# TARGET T0386 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.121 0.214 0.127 0.035 0.211 0.018 0.028 0.095 0.048 0.061 0.042 2 P 0.067 0.226 0.139 0.031 0.115 0.023 0.029 0.188 0.075 0.070 0.037 3 K 0.082 0.212 0.158 0.035 0.124 0.016 0.018 0.208 0.057 0.051 0.038 4 A 0.065 0.176 0.074 0.017 0.105 0.015 0.017 0.356 0.107 0.043 0.026 5 K 0.051 0.095 0.053 0.020 0.090 0.016 0.021 0.437 0.146 0.048 0.023 6 A 0.061 0.102 0.049 0.018 0.097 0.013 0.024 0.427 0.138 0.052 0.019 7 K 0.058 0.085 0.031 0.014 0.103 0.015 0.035 0.410 0.133 0.088 0.027 8 T 0.092 0.125 0.045 0.023 0.178 0.018 0.031 0.283 0.091 0.077 0.036 9 K 0.051 0.124 0.061 0.040 0.125 0.063 0.086 0.266 0.095 0.061 0.028 10 N 0.223 0.060 0.024 0.011 0.222 0.010 0.019 0.117 0.077 0.126 0.112 11 T 0.102 0.104 0.032 0.014 0.182 0.012 0.022 0.220 0.193 0.081 0.038 12 E 0.080 0.104 0.028 0.014 0.180 0.014 0.046 0.296 0.139 0.073 0.026 13 I 0.109 0.080 0.033 0.026 0.180 0.027 0.081 0.230 0.109 0.090 0.034 14 I 0.086 0.132 0.098 0.063 0.174 0.032 0.058 0.089 0.071 0.153 0.046 15 S 0.092 0.259 0.199 0.037 0.235 0.017 0.034 0.055 0.023 0.023 0.026 16 P 0.063 0.186 0.090 0.036 0.135 0.044 0.081 0.109 0.099 0.110 0.048 17 H 0.095 0.185 0.097 0.054 0.260 0.048 0.046 0.063 0.074 0.043 0.035 18 H 0.103 0.050 0.020 0.048 0.113 0.045 0.086 0.111 0.157 0.182 0.086 19 Y 0.087 0.087 0.023 0.008 0.153 0.005 0.039 0.075 0.113 0.328 0.081 20 V 0.098 0.246 0.098 0.035 0.301 0.017 0.040 0.049 0.031 0.052 0.032 21 Y 0.079 0.236 0.334 0.071 0.192 0.011 0.006 0.018 0.011 0.018 0.026 22 P 0.005 0.030 0.012 0.020 0.012 0.120 0.416 0.245 0.115 0.022 0.003 23 N 0.053 0.010 0.006 0.003 0.022 0.002 0.003 0.011 0.034 0.704 0.154 24 T 0.083 0.487 0.048 0.002 0.287 0.002 0.002 0.020 0.028 0.020 0.020 25 T 0.068 0.018 0.019 0.017 0.069 0.024 0.061 0.451 0.163 0.071 0.039 26 T 0.082 0.080 0.018 0.012 0.145 0.008 0.019 0.475 0.117 0.030 0.012 27 L 0.076 0.047 0.015 0.017 0.154 0.027 0.030 0.508 0.074 0.032 0.021 28 K 0.091 0.085 0.032 0.025 0.159 0.024 0.050 0.282 0.108 0.098 0.047 29 N 0.113 0.092 0.081 0.046 0.120 0.018 0.038 0.172 0.100 0.121 0.099 30 K 0.016 0.037 0.030 0.053 0.026 0.082 0.262 0.299 0.114 0.070 0.011 31 Y 0.020 0.421 0.227 0.038 0.102 0.014 0.023 0.040 0.042 0.057 0.015 32 G 0.047 0.089 0.130 0.105 0.060 0.016 0.014 0.046 0.042 0.308 0.145 33 I 0.118 0.129 0.027 0.003 0.299 0.004 0.014 0.201 0.141 0.040 0.022 34 K 0.010 0.067 0.031 0.024 0.037 0.075 0.136 0.444 0.120 0.038 0.018 35 N 0.262 0.110 0.038 0.003 0.290 0.001 0.004 0.094 0.029 0.082 0.086 36 L 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.616 0.333 0.034 0.002 37 N 0.002 0.010 0.004 0.002 0.004 0.003 0.018 0.863 0.083 0.009 0.002 38 A 0.001 0.008 0.002 0.001 0.004 0.001 0.010 0.799 0.108 0.064 0.002 39 F 0.003 0.004 0.002 0.001 0.003 0.002 0.009 0.830 0.112 0.032 0.004 40 L 0.004 0.013 0.002 0.002 0.010 0.002 0.014 0.788 0.147 0.013 0.004 41 E 0.002 0.003 0.002 0.002 0.004 0.005 0.032 0.802 0.127 0.020 0.002 42 K 0.009 0.016 0.008 0.006 0.014 0.012 0.066 0.658 0.132 0.067 0.011 43 C 0.043 0.037 0.010 0.005 0.047 0.007 0.024 0.471 0.125 0.199 0.033 44 S 0.014 0.119 0.047 0.014 0.045 0.028 0.060 0.451 0.131 0.080 0.010 45 H 0.040 0.142 0.064 0.022 0.081 0.021 0.032 0.353 0.077 0.134 0.034 46 D 0.043 0.067 0.016 0.005 0.072 0.008 0.034 0.589 0.097 0.051 0.019 47 T 0.019 0.106 0.056 0.003 0.024 0.002 0.005 0.663 0.071 0.040 0.010 48 A 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.900 0.080 0.007 0.001 49 K 0.004 0.008 0.003 0.002 0.006 0.002 0.003 0.924 0.046 0.002 0.001 50 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.894 0.076 0.016 0.001 51 M 0.005 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 0.873 0.088 0.019 0.002 52 I 0.003 0.026 0.004 0.005 0.014 0.007 0.021 0.778 0.123 0.018 0.002 53 N 0.020 0.009 0.004 0.003 0.035 0.005 0.026 0.635 0.113 0.132 0.017 54 L 0.065 0.144 0.081 0.021 0.188 0.017 0.035 0.304 0.069 0.058 0.018 55 R 0.090 0.135 0.036 0.006 0.205 0.004 0.023 0.288 0.082 0.090 0.039 56 E 0.080 0.168 0.122 0.020 0.160 0.014 0.029 0.217 0.089 0.073 0.029 57 E 0.014 0.307 0.330 0.038 0.089 0.014 0.033 0.123 0.033 0.014 0.005 58 S 0.051 0.328 0.286 0.017 0.112 0.011 0.031 0.087 0.033 0.027 0.019 59 L 0.038 0.373 0.322 0.021 0.112 0.007 0.014 0.055 0.019 0.022 0.017 60 P 0.022 0.185 0.067 0.039 0.082 0.077 0.108 0.252 0.122 0.037 0.010 61 E 0.016 0.058 0.047 0.050 0.032 0.070 0.117 0.337 0.164 0.093 0.017 62 Y 0.031 0.036 0.026 0.015 0.038 0.024 0.078 0.241 0.129 0.332 0.050 63 F 0.061 0.204 0.063 0.011 0.133 0.008 0.014 0.158 0.097 0.161 0.090 64 D 0.043 0.220 0.141 0.019 0.090 0.005 0.006 0.296 0.100 0.052 0.029 65 T 0.002 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.748 0.225 0.009 0.002 66 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.912 0.075 0.002 0.001 67 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.931 0.056 0.009 0.001 68 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.932 0.062 0.004 0.001 69 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.930 0.061 0.001 0.001 70 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.941 0.039 0.002 0.001 71 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.880 0.083 0.011 0.001 72 H 0.003 0.007 0.001 0.001 0.006 0.002 0.014 0.775 0.161 0.027 0.003 73 Q 0.003 0.017 0.006 0.003 0.008 0.006 0.032 0.715 0.172 0.035 0.004 74 Q 0.009 0.022 0.012 0.006 0.021 0.015 0.127 0.586 0.097 0.096 0.009 75 L 0.051 0.108 0.041 0.016 0.099 0.023 0.080 0.316 0.119 0.113 0.033