# TARGET T0386 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.903 0.087 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 2 P 0.897 0.087 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 3 K 0.845 0.111 0.030 0.011 0.002 0.001 0.001 4 A 0.877 0.097 0.020 0.005 0.001 0.001 0.001 5 K 0.702 0.197 0.069 0.025 0.007 0.001 0.001 6 A 0.759 0.166 0.049 0.020 0.005 0.001 0.001 7 K 0.691 0.217 0.073 0.017 0.002 0.001 0.001 8 T 0.824 0.141 0.027 0.007 0.001 0.001 0.001 9 K 0.793 0.156 0.039 0.011 0.001 0.001 0.001 10 N 0.830 0.118 0.034 0.014 0.003 0.001 0.001 11 T 0.829 0.126 0.031 0.011 0.002 0.001 0.001 12 E 0.827 0.138 0.025 0.009 0.001 0.001 0.001 13 I 0.654 0.195 0.094 0.044 0.011 0.001 0.001 14 I 0.792 0.148 0.039 0.015 0.005 0.001 0.001 15 S 0.665 0.198 0.083 0.040 0.011 0.002 0.001 16 P 0.760 0.146 0.054 0.028 0.009 0.002 0.001 17 H 0.648 0.191 0.079 0.054 0.022 0.005 0.001 18 H 0.655 0.227 0.079 0.031 0.007 0.001 0.001 19 Y 0.428 0.235 0.154 0.119 0.051 0.012 0.002 20 V 0.428 0.245 0.152 0.114 0.049 0.011 0.001 21 Y 0.345 0.242 0.155 0.135 0.086 0.033 0.004 22 P 0.476 0.301 0.143 0.058 0.018 0.003 0.001 23 N 0.429 0.307 0.159 0.077 0.022 0.005 0.001 24 T 0.382 0.273 0.148 0.123 0.057 0.016 0.001 25 T 0.312 0.266 0.195 0.139 0.065 0.020 0.002 26 T 0.287 0.205 0.187 0.166 0.105 0.044 0.006 27 L 0.346 0.141 0.108 0.147 0.141 0.095 0.021 28 K 0.188 0.194 0.194 0.180 0.140 0.086 0.018 29 N 0.190 0.167 0.185 0.209 0.157 0.078 0.013 30 K 0.251 0.286 0.199 0.146 0.080 0.031 0.006 31 Y 0.334 0.225 0.186 0.155 0.076 0.022 0.003 32 G 0.406 0.273 0.145 0.101 0.055 0.018 0.001 33 I 0.374 0.300 0.181 0.103 0.034 0.008 0.001 34 K 0.514 0.312 0.121 0.041 0.010 0.002 0.001 35 N 0.386 0.314 0.159 0.094 0.039 0.007 0.001 36 L 0.186 0.271 0.274 0.210 0.054 0.006 0.001 37 N 0.706 0.249 0.038 0.006 0.001 0.001 0.001 38 A 0.348 0.402 0.191 0.051 0.008 0.001 0.001 39 F 0.088 0.096 0.164 0.328 0.277 0.045 0.001 40 L 0.154 0.307 0.307 0.177 0.049 0.006 0.001 41 E 0.652 0.292 0.046 0.009 0.001 0.001 0.001 42 K 0.204 0.295 0.290 0.160 0.045 0.006 0.001 43 C 0.193 0.156 0.215 0.266 0.141 0.028 0.001 44 S 0.534 0.311 0.110 0.037 0.007 0.001 0.001 45 H 0.657 0.245 0.072 0.021 0.005 0.001 0.001 46 D 0.582 0.261 0.103 0.042 0.010 0.001 0.001 47 T 0.394 0.315 0.173 0.083 0.030 0.005 0.001 48 A 0.368 0.275 0.182 0.128 0.042 0.006 0.001 49 K 0.519 0.350 0.105 0.022 0.003 0.001 0.001 50 A 0.272 0.367 0.212 0.110 0.033 0.006 0.001 51 M 0.111 0.123 0.183 0.296 0.222 0.062 0.003 52 I 0.185 0.287 0.273 0.180 0.062 0.012 0.001 53 N 0.349 0.403 0.181 0.054 0.011 0.002 0.001 54 L 0.053 0.105 0.205 0.329 0.251 0.055 0.003 55 R 0.195 0.270 0.255 0.181 0.078 0.019 0.002 56 E 0.289 0.325 0.199 0.127 0.048 0.011 0.001 57 E 0.272 0.327 0.222 0.128 0.041 0.010 0.001 58 S 0.164 0.208 0.232 0.231 0.129 0.035 0.002 59 L 0.229 0.238 0.195 0.197 0.114 0.025 0.001 60 P 0.423 0.282 0.166 0.095 0.028 0.005 0.001 61 E 0.566 0.278 0.099 0.042 0.012 0.003 0.001 62 Y 0.436 0.358 0.140 0.050 0.013 0.003 0.001 63 F 0.139 0.137 0.169 0.266 0.213 0.072 0.006 64 D 0.158 0.239 0.241 0.211 0.108 0.040 0.003 65 T 0.326 0.207 0.159 0.142 0.109 0.052 0.005 66 A 0.371 0.273 0.164 0.117 0.055 0.018 0.002 67 Y 0.213 0.190 0.219 0.225 0.108 0.041 0.004 68 L 0.175 0.141 0.130 0.180 0.209 0.145 0.020 69 C 0.249 0.298 0.240 0.144 0.056 0.011 0.001 70 H 0.259 0.281 0.236 0.150 0.059 0.014 0.002 71 I 0.263 0.158 0.114 0.149 0.176 0.129 0.011 72 H 0.187 0.212 0.254 0.228 0.096 0.021 0.001 73 Q 0.468 0.314 0.133 0.057 0.021 0.006 0.001 74 Q 0.494 0.223 0.150 0.097 0.030 0.005 0.001 75 L 0.431 0.160 0.122 0.143 0.105 0.037 0.003