 0.053 0.373 15 S 0.116 0.031 0.010 0.005 0.151 0.029 0.659 16 P 0.050 0.014 0.153 0.050 0.174 0.290 0.269 17 H 0.065 0.013 0.225 0.067 0.117 0.273 0.240 18 H 0.077 0.004 0.189 0.072 0.158 0.220 0.280 19 Y 0.225 0.061 0.110 0.127 0.067 0.180 0.229 20 V 0.214 0.183 0.036 0.083 0.122 0.110 0.252 21 Y 0.099 0.013 0.017 0.015 0.183 0.081 0.591 22 P 0.004 0.001 0.011 0.005 0.103 0.852 0.024 23 N 0.004 0.003 0.010 0.004 0.063 0.894 0.023 24 T 0.080 0.024 0.031 0.046 0.168 0.082 0.569 25 T 0.208 0.038 0.026 0.086 0.115 0.071 0.456 26 T 0.391 0.030 0.045 0.186 0.100 0.072 0.177 27 L 0.385 0.044 0.042 0.150 0.055 0.064 0.260 28 K 0.301 0.031 0.036 0.134 0.134 0.093 0.272 29 N 0.208 0.016 0.053 0.169 0.151 0.119 0.285 30 K 0.042 0.009 0.073 0.299 0.120 0.293 0.165 31 Y 0.025 0.010 0.051 0.139 0.116 0.542 0.117 32 G 0.042 0.005 0.032 0.063 0.204 0.343 0.311 33 I 0.084 0.038 0.034 0.071 0.185 0.125 0.463 34 K 0.077 0.077 0.015 0.069 0.288 0.043 0.431 35 N 0.026 0.010 0.004 0.054 0.141 0.024 0.740 36 L 0.001 0.001 0.044 0.848 0.022 0.059 0.025 37 N 0.001 0.001 0.039 0.893 0.010 0.046 0.010 38 A 0.001 0.001 0.042 0.904 0.008 0.027 0.017 39 F 0.003 0.002 0.012 0.938 0.010 0.018 0.018 40 L 0.006 0.001 0.010 0.920 0.012 0.030 0.021 41 E 0.009 0.002 0.016 0.874 0.013 0.062 0.025 42 K 0.007 0.003 0.023 0.802 0.030 0.090 0.044 43 C 0.013 0.008 0.047 0.667 0.056 0.127 0.081 44 S 0.008 0.002 0.034 0.570 0.074 0.220 0.092 45 H 0.007 0.005 0.018 0.417 0.107 0.265 0.181 46 D 0.006 0.007 0.013 0.346 0.193 0.122 0.313 47 T 0.016 0.012 0.008 0.451 0.140 0.058 0.315 48 A 0.003 0.001 0.008 0.925 0.021 0.018 0.024 49 K 0.005 0.001 0.010 0.945 0.010 0.012 0.016 50 A 0.007 0.001 0.015 0.945 0.006 0.014 0.012 51 M 0.016 0.002 0.015 0.925 0.009 0.019 0.014 52 I 0.023 0.002 0.019 0.884 0.009 0.044 0.019 53 N 0.021 0.003 0.028 0.756 0.014 0.152 0.026 54 L 0.028 0.007 0.041 0.614 0.052 0.148 0.110 55 R 0.052 0.016 0.072 0.451 0.101 0.113 0.195 56 E 0.062 0.021 0.065 0.237 0.219 0.111 0.285 57 E 0.027 0.012 0.015 0.057 0.339 0.067 0.483 58 S 0.015 0.013 0.007 0.022 0.256 0.053 0.633 59 L 0.011 0.031 0.017 0.028 0.144 0.061 0.707 60 P 0.003 0.004 0.209 0.082 0.118 0.299 0.285 61 E 0.003 0.001 0.292 0.103 0.103 0.427 0.072 62 Y 0.008 0.010 0.272 0.192 0.190 0.207 0.121 63 F 0.034 0.107 0.052 0.208 0.122 0.046 0.432 64 D 0.022 0.017 0.036 0.344 0.064 0.067 0.449 65 T 0.004 0.002 0.030 0.881 0.024 0.035 0.025 66 A 0.002 0.001 0.014 0.955 0.007 0.016 0.006 67 Y 0.001 0.001 0.014 0.950 0.003 0.026 0.005 68 L 0.001 0.001 0.007 0.956 0.004 0.023 0.007 69 C 0.003 0.001 0.013 0.940 0.012 0.020 0.012 70 H 0.004 0.001 0.012 0.935 0.014 0.025 0.010 71 I 0.002 0.001 0.025 0.902 0.015 0.033 0.023 72 H 0.005 0.004 0.057 0.776 0.022 0.099 0.037 73 Q 0.007 0.001 0.048 0.341 0.037 0.521 0.045 74 Q 0.005 0.005 0.043 0.188 0.003 0.565 0.192 75 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998